Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   

This is table  22  of  253  ( 30316 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6028360--6028512
24
6.1
25
74
18
106
52
5
7
33
1.53
6028484--6028525
15
2.8
15
82
10
59
57
11
0
30
1.35
6028635--6028674
17
2.4
17
87
8
55
55
2
2
40
1.27
6028632--6028669
19
2.0
19
89
0
58
57
0
2
39
1.12
6028776--6028842
21
3.2
20
85
8
73
61
1
5
31
1.29
6030730--6030768
17
2.3
17
86
0
51
38
2
2
56
1.27
6031287--6031517
111
2.1
109
82
7
281
30
16
19
33
1.94
6031600--6031745
44
3.3
44
92
0
238
50
11
2
36
1.51
6031783--6032062
47
6.0
47
84
9
353
63
0
11
24
1.31
6031979--6032059
21
3.6
21
73
15
72
65
0
9
24
1.23
6032052--6032099
6
8.7
6
88
6
50
70
2
8
18
1.22
6032052--6032109
22
2.6
22
83
2
62
74
1
6
17
1.12
6032057--6032116
11
5.2
11
77
16
50
75
1
6
16
1.10
6032362--6032407
18
2.4
18
92
7
74
65
0
13
21
1.26
6033169--6033486
158
2.0
158
81
6
367
32
16
19
31
1.94
6033883--6033950
5
12.4
5
76
14
55
20
17
0
61
1.34
6033882--6033936
6
9.7
6
88
4
71
18
16
0
65
1.27
6033868--6033935
24
3.0
24
83
10
72
19
16
0
64
1.29
6033919--6033958
21
1.9
21
84
0
53
27
15
2
55
1.53
6034055--6034125
23
3.0
23
70
10
63
38
12
0
49
1.41
6034239--6034294
27
2.1
27
93
0
94
26
7
0
66
1.18
6034265--6034345
21
3.6
21
68
17
56
25
8
0
65
1.21
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6034257--6034363
45
2.3
46
79
10
130
28
9
0
61
1.33
6034309--6034391
23
3.5
24
81
14
84
27
8
2
61
1.38
6034468--6034500
17
2.0
17
88
5
50
48
3
6
42
1.43
6036357--6036419
26
2.5
24
82
9
81
36
4
0
58
1.19
6036592--6036624
14
2.4
14
90
10
50
30
0
3
66
1.06
6040559--6040642
43
1.9
44
82
4
107
25
20
1
53
1.52
6040718--6040756
19
2.0
20
90
5
62
46
0
0
53
1.00
6045684--6045812
50
2.6
51
82
3
165
36
13
23
26
1.92
6046119--6046173
6
9.3
6
82
11
60
20
10
0
69
1.18
6046093--6046197
36
3.0
35
79
10
117
26
8
0
64
1.22
6046128--6046204
12
6.4
12
76
10
59
25
9
0
64
1.22
6046038--6046179
18
8.2
17
68
15
76
23
11
0
64
1.31
6047690--6047731
7
6.0
7
79
20
52
66
0
4
28
1.12
6047571--6047718
3
49.0
3
70
14
90
60
4
4
31
1.36
6047963--6048054
3
30.3
3
70
8
53
64
2
6
27
1.30
6048143--6048193
3
16.7
3
83
4
66
64
1
5
27
1.27
6049587--6049720
26
5.6
25
69
25
94
29
8
0
60
1.32
6049590--6049726
47
3.0
44
85
9
168
28
9
0
61
1.32
6049595--6049752
46
3.4
47
83
9
189
29
8
1
60
1.34
6049664--6049776
22
4.7
24
73
13
99
27
8
2
61
1.40
6049595--6049773
93
1.9
90
80
8
200
29
8
1
60
1.37
6049714--6049786
24
3.3
22
78
14
71
30
8
2
58
1.41
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6051481--6051522
22
1.9
22
95
0
75
35
23
23
16
1.95
6051593--6051713
43
2.6
46
78
15
131
28
15
0
54
1.47
6051782--6051820
20
2.1
17
86
13
51
41
0
0
58
0.98
6052171--6052199
11
2.7
11
94
5
51
27
10
6
55
1.59
6055693--6055739
20
2.3
20
82
7
60
0
25
2
72
0.96
6055707--6055793
16
5.1
16
70
22
52
0
33
1
65
1.00
6055754--6055790
17
2.2
16
90
4
56
0
35
0
64
0.94
6055760--6055843
27
3.0
27
80
15
73
0
42
0
57
0.99
6065267--6065307
20
2.0
20
85
0
55
51
0
7
41
1.30
6069286--6069335
20
2.4
21
80
12
59
40
20
12
28
1.87
6074754--6074782
14
2.1
14
100
0
58
20
0
6
72
1.07
6076713--6076760
20
2.5
20
86
3
62
64
2
6
27
1.28
6083595--6083651
29
2.0
28
83
10
71
26
0
1
71
0.95
6083711--6083773
24
2.6
24
80
7
74
39
4
0
55
1.21
6087697--6087726
14
2.1
14
93
0
51
36
6
10
46
1.64
6103132--6103886
205
3.7
205
92
1
1201
31
18
20
29
1.97
6105055--6105084
15
2.0
15
100
0
60
26
26
20
26
1.99
6105532--6105588
29
2.0
28
83
10
71
26
0
1
71
0.95
6105648--6105710
24
2.6
24
80
7
74
39
4
0
55
1.21
6115678--6115708
15
2.1
15
93
0
53
41
9
19
29
1.83
6115979--6116024
20
2.4
19
83
16
60
41
2
4
52
1.33
6120931--6121078
74
2.0
74
94
0
260
41
20
8
29
1.83
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6130569--6130611
21
2.0
21
86
0
59
34
13
25
25
1.93
6130685--6130796
23
4.9
23
75
0
98
16
15
22
46
1.83
6130683--6130796
46
2.5
46
82
0
129
17
14
21
45
1.85
6134111--6134154
19
2.3
19
84
4
52
22
4
0
72
1.02
6141484--6141513
15
2.0
15
93
0
51
50
0
10
40
1.36
6145581--6145787
52
3.9
51
79
6
200
32
16
26
24
1.96
6153254--6153421
53
3.2
50
83
5
183
33
15
25
25
1.95
6153477--6153503
13
2.1
13
100
0
54
29
14
33
22
1.94
6161638--6161740
40
2.5
40
79
1
107
32
19
18
30
1.96
6161781--6161885
40
2.6
40
77
5
113
34
20
18
27
1.95
6161935--6162118
40
4.6
40
79
5
167
30
17
19
31
1.95
6161936--6162118
81
2.3
80
83
2
233
31
18
19
31
1.95
6161510--6162040
156
3.5
155
81
8
543
32
18
19
29
1.96
6162018--6162298
153
1.8
153
85
0
391
32
18
18
30
1.95
6162170--6162278
40
2.7
40
81
5
123
28
21
20
30
1.98
6164469--6164608
43
3.3
43
84
2
147
27
17
25
29
1.98
6164626--6164675
15
3.5
15
68
15
52
12
18
36
34
1.87
6164621--6164685
27
2.4
27
94
0
121
9
16
33
40
1.81
6165154--6165273
34
3.4
34
89
4
177
41
0
13
45
1.43
6165332--6165724
125
3.1
126
82
6
492
38
14
16
30
1.89
6171854--6171916
32
2.0
32
81
12
76
31
4
23
39
1.76
6178851--6178891
21
2.0
20
85
4
55
24
0
9
65
1.22
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6178914--6178957
20
2.3
19
85
11
63
43
0
4
52
1.22
6189245--6189411
40
4.1
40
83
4
219
25
19
21
32
1.97
6189245--6189411
82
2.0
82
87
2
237
25
19
21
32
1.97
6197061--6197187
42
3.1
42
79
6
161
25
18
22
33
1.96
6197061--6197187
40
3.1
40
84
4
157
25
18
22
33
1.96
6204833--6204959
42
3.1
42
79
6
161
25
18
22
33
1.96
6204833--6204959
40
3.1
40
84
4
157
25
18
22
33
1.96
6214117--6214162
21
2.2
21
92
0
74
30
17
26
26
1.97
6214235--6214296
23
2.7
23
82
0
70
16
9
29
45
1.79
6219727--6219771
17
2.8
16
83
12
56
62
2
2
33
1.20
6220693--6220734
18
2.4
17
80
11
50
54
0
4
40
1.21
6221213--6221257
18
2.5
18
92
0
72
44
2
13
40
1.56
6224149--6224206
28
2.1
28
87
6
82
1
41
0
56
1.09
6224157--6224202
13
3.6
13
82
8
51
2
39
0
58
1.10
6224382--6224406
13
1.9
13
100
0
50
16
4
0
80
0.87
6225901--6225958
6
9.7
6
75
7
55
12
5
5
77
1.09
6229254--6229292
20
2.0
20
90
9
64
23
25
33
17
1.96
6236658--6236702
17
2.8
16
83
12
56
62
2
2
33
1.20
6237624--6237665
18
2.4
17
80
11
50
54
0
4
40
1.21
6238144--6238188
18
2.5
18
92
0
72
44
2
13
40
1.56
6241309--6241353
18
2.5
18
92
0
72
44
2
13
40
1.56
6244247--6244304
28
2.1
28
87
6
82
1
41
0
56
1.09
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
6244255--6244300
13
3.6
13
82
8
51
2
39
0
58
1.10
6244480--6244504
13
1.9
13
100
0
50
16
4
0
80
0.87
6253120--6253164
17
2.8
16
83
12
56
62
2
2
33
1.20
6254082--6254123
18
2.4
17
80
11
50
54
2
2
40
1.26
6259864--6260131
138
2.0
130
90
5
419
36
15
24
22
1.93
6259878--6260175
138
2.2
130
86
4
389
39
15
23
21
1.92
6259913--6260131
46
4.8
46
95
0
384
37
15
24
22
1.93
6259916--6260175
46
5.6
47
92
1
251
40
15
23
21
1.91
6261430--6261477
25
1.9
25
95
0
87
22
22
14
39
1.91
6265225--6265498
46
6.0
46
92
0
413
39
14
23
21
1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253