genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22815729--22815900	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	29	1.98
22820776--22820963	40	4.7	40	80	10	215	25	27	21	25	2.00
22821571--22821638	34	2.0	34	100	0	136	35	35	11	17	1.87
22823900--22823997	48	2.0	48	100	0	196	42	12	16	28	1.84
22823903--22823981	25	3.2	25	68	13	83	39	12	15	32	1.85
22837532--22837656	57	2.2	57	86	2	171	36	22	12	29	1.90
22837529--22837630	28	3.6	28	86	2	150	35	22	11	30	1.90
22837532--22837656	29	4.4	28	79	9	128	36	22	12	29	1.90
22844780--22844907	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
22844779--22844907	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
22846895--22847003	37	2.9	37	95	0	191	26	31	19	22	1.98
22847153--22847299	50	3.0	50	93	3	244	29	24	8	37	1.84
22847258--22847402	47	3.1	47	90	2	222	26	29	11	32	1.92
22851523--22851832	40	7.8	40	94	1	543	25	28	21	24	1.99
22851523--22851832	79	3.9	80	96	1	543	25	28	21	24	1.99
22851523--22851832	119	2.6	119	95	0	548	25	28	21	24	1.99
22859228--22859451	40	5.6	40	83	6	283	26	28	22	23	1.99
22859228--22859451	83	2.8	79	84	6	283	26	28	22	23	1.99
22866834--22866907	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
22873860--22873976	41	2.9	41	75	10	121	20	17	28	33	1.96
22879745--22879790	19	2.4	19	81	0	56	71	0	19	8	1.11
22881762--22881826	31	2.1	31	88	0	94	26	21	15	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22882020--22882162	24	6.0	24	89	4	200	25	21	23	29	1.99
22882019--22882163	47	3.0	48	87	5	213	25	21	22	30	1.99
22882020--22882161	71	2.0	72	90	4	225	26	21	23	28	1.99
22882212--22882278	20	3.3	20	91	0	107	35	19	11	32	1.88
22882315--22882362	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
22889773--22889837	31	2.1	31	88	0	94	26	21	15	36	1.93
22890031--22890173	24	6.0	24	82	4	164	26	19	23	30	1.98
22890030--22890174	47	3.0	48	82	5	177	26	19	22	31	1.98
22890231--22890269	20	2.0	20	89	0	60	35	23	7	33	1.83
22896958--22896990	8	4.1	8	96	0	57	51	0	21	27	1.48
22902339--22902419	34	2.4	33	74	10	83	27	23	24	24	2.00
22909632--22909762	40	3.3	40	83	2	156	24	22	25	27	2.00
22916771--22916954	40	4.6	40	79	6	169	24	21	26	28	1.99
22916891--22917001	40	2.8	40	81	10	113	25	21	27	25	1.99
22930907--22930974	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
22931076--22931154	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
22939052--22939119	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
22939228--22939299	29	2.5	30	84	13	105	29	29	13	27	1.95
22948499--22948561	31	2.0	31	93	0	108	28	15	31	23	1.96
22950967--22951040	29	2.6	29	86	4	96	25	14	32	27	1.95
22955142--22955189	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
22955228--22955304	9	7.9	9	70	16	55	35	10	19	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22955226--22955308	20	4.2	20	95	0	148	36	13	18	32	1.89
22955237--22955308	11	7.1	11	70	17	66	36	13	18	31	1.90
22955363--22955505	24	6.0	24	90	7	220	30	20	20	27	1.98
22955362--22955484	47	2.6	48	93	5	214	31	20	19	28	1.97
22955364--22955505	71	2.0	72	90	6	227	29	21	21	28	1.98
22962408--22962484	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
22962417--22962488	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
22962406--22962488	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
22962543--22962710	24	7.0	24	88	9	245	29	20	22	28	1.98
22962903--22962966	31	2.1	31	87	0	92	35	14	23	26	1.93
22974094--22974172	37	2.1	37	90	0	122	26	30	18	24	1.98
22974291--22975100	47	17.1	47	93	2	1275	28	29	9	31	1.89
22974291--22975100	96	8.5	96	92	3	1286	28	29	9	31	1.89
22978414--22978568	39	3.9	40	87	3	215	25	28	21	24	1.99
22978431--22978646	39	5.5	39	80	7	183	24	27	23	24	2.00
22978950--22979028	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
22980810--22980888	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
22981176--22981249	22	3.3	22	64	17	62	28	31	10	29	1.91
22981006--22981764	47	16.1	47	91	5	1212	28	29	9	32	1.88
22981008--22981764	142	5.4	141	93	4	1214	28	29	9	32	1.88
22981006--22981764	189	4.0	188	94	2	1258	28	29	9	32	1.88
22984206--22984335	49	2.7	49	77	4	129	24	18	29	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22985109--22985247	70	2.0	70	91	0	224	33	22	23	21	1.98
22987629--22987785	43	3.7	42	77	9	165	33	26	17	22	1.96
22990227--22990432	40	5.2	40	86	1	281	26	27	22	24	2.00
22998254--22998459	40	5.2	40	88	1	281	26	26	22	23	2.00
23002865--23002997	45	3.0	45	93	0	221	27	14	20	38	1.91
23002918--23002987	21	3.2	21	66	18	61	28	14	17	40	1.88
23002887--23002960	24	3.2	24	63	18	66	28	16	17	37	1.91
23004627--23004682	18	3.2	18	85	9	80	35	0	0	64	0.94
23004612--23004693	35	2.4	32	82	11	94	31	1	1	65	1.08
23007249--23007427	85	2.1	85	98	0	349	37	8	27	26	1.86
23008648--23008779	40	3.3	40	88	3	187	24	21	28	25	1.99
23008596--23008786	40	4.8	40	81	8	140	25	21	27	24	2.00
23008648--23008802	79	2.0	79	83	7	199	25	20	27	25	1.99
23011799--23011975	85	2.1	85	98	0	345	38	8	27	25	1.85
23013138--23013341	40	5.1	39	81	8	216	24	22	27	25	1.99
23013138--23013317	79	2.3	80	84	7	233	23	22	28	25	1.99
23013168--23013355	79	2.4	78	79	12	204	26	20	27	26	1.99
23016696--23016806	43	2.6	43	94	0	186	31	33	24	10	1.90
23016799--23016882	38	2.2	38	86	0	123	32	27	20	20	1.97
23017048--23017153	53	2.0	53	98	0	203	38	18	8	33	1.82
23031699--23031803	47	2.2	47	96	0	192	34	7	30	27	1.85
23037716--23037813	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23037744--23037826	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
23037716--23037827	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
23039324--23039535	40	5.1	40	73	13	153	28	15	26	29	1.96
23039324--23039683	44	8.6	44	70	17	230	31	14	26	27	1.95
23039339--23039691	126	2.8	130	76	8	345	30	14	26	29	1.95
23041264--23041329	18	3.8	17	80	13	71	34	1	1	62	1.14
23041250--23041330	35	2.4	33	80	12	83	32	3	1	62	1.20
23041430--23041479	22	2.2	23	80	13	59	30	8	0	62	1.24
23041455--23041485	15	2.1	14	94	5	53	22	12	0	64	1.27
23047287--23047381	43	2.2	43	80	10	106	35	22	13	28	1.92
23052087--23052116	11	2.7	11	100	0	60	20	46	23	10	1.80
23053203--23053246	22	2.0	22	100	0	88	54	0	4	40	1.21
23057392--23057517	28	4.5	28	92	2	191	32	27	12	26	1.93
23057964--23057990	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
23063767--23063892	43	2.9	43	75	15	127	32	26	16	24	1.96
23071137--23071374	49	4.8	49	87	3	316	28	26	18	26	1.98
23071137--23071381	99	2.5	100	85	2	323	28	27	18	25	1.98
23082017--23082073	30	1.9	30	92	0	96	33	8	26	31	1.87
23082459--23082730	48	5.7	49	75	9	208	26	20	28	25	1.99
23082548--23082725	97	1.8	97	84	7	245	25	20	29	24	1.99
23082413--23082730	48	6.7	47	73	10	197	26	19	28	25	1.99
23089584--23089639	28	2.0	28	100	0	112	28	14	7	50	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23089592--23089651	28	2.1	28	87	0	84	30	20	6	43	1.77
23101215--23101393	48	3.7	48	89	0	250	27	27	18	26	1.98
23103850--23103902	6	9.5	6	84	10	51	69	0	11	18	1.17
23103850--23103902	11	4.8	11	79	6	54	69	0	11	18	1.17
23104501--23104647	75	2.0	75	86	2	206	21	19	22	36	1.95
23113854--23114115	40	6.6	40	86	3	307	26	27	20	24	1.99
23113854--23114115	119	2.2	119	82	4	314	26	27	20	24	1.99
23113854--23114115	79	3.3	79	84	4	307	26	27	20	24	1.99
23121763--23121940	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
23121784--23121939	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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