genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9797963--9798029	15	4.5	15	77	7	66	29	5	0	64	1.17
9797964--9798039	8	10.3	7	70	25	50	27	5	0	67	1.12
9797994--9798049	15	3.4	16	85	12	69	26	5	0	67	1.11
9797983--9798047	21	3.4	19	81	16	80	26	6	0	67	1.13
9797910--9798026	29	4.0	29	71	20	84	25	7	2	64	1.33
9797962--9798078	44	2.7	43	79	13	114	29	6	0	64	1.19
9800706--9800744	20	2.0	20	89	0	60	58	0	38	2	1.12
9807563--9807628	31	2.1	31	86	5	89	50	9	4	36	1.55
9814774--9814811	20	1.9	20	94	0	67	0	5	31	63	1.17
9815103--9815148	18	2.5	17	86	10	56	32	0	2	65	1.05
9815121--9815203	33	2.5	33	81	11	91	31	1	4	62	1.23
9818595--9818628	12	2.9	12	95	4	61	35	0	0	64	0.94
9819424--9819511	43	2.0	45	86	10	128	44	2	9	44	1.48
9819748--9819825	39	2.0	39	97	0	147	42	2	16	38	1.62
9821002--9821092	19	4.9	19	89	8	152	37	10	14	37	1.81
9820990--9821092	54	1.9	53	94	5	181	37	11	12	37	1.80
9821002--9821090	35	2.4	37	88	9	137	37	11	13	38	1.81
9821071--9821115	23	2.0	22	82	4	54	40	4	17	37	1.70
9830299--9830796	220	2.3	219	93	1	852	31	19	22	26	1.98
9830753--9831031	78	3.6	78	86	3	393	33	17	23	25	1.96
9831060--9831227	89	1.9	89	91	0	273	28	14	31	25	1.95
9831045--9831244	45	4.5	45	87	1	276	31	14	30	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9831594--9831684	19	4.9	19	89	8	152	37	9	14	38	1.79
9831594--9831707	35	3.0	37	84	10	133	36	8	14	39	1.78
9831594--9831707	19	5.8	22	80	17	87	36	8	14	39	1.78
9834705--9834902	41	4.8	41	82	1	220	19	22	28	29	1.98
9841378--9841416	15	2.6	15	100	0	78	20	23	33	23	1.97
9842607--9842637	12	2.6	12	100	0	62	9	25	51	12	1.70
9848063--9848207	40	3.6	40	79	8	168	22	27	24	25	2.00
9848027--9848207	81	2.3	79	82	2	211	23	25	24	26	2.00
9848802--9848890	38	2.4	38	98	1	171	32	25	14	26	1.95
9856161--9856343	78	2.3	81	85	6	241	23	28	23	24	2.00
9856127--9856343	39	5.6	38	79	8	208	23	27	23	25	2.00
9856939--9857028	38	2.4	38	98	0	171	33	25	14	26	1.94
9858961--9859016	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
9860501--9860553	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
9864610--9864645	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
9865492--9865564	36	2.0	36	97	0	137	35	16	5	42	1.71
9865878--9865936	23	2.5	24	82	17	72	44	1	1	52	1.21
9873544--9873625	24	3.4	24	81	5	103	28	20	19	31	1.97
9873557--9873628	23	3.1	23	82	9	92	29	20	20	29	1.98
9873833--9874007	25	7.4	24	87	7	216	28	23	20	28	1.99
9873350--9873913	287	2.0	280	94	4	999	30	27	17	24	1.97
9873840--9874006	23	7.1	23	85	8	221	29	22	20	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9874053--9874123	20	3.5	20	90	0	115	32	22	11	33	1.90
9875289--9875338	26	1.9	26	88	8	75	22	26	24	28	1.99
9875287--9875359	26	2.8	25	72	17	67	21	20	21	35	1.96
9875377--9875678	27	11.3	27	77	7	197	31	9	20	39	1.84
9875377--9875620	110	2.3	107	79	5	240	31	9	19	39	1.83
9875483--9875619	53	2.6	54	83	9	181	32	7	19	40	1.79
9875702--9875800	27	3.7	26	81	5	90	30	12	18	39	1.87
9878672--9878829	25	6.8	24	79	15	165	28	21	21	28	1.99
9878873--9878940	19	3.4	21	82	15	90	33	17	11	36	1.86
9878972--9879020	25	2.0	25	87	0	71	26	16	24	32	1.96
9879039--9879107	24	3.0	24	79	16	92	34	21	10	33	1.87
9879056--9879113	20	3.0	20	92	2	100	34	20	10	34	1.87
9878862--9879204	176	2.0	166	92	7	564	32	17	13	35	1.90
9880471--9880887	27	15.4	27	71	10	208	31	10	18	38	1.85
9880453--9880878	54	7.9	54	72	8	238	30	10	19	39	1.85
9880574--9880878	81	3.8	80	77	6	285	31	10	19	38	1.85
9888475--9888540	18	3.7	18	97	0	123	34	13	12	39	1.82
9888968--9889306	72	4.7	71	82	4	378	25	7	14	52	1.66
9888973--9889251	145	1.9	144	86	3	391	22	7	15	54	1.65
9892245--9892296	26	2.0	26	92	0	86	44	5	9	40	1.61
9894666--9894836	93	1.8	93	92	2	290	28	27	21	22	1.99
9894658--9894832	46	3.8	45	78	10	201	29	28	21	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9897416--9897588	46	3.8	45	72	14	147	32	27	19	20	1.96
9897423--9897595	93	1.9	93	88	2	267	31	27	20	20	1.97
9899897--9899946	26	1.9	26	95	0	91	46	2	14	38	1.56
9902013--9902062	26	1.9	26	95	0	91	46	2	14	38	1.56
9906221--9906269	25	2.0	25	95	0	89	46	2	12	38	1.53
9908329--9908377	25	2.0	25	95	0	89	46	2	12	38	1.53
9910432--9910481	26	1.9	26	95	0	91	46	2	14	38	1.56
9912543--9912593	26	2.0	26	92	0	84	49	1	13	35	1.54
9913755--9913806	26	2.0	26	96	0	95	40	5	11	42	1.65
9915787--9915898	27	4.2	26	79	7	116	35	22	25	16	1.95
9915787--9915898	54	2.1	54	83	3	136	35	22	25	16	1.95
9918429--9918512	26	3.2	25	91	6	132	33	4	23	38	1.76
9919997--9920049	26	2.0	26	85	7	72	37	20	13	28	1.90
9922263--9922312	26	1.9	26	95	0	91	50	2	10	38	1.48
9921514--9922405	453	2.0	451	90	1	1421	33	14	15	37	1.88
9925468--9926038	283	2.0	281	91	1	919	32	19	10	37	1.86
9926136--9926186	26	2.0	26	88	0	75	45	5	7	41	1.57
9929046--9929096	27	1.9	26	88	4	75	25	1	0	72	0.95
9929179--9929226	15	3.0	16	78	9	53	31	4	0	64	1.12
9929134--9929249	23	4.9	24	73	15	91	33	4	1	60	1.26
9929300--9929396	5	19.0	5	70	19	58	37	1	3	58	1.20
9929300--9929366	14	4.9	14	80	10	75	37	0	2	59	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9929303--9929381	21	3.8	21	77	12	74	35	1	2	60	1.18
9933434--9933476	15	2.9	15	80	16	54	23	25	11	39	1.88
9941430--9941908	88	5.5	86	65	15	250	33	19	18	27	1.96
9941511--9941783	87	3.1	87	68	14	254	35	18	18	28	1.94
9941372--9941967	175	3.4	174	89	1	854	34	18	18	28	1.95
9943097--9943129	11	2.8	12	86	9	50	39	6	9	45	1.61
9943610--9943664	22	2.5	22	84	3	65	25	3	3	67	1.23
9943724--9943754	3	10.7	3	93	6	55	32	0	0	67	0.91
9943854--9943952	14	7.4	14	76	15	93	36	1	3	59	1.20
9943857--9943952	11	8.3	12	67	23	55	36	1	3	59	1.20
9943724--9943897	14	12.3	15	65	18	63	31	6	1	60	1.31
9943857--9943952	24	3.6	26	72	19	74	36	1	3	59	1.20
9943854--9943922	9	7.3	9	71	20	52	36	0	2	60	1.11
9943854--9943930	21	3.8	21	71	26	67	36	1	2	59	1.19
9943725--9943952	28	8.2	28	68	23	119	32	5	1	59	1.31
9945915--9945966	26	2.0	26	100	0	104	42	7	11	38	1.70
9947160--9947187	14	2.0	14	100	0	56	50	21	7	21	1.72
9947350--9947396	24	1.9	25	82	4	60	38	19	4	38	1.71
9948527--9948600	20	3.7	20	83	0	85	36	25	24	13	1.92
9948521--9948599	40	2.0	40	84	0	104	36	25	24	13	1.92
9951951--9952088	40	3.5	40	91	4	201	23	28	23	23	2.00
9959922--9960153	40	5.5	40	78	15	227	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9960030--9960060	14	2.2	14	100	0	62	25	35	16	22	1.94
9959990--9960100	54	2.1	54	100	0	222	27	29	20	22	1.99
9959955--9960140	94	2.0	94	93	2	320	27	28	20	23	1.99
9965000--9965041	21	2.0	21	90	0	66	4	0	50	45	1.23
9969980--9970044	18	3.6	18	79	8	60	40	16	12	30	1.86
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9978338--9978409	24	3.0	24	81	6	83	30	20	20	27	1.98
9978459--9978525	20	3.3	20	87	0	98	34	22	11	31	1.90
9978509--9978542	17	1.9	18	88	5	52	32	26	5	35	1.81
9986137--9986200	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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