genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15585413--15585517	41	2.7	39	75	7	97	31	24	19	24	1.98
15586133--15586176	22	1.9	24	90	9	74	25	20	0	54	1.45
15587166--15587245	18	4.3	19	69	15	60	50	2	0	47	1.14
15587173--15587243	22	3.4	20	72	18	56	50	2	0	46	1.16
15589767--15589859	46	2.0	46	100	0	186	23	5	21	49	1.70
15589866--15589900	8	4.4	8	100	0	70	37	25	25	11	1.90
15592435--15592476	22	2.0	21	85	4	57	26	0	7	66	1.17
15594477--15594510	17	2.0	17	88	0	50	50	0	11	38	1.39
15596545--15596765	40	5.6	40	92	2	340	21	27	23	26	1.99
15604644--15604864	40	5.6	40	88	3	304	22	25	23	27	2.00
15609298--15609358	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
15610093--15610240	66	2.3	66	80	5	160	29	15	31	22	1.95
15614457--15614724	46	5.7	45	79	10	220	23	30	19	27	1.98
15614458--15614732	94	2.9	94	80	9	321	24	30	18	26	1.98
15616982--15617263	48	5.8	49	77	5	261	27	26	16	29	1.97
15616979--15617263	96	2.9	96	87	3	385	27	27	16	29	1.97
15623418--15623456	17	2.3	17	81	0	51	35	28	12	23	1.91
15625001--15625169	48	3.5	48	79	12	202	27	27	15	28	1.97
15624985--15625159	96	1.8	96	93	0	305	27	28	15	29	1.96
15626766--15626813	16	3.0	16	84	6	62	43	14	20	20	1.87
15626783--15626817	8	4.4	8	85	0	52	51	14	14	20	1.76
15627035--15627159	29	4.3	29	88	1	180	24	15	30	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15631576--15631746	39	4.3	39	84	6	202	25	21	28	25	1.99
15631523--15631746	79	2.8	79	81	7	222	25	20	28	25	1.99
15631603--15631779	79	2.2	80	82	4	200	25	21	28	24	1.99
15636028--15636066	6	6.3	6	96	3	69	17	15	15	51	1.77
15649175--15649237	31	2.0	31	100	0	126	28	28	15	26	1.96
15650793--15650974	51	3.7	49	83	5	213	28	25	19	26	1.99
15650777--15650976	98	2.0	98	84	2	256	29	25	19	26	1.98
15651782--15651842	30	2.0	30	90	0	95	29	24	4	40	1.76
15654400--15654523	28	4.4	28	92	1	185	33	27	12	26	1.93
15662398--15662520	28	4.4	28	92	2	185	33	27	12	26	1.92
15664465--15664520	20	2.8	20	88	0	85	10	32	39	17	1.84
15666402--15666433	16	1.9	17	93	6	57	43	0	0	56	0.99
15671921--15672047	47	2.8	44	79	15	141	26	18	29	25	1.98
15671923--15672092	94	1.8	93	87	5	254	26	18	29	25	1.98
15674972--15675189	46	4.7	45	78	11	199	27	18	29	23	1.98
15675742--15675793	24	2.1	25	85	3	70	50	7	21	21	1.73
15682544--15682767	46	4.8	46	77	12	154	28	20	30	20	1.98
15682502--15682766	140	1.9	140	84	7	360	29	19	29	21	1.98
15692028--15692064	18	2.1	19	90	10	60	29	8	27	35	1.85
15700588--15700695	24	4.6	24	85	6	141	33	3	40	22	1.71
15702117--15702221	54	2.0	52	86	3	147	20	22	20	37	1.95
15702125--15702225	27	3.8	26	83	6	121	19	23	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15713463--15713583	43	2.9	41	77	9	136	30	11	25	32	1.91
15715199--15715250	20	2.6	20	84	0	68	23	30	26	19	1.98
15728728--15728813	24	3.5	24	71	7	75	29	26	16	27	1.97
15733000--15733121	43	2.9	42	77	7	147	34	13	22	29	1.92
15743187--15743369	79	2.3	81	84	7	232	25	28	22	23	1.99
15743166--15743369	40	5.1	40	81	8	238	25	28	22	24	1.99
15746093--15746117	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
15746090--15746158	29	2.3	31	80	9	81	60	4	0	34	1.16
15747958--15748103	37	3.9	37	93	1	222	26	30	19	24	1.98
15748250--15748392	52	2.8	52	97	0	268	32	26	6	34	1.82
15748362--15748555	47	4.1	47	89	0	280	26	28	10	34	1.90
15760879--15760929	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
15767662--15767884	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
15775552--15775774	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
15778383--15778445	27	2.3	27	80	0	72	34	17	20	26	1.95
15778425--15778488	27	2.4	27	74	10	67	17	18	26	37	1.93
15779045--15779142	6	16.0	6	71	16	67	20	20	13	45	1.84
15779052--15779115	25	2.5	26	90	7	105	20	23	12	43	1.85
15780587--15780637	20	2.7	18	82	14	59	37	21	0	41	1.54
15782223--15782282	29	2.1	28	84	3	75	28	26	1	43	1.65
15783850--15784010	41	3.9	41	95	0	277	48	5	21	24	1.71
15785278--15785320	18	2.4	18	82	14	54	16	18	6	58	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15789035--15789116	29	2.9	28	87	5	119	25	34	14	25	1.94
15789047--15789139	29	3.2	29	86	1	116	26	31	12	29	1.93
15790965--15791048	24	3.5	24	78	3	89	21	14	21	42	1.88
15801681--15801717	18	2.1	18	100	0	74	45	27	10	16	1.80
15807889--15807913	7	3.6	7	100	0	50	12	0	60	28	1.32
15810506--15810568	27	2.3	27	81	5	74	25	22	12	39	1.89
15817145--15817197	27	2.0	27	81	7	63	35	18	24	20	1.95
15817791--15817842	25	2.0	25	88	3	77	32	21	23	23	1.98
15817791--15817856	26	2.6	25	85	4	78	30	22	21	25	1.99
15817807--15817856	25	2.0	25	88	4	73	32	22	22	24	1.98
15818844--15818901	27	2.1	27	80	0	62	32	17	20	29	1.95
15819500--15819540	19	2.3	19	79	8	50	14	4	17	63	1.47
15821152--15821257	23	4.7	21	75	14	95	25	21	17	34	1.96
15821177--15821257	22	3.6	23	81	8	85	27	22	17	33	1.96
15821152--15821257	46	2.3	45	84	9	126	25	21	17	34	1.96
15821152--15821258	24	4.6	24	74	14	91	25	21	17	35	1.95
15822809--15822904	48	2.0	48	93	0	165	22	13	22	40	1.89
15824873--15824910	19	2.0	19	89	0	58	34	23	23	18	1.96
15829364--15829414	26	2.0	26	100	0	102	39	11	11	37	1.79
15831889--15831943	25	2.2	25	80	6	67	47	30	10	10	1.73
15833057--15833180	51	2.4	51	91	0	203	29	25	12	33	1.92
15833156--15833194	7	5.6	7	90	0	60	20	30	7	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15833156--15833194	14	2.8	14	96	0	69	20	30	7	41	1.80
15833105--15833243	65	2.1	65	89	2	208	28	25	12	32	1.93
15852092--15852240	42	3.5	43	75	11	135	28	22	24	24	1.99
15852078--15852240	44	3.8	42	76	12	143	28	21	23	25	1.99
15855403--15855441	20	2.0	20	100	0	78	33	20	15	30	1.94
15865440--15865520	29	2.8	27	75	14	81	41	13	9	34	1.78
15872482--15872534	3	17.7	3	80	7	63	30	5	1	62	1.29
15872568--15872616	24	2.1	23	82	14	57	38	8	2	51	1.43
15881124--15881239	58	2.0	58	100	0	232	32	25	5	36	1.78
15882820--15882991	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
15882813--15882988	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
15890373--15890544	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
15890366--15890541	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
15891962--15891997	16	2.1	18	90	10	58	69	2	0	27	1.02
15900563--15900686	25	5.2	25	66	18	102	30	8	29	31	1.86
15900574--15900697	22	5.4	22	66	17	81	29	9	29	30	1.89
15900550--15901064	47	11.0	47	91	0	724	31	11	29	27	1.91
15900765--15900840	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
15900926--15901004	25	3.3	25	68	22	78	30	8	30	30	1.88
15900903--15900979	22	3.4	22	67	22	59	31	11	31	25	1.92
15901227--15901372	37	3.9	37	95	0	247	21	19	32	26	1.97
15902850--15902897	20	2.4	20	100	0	96	16	35	35	12	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15915332--15915467	42	3.2	42	77	9	132	33	25	17	23	1.96
15915332--15915465	43	3.1	43	79	5	119	33	25	17	23	1.96
15915978--15916031	28	2.0	28	82	10	67	27	27	3	40	1.73
15917367--15917404	16	2.4	17	86	13	62	52	21	21	5	1.66
15917375--15917409	16	2.2	16	94	0	61	51	17	22	8	1.72
15922187--15922244	30	1.9	30	85	0	80	12	24	36	27	1.91
15924072--15924126	6	9.7	6	80	7	62	80	0	1	18	0.81
15924072--15924126	11	4.8	12	80	8	62	80	0	1	18	0.81
15924072--15924126	28	1.9	28	85	10	76	80	0	1	18	0.81
15929326--15929583	40	6.5	41	81	9	198	25	21	28	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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