genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   

This is table  67  of  253  ( 30316 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19344145--19344787	210	3.0	210	85	5	853	28	8	30	32	1.87
19345243--19345871	211	3.0	209	88	2	906	29	8	29	32	1.88
19346328--19346958	211	3.0	208	89	2	967	27	8	30	33	1.86
19346328--19346958	210	3.0	207	89	3	949	27	8	30	33	1.86
19359874--19359931	30	1.9	30	89	6	91	58	15	15	10	1.62
19359874--19359931	15	3.9	15	80	8	73	58	15	15	10	1.62
19373172--19373233	27	2.3	27	100	0	124	33	14	12	38	1.84
19373185--19373408	27	8.3	27	82	2	229	31	8	20	39	1.83
19373185--19373404	81	2.7	81	82	2	255	31	9	20	39	1.84
19373368--19373450	41	2.0	42	83	6	107	32	8	21	37	1.84
19373395--19373424	15	2.0	15	93	0	51	30	6	30	33	1.83
19373779--19373867	28	3.2	28	88	0	124	29	34	14	21	1.93
19391879--19392043	43	3.9	42	78	7	163	32	26	17	23	1.97
19391912--19392042	44	3.0	44	83	6	142	32	27	17	22	1.96
19402528--19402789	50	5.2	50	89	1	391	26	12	20	40	1.87
19409572--19409601	15	2.0	15	93	0	51	26	0	16	56	1.40
19410432--19410693	50	5.2	50	92	0	416	24	10	20	44	1.82
19411086--19411165	41	2.0	41	97	0	151	32	16	12	38	1.86
19415395--19415438	22	2.0	22	86	0	61	31	2	27	38	1.69
19417188--19417233	19	2.4	19	96	0	83	30	15	39	15	1.88
19417326--19417425	29	3.5	29	83	6	123	28	16	29	27	1.97
19421097--19421203	40	2.7	40	84	5	119	25	27	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19421103--19421323	80	2.8	80	79	7	193	27	27	20	25	1.99
19421143--19421323	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
19421140--19421323	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
19423367--19423402	16	2.2	16	90	5	54	55	19	5	19	1.62
19425413--19425491	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
19425610--19426237	47	13.2	47	95	1	1076	29	28	8	32	1.87
19425610--19426237	143	4.4	143	96	0	1084	29	28	8	32	1.87
19428927--19428986	8	7.6	8	81	7	61	48	21	25	5	1.70
19428927--19428986	24	2.5	23	79	12	68	48	21	25	5	1.70
19429220--19429310	29	3.2	28	79	1	101	28	14	28	28	1.95
19429209--19429319	57	1.9	58	85	1	152	28	14	28	27	1.95
19431302--19431326	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
19433201--19433279	25	3.3	25	69	16	85	35	3	29	31	1.75
19433176--19433329	47	3.3	47	92	0	263	34	7	29	28	1.84
19438110--19438206	48	2.0	48	97	0	185	41	4	25	28	1.74
19456377--19456791	47	8.7	47	93	2	636	32	8	29	28	1.88
19456398--19456791	192	2.1	190	91	2	641	32	8	29	28	1.87
19459244--19459419	46	3.8	46	78	14	200	20	19	29	30	1.97
19459241--19459412	93	1.8	93	93	2	301	20	20	29	29	1.98
19460849--19460994	51	2.9	49	81	4	175	27	26	19	26	1.99
19460849--19460987	49	2.8	49	84	2	179	28	25	19	27	1.99
19463122--19463191	15	4.8	14	79	8	68	60	17	14	8	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19463122--19463190	30	2.3	30	80	7	79	59	17	14	8	1.60
19466190--19466407	49	4.4	49	85	1	265	28	26	18	26	1.98
19475445--19475489	22	2.0	22	87	8	65	24	2	51	22	1.60
19475524--19475605	34	2.4	34	84	8	96	26	21	25	25	2.00
19481557--19481788	40	5.8	40	85	3	288	26	28	21	24	1.99
19481537--19481783	80	3.1	80	90	2	347	27	27	21	23	1.99
19481557--19481783	120	1.9	120	91	0	373	25	28	21	23	1.99
19492729--19492815	34	2.6	34	81	3	95	26	22	25	25	2.00
19496358--19496388	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
19497997--19498216	29	7.7	29	72	12	123	25	25	16	32	1.96
19498084--19498216	28	4.7	28	69	17	87	27	27	14	31	1.95
19498031--19498253	114	2.0	114	88	0	329	27	23	16	32	1.96
19498031--19498266	57	4.1	57	80	5	235	27	24	16	32	1.96
19499365--19499422	30	1.9	30	96	0	107	32	8	13	44	1.75
19499454--19499567	29	3.9	30	74	13	96	25	30	14	28	1.95
19499744--19499773	16	1.9	16	93	6	53	13	20	13	53	1.72
19501047--19501114	28	2.4	27	80	7	82	25	23	17	33	1.96
19501049--19501122	28	2.6	27	79	12	78	22	25	16	35	1.95
19508121--19508181	26	2.3	26	91	2	95	57	6	19	16	1.61
19513702--19513799	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
19513730--19513812	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
19521026--19521187	25	6.5	25	84	2	218	27	12	10	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19521026--19521181	75	2.1	75	92	2	260	27	10	10	50	1.71
19522021--19522277	45	5.8	45	91	3	371	23	22	29	24	1.99
19522014--19522277	89	3.0	90	90	3	394	23	22	28	25	1.99
19522122--19522305	45	4.2	43	85	6	126	26	21	28	24	1.99
19524707--19524787	42	1.9	42	82	5	101	17	19	29	33	1.95
19525617--19525692	39	1.9	39	92	5	127	34	14	18	32	1.91
19525634--19525924	36	7.9	36	79	7	255	31	14	19	33	1.93
19525710--19525913	108	1.9	108	89	2	320	29	15	19	34	1.93
19527852--19528109	40	6.5	40	90	2	351	26	27	22	23	1.99
19545957--19545988	13	2.3	15	89	10	50	37	9	34	18	1.83
19554217--19554302	42	2.0	43	88	2	129	22	9	23	45	1.81
19555547--19555811	48	5.7	47	74	16	182	25	17	32	24	1.97
19557093--19557284	49	3.9	49	79	6	215	30	26	17	26	1.97
19557093--19557281	50	3.8	49	84	2	234	30	26	16	25	1.97
19557106--19557289	101	1.8	99	87	4	271	30	27	16	25	1.97
19563451--19563491	15	2.8	15	88	3	66	9	14	14	60	1.57
19566100--19566785	140	5.0	140	81	5	767	26	18	23	31	1.97
19566406--19566910	126	3.9	126	76	10	378	28	18	20	31	1.97
19566672--19566898	122	1.8	124	85	4	325	30	18	19	30	1.96
19604935--19605118	39	4.7	40	86	7	234	24	22	26	26	2.00
19604935--19605118	79	2.3	82	83	8	238	24	22	26	26	2.00
19604988--19605141	79	2.0	78	84	8	206	25	20	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19612088--19612258	39	4.3	40	85	4	213	25	21	28	24	1.99
19612088--19612256	79	2.1	79	84	4	216	25	21	28	24	1.99
19612115--19612291	79	2.3	79	82	4	198	25	22	28	23	1.99
19624246--19624293	25	1.9	25	82	0	60	39	14	8	37	1.76
19634698--19634735	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
19636208--19636234	8	3.4	8	100	0	54	55	11	11	22	1.66
19643477--19643545	36	1.9	36	93	0	120	42	18	4	34	1.71
19643577--19643616	19	2.2	18	90	4	62	42	17	2	37	1.63
19651041--19651213	46	3.8	46	92	0	283	23	32	9	35	1.86
19651237--19651524	47	6.1	47	92	1	479	25	27	12	35	1.91
19651428--19651503	22	3.3	22	65	28	59	23	28	14	32	1.94
19657910--19658456	137	4.1	137	84	7	674	45	5	7	41	1.55
19662114--19662300	40	4.7	40	82	5	218	25	20	27	26	1.99
19662116--19662298	79	2.3	81	81	6	212	25	21	27	26	1.99
19662116--19662323	79	2.6	78	75	17	203	25	20	27	26	1.99
19666401--19666479	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
19666389--19666663	47	6.1	47	88	11	395	31	9	29	29	1.89
19666389--19666677	92	3.2	93	83	14	403	31	9	29	29	1.88
19666390--19666677	129	2.2	135	86	12	400	31	9	29	29	1.88
19668724--19668813	43	2.1	43	100	0	180	23	15	34	26	1.95
19669172--19669512	40	8.5	40	83	2	393	24	22	28	25	1.99
19673037--19673303	46	5.7	47	94	4	459	31	8	29	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19673037--19673303	93	2.8	94	93	4	459	31	8	29	30	1.86
19673421--19673499	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
19682394--19682499	31	3.5	30	75	17	85	34	8	7	49	1.62
19692142--19692172	16	1.9	16	93	0	53	16	19	16	48	1.81
19694636--19694669	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
19695045--19695124	28	2.8	28	83	7	108	30	32	15	22	1.94
19695334--19695376	16	2.7	16	85	0	59	9	20	16	53	1.70
19696158--19696184	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
19699070--19699149	29	2.8	28	77	7	81	28	32	13	25	1.94
19699070--19699156	28	3.1	28	76	3	93	28	29	12	28	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253