genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56172031--56172202	43	4.0	43	71	14	120	34	25	16	23	1.95
56180669--56180825	43	3.7	43	77	10	169	24	16	25	33	1.96
56180666--56180826	85	1.9	86	86	8	231	23	16	25	34	1.96
56183124--56183154	15	2.0	16	93	6	55	48	19	12	19	1.81
56183707--56184019	48	6.5	49	87	4	345	26	30	17	25	1.97
56183745--56184028	144	2.0	144	88	2	428	27	30	17	25	1.97
56183752--56184028	48	5.8	48	88	1	378	27	29	17	25	1.98
56189417--56189463	24	1.9	25	83	12	62	59	14	2	23	1.46
56195997--56196053	22	2.6	22	91	0	87	17	31	35	15	1.92
56198248--56198564	46	6.7	48	72	17	195	23	28	19	29	1.98
56198246--56198563	94	3.4	93	76	10	285	23	28	19	28	1.98
56198246--56198556	139	2.2	141	80	10	341	23	27	19	29	1.98
56202072--56202177	31	3.5	29	75	13	106	42	2	2	51	1.31
56202050--56202179	61	2.1	61	92	0	215	43	2	3	50	1.33
56207380--56207405	12	2.2	12	100	0	52	23	15	15	46	1.83
56208378--56208407	14	2.1	14	93	0	51	16	0	0	83	0.65
56208981--56209084	34	3.1	34	98	0	199	48	13	14	24	1.79
56217126--56217215	43	2.1	44	87	6	130	30	13	11	45	1.78
56219648--56219749	51	2.0	51	98	0	195	46	11	14	27	1.80
56225952--56225976	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
56231437--56232410	47	20.6	47	92	2	1592	29	29	7	33	1.85
56231487--56231565	25	3.3	25	69	16	85	32	29	3	34	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56231437--56232410	190	5.1	190	95	0	1731	29	29	7	33	1.85
56236193--56236252	30	2.0	30	100	0	120	40	23	10	26	1.86
56236464--56236802	40	8.5	40	91	3	549	27	28	20	23	1.99
56238217--56238621	47	8.6	47	95	1	675	28	29	8	33	1.86
56238267--56238345	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
56242418--56242477	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
56242439--56242502	33	2.0	32	84	3	83	35	20	23	20	1.96
56246372--56246411	16	2.4	17	83	4	55	80	2	0	17	0.83
56246784--56246843	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
56254972--56254996	13	1.9	13	100	0	50	16	4	16	64	1.44
56255719--56256086	46	7.8	46	76	12	229	26	16	30	25	1.97
56255676--56255887	46	4.6	46	78	9	182	28	19	29	23	1.98
56256969--56256993	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
56257007--56257044	13	2.8	14	88	4	51	78	2	7	10	1.04
56258878--56258918	20	2.0	20	95	0	73	21	41	26	9	1.84
56265171--56265473	27	11.2	27	84	1	302	39	18	9	33	1.82
56265171--56265473	54	5.6	54	84	0	347	39	18	9	33	1.82
56265496--56266068	27	21.3	27	89	1	819	33	19	21	24	1.97
56266495--56266548	22	2.5	22	76	11	65	22	24	20	33	1.97
56266718--56266819	27	3.8	27	85	7	127	18	22	21	37	1.94
56266979--56267038	6	9.8	6	77	16	61	18	20	16	45	1.86
56266956--56267029	31	2.4	31	88	2	103	18	17	14	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56271784--56271819	16	2.2	17	95	5	65	0	25	2	72	0.98
56273356--56273400	18	2.5	19	82	7	58	15	8	2	73	1.18
56273863--56273904	21	2.0	21	100	0	84	9	33	38	19	1.84
56276980--56277269	50	5.8	50	77	6	219	32	25	16	25	1.96
56283619--56283662	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
56283727--56283843	41	2.8	43	81	2	148	31	25	13	29	1.94
56287279--56287541	40	6.6	40	91	1	386	26	27	23	22	1.99
56295369--56295662	40	7.5	39	87	5	346	26	27	23	23	2.00
56309829--56309868	17	2.4	17	91	0	71	57	15	7	20	1.61
56328863--56329152	148	2.0	148	96	0	535	33	15	18	32	1.93
56334858--56334985	43	3.0	43	90	0	184	32	31	21	14	1.93
56334872--56335010	43	3.2	42	88	4	188	33	32	22	12	1.91
56334995--56335102	38	2.8	38	90	1	162	32	23	20	24	1.98
56340587--56340768	43	4.2	43	90	1	258	31	32	23	12	1.91
56340753--56340860	38	2.8	38	90	1	162	31	23	21	24	1.98
56346349--56346525	43	4.1	43	92	0	284	29	35	24	10	1.89
56346510--56346621	38	2.9	38	90	2	181	30	25	23	21	1.99
56355403--56355559	40	4.0	40	85	7	187	17	16	21	44	1.86
56358468--56358590	40	3.1	40	84	2	176	16	17	21	43	1.87
56362759--56362785	12	2.2	12	100	0	54	18	40	14	25	1.89
56362778--56362803	6	4.3	6	100	0	52	19	19	15	46	1.85
56362934--56362993	18	3.3	18	75	9	59	43	11	15	30	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56374880--56374978	28	3.7	28	74	18	86	59	4	0	36	1.16
56374895--56374978	21	3.9	22	72	12	66	61	3	0	34	1.13
56374896--56375143	14	17.9	14	67	22	107	58	1	5	33	1.31
56375071--56375135	16	4.2	16	74	18	59	58	0	3	38	1.14
56374897--56375161	10	26.4	10	64	20	74	58	1	5	33	1.32
56377634--56377817	40	4.7	40	82	7	216	25	28	22	24	1.99
56377636--56377817	79	2.3	79	83	6	217	24	28	22	24	2.00
56377634--56377817	39	4.7	40	81	8	207	25	28	22	24	1.99
56379609--56379778	39	4.3	38	80	11	166	25	21	28	25	1.99
56379556--56379778	79	2.8	78	79	9	204	25	21	27	25	1.99
56379635--56379811	78	2.2	80	81	6	193	25	21	28	24	1.99
56388876--56389057	78	2.3	81	83	8	223	24	28	23	24	2.00
56388855--56389057	40	5.1	40	81	9	229	24	28	22	24	2.00
56391208--56391338	43	3.0	42	83	4	163	30	16	22	30	1.96
56395532--56395639	26	4.2	26	91	0	180	33	7	23	36	1.83
56402438--56402574	26	5.2	26	89	2	184	33	5	24	35	1.80
56406580--56406605	9	2.9	9	100	0	52	42	0	11	46	1.40
56407130--56407202	22	3.2	23	72	20	80	36	5	12	45	1.65
56407126--56407196	23	3.1	23	73	18	85	35	7	11	46	1.67
56407532--56407570	20	1.9	20	89	5	60	23	2	7	66	1.30
56412943--56412983	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
56416500--56416560	32	1.9	32	100	0	122	45	11	8	34	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56417058--56417085	13	2.2	13	100	0	56	25	21	14	39	1.91
56417081--56417158	41	1.9	41	84	5	104	23	16	19	41	1.90
56418675--56418717	23	1.9	23	85	4	61	41	2	9	46	1.48
56420000--56420052	26	2.0	26	100	0	106	58	3	11	26	1.49
56423191--56423238	25	2.0	25	87	4	71	31	16	14	37	1.89
56424787--56424832	25	1.9	25	86	8	69	39	2	4	54	1.32
56425838--56425911	35	2.1	35	100	0	148	47	17	5	29	1.70
56427447--56427487	19	2.1	20	86	4	57	31	9	2	56	1.45
56427827--56427898	6	11.2	6	74	15	56	0	18	4	77	0.92
56429387--56429523	41	3.4	40	89	2	184	37	22	20	19	1.95
56429578--56429627	17	3.0	17	75	18	52	50	34	0	16	1.45
56438170--56438276	26	4.2	26	93	1	189	36	25	6	31	1.81
56441372--56441425	6	8.7	6	76	15	56	20	1	3	74	1.07
56441436--56441480	20	2.2	20	100	0	90	44	0	4	51	1.21
56445855--56446049	49	3.9	49	82	5	248	28	27	18	25	1.98
56445861--56446047	100	1.9	100	95	0	338	28	26	19	25	1.98
56447158--56447225	34	2.0	34	97	0	127	35	14	25	25	1.94
56447966--56448087	41	3.0	40	85	3	154	16	22	18	41	1.89
56452420--56452457	19	2.1	19	95	5	69	31	2	0	65	1.06
56452415--56452458	19	2.2	20	84	15	65	27	2	2	68	1.14
56452900--56452940	21	1.9	22	90	5	66	60	0	2	36	1.10
56453126--56453160	15	2.2	16	90	5	54	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56453346--56453381	17	2.2	17	95	5	65	25	5	0	69	1.10
56456015--56456044	15	1.9	16	93	6	53	70	0	0	30	0.88
56457383--56457444	6	9.7	6	77	16	54	22	0	1	75	0.88
56459687--56459883	105	1.9	102	83	7	254	25	24	15	34	1.95
56459773--56459852	33	2.4	32	77	6	88	26	22	15	36	1.93
56465113--56465178	13	5.6	12	72	20	59	50	13	1	34	1.51
56465113--56465187	23	3.3	23	88	0	114	50	13	1	34	1.50
56465189--56465227	18	2.2	18	85	0	51	61	10	2	25	1.41
56466995--56467219	46	4.7	48	76	13	200	25	19	30	24	1.98
56469218--56469304	44	2.0	44	100	0	174	18	11	22	47	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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