genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78629435--78629473	15	2.6	14	84	11	51	23	0	2	74	0.94
78629440--78629473	15	2.3	15	90	5	52	23	0	0	76	0.79
78629817--78629865	20	2.4	20	76	13	55	65	0	2	32	1.04
78630937--78631026	47	1.9	47	88	0	135	41	13	5	40	1.68
78630937--78631056	47	2.5	47	83	6	125	40	12	5	40	1.67
78631131--78631160	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
78634222--78634281	30	2.0	30	100	0	120	43	10	30	16	1.81
78635486--78635605	47	2.5	49	86	6	156	39	13	4	43	1.63
78639149--78639191	3	14.3	3	95	0	77	65	2	0	32	1.06
78640873--78640996	61	2.1	59	82	8	144	35	17	25	21	1.95
78644033--78644081	21	2.3	21	86	10	64	10	16	6	67	1.39
78646396--78646435	22	2.0	21	85	14	57	52	5	7	35	1.51
78648446--78648528	24	3.5	23	67	17	62	36	9	6	48	1.61
78648433--78648537	47	2.2	47	94	0	192	38	12	6	42	1.69
78653664--78653809	12	11.5	12	68	14	53	57	0	10	30	1.38
78653995--78654043	23	2.1	23	88	0	71	65	4	6	24	1.33
78654055--78654124	22	2.9	24	79	14	74	60	1	5	32	1.29
78654228--78654310	35	2.3	36	81	8	89	45	3	10	39	1.57
78660820--78661038	72	3.0	72	92	0	348	24	18	35	21	1.96
78666187--78666243	27	2.1	28	83	3	71	45	5	3	45	1.43
78674170--78674224	23	2.4	23	96	0	101	30	14	0	54	1.41
78674309--78674366	10	6.6	9	73	16	50	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78674591--78674628	19	2.0	19	100	0	76	36	36	15	10	1.82
78677975--78678033	31	1.9	31	85	0	82	45	15	8	30	1.75
78677975--78678043	31	2.2	31	82	5	77	46	14	8	30	1.75
78678595--78678843	101	2.4	102	81	7	306	35	21	16	26	1.94
78682565--78682637	34	2.1	34	100	0	146	17	23	12	46	1.82
78684722--78684776	28	1.9	28	85	10	76	49	0	9	41	1.34
78685265--78685302	17	2.3	16	90	4	58	71	0	2	26	1.00
78687154--78687178	12	2.1	12	100	0	50	24	28	0	48	1.52
78688743--78688768	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
78693347--78693409	31	2.0	31	90	0	99	34	14	9	41	1.78
78697435--78697493	28	2.1	28	93	0	100	25	10	22	42	1.84
78700987--78701214	115	2.0	115	93	0	393	26	15	29	28	1.96
78707077--78707145	34	2.0	34	97	0	129	46	1	18	33	1.58
78708148--78708188	13	3.1	14	89	3	50	63	2	0	34	1.08
78708160--78708188	13	2.2	13	100	0	58	65	0	0	34	0.93
78712243--78712289	22	2.1	23	88	4	69	63	4	0	31	1.13
78714098--78714148	21	2.4	21	80	3	57	45	9	11	33	1.74
78714409--78714453	20	2.3	19	80	3	54	53	2	4	40	1.33
78720547--78720573	14	1.9	14	100	0	54	51	14	11	22	1.73
78723245--78723276	13	2.3	15	89	10	50	40	18	0	40	1.51
78729377--78729404	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
78729446--78729526	33	2.5	33	95	2	146	50	2	1	45	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78735442--78735476	2	17.5	2	93	0	61	2	45	0	51	1.16
78736466--78736509	21	2.1	21	95	0	79	22	4	29	43	1.73
78740226--78740277	6	9.3	6	76	19	51	30	0	0	69	0.89
78752512--78752559	24	2.0	24	88	8	71	72	6	0	20	1.05
78753774--78753802	12	2.3	13	94	5	51	37	0	10	51	1.36
78758159--78758357	92	2.2	92	81	8	235	35	14	10	39	1.81
78758516--78758566	19	2.6	19	84	9	59	58	1	5	33	1.33
78758787--78758861	38	2.0	38	87	7	109	28	6	2	62	1.34
78758808--78758861	19	2.8	19	68	0	54	31	3	1	62	1.23
78758844--78758956	28	3.9	28	76	13	104	36	1	1	60	1.18
78758918--78758956	9	4.2	9	83	6	51	33	0	2	64	1.08
78773989--78774052	34	1.9	34	84	9	87	35	4	4	54	1.42
78775005--78775033	14	2.1	14	100	0	58	44	13	6	34	1.71
78778208--78778263	24	2.3	23	80	14	60	42	5	1	50	1.35
78778529--78778557	14	2.1	14	100	0	58	48	0	0	51	1.00
78779232--78779325	47	2.0	47	100	0	188	29	27	4	38	1.76
78780536--78780652	51	2.3	51	87	0	171	23	23	17	35	1.95
78783914--78783959	21	2.2	21	88	0	65	78	6	4	10	1.08
78785884--78785954	37	1.9	37	94	0	124	28	14	28	29	1.95
78803907--78803941	17	2.1	17	94	0	61	42	0	0	57	0.99
78808787--78808845	23	2.5	22	72	20	57	62	6	5	25	1.41
78809032--78809061	6	5.0	6	95	0	51	20	16	46	16	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78809251--78809327	30	2.6	30	91	0	118	11	18	37	32	1.87
78815315--78815362	20	2.3	21	82	13	64	39	0	0	60	0.97
78815426--78815478	26	2.1	25	85	3	70	37	5	1	54	1.35
78817354--78817383	14	2.1	14	93	0	51	50	16	0	33	1.46
78817352--78817382	16	1.9	16	100	0	62	51	16	0	32	1.44
78819544--78819591	21	2.2	21	81	7	51	41	0	0	58	0.98
78819550--78819594	21	2.0	22	87	8	65	37	0	0	62	0.96
78822711--78822752	14	3.1	14	83	13	61	50	0	0	50	1.00
78822714--78822740	12	2.2	12	100	0	54	51	0	0	48	1.00
78827155--78827190	10	3.5	10	88	7	54	41	0	0	58	0.98
78827156--78827190	11	3.3	11	88	8	54	40	0	0	60	0.97
78829980--78830032	4	13.2	4	100	0	106	26	0	24	49	1.51
78832477--78832513	2	18.5	2	100	0	74	51	48	0	0	1.00
78833395--78833469	37	2.0	37	100	0	150	44	8	21	26	1.80
78835431--78835483	16	3.5	14	82	10	52	69	0	1	28	0.99
78835431--78835482	18	3.2	16	77	17	54	71	0	1	26	0.97
78836811--78836848	20	2.1	19	85	14	53	39	0	7	52	1.31
78844428--78844466	14	2.6	16	88	11	57	43	0	0	56	0.99
78845111--78845207	48	2.0	48	100	0	194	42	22	6	28	1.78
78847716--78847756	2	20.5	2	100	0	82	48	51	0	0	1.00
78863010--78863129	47	2.5	49	79	5	136	40	4	14	40	1.65
78866646--78866710	33	1.9	33	87	6	94	46	0	1	52	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78866978--78867077	45	2.2	46	89	5	152	42	3	12	43	1.57
78878450--78878501	23	2.4	21	81	12	68	34	0	1	63	1.06
78878772--78878811	15	2.6	15	84	4	53	30	2	0	67	1.04
78883328--78883360	15	2.1	16	94	5	59	33	6	0	60	1.21
78884712--78884825	60	1.9	59	94	1	201	34	14	6	45	1.69
78890002--78890049	24	2.0	24	87	0	69	22	18	8	50	1.74
78897579--78897630	26	2.0	25	82	10	61	36	3	1	57	1.28
78897689--78897719	16	2.0	16	93	6	55	67	6	0	25	1.14
78906557--78906771	107	2.0	107	96	0	394	43	13	9	32	1.77
78907010--78907037	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
78907741--78907798	31	2.0	31	86	10	86	50	8	8	32	1.64
78910106--78910248	67	2.1	69	80	7	159	56	2	3	37	1.28
78910187--78910246	21	3.2	17	74	21	57	63	0	1	35	1.05
78911531--78911575	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
78915871--78915923	5	10.6	5	84	15	74	39	0	0	60	0.97
78915871--78915928	22	2.9	21	85	12	77	43	0	0	56	0.99
78917644--78917782	45	2.9	49	78	11	144	19	20	18	41	1.91
78917667--78917771	45	2.3	45	90	0	156	19	20	19	41	1.90
78917945--78918243	18	16.3	18	73	9	192	35	11	15	38	1.82
78918203--78918242	17	2.3	17	86	4	53	35	10	17	37	1.83
78920679--78920856	3	58.3	3	75	10	103	32	8	1	57	1.40
78921032--78921150	12	10.5	12	71	18	94	26	9	2	61	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78921059--78921243	3	61.0	3	68	10	81	31	8	1	58	1.38
78921037--78921117	22	3.6	22	79	12	85	27	9	2	60	1.41
78921038--78921149	55	2.1	52	86	8	154	27	9	1	60	1.38
78921067--78921175	55	2.0	55	82	7	132	29	10	0	59	1.36
78921194--78921247	23	2.4	23	93	6	94	35	0	7	57	1.27
78922074--78922099	8	3.2	8	100	0	52	38	11	0	50	1.39
78922867--78922974	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
78926925--78926963	20	2.0	20	84	0	51	30	5	2	61	1.31
78926981--78927103	26	4.8	26	81	4	135	30	3	6	60	1.38
78926982--78927098	53	2.3	50	82	11	139	30	3	6	58	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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