genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.187.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61049416--61049494	29	2.7	30	78	13	101	29	30	13	26	1.94
61057390--61057457	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
61057559--61057637	29	2.7	30	80	13	101	29	29	16	25	1.97
61073959--61074175	40	5.5	40	80	8	203	23	22	28	25	1.99
61073959--61074149	80	2.4	79	84	6	235	21	22	29	26	1.99
61073959--61074175	79	2.7	80	78	10	232	23	22	28	25	1.99
61073959--61074175	119	1.8	119	81	7	271	23	22	28	25	1.99
61075863--61075895	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
61078768--61078870	18	6.3	17	80	18	87	76	0	2	19	0.97
61078760--61078871	23	4.8	21	77	17	98	76	0	3	18	0.98
61078806--61078862	9	6.2	9	82	17	73	80	0	0	19	0.71
61078760--61078871	5	21.2	5	80	13	95	76	0	3	18	0.98
61082905--61082937	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
61084405--61084436	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
61093574--61093632	23	2.6	23	94	0	109	16	27	30	25	1.97
61095688--61095837	43	3.5	43	78	12	148	34	26	14	24	1.94
61101121--61101303	79	2.3	81	83	7	223	24	28	22	24	1.99
61101100--61101303	40	5.1	40	80	8	220	24	28	22	25	1.99
61109202--61109382	40	4.6	40	80	6	190	25	27	21	25	1.99
61112732--61112885	43	3.6	42	80	7	141	30	24	18	26	1.98
61120229--61120281	22	2.4	22	90	0	88	20	41	24	13	1.88
61125042--61125089	20	2.3	21	89	3	71	18	47	18	14	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61126001--61126033	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
61130933--61131048	41	2.8	41	80	8	128	29	13	26	30	1.94
61133727--61133843	57	2.1	57	100	0	234	40	17	11	30	1.85
61136543--61136653	43	2.6	42	83	4	143	22	18	26	33	1.96
61149162--61149270	43	2.5	43	83	2	139	31	17	21	30	1.96
61152140--61152171	16	2.0	16	93	0	55	50	34	6	9	1.60
61153326--61153360	16	2.2	16	89	0	52	51	14	14	20	1.76
61153571--61153688	29	4.1	29	87	0	164	30	11	25	32	1.92
61158151--61158230	29	2.8	29	92	0	133	31	12	26	30	1.93
61165251--61165297	23	2.2	22	85	11	62	29	8	8	53	1.61
61180094--61180504	47	8.7	47	94	1	691	32	8	30	28	1.87
61180623--61180701	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
61181913--61182299	79	4.9	80	92	3	624	25	21	27	25	1.99
61181913--61182299	118	3.3	117	91	4	616	25	21	27	25	1.99
61181913--61182299	40	9.8	40	90	3	624	25	21	27	25	1.99
61186120--61186340	47	4.7	47	90	1	318	32	9	31	27	1.88
61186167--61186245	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
61186460--61186538	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
61189430--61189459	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
61198725--61198897	46	3.8	46	76	13	185	21	20	28	28	1.98
61206258--61206433	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
61206255--61206426	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61212138--61212172	7	4.7	7	86	13	52	42	0	0	57	0.99
61218099--61218154	8	6.8	8	77	18	53	83	0	14	1	0.72
61218097--61218145	13	3.8	13	84	10	57	83	0	14	2	0.73
61218098--61218152	13	3.9	14	73	15	51	83	0	14	1	0.73
61218100--61218154	21	2.6	21	88	8	85	83	0	14	1	0.73
61218100--61218161	20	3.0	20	79	9	70	77	0	19	3	0.90
61219005--61219236	119	1.9	119	94	1	412	33	17	19	29	1.95
61219164--61219319	83	1.9	83	85	2	215	32	17	19	29	1.95
61219062--61219438	202	1.9	202	90	1	612	34	17	18	29	1.94
61219247--61219557	119	2.6	119	89	0	451	32	16	19	31	1.94
61219004--61219601	321	1.9	321	96	0	1097	33	16	19	29	1.94
61219485--61219749	83	3.2	83	85	2	329	35	16	21	27	1.94
61224485--61224553	27	2.5	27	95	2	120	31	28	13	26	1.93
61241310--61241361	15	3.5	15	81	2	61	46	0	3	50	1.20
61241595--61241625	14	2.2	14	100	0	62	6	19	16	58	1.59
61244287--61244467	40	4.6	40	82	4	197	24	26	24	24	2.00
61244287--61244467	81	2.3	79	83	2	211	24	26	24	24	2.00
61245656--61245731	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
61250429--61250645	46	4.7	45	75	13	158	23	30	18	27	1.98
61253683--61253751	35	2.0	35	91	5	113	17	20	23	39	1.92
61253692--61253836	75	1.9	74	84	4	193	22	20	19	37	1.95
61267636--61267906	45	6.1	45	86	4	347	24	19	29	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61267646--61267906	89	3.0	89	84	5	352	24	19	28	26	1.99
61270798--61270852	20	2.6	21	77	16	60	70	7	5	16	1.28
61271005--61271048	3	14.7	3	95	0	79	63	0	2	34	1.07
61271991--61272023	4	8.5	4	86	6	50	27	0	0	72	0.85
61274097--61274226	46	2.8	48	83	10	180	27	22	29	20	1.99
61274284--61274452	46	3.6	48	77	7	141	27	20	27	24	1.99
61274282--61274407	49	2.7	46	80	3	135	27	19	28	24	1.98
61275840--61275990	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
61295935--61296084	41	3.7	41	83	1	212	21	23	27	28	1.99
61304048--61304153	40	2.6	41	74	7	117	22	24	27	25	2.00
61306300--61306345	23	2.0	23	100	0	92	39	13	34	13	1.83
61317136--61317255	47	2.6	46	84	6	143	28	15	30	25	1.96
61317130--61317400	48	5.8	47	73	12	193	26	17	29	26	1.97
61321160--61321209	22	2.2	24	79	13	61	26	20	24	30	1.98
61323976--61324009	16	2.1	16	94	0	59	52	20	8	17	1.71
61328094--61328143	22	2.3	22	78	0	55	24	2	6	68	1.23
61328207--61328249	17	2.5	17	81	7	52	27	2	0	69	1.00
61329002--61329050	21	2.3	21	92	0	80	20	8	24	46	1.77
61330078--61330190	19	5.9	19	74	17	92	27	1	4	66	1.21
61335464--61335707	124	2.0	124	95	0	443	32	14	14	38	1.87
61340424--61340523	50	2.0	50	100	0	200	40	14	8	38	1.75
61356190--61356223	7	4.9	7	92	0	59	17	29	8	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61356187--61356223	14	2.6	14	95	0	65	18	27	8	45	1.77
61356205--61356317	44	2.6	44	90	2	165	28	23	15	32	1.95
61362298--61362349	17	3.3	17	65	29	51	23	36	26	13	1.92
61362285--61362372	30	2.9	30	94	3	151	22	35	28	13	1.92
61363443--61363534	48	1.9	48	95	0	166	32	31	13	22	1.92
61368079--61368151	30	2.4	30	90	0	110	20	36	24	17	1.94
61369891--61370262	48	7.7	48	75	3	309	26	27	19	26	1.99
61369937--61370264	96	3.4	96	85	1	426	26	28	18	25	1.98
61369891--61370258	144	2.5	143	83	3	425	26	27	19	26	1.99
61379099--61379158	10	6.6	9	74	16	52	66	1	3	28	1.17
61379135--61379221	32	2.8	32	79	10	99	57	0	8	34	1.28
61379198--61379241	20	2.2	20	80	15	56	61	0	4	34	1.16
61379208--61379267	26	2.2	26	85	11	77	63	0	6	30	1.20
61379208--61379268	27	2.2	28	85	8	81	63	0	6	29	1.19
61379641--61379699	11	5.5	11	76	9	59	32	0	0	67	0.91
61379640--61379748	20	5.3	20	70	19	82	33	2	0	63	1.09
61379641--61379706	33	2.1	31	88	5	96	33	0	0	66	0.92
61379652--61379735	10	8.6	9	75	18	53	35	2	0	61	1.09
61379635--61379748	21	5.6	20	66	22	67	34	3	0	62	1.12
61383702--61383749	25	1.9	25	86	0	69	31	8	27	33	1.86
61383927--61383975	22	2.2	23	85	3	64	30	30	6	32	1.82
61383462--61384027	287	2.0	287	99	0	1114	28	19	19	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61383989--61384079	25	3.6	25	85	4	103	30	7	24	37	1.83
61388585--61388669	22	3.8	22	76	3	89	34	14	20	31	1.92
61388617--61388683	23	3.0	23	77	4	82	37	11	19	31	1.88
61388593--61388695	45	2.3	45	89	0	170	37	14	17	30	1.90
61388990--61389056	33	2.0	33	91	0	107	32	7	32	26	1.84
61389296--61389336	17	2.4	17	83	0	55	29	7	17	46	1.74
61389375--61389443	18	3.8	18	78	0	66	23	11	17	47	1.80
61396511--61396575	33	2.0	32	85	8	87	30	21	23	24	1.99
61401991--61402033	22	1.9	23	90	4	70	20	2	53	23	1.57
61404491--61404535	21	2.1	21	100	0	90	24	13	24	37	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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