genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26178331--26178388	24	2.5	24	81	10	68	72	1	22	3	1.09
26178312--26178388	30	2.5	32	74	15	83	71	2	23	2	1.11
26180617--26180794	40	4.5	40	87	2	234	24	22	27	25	2.00
26185504--26185616	53	2.1	53	98	0	217	38	23	18	18	1.93
26185570--26185679	41	2.7	41	82	2	141	32	20	24	21	1.98
26185665--26185896	41	5.7	40	84	5	261	24	19	25	31	1.98
26186653--26186692	21	1.9	21	89	0	62	25	2	32	40	1.69
26187067--26187130	8	8.6	7	89	3	74	65	6	1	26	1.25
26187041--26187136	8	11.9	8	79	10	63	61	6	2	30	1.32
26187067--26187130	15	4.3	15	88	6	85	65	6	1	26	1.25
26187075--26187130	16	3.7	16	88	11	82	66	7	0	26	1.18
26198789--26198833	16	2.8	16	89	0	72	62	20	8	8	1.51
26199054--26199167	28	4.1	28	77	13	110	30	15	28	24	1.96
26211450--26211621	93	1.8	93	88	0	263	21	20	29	29	1.98
26211455--26211627	46	3.7	46	75	7	161	21	20	27	30	1.98
26212960--26212997	19	2.0	19	100	0	76	26	15	26	31	1.96
26212935--26213025	47	1.9	48	84	6	123	28	15	28	27	1.96
26215611--26215660	21	2.4	20	81	15	57	72	0	26	2	0.96
26215630--26215687	27	2.1	28	84	9	75	74	1	18	5	1.10
26218585--26218638	19	3.3	19	62	37	52	62	0	9	27	1.25
26221853--26221897	4	10.8	4	82	17	56	22	4	0	73	1.01
26221850--26221896	17	2.8	17	82	17	62	23	4	0	72	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26221853--26221897	13	3.6	12	81	18	56	22	4	0	73	1.01
26232104--26232176	31	2.4	31	88	0	110	27	26	15	31	1.95
26232396--26232464	25	2.8	25	84	0	93	27	23	23	26	2.00
26235133--26235171	20	1.9	21	85	15	55	41	5	2	51	1.38
26236320--26236363	18	2.4	18	92	7	72	45	18	15	20	1.85
26236677--26236890	27	8.0	27	82	2	243	43	19	11	25	1.84
26244009--26244178	49	3.5	48	78	10	168	25	27	18	29	1.98
26243961--26244270	98	3.3	95	79	9	265	24	28	19	28	1.98
26244151--26244273	46	2.7	45	85	9	153	22	29	19	28	1.98
26251079--26251263	43	4.3	42	79	5	158	32	24	16	27	1.96
26251059--26251270	43	5.0	43	75	7	157	33	25	15	26	1.95
26251220--26251347	62	2.1	62	96	0	238	35	25	11	27	1.91
26254433--26254493	30	2.0	30	87	0	86	31	22	8	37	1.84
26259013--26259073	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
26260089--26260148	26	2.3	26	85	0	84	36	31	13	18	1.89
26260137--26260213	27	2.9	27	71	11	77	38	18	12	29	1.88
26262111--26262181	29	2.5	28	86	6	90	28	12	25	33	1.92
26262111--26262181	28	2.5	29	86	6	92	28	12	25	33	1.92
26264968--26265283	162	2.0	162	84	4	415	31	17	18	32	1.94
26265129--26265669	288	1.9	286	88	0	821	29	18	18	32	1.95
26267238--26267504	47	5.7	48	76	13	240	26	19	30	23	1.98
26267243--26267510	94	2.9	93	84	10	325	27	19	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26272583--26272622	20	2.0	20	90	4	64	57	2	17	22	1.52
26273621--26273658	12	3.0	13	84	7	60	23	28	2	44	1.67
26273905--26274081	48	3.7	47	87	3	239	33	27	15	23	1.94
26281258--26281423	40	4.2	39	85	2	206	26	27	21	24	1.99
26281269--26281463	40	4.9	40	79	8	166	26	27	20	25	1.99
26289180--26289442	40	6.6	40	89	4	356	25	27	23	23	2.00
26293444--26293489	22	2.1	22	100	0	92	28	19	26	26	1.99
26295385--26295471	27	3.3	26	73	9	77	40	20	17	21	1.92
26295651--26295727	27	2.9	27	81	11	86	29	11	19	38	1.87
26295942--26295975	17	1.9	17	88	5	50	20	44	26	8	1.81
26304132--26304166	17	2.1	17	100	0	70	28	17	11	42	1.83
26307680--26307728	22	2.2	22	85	10	64	14	2	0	83	0.73
26307689--26307723	6	6.2	6	96	3	56	17	0	0	82	0.66
26310638--26310772	45	3.0	45	88	4	200	25	17	22	34	1.96
26312807--26312887	40	2.0	40	100	0	162	27	9	24	38	1.87
26316997--26317054	24	2.4	24	94	0	98	29	27	18	24	1.98
26319201--26319269	25	2.7	25	84	6	86	28	23	20	27	1.99
26319314--26319348	10	3.4	10	92	7	61	31	17	17	34	1.93
26319314--26319353	21	1.9	21	94	0	71	30	15	17	37	1.90
26319316--26319361	21	2.2	21	88	0	65	34	17	15	32	1.91
26326801--26326885	31	2.8	31	78	1	100	27	24	16	31	1.96
26327105--26327173	25	2.8	25	88	0	102	26	23	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26327218--26327252	10	3.4	10	92	7	61	31	17	17	34	1.93
26327218--26327257	21	1.9	21	94	0	71	30	15	17	37	1.90
26327220--26327265	21	2.2	21	88	0	65	34	17	15	32	1.91
26333158--26333309	28	5.4	28	94	0	241	33	26	12	26	1.92
26335453--26335619	45	3.7	45	83	1	201	44	11	16	27	1.81
26335541--26335609	22	3.1	22	69	19	70	44	8	17	28	1.78
26335489--26335620	44	3.0	45	84	6	187	45	9	17	28	1.79
26337337--26337400	33	2.0	32	84	3	83	20	23	20	35	1.96
26337362--26337421	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
26344909--26344935	6	4.5	6	100	0	54	0	14	0	85	0.61
26349433--26349839	138	3.0	138	90	5	633	47	5	7	39	1.56
26349586--26349797	67	3.1	67	65	19	175	47	5	6	41	1.52
26352816--26352940	49	2.6	49	85	2	153	21	28	21	28	1.99
26360578--26360755	49	3.7	49	82	8	186	24	28	19	26	1.99
26365070--26365121	26	2.0	26	100	0	104	38	7	19	34	1.80
26371889--26371916	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
26376383--26376457	37	2.1	36	90	7	116	45	12	8	34	1.71
26378785--26378856	33	2.2	33	89	2	108	29	18	23	29	1.97
26382225--26382451	49	4.7	49	78	8	171	21	28	19	30	1.98
26382324--26382451	46	2.7	47	84	3	150	21	29	19	28	1.98
26384672--26384860	50	3.8	49	81	1	207	25	16	28	29	1.97
26389993--26390127	56	2.4	56	92	0	225	28	13	25	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26393107--26393132	5	5.2	5	100	0	52	76	0	23	0	0.78
26393744--26393773	15	2.0	15	93	0	51	23	13	26	36	1.92
26398672--26398810	56	2.5	56	90	1	215	28	15	24	32	1.95
26398684--26398839	56	2.8	56	86	3	172	28	16	25	30	1.96
26403742--26403776	18	1.9	18	88	0	52	42	2	2	51	1.31
26403841--26403880	16	2.6	16	84	4	55	65	2	0	32	1.06
26403755--26403915	82	2.0	82	80	7	184	51	4	0	42	1.28
26406329--26406388	6	10.3	6	77	12	54	68	3	1	26	1.15
26408953--26409012	30	2.0	30	86	0	84	58	11	3	26	1.49
26410747--26410822	40	1.9	40	88	0	116	13	13	34	39	1.83
26420547--26420586	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
26420535--26420601	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
26424348--26424393	24	1.9	25	86	8	69	0	41	0	58	0.98
26441789--26441816	11	2.5	11	100	0	56	50	17	0	32	1.47
26447532--26447856	47	6.7	47	90	4	488	29	29	7	33	1.85
26447532--26447856	96	3.4	96	89	4	496	29	29	7	33	1.85
26447532--26447856	147	2.2	143	93	2	551	29	29	7	33	1.85
26451435--26451554	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
26456676--26456816	51	2.8	51	80	2	169	23	19	28	28	1.98
26456799--26456835	17	2.2	17	95	0	65	21	29	27	21	1.99
26460025--26460117	40	2.3	40	81	3	107	21	16	26	35	1.94
26460108--26460178	28	2.5	28	93	0	115	22	15	32	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26460108--26460189	28	2.9	28	88	0	101	23	14	31	30	1.94
26464373--26464448	39	1.9	39	86	5	109	25	35	17	22	1.95
26466484--26466596	43	2.7	43	79	4	122	30	23	17	27	1.97
26469534--26469588	18	3.2	17	73	19	51	5	34	0	60	1.20
26470813--26470956	28	5.2	28	88	1	211	17	25	21	36	1.95
26472297--26472457	43	3.8	42	76	11	141	32	24	17	26	1.97
26474034--26474070	18	2.1	18	90	10	58	29	27	16	27	1.97
26477002--26477184	79	2.3	81	83	7	223	24	27	22	24	2.00
26476981--26477184	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
26484930--26485060	46	2.8	48	78	14	157	21	19	29	29	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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