genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27927735--27927938	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
27933157--27933246	45	2.0	45	95	0	162	35	21	7	35	1.82
27938035--27938213	40	4.6	40	77	8	170	21	27	17	32	1.96
27938151--27938229	20	4.0	20	68	6	52	20	25	20	34	1.96
27939227--27939278	27	1.9	27	84	7	70	34	11	13	40	1.81
27939290--27939473	27	6.8	26	78	5	170	29	8	19	42	1.80
27939289--27939473	54	3.4	53	80	4	192	30	8	19	42	1.80
27939300--27939470	81	2.1	81	84	6	222	30	8	19	42	1.80
27939472--27939662	80	2.4	81	88	3	269	40	7	23	28	1.82
27939472--27939662	27	7.1	27	85	3	233	40	7	23	28	1.82
27942623--27942754	46	2.9	46	91	0	201	29	28	21	21	1.98
27945140--27945189	15	3.4	15	81	13	59	62	12	16	10	1.55
27947042--27947728	344	2.0	344	98	0	1338	34	17	13	35	1.88
27948466--27948641	46	3.8	46	75	4	174	30	28	19	22	1.98
27948474--27948642	93	1.8	93	88	0	257	29	28	19	22	1.98
27960669--27960717	16	3.1	16	72	0	53	46	16	22	14	1.82
27962851--27962902	24	2.2	24	86	6	70	17	25	23	34	1.96
27972356--27972415	25	2.4	25	97	0	111	35	20	10	35	1.86
27974228--27974296	28	2.5	28	88	9	97	27	14	26	31	1.95
27986318--27986500	50	3.7	49	79	7	190	27	18	26	27	1.98
27993534--27993796	112	2.3	112	88	3	379	28	15	23	31	1.96
27993534--27993765	56	4.1	56	92	0	374	28	15	23	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27996216--27996322	37	2.9	37	92	0	169	27	30	17	24	1.97
27996471--27996654	98	1.9	96	90	6	291	29	25	8	36	1.85
27996471--27996655	48	3.8	48	89	4	282	30	25	8	36	1.85
27996673--27996746	22	3.2	22	64	23	53	25	32	13	28	1.94
27996628--27996817	47	4.1	47	85	1	211	28	29	10	31	1.90
27996628--27996817	93	2.0	94	84	1	247	28	29	10	31	1.90
28000967--28001308	40	8.8	40	88	5	515	25	27	22	24	2.00
28000967--28001308	155	2.2	156	93	2	582	25	27	22	24	2.00
28002575--28002682	37	2.9	37	94	1	182	26	30	19	23	1.98
28002832--28003004	48	3.7	47	85	9	223	30	27	6	35	1.83
28002982--28003167	47	4.0	47	90	0	273	26	29	10	32	1.90
28003067--28003138	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
28003561--28003629	1	69.0	1	89	0	102	94	4	0	1	0.37
28003561--28003629	31	2.2	31	94	0	120	94	4	0	1	0.37
28031501--28031926	47	9.3	46	76	15	347	32	8	27	31	1.86
28031490--28031926	92	4.8	92	76	16	326	32	8	27	31	1.86
28031490--28031926	48	9.5	47	77	15	277	32	8	27	31	1.86
28035817--28036006	51	3.8	48	82	6	202	28	28	18	24	1.98
28035822--28036008	101	1.9	99	85	4	259	28	29	17	24	1.97
28039550--28039696	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
28039596--28039776	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
28039593--28039776	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28047386--28047532	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
28047432--28047612	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
28047429--28047612	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
28050733--28050939	48	4.3	47	78	8	202	24	31	16	27	1.97
28054686--28054782	28	3.4	29	80	9	119	29	15	30	23	1.95
28057064--28057160	29	3.4	28	77	9	81	29	12	30	26	1.93
28061995--28062258	40	6.6	40	91	0	402	22	20	27	30	1.98
28067958--28068060	29	3.6	29	78	5	102	29	14	30	26	1.95
28071300--28071354	25	2.1	28	83	10	71	45	18	0	36	1.49
28073679--28073705	12	2.2	12	100	0	54	33	22	18	25	1.97
28079321--28079496	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
28079318--28079489	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
28086855--28087030	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
28086852--28087023	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
28091899--28091993	27	3.5	27	76	2	102	42	13	6	37	1.70
28099958--28100029	27	2.7	27	80	0	99	43	16	9	30	1.80
28099958--28100044	27	3.2	26	77	6	86	41	14	11	32	1.82
28100354--28100413	22	2.7	22	78	0	66	21	25	21	31	1.98
28100480--28100579	32	3.1	31	76	2	101	26	20	21	33	1.97
28100816--28100875	27	2.2	27	79	5	68	21	20	26	31	1.98
28101343--28101381	19	2.1	19	100	0	78	43	15	5	35	1.69
28102949--28103071	61	2.0	61	100	0	246	30	1	24	43	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28102972--28103069	32	3.2	32	65	24	91	29	2	23	44	1.64
28112923--28113116	57	3.4	56	86	1	235	28	12	24	33	1.93
28116498--28116565	26	2.6	26	81	9	93	25	17	23	33	1.96
28119288--28119352	20	3.3	20	68	10	53	46	23	13	16	1.83
28120744--28120858	23	5.0	23	89	1	176	33	20	20	26	1.97
28120913--28120979	20	3.3	20	91	0	107	32	22	11	32	1.90
28128426--28128528	23	4.4	24	86	4	140	29	21	19	30	1.97
28128433--28128527	46	2.1	46	92	4	156	30	20	20	29	1.97
28128583--28128637	20	2.8	20	100	0	110	30	20	14	34	1.92
28131726--28131861	48	2.9	48	80	3	159	20	16	30	33	1.94
28133997--28134022	13	2.0	13	100	0	52	15	15	0	69	1.20
28138758--28139270	49	10.7	49	94	2	852	29	29	8	32	1.86
28138758--28139270	145	3.6	144	94	2	863	29	29	8	32	1.86
28143123--28143537	40	10.7	40	87	7	572	27	26	20	25	1.99
28143189--28143537	190	1.8	190	96	1	646	27	27	19	24	1.99
28143224--28143516	150	2.0	150	98	0	568	28	27	18	25	1.98
28144744--28144820	35	2.1	36	85	4	102	25	32	16	24	1.96
28144940--28145352	47	8.7	47	91	2	637	29	29	8	32	1.87
28144940--28145352	96	4.3	95	92	1	641	29	29	8	32	1.87
28150720--28150875	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
28150719--28150872	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
28150720--28150875	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28150712--28150896	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
28150712--28150896	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
28158618--28158773	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
28158617--28158770	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
28158618--28158773	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
28158610--28158794	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
28158610--28158794	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
28174701--28174969	40	6.8	40	85	4	350	24	20	28	26	1.99
28174705--28174989	118	2.4	119	92	2	468	23	20	28	27	1.99
28189034--28189085	27	1.9	27	92	0	86	28	19	17	34	1.94
28189034--28189100	27	2.5	27	85	0	71	28	16	16	38	1.90
28189079--28189222	27	5.3	27	83	1	164	29	9	22	39	1.84
28189052--28189209	54	2.9	54	84	3	167	29	10	21	37	1.87
28189079--28189231	81	1.9	81	82	2	191	29	8	21	40	1.83
28189548--28189722	28	6.3	28	86	1	208	21	34	17	26	1.96
28191852--28192006	43	3.7	42	79	6	188	23	18	28	29	1.98
28195012--28195060	25	2.0	25	95	0	89	38	16	20	24	1.92
28201323--28201422	49	2.0	49	100	0	200	47	6	12	35	1.65
28201776--28201814	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
28219691--28219794	23	4.5	23	80	3	111	39	17	19	24	1.92
28222354--28222475	45	2.7	45	89	0	199	33	26	14	25	1.94
28223539--28223571	15	2.2	16	89	10	52	54	15	0	30	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28226650--28226698	22	2.2	22	96	0	89	32	26	4	36	1.75
28230056--28230222	45	3.7	45	81	4	194	35	25	13	25	1.93
28232347--28232531	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
28232328--28232531	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
28240597--28240781	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
28240578--28240781	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
28244549--28244603	11	5.5	11	71	20	57	38	10	20	30	1.87
28244530--28244603	20	3.8	20	87	10	102	37	9	18	33	1.84
28244531--28244603	39	1.9	37	86	10	103	38	9	19	32	1.84
28244653--28244800	26	5.8	26	90	2	221	26	22	22	27	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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