genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73125728--73125807	15	5.4	15	73	11	58	23	2	7	66	1.30
73125823--73125852	3	10.0	3	100	0	60	0	0	33	66	0.92
73125857--73125910	24	2.2	24	83	6	65	24	1	5	68	1.21
73128062--73128106	19	2.4	19	88	7	65	22	22	13	42	1.88
73132573--73133155	44	13.2	44	65	9	204	29	20	24	25	1.99
73133104--73133380	88	3.1	87	65	11	204	29	22	22	25	1.99
73132561--73133153	132	4.5	132	89	2	859	29	20	24	25	1.99
73133070--73133409	177	1.9	177	89	1	520	31	20	22	25	1.98
73133079--73133353	89	3.1	89	67	11	238	31	20	23	24	1.98
73134652--73134751	3	33.7	3	70	16	66	26	5	6	63	1.38
73134646--73134780	12	11.6	11	67	19	55	25	3	6	64	1.35
73134652--73134795	15	9.9	14	68	20	64	24	4	6	64	1.36
73134723--73134808	15	5.8	15	72	10	52	26	5	4	62	1.37
73135084--73135135	27	1.9	27	84	7	70	23	15	3	57	1.54
73138851--73138958	26	4.2	26	93	0	180	36	23	7	33	1.83
73139365--73139436	31	2.4	30	75	9	74	34	8	12	44	1.72
73140936--73140965	10	3.0	10	100	0	60	40	0	0	60	0.97
73140936--73140977	20	2.1	20	86	0	57	40	2	2	54	1.26
73141782--73141829	24	2.0	24	88	8	71	43	0	0	56	0.99
73141788--73141838	24	2.1	24	82	13	61	45	0	1	52	1.12
73142379--73142417	21	1.9	20	89	5	60	41	12	5	41	1.65
73142379--73142418	20	2.0	20	85	9	55	42	12	5	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73143669--73143756	42	2.1	42	100	0	176	26	9	11	53	1.66
73151255--73151297	22	2.0	22	85	0	59	34	2	0	62	1.08
73151674--73151711	17	2.2	17	100	0	76	60	5	10	23	1.50
73151672--73151711	8	4.8	8	90	9	62	60	5	10	25	1.49
73154676--73154716	13	2.8	16	82	17	54	43	2	0	53	1.13
73154698--73154733	18	1.9	18	88	5	54	58	0	0	41	0.98
73154697--73154774	29	2.6	29	78	19	79	53	0	0	46	1.00
73154726--73154775	16	3.2	16	70	18	52	52	0	0	48	1.00
73154707--73154772	29	2.2	30	86	10	91	54	0	0	45	0.99
73165637--73165737	51	2.0	51	84	0	130	31	14	10	42	1.81
73171758--73171882	64	2.0	64	95	0	223	51	8	8	31	1.64
73175051--73175137	28	3.1	28	69	17	74	43	1	2	52	1.21
73175229--73175441	67	3.2	66	64	19	159	46	3	4	46	1.38
73175185--73175450	137	1.9	138	90	2	428	46	4	4	44	1.41
73175333--73175367	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
73175195--73175631	156	3.1	136	82	11	434	46	5	3	44	1.44
73175309--73175636	156	2.1	156	97	0	611	46	6	3	42	1.47
73175489--73175537	15	2.9	18	80	20	61	44	0	0	55	0.99
73175489--73175543	15	3.4	16	80	16	53	43	0	1	54	1.10
73175688--73175778	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
73175759--73175827	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
73175759--73175827	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73175931--73175993	28	2.3	26	81	7	72	31	3	3	61	1.27
73177167--73177200	15	2.3	15	89	0	50	41	5	23	29	1.78
73184445--73184484	17	2.3	18	82	4	55	50	0	0	50	1.00
73184453--73184500	24	2.0	24	84	8	62	47	0	2	50	1.12
73185851--73185901	23	2.3	23	77	16	54	39	1	1	56	1.22
73186796--73186858	30	2.2	27	83	8	72	60	12	4	22	1.51
73188028--73188060	7	4.7	7	100	0	66	27	27	30	15	1.96
73194262--73194294	16	1.9	17	88	11	50	57	0	0	42	0.98
73204629--73204667	5	7.6	5	94	5	69	82	0	0	17	0.68
73206480--73206515	17	2.1	17	90	10	56	61	0	8	30	1.26
73209069--73209110	21	1.9	22	85	9	59	61	9	0	28	1.27
73209197--73209247	14	3.6	14	82	10	59	35	3	0	60	1.15
73216257--73216294	18	2.1	18	90	0	58	50	7	5	36	1.54
73223058--73223162	52	2.0	52	96	0	192	12	6	27	53	1.63
73223065--73223145	25	3.2	25	64	19	67	12	6	29	51	1.63
73232069--73232123	16	3.2	19	73	19	57	30	1	1	65	1.13
73232058--73232114	25	2.2	26	81	9	64	26	1	1	70	1.07
73238414--73238472	17	3.3	18	75	15	59	22	11	5	61	1.50
73238465--73238636	20	8.6	20	71	14	97	19	16	12	51	1.75
73238516--73238603	39	2.2	40	74	9	90	18	17	11	53	1.72
73239062--73239189	20	6.6	20	72	16	74	46	10	20	22	1.80
73240083--73240221	45	3.1	45	81	5	149	35	20	22	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73240741--73240810	28	2.5	29	79	9	74	61	7	10	21	1.51
73240806--73240887	28	2.9	28	79	0	83	54	8	17	19	1.67
73240790--73240859	28	2.5	28	76	6	70	57	5	15	21	1.59
73249035--73249077	22	2.0	22	95	0	77	39	0	2	58	1.11
73249355--73249421	12	5.4	12	83	13	66	65	0	34	0	0.93
73249365--73249405	3	14.0	3	85	14	59	65	0	34	0	0.93
73249369--73249421	12	4.3	13	84	15	69	69	0	30	0	0.88
73249369--73249422	9	5.1	11	86	13	62	70	0	29	0	0.88
73249376--73249427	12	4.2	13	85	7	56	73	0	26	0	0.84
73249554--73250164	96	6.2	101	80	13	613	27	0	15	57	1.41
73249711--73250179	194	2.4	202	84	9	625	26	0	16	56	1.40
73250141--73250177	17	2.3	17	90	9	60	32	0	8	59	1.27
73254142--73254351	39	5.3	39	78	9	187	25	26	20	26	1.99
73254175--73254358	40	4.7	40	84	7	225	25	27	22	24	2.00
73254175--73254358	79	2.3	81	84	6	234	25	27	22	24	2.00
73263451--73263531	21	4.0	21	87	3	103	43	18	20	17	1.88
73263451--73263531	42	2.0	40	87	4	117	43	18	20	17	1.88
73268383--73268460	27	2.9	27	86	0	102	25	25	28	20	1.99
73286114--73286147	16	2.1	17	88	5	52	20	20	11	47	1.81
73290150--73290207	27	2.1	27	81	9	64	18	24	20	36	1.95
73297611--73297739	47	2.8	47	85	3	163	20	16	27	35	1.94
73299730--73299769	14	2.9	14	84	0	53	25	10	30	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73300099--73300162	21	3.0	21	81	0	65	18	32	34	14	1.91
73306026--73306069	21	2.2	20	88	12	63	47	2	0	50	1.13
73309990--73310081	35	2.6	35	76	10	98	25	6	22	45	1.76
73317737--73317857	35	3.5	35	74	6	102	28	6	19	44	1.76
73326275--73326316	16	2.6	16	96	3	75	38	0	0	61	0.96
73326279--73326331	7	7.6	7	84	16	74	41	0	0	58	0.98
73326276--73326323	5	9.6	5	82	17	64	39	0	0	60	0.97
73327915--73327974	22	2.6	23	68	31	56	51	5	13	30	1.62
73328068--73328117	26	1.9	26	87	0	73	20	20	20	40	1.92
73328345--73328520	18	9.8	18	77	9	144	36	12	14	36	1.84
73328330--73328480	72	2.1	72	82	7	182	37	11	14	35	1.83
73328330--73328625	18	16.1	18	70	9	123	36	11	14	36	1.83
73329488--73329530	20	2.2	20	86	0	59	44	6	0	48	1.29
73329918--73329974	29	1.9	30	85	3	80	29	5	14	50	1.64
73332603--73332636	11	3.2	11	91	4	52	70	14	0	14	1.17
73336965--73337043	39	2.0	39	100	0	158	25	20	13	40	1.89
73337219--73337271	26	2.0	26	96	0	97	32	22	9	35	1.86
73343936--73343980	22	2.1	21	83	4	54	53	24	6	15	1.66
73346159--73346281	50	2.4	51	89	5	187	34	15	22	26	1.94
73346263--73346442	31	5.8	31	87	2	236	27	20	26	25	1.99
73346467--73346590	47	2.7	46	86	2	167	27	16	27	29	1.97
73346561--73346675	42	2.7	43	85	4	153	32	14	25	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73347769--73347811	9	4.6	9	77	11	50	32	2	0	65	1.06
73347918--73347960	16	2.5	18	81	11	54	25	0	0	74	0.82
73347920--73347958	17	2.4	17	86	4	53	23	0	0	76	0.78
73347915--73347967	26	2.0	26	88	0	79	24	0	0	75	0.80
73347917--73347967	16	3.1	16	76	15	50	23	0	0	76	0.79
73347917--73347968	18	3.1	17	75	8	52	23	0	0	76	0.78
73349208--73349297	33	2.8	33	81	3	103	43	4	1	51	1.29
73349218--73349306	31	2.8	32	81	3	99	43	5	1	49	1.33
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Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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