genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.120.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   

This is table  120  of  253  ( 30316 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37888101--37888135	17	2.1	17	94	0	61	40	20	17	22	1.92
37889306--37889343	13	2.9	13	88	0	58	57	0	42	0	0.98
37890021--37890069	24	2.0	24	100	0	98	48	16	0	34	1.46
37892167--37892338	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
37892191--37892374	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
37896600--37896771	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
37896624--37896807	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
37899475--37899646	37	4.9	37	82	13	184	25	32	19	22	1.97
37899539--37899593	27	2.0	27	100	0	110	30	36	14	18	1.91
37899502--37899630	64	2.0	64	98	0	249	27	34	17	20	1.95
37899809--37900237	48	9.0	47	78	9	152	29	28	9	33	1.88
37899895--37900166	48	5.6	48	88	1	411	31	27	6	33	1.84
37899895--37900166	96	2.8	96	95	1	483	31	27	6	33	1.84
37899849--37900171	144	2.3	145	84	4	431	30	27	7	33	1.85
37912215--37912469	40	6.4	40	90	3	358	23	22	27	25	2.00
37918254--37918759	47	10.7	47	70	16	295	29	17	29	23	1.97
37918254--37918756	94	5.3	93	75	14	339	29	17	29	23	1.97
37918254--37918562	46	6.7	46	74	12	183	29	17	30	22	1.97
37918394--37918756	137	2.5	145	77	14	382	27	17	30	24	1.97
37918531--37918763	96	2.4	94	75	12	233	28	18	28	24	1.98
37926024--37926272	94	2.7	94	86	3	324	28	19	30	21	1.98
37926045--37926361	141	2.2	140	79	8	311	29	17	30	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37926044--37926375	94	3.5	99	79	11	261	29	17	30	22	1.97
37926004--37926370	47	7.7	47	71	13	229	29	18	29	22	1.97
37929976--37930018	19	2.3	19	84	15	54	34	16	11	37	1.85
37934032--37934182	81	1.9	82	80	6	182	29	20	24	25	1.99
37935223--37935276	25	2.1	26	82	3	65	29	14	25	29	1.95
37935245--37935446	24	8.2	25	71	14	98	34	21	25	18	1.96
37935356--37935469	24	4.6	25	76	8	92	33	20	28	17	1.95
37935245--37935462	25	8.9	26	71	14	99	34	20	25	19	1.96
37935245--37935469	73	3.1	73	74	7	186	34	20	26	18	1.96
37936955--37936986	12	2.7	12	90	0	55	6	15	50	28	1.68
37938458--37938501	21	2.2	20	87	4	61	36	15	20	27	1.93
37941499--37941553	28	2.0	28	81	0	65	25	20	25	29	1.99
37941703--37941774	27	2.7	26	73	16	65	34	20	23	20	1.96
37941961--37942143	53	3.4	53	80	7	217	27	20	16	34	1.94
37941932--37942143	80	2.6	80	77	6	196	26	21	17	34	1.95
37941932--37942148	27	8.1	26	77	12	165	27	21	17	34	1.95
37945029--37945057	11	2.5	12	94	5	51	27	0	0	72	0.85
37945883--37945912	12	2.5	12	94	0	51	36	10	0	53	1.35
37947072--37947129	23	2.6	23	89	5	93	43	0	13	43	1.44
37948075--37948265	56	3.4	56	87	2	285	28	11	24	35	1.90
37948075--37948296	56	4.0	55	81	8	182	27	12	24	35	1.92
37948075--37948296	112	2.0	112	84	5	288	27	12	24	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37955025--37955147	56	2.2	56	94	0	210	30	14	22	32	1.94
37963255--37963333	31	2.5	31	89	4	124	26	25	18	29	1.98
37963357--37963448	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
37963580--37963703	26	4.8	26	90	1	196	25	23	24	27	2.00
37964506--37964583	27	2.9	27	79	11	88	21	20	21	35	1.96
37964602--37964880	27	10.3	27	74	4	159	33	10	19	36	1.86
37964714--37964853	54	2.6	54	82	4	183	30	10	21	37	1.86
37964832--37964988	27	5.8	27	89	0	197	38	8	25	28	1.84
37964833--37964988	81	1.9	81	86	0	222	38	8	25	28	1.84
37964821--37964999	81	2.2	81	80	0	214	36	7	25	30	1.84
37964994--37965083	27	3.3	27	83	6	103	32	11	16	40	1.84
37977062--37977215	42	3.6	42	84	1	200	30	13	24	31	1.93
37977060--37977215	85	1.8	84	86	1	222	30	13	24	32	1.93
37979297--37979741	50	8.9	50	76	2	399	27	17	25	28	1.98
37979296--37979730	201	2.2	201	88	0	629	28	17	25	29	1.97
37979295--37979749	151	3.0	151	79	6	492	27	17	25	28	1.98
37980479--37980516	16	2.2	19	86	13	55	55	15	13	15	1.70
37983642--37983953	48	6.5	48	79	2	331	28	17	27	27	1.98
37983638--37983953	96	3.3	96	97	0	578	28	17	27	26	1.98
37986796--37986833	18	2.1	18	95	0	67	21	7	50	21	1.74
37991486--37991946	48	9.6	48	74	0	409	27	16	27	27	1.97
37991488--37991960	96	4.9	96	87	1	642	27	17	28	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38003529--38003588	30	2.0	30	90	6	95	58	16	15	10	1.63
38003529--38003588	15	4.0	15	80	8	77	58	16	15	10	1.63
38024120--38024189	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
38024065--38024216	55	2.8	53	81	4	178	28	16	27	26	1.97
38024066--38024221	27	5.7	27	78	6	145	28	16	28	27	1.97
38032167--38032236	28	2.6	27	86	2	86	28	20	28	22	1.98
38032112--38032263	55	2.8	53	81	4	178	28	16	27	26	1.97
38032113--38032268	27	5.7	27	78	6	145	28	16	28	27	1.97
38035390--38035690	39	7.6	40	88	6	391	23	20	25	30	1.98
38213283--38213842	142	3.9	141	87	4	750	30	9	31	28	1.89
38213283--38213813	47	11.1	47	90	4	721	30	9	30	28	1.89
38215885--38216022	43	3.2	42	87	9	183	26	14	31	27	1.95
38216011--38216083	29	2.6	29	80	10	71	28	13	31	26	1.94
38216396--38216543	39	3.8	38	80	7	145	25	22	27	25	2.00
38216699--38216749	25	2.0	25	85	7	68	29	7	33	29	1.85
38219973--38220477	45	10.9	45	92	6	757	31	8	29	29	1.88
38220130--38220247	23	5.2	23	61	15	66	32	6	30	30	1.83
38219973--38220533	47	12.1	47	93	3	838	31	9	30	28	1.88
38219973--38220533	93	6.0	94	90	5	838	31	9	30	28	1.88
38220651--38220729	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
38222569--38222713	43	3.4	43	98	0	274	23	15	34	26	1.94
38222695--38222768	29	2.6	29	82	8	80	28	13	32	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38223081--38223234	40	3.8	40	83	0	182	24	22	28	24	1.99
38223398--38223448	25	2.0	25	85	7	68	29	7	33	29	1.85
38226719--38226809	49	2.0	42	89	10	119	30	6	30	31	1.83
38226696--38227220	47	11.1	47	93	0	753	31	9	30	28	1.88
38227343--38227415	37	2.0	37	88	0	110	19	20	32	27	1.97
38229376--38229437	10	5.9	10	74	10	52	33	32	3	30	1.74
38229376--38229438	21	3.0	21	88	2	90	33	33	3	30	1.74
38242331--38243060	364	2.0	364	97	0	1379	27	16	23	33	1.95
38244803--38244940	40	3.5	39	90	3	204	26	26	22	24	2.00
38252842--38253007	40	4.2	40	91	0	271	27	27	22	23	1.99
38265232--38265263	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
38265463--38265958	50	9.9	50	74	7	430	30	25	17	27	1.97
38265466--38265856	151	2.6	150	88	0	548	30	24	17	27	1.97
38265472--38265959	151	3.2	151	84	4	461	30	25	17	27	1.97
38265472--38265957	101	4.8	101	79	7	436	30	25	17	27	1.97
38280441--38280465	12	2.1	12	100	0	50	44	0	8	48	1.32
38281466--38281528	33	1.9	32	93	3	108	22	6	7	63	1.44
38284500--38284533	15	2.3	15	100	0	68	41	0	26	32	1.56
38294940--38294976	11	3.5	11	78	14	51	27	21	35	16	1.94
38294932--38294976	20	2.2	20	100	0	90	26	22	37	13	1.91
38296687--38296714	14	2.0	14	100	0	56	64	14	7	14	1.48
38299593--38299631	21	1.9	21	85	15	55	35	33	7	23	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38304804--38304831	13	2.2	13	100	0	56	32	21	14	32	1.93
38308371--38308449	31	2.6	31	92	6	126	48	18	11	21	1.80
38317026--38317180	42	3.7	42	82	3	186	29	23	16	30	1.97
38325777--38325896	57	2.1	57	96	0	231	43	34	4	18	1.69
38326705--38326825	45	2.8	43	77	8	122	31	28	15	23	1.96
38327136--38327165	15	2.0	15	93	0	51	50	13	0	36	1.42
38327956--38327984	14	2.0	15	93	6	51	48	20	0	31	1.50
38328961--38329117	43	3.7	43	82	1	172	31	24	15	28	1.95
38330959--38331151	42	4.6	42	81	5	228	30	24	15	30	1.95
38335299--38335357	30	2.0	30	96	0	109	28	3	11	55	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253