genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67781225--67781274	25	2.0	25	88	0	73	4	30	4	62	1.32
67784470--67784522	15	3.2	15	80	17	52	54	1	1	41	1.22
67784553--67784591	20	2.0	20	94	0	69	48	0	2	48	1.15
67784690--67784729	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
67784678--67784744	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
67784713--67784752	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
67785874--67785968	47	2.0	47	95	0	172	54	1	16	27	1.49
67787489--67787515	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
67792519--67792567	26	2.0	26	88	8	75	30	0	6	63	1.19
67795844--67795884	19	2.2	19	95	0	73	41	17	4	36	1.71
67798238--67798531	53	5.8	52	79	9	263	25	15	27	30	1.96
67805784--67805828	8	5.4	8	87	10	63	64	0	0	35	0.94
67805784--67805827	13	3.4	13	84	12	63	63	0	0	36	0.95
67805927--67806019	42	2.2	42	96	0	168	22	30	33	13	1.93
67808813--67808974	54	3.0	53	80	3	182	27	12	26	33	1.93
67819017--67819069	8	6.4	8	89	8	79	64	0	0	35	0.94
67819024--67819082	13	4.7	12	82	14	66	64	0	1	33	1.04
67821591--67821778	53	3.6	53	84	0	227	28	14	25	31	1.95
67821634--67821797	53	3.1	53	83	0	159	29	15	24	31	1.95
67821776--67821867	47	2.0	46	81	10	107	30	13	22	33	1.92
67822224--67822280	18	3.4	18	72	18	68	38	24	15	21	1.92
67822226--67822292	32	2.1	32	100	0	134	37	26	13	22	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67828966--67829002	8	4.6	8	96	0	65	54	18	24	2	1.57
67834348--67834378	14	2.2	14	94	0	53	38	3	0	58	1.15
67840882--67841039	43	3.7	43	81	5	160	31	25	18	24	1.97
67851882--67851958	24	3.2	24	84	1	100	42	2	35	19	1.65
67855843--67855969	35	3.6	35	84	2	166	30	11	25	33	1.90
67868020--67868045	8	3.2	8	100	0	52	50	0	23	26	1.50
67868157--67868223	24	2.8	24	81	0	71	49	1	31	17	1.56
67871750--67871784	16	2.2	16	94	0	61	14	25	0	60	1.35
67874030--67874078	17	2.9	16	76	11	53	46	10	0	42	1.37
67877768--67877805	20	1.9	20	94	0	67	2	2	28	65	1.19
67886364--67886439	6	12.5	6	90	2	107	0	61	0	38	0.96
67886362--67886449	43	2.1	42	89	6	133	2	56	0	40	1.11
67892602--67892647	22	2.1	22	100	0	92	32	4	32	30	1.77
67893728--67894553	412	2.0	412	97	0	1553	32	11	17	38	1.86
67897232--67897300	28	2.4	29	79	11	81	36	1	4	57	1.27
67898033--67898135	53	2.0	52	90	1	161	23	15	15	45	1.84
67899397--67899453	15	3.5	15	71	17	51	50	0	1	47	1.11
67900948--67901001	27	2.0	28	82	10	67	64	1	1	31	1.14
67914815--67914842	14	2.0	14	100	0	56	78	0	14	7	0.95
67917408--67917475	6	11.7	6	87	6	68	0	41	0	58	0.98
67917408--67917475	12	5.8	12	84	10	79	0	41	0	58	0.98
67917408--67917464	3	19.7	3	78	7	64	0	40	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67922649--67922693	13	3.5	13	82	11	56	35	0	28	35	1.58
67926649--67926673	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
67926640--67926691	17	3.1	17	83	8	70	32	0	0	67	0.91
67930756--67930789	15	2.2	16	90	10	54	23	0	8	67	1.18
67936348--67936447	39	2.5	40	83	6	132	12	30	22	36	1.90
67936348--67936439	20	4.7	20	76	12	91	11	30	20	36	1.89
67952714--67952752	20	2.0	20	89	0	60	51	2	10	35	1.50
67965795--67966014	46	4.7	46	75	11	157	27	18	30	24	1.98
67965844--67966060	47	4.6	47	78	11	164	27	18	30	23	1.98
67969757--67970060	46	6.6	46	76	13	293	27	30	21	21	1.98
67969749--67970061	91	3.4	92	86	5	413	27	30	21	20	1.98
67990675--67990700	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
68003024--68003263	67	3.6	67	80	2	214	26	25	14	33	1.94
68003140--68003289	67	2.2	66	81	9	171	30	21	14	34	1.92
68009565--68009662	44	2.2	44	85	0	133	29	28	17	24	1.97
68009674--68009840	46	3.6	48	85	6	211	22	29	18	29	1.98
68009674--68009849	94	1.9	94	86	4	257	23	29	17	28	1.97
68018508--68018578	30	2.6	27	91	8	108	43	0	19	36	1.51
68018506--68018566	30	2.0	30	100	0	122	44	0	22	32	1.54
68018533--68018708	55	3.2	55	91	4	300	44	2	11	40	1.55
68018741--68018997	125	2.0	126	86	2	356	36	16	19	27	1.93
68022321--68022365	21	2.2	20	84	4	54	8	13	44	33	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68024394--68024436	22	2.0	22	82	13	54	53	6	16	23	1.67
68024430--68024472	11	4.0	10	88	8	59	41	0	30	27	1.56
68033945--68033991	21	2.3	21	85	3	60	36	0	10	53	1.36
68034345--68034405	31	2.0	30	87	3	86	54	9	1	34	1.44
68036701--68036734	17	2.1	17	88	5	52	47	2	0	50	1.16
68037233--68037257	12	2.1	12	100	0	50	60	0	24	16	1.36
68040534--68040575	21	2.0	22	85	4	59	14	7	4	73	1.21
68040519--68040575	22	2.6	23	72	8	55	17	5	7	70	1.29
68049278--68049327	10	5.0	10	86	13	68	20	8	2	70	1.23
68054467--68054624	3	52.7	3	70	16	71	63	3	5	27	1.32
68054871--68054951	3	28.3	3	78	9	55	61	3	4	29	1.34
68054924--68054948	13	1.9	13	100	0	50	72	0	4	24	1.02
68055557--68055610	15	3.7	15	79	11	51	79	0	12	7	0.92
68056323--68056391	5	13.8	5	74	21	56	23	1	0	75	0.89
68056331--68056391	8	6.9	8	76	23	52	24	1	0	73	0.92
68056330--68056405	39	1.9	39	84	10	102	26	1	2	69	1.09
68058353--68058402	10	5.0	10	80	9	66	22	10	2	66	1.32
68061796--68061825	15	2.0	15	100	0	60	33	13	20	33	1.91
68062899--68062968	29	2.4	27	77	13	77	37	21	14	27	1.92
68062983--68063158	29	6.0	30	78	6	164	41	17	13	27	1.87
68062939--68063152	58	3.6	58	77	5	214	42	16	13	27	1.86
68065507--68065675	43	3.9	44	74	7	141	30	13	22	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68070027--68070105	27	3.0	26	83	3	95	25	17	17	39	1.92
68070027--68070117	27	3.4	26	78	6	92	25	18	17	38	1.92
68077187--68077277	27	3.4	26	83	6	110	25	23	16	35	1.95
68078107--68078184	41	1.9	41	89	0	120	39	14	15	30	1.87
68084605--68084815	113	1.9	113	94	0	377	33	18	11	36	1.87
68085032--68085091	6	10.0	6	88	0	75	11	0	21	66	1.23
68085036--68085091	12	4.7	12	88	0	85	10	0	21	67	1.20
68085054--68085088	3	11.7	3	93	0	61	2	0	28	68	1.04
68090033--68090078	16	2.8	16	83	3	56	6	6	8	78	1.10
68098941--68099086	53	2.7	53	88	4	195	30	28	14	26	1.95
68102976--68103117	55	2.6	55	75	0	140	15	30	27	26	1.96
68113553--68113599	24	2.0	24	82	0	58	36	2	4	57	1.30
68114943--68114969	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
68115139--68115176	5	7.8	5	91	5	60	42	21	21	15	1.89
68115899--68116002	50	2.1	50	100	0	208	19	5	33	41	1.75
68120423--68120451	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
68132482--68132547	25	2.6	25	78	0	69	22	25	16	34	1.95
68135442--68135478	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
68137632--68137996	46	8.0	46	88	2	457	39	15	23	21	1.91
68137632--68138019	137	2.8	137	85	3	476	39	15	22	21	1.91
68137633--68137996	183	2.0	184	85	2	491	39	15	23	21	1.91
68146045--68146086	20	2.1	20	100	0	84	42	28	14	14	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68149829--68150037	28	7.5	28	75	6	147	28	19	20	31	1.97
68149829--68150037	84	2.5	84	79	1	231	28	19	20	31	1.97
68152636--68152719	39	2.2	39	97	0	159	39	27	4	28	1.77
68153962--68153996	18	1.9	18	94	0	61	45	11	14	28	1.79
68180030--68180098	36	1.9	36	88	5	104	26	13	28	31	1.93
68188126--68188491	45	7.8	45	72	10	243	32	15	20	30	1.94
68188170--68188387	96	2.3	95	86	2	303	33	15	19	32	1.93
68188413--68188504	44	2.1	44	87	0	130	33	19	19	27	1.96
68190241--68190274	15	2.2	16	89	5	52	26	2	0	70	1.01
68190247--68190295	15	3.6	14	79	17	50	26	4	0	69	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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