genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70257264--70257427	78	2.1	78	82	5	190	26	29	21	21	1.99
70257302--70257427	39	3.2	39	91	0	198	27	29	20	22	1.98
70266113--70266147	15	2.2	16	90	5	54	31	28	2	37	1.72
70268818--70268899	41	2.0	41	92	0	137	37	28	10	23	1.88
70276952--70276997	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
70276959--70277003	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
70284431--70284462	17	1.9	17	93	6	57	28	21	18	31	1.97
70284750--70284795	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
70284757--70284801	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
70287938--70287987	20	2.5	20	78	12	59	48	26	14	12	1.78
70291108--70291214	23	4.7	23	77	13	105	18	26	18	36	1.94
70291108--70291167	22	2.7	22	89	2	84	16	25	20	38	1.93
70291111--70291214	46	2.3	45	85	8	131	18	26	19	35	1.95
70294852--70294876	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
70299909--70299956	27	1.9	25	84	16	64	70	2	18	8	1.22
70300020--70300067	22	2.2	23	85	7	64	39	0	4	56	1.19
70300079--70300142	17	3.8	17	76	14	53	23	3	3	70	1.16
70303561--70303957	149	2.6	151	87	3	557	35	12	22	28	1.91
70307079--70307117	18	2.2	17	86	4	51	71	2	0	25	0.98
70308118--70308187	34	2.1	34	94	0	122	21	14	11	52	1.72
70308265--70308327	29	2.2	29	85	2	83	46	14	11	28	1.78
70308622--70308663	17	2.4	17	92	4	66	26	9	0	64	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70310844--70310901	26	2.2	26	93	0	98	27	34	12	25	1.91
70316009--70316038	7	4.1	7	95	4	51	26	0	13	60	1.34
70319046--70319117	22	3.2	22	82	4	90	51	18	1	29	1.54
70325886--70325967	26	3.2	26	91	0	137	29	7	25	37	1.83
70332838--70332893	26	2.2	26	96	0	103	30	7	25	37	1.82
70336441--70336605	61	2.7	61	75	3	163	40	3	12	43	1.60
70337107--70337135	12	2.3	13	94	5	51	31	0	6	62	1.22
70338637--70338667	15	2.0	16	93	6	55	29	0	6	64	1.18
70338772--70338910	55	2.5	55	86	0	215	26	7	15	49	1.72
70339683--70339812	9	14.1	9	71	13	77	66	0	2	30	1.10
70339694--70339803	19	5.9	18	72	13	71	64	0	2	31	1.14
70339683--70339812	28	4.7	26	73	16	84	66	0	2	30	1.10
70339740--70339813	19	3.9	19	72	15	64	63	1	2	32	1.17
70340047--70340151	10	10.7	10	71	18	62	32	5	1	60	1.31
70340013--70340128	59	2.0	59	85	10	157	30	7	1	60	1.35
70340086--70340168	19	4.3	18	75	17	78	30	3	4	61	1.34
70340086--70340168	10	8.7	9	72	16	60	30	3	4	61	1.34
70349791--70349952	79	2.1	79	96	0	297	34	12	11	41	1.79
70354855--70354901	20	2.3	22	75	17	55	0	29	0	70	0.88
70354974--70355066	39	2.5	35	77	16	91	45	5	0	49	1.25
70356602--70356645	15	2.8	17	74	19	51	22	22	0	54	1.45
70356587--70356672	43	2.0	43	86	0	118	23	22	2	52	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70357342--70357384	19	2.3	18	80	4	50	34	18	0	46	1.50
70357773--70357811	5	7.8	5	88	0	51	0	12	5	82	0.83
70357773--70357815	15	2.9	15	89	3	61	0	11	6	81	0.87
70371172--70371253	28	3.0	27	75	13	78	76	3	13	6	1.10
70371422--70371447	11	2.4	11	100	0	52	46	0	23	30	1.53
70371485--70371641	71	2.2	71	82	8	185	46	1	14	38	1.52
70372341--70372391	16	3.3	15	81	8	66	23	13	15	47	1.82
70373383--70373489	55	1.9	55	90	3	171	38	7	30	23	1.82
70375608--70375641	16	2.1	16	88	0	50	44	2	32	20	1.67
70380272--70380607	131	2.6	130	79	1	339	33	14	14	38	1.86
70383746--70383789	17	2.7	16	79	6	52	29	11	13	45	1.79
70388172--70388213	17	2.3	18	80	8	50	7	26	0	66	1.17
70390819--70391028	71	3.0	70	75	6	190	29	18	23	29	1.97
70390825--70391055	71	3.3	68	72	12	189	29	18	22	29	1.97
70396941--70396973	15	2.2	15	94	0	57	27	12	36	24	1.91
70400501--70400532	14	2.1	16	88	11	50	43	0	3	53	1.16
70404978--70405018	20	2.0	20	95	0	73	73	0	7	19	1.07
70404981--70405025	20	2.2	20	84	4	54	75	0	11	13	1.05
70406662--70406699	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
70410052--70410076	10	2.5	10	100	0	50	64	0	16	20	1.30
70411026--70411101	33	2.3	33	93	0	125	14	7	32	44	1.74
70411041--70411110	33	2.1	33	83	0	86	20	8	31	40	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70417235--70418619	698	2.0	698	96	0	2538	33	20	11	34	1.89
70418616--70418870	55	4.8	53	81	9	229	21	24	17	36	1.94
70418663--70418863	108	1.8	110	88	4	309	22	24	17	35	1.95
70419922--70419964	19	2.3	19	91	0	68	46	32	6	13	1.71
70422359--70422952	131	4.5	130	78	5	577	26	18	20	34	1.96
70422397--70422952	263	2.1	262	82	3	672	26	19	20	34	1.96
70434263--70434793	132	4.0	132	88	1	769	27	18	26	27	1.98
70437592--70438050	131	3.5	128	80	6	458	27	18	20	33	1.96
70444772--70444802	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
70444769--70444808	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
70444882--70444926	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
70444994--70445247	55	4.8	54	81	8	274	21	25	17	36	1.94
70445041--70445240	108	1.8	109	88	5	307	22	25	17	34	1.96
70450172--70450247	33	2.3	33	95	0	134	13	7	34	44	1.72
70450187--70450256	33	2.1	33	89	0	104	17	8	34	40	1.80
70450338--70450397	29	2.1	29	100	0	120	41	0	18	40	1.50
70450883--70450990	26	4.2	26	91	0	171	34	6	23	36	1.80
70462330--70462398	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
70462321--70462407	30	3.0	30	81	9	99	10	17	16	56	1.67
70478194--70478220	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
70478593--70478631	5	7.6	5	83	16	53	82	0	0	17	0.68
70482619--70482645	14	1.9	14	100	0	54	37	0	3	59	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70499170--70502919	624	6.0	625	99	0	7238	35	15	13	35	1.86
70503794--70503827	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
70507977--70508046	34	2.1	34	97	0	131	64	4	8	22	1.40
70508058--70508095	20	1.9	19	89	5	58	73	2	7	15	1.17
70515780--70515957	89	2.0	89	95	0	320	29	21	11	37	1.89
70516940--70516993	15	3.5	15	78	16	58	44	5	7	42	1.55
70519100--70519214	26	4.6	25	75	8	83	17	26	23	33	1.96
70519101--70519248	74	2.0	77	81	9	180	18	25	22	33	1.97
70519266--70519363	25	4.0	23	73	11	70	22	24	17	35	1.95
70524989--70525293	25	12.2	25	75	6	287	22	14	26	36	1.93
70524989--70525297	50	6.2	50	84	4	363	22	14	26	36	1.93
70529530--70529645	61	1.9	58	87	5	169	51	4	2	41	1.35
70529619--70529672	20	2.9	18	75	20	58	51	1	1	44	1.22
70530819--70530865	24	2.0	24	100	0	94	31	25	17	25	1.97
70536889--70536954	34	1.9	34	84	0	87	25	22	24	27	2.00
70540195--70540223	13	2.1	14	93	6	51	17	0	37	44	1.49
70548003--70548035	14	2.3	15	89	5	50	84	0	0	15	0.61
70554107--70554164	22	2.6	22	77	0	53	22	24	13	39	1.90
70555167--70555217	18	2.8	19	76	8	61	37	21	21	19	1.95
70555576--70555649	27	2.7	27	85	8	96	24	18	18	37	1.94
70555631--70555758	27	4.7	27	80	7	116	32	13	14	39	1.85
70555631--70555757	54	2.4	54	87	2	166	33	13	14	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70557085--70557109	12	2.1	12	100	0	50	52	8	32	8	1.60
70562012--70562076	17	3.5	18	72	18	53	32	3	1	63	1.19
70570254--70570417	43	3.8	43	84	5	199	27	15	25	32	1.95
70581958--70581992	7	5.0	7	100	0	70	42	0	0	57	0.99
70584035--70584193	41	3.7	43	75	15	146	25	25	20	27	1.99
70584028--70584238	89	2.4	90	81	2	228	27	25	19	27	1.99
70585268--70585320	26	2.0	26	92	0	88	26	7	20	45	1.78
70589253--70589281	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
70598928--70598976	19	2.5	19	81	18	64	26	10	10	53	1.66
70599455--70599506	25	2.1	25	89	7	79	42	21	9	26	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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