genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.108.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33724824--33724872	25	2.0	25	95	0	89	46	22	4	26	1.69
33724831--33724881	25	2.1	24	82	10	59	47	23	3	25	1.69
33725169--33725198	15	2.0	15	93	0	51	50	6	30	13	1.67
33726641--33726671	14	2.2	14	94	0	53	32	9	19	38	1.84
33726655--33726719	19	3.4	19	93	2	112	26	10	15	47	1.78
33726805--33726863	30	2.0	30	89	0	91	33	1	3	61	1.23
33728079--33728141	25	2.8	21	71	17	63	53	14	1	30	1.50
33728115--33728175	32	1.9	32	86	0	86	57	16	1	24	1.48
33734083--33734135	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
33735624--33735679	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
33740751--33740984	72	3.2	72	88	2	337	23	6	15	54	1.64
33743018--33743094	13	5.9	13	84	0	100	37	25	6	29	1.81
33748666--33748729	32	2.0	33	84	3	85	34	3	7	54	1.45
33750186--33750348	80	2.0	80	98	0	317	35	19	12	33	1.89
33752363--33752413	17	2.9	18	83	13	61	70	3	0	25	1.04
33752370--33752431	19	3.4	18	84	13	74	69	3	1	25	1.13
33752355--33752431	9	8.6	9	70	20	54	70	2	2	24	1.13
33752742--33752807	19	3.6	18	74	15	55	28	1	3	66	1.15
33752813--33752882	28	2.5	27	77	11	70	37	1	2	58	1.22
33754555--33754632	36	2.2	36	100	0	156	34	19	2	43	1.64
33754821--33754936	58	2.0	57	86	5	162	29	18	5	46	1.71
33765095--33765148	25	2.1	26	86	10	76	59	5	3	31	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33767688--33767750	31	2.0	31	90	0	99	23	31	14	30	1.94
33769656--33769840	79	2.3	82	85	7	247	25	27	22	24	2.00
33769637--33769840	40	5.1	40	81	8	229	25	27	22	25	2.00
33773484--33773518	17	2.1	17	100	0	70	34	17	22	25	1.96
33777633--33777817	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
33777614--33777817	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
33783526--33783580	27	2.0	27	100	0	110	43	10	7	38	1.68
33792652--33792700	25	2.0	25	95	0	89	32	12	10	44	1.75
33795126--33795164	15	2.7	15	88	4	53	53	0	0	46	1.00
33801911--33802016	53	2.0	53	100	0	212	28	11	9	50	1.69
33801922--33802003	25	3.2	25	61	16	58	32	9	8	48	1.66
33802495--33802557	30	2.1	30	91	5	101	28	4	7	58	1.47
33808629--33808692	32	2.0	32	100	0	128	31	28	9	31	1.88
33811316--33811376	31	2.0	31	96	0	113	4	16	26	52	1.64
33811632--33811683	11	4.7	11	85	0	59	21	0	9	69	1.17
33812144--33812181	18	2.0	19	85	10	51	23	0	2	73	0.95
33812694--33812737	21	2.1	21	86	0	61	70	0	0	29	0.88
33817382--33817436	28	2.0	28	85	7	76	23	20	14	41	1.89
33825595--33825694	28	3.5	29	91	4	168	33	25	12	30	1.92
33825595--33825722	29	4.5	28	87	4	168	32	25	12	29	1.92
33829241--33829398	86	1.8	86	86	2	228	28	27	17	26	1.97
33829241--33829413	43	4.0	43	79	7	181	29	27	17	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33831255--33831293	17	2.4	16	83	8	51	23	0	5	71	1.05
33833447--33833478	15	2.1	15	94	0	55	53	15	0	31	1.43
33834880--33834926	23	2.3	20	75	25	53	46	0	0	53	1.00
33838514--33838591	39	2.0	39	94	0	138	32	11	16	39	1.85
33839403--33839449	23	2.0	23	100	0	94	25	0	29	44	1.54
33843315--33843439	40	3.1	40	85	0	160	26	16	23	33	1.96
33845131--33845314	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
33845131--33845311	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
33845212--33845361	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
33845252--33845374	40	3.1	39	80	6	97	26	21	28	23	1.99
33853142--33853272	40	3.3	40	86	2	183	23	19	27	29	1.98
33853096--33853269	80	2.2	81	82	10	207	24	19	27	28	1.99
33853169--33853319	40	3.8	39	80	6	126	25	21	27	25	1.99
33858333--33858414	27	3.1	27	91	1	130	24	20	17	37	1.93
33863509--33863614	46	2.3	45	85	7	135	27	30	16	26	1.96
33865987--33866074	45	2.0	45	95	0	158	39	25	12	22	1.89
33866003--33866078	21	3.5	21	66	16	55	39	25	13	22	1.90
33869585--33869676	28	3.4	27	78	12	91	29	19	21	29	1.98
33870190--33870219	11	2.9	10	90	9	51	56	0	13	30	1.37
33875545--33875634	35	2.5	35	82	5	92	25	30	17	26	1.98
33876291--33876326	18	2.0	18	94	0	63	38	11	19	30	1.86
33876620--33876663	21	2.0	21	86	8	61	61	2	0	36	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33878244--33878281	20	1.9	20	89	10	60	47	7	5	39	1.55
33878596--33878631	13	2.8	13	86	0	54	30	44	16	8	1.77
33899460--33899494	17	2.1	17	100	0	70	22	5	11	60	1.52
33901744--33901900	38	4.1	38	84	3	181	30	24	21	23	1.99
33907735--33907913	85	2.1	85	100	0	358	37	8	27	26	1.85
33909079--33909263	40	4.7	40	82	7	200	24	22	28	25	1.99
33909118--33909296	79	2.3	79	77	7	177	26	20	27	25	1.99
33918128--33918578	47	9.6	47	92	1	715	32	8	29	29	1.87
33918450--33918528	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
33921762--33921801	19	2.1	19	86	9	55	25	20	12	42	1.86
33925415--33925468	27	2.0	27	100	0	108	25	11	14	48	1.77
33929721--33930237	180	2.9	175	83	5	670	32	17	23	26	1.97
33937661--33937759	41	2.4	42	81	10	114	27	30	14	28	1.95
33944234--33944418	39	4.7	39	93	0	280	30	26	21	22	1.98
33953136--33953198	26	2.6	24	76	16	67	42	0	3	53	1.16
33954646--33954680	18	1.9	18	94	0	61	45	2	31	20	1.65
33959689--33959737	23	2.1	24	81	11	57	36	2	4	57	1.30
33963870--33964092	119	1.9	120	85	6	310	26	27	21	25	1.99
33963868--33964092	40	5.7	40	82	6	251	26	28	20	24	1.99
33966034--33966139	42	2.5	43	87	1	142	24	28	21	25	1.99
33971727--33971772	18	2.3	20	85	14	60	2	21	0	76	0.90
33974100--33974156	30	1.9	29	92	3	96	59	3	0	36	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33977399--33977435	19	2.0	18	94	5	65	59	13	5	21	1.54
33978085--33978132	21	2.5	19	78	21	55	20	4	4	70	1.21
33982194--33982412	40	5.5	39	90	2	271	24	27	23	24	2.00
33982192--33982415	80	2.8	79	85	6	301	25	26	23	25	2.00
33984134--33984373	49	4.8	50	80	2	250	26	17	26	30	1.97
33984137--33984366	100	2.3	98	82	2	280	26	16	25	30	1.97
33986653--33986737	42	2.0	42	88	0	125	22	23	34	20	1.97
33987741--33987886	37	3.9	37	96	0	247	26	30	19	23	1.98
33988095--33988411	47	6.6	47	87	4	427	26	29	11	32	1.92
33988095--33988410	147	2.2	141	90	3	488	26	29	12	31	1.92
33988176--33988460	147	2.0	144	82	8	335	29	28	10	30	1.91
33990621--33990799	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
33991953--33991997	15	3.0	15	76	0	54	4	22	15	57	1.56
33999344--33999396	19	2.7	21	77	14	67	32	13	22	32	1.92
34001687--34001733	21	2.3	21	85	10	62	80	2	14	2	0.89
34005914--34006014	51	2.0	52	98	2	195	35	8	11	43	1.73
34008942--34009073	33	4.0	33	92	0	201	18	7	40	33	1.79
34009063--34009118	28	2.0	28	96	0	103	48	10	19	21	1.79
34014515--34014578	31	2.1	31	96	0	119	15	20	9	54	1.68
34014920--34014953	17	2.0	17	100	0	68	29	23	11	35	1.90
34022857--34022908	26	2.0	26	84	0	68	65	0	26	7	1.20
34025614--34025862	40	6.2	40	91	0	381	42	9	14	32	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34025866--34025900	18	1.9	18	94	0	61	31	14	20	34	1.92
34026403--34026435	17	1.9	17	100	0	66	36	0	0	63	0.95
34026607--34026700	44	2.1	44	90	4	143	35	25	5	34	1.79
34026682--34026752	16	4.4	16	92	0	115	28	28	7	36	1.83
34028625--34028675	21	2.4	21	100	0	102	31	0	17	50	1.46
34029831--34029878	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
34033747--34033794	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
34040387--34040643	45	5.6	46	85	3	243	18	20	15	45	1.86
34048252--34048419	46	3.6	45	78	9	176	26	19	29	24	1.98
34050242--34050320	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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