genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12338396--12338445	26	1.9	26	100	0	100	28	12	6	54	1.60
12339615--12339672	24	2.3	24	86	13	82	53	0	0	46	1.00
12341344--12341389	15	3.1	15	70	17	51	21	10	13	54	1.69
12344425--12344567	65	2.2	65	86	2	191	50	2	9	37	1.49
12346489--12346554	19	3.3	20	78	20	68	42	3	3	51	1.32
12346572--12346610	20	2.0	20	85	5	53	51	5	0	43	1.24
12352327--12352358	6	5.3	6	92	0	55	34	15	21	28	1.94
12353871--12354049	39	4.6	39	78	4	173	37	16	22	22	1.93
12356930--12357068	68	2.0	68	97	0	260	30	13	8	46	1.73
12358096--12358160	6	10.7	6	81	8	69	55	1	26	16	1.50
12358095--12358160	18	3.6	18	83	6	80	56	1	25	16	1.49
12359133--12359224	41	2.2	41	82	3	123	53	7	18	20	1.69
12382444--12382477	17	1.9	18	94	5	61	20	32	29	17	1.96
12382549--12382582	18	1.9	18	88	5	52	14	32	41	11	1.82
12383861--12383900	19	2.1	19	95	0	71	42	12	15	30	1.83
12395163--12395199	19	1.9	19	88	0	56	16	13	5	64	1.45
12395424--12395519	39	2.5	39	75	16	99	18	14	8	58	1.61
12395423--12395522	19	5.1	19	73	9	69	19	14	8	59	1.59
12401180--12401246	34	1.9	35	87	3	100	35	8	8	46	1.67
12401333--12401371	20	2.0	20	94	0	69	48	2	0	48	1.15
12401403--12401452	18	2.7	18	81	12	57	40	2	2	56	1.22
12404571--12404596	11	2.4	11	100	0	52	61	15	0	23	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12404784--12404833	25	2.0	25	88	0	73	62	4	30	4	1.32
12410443--12410531	21	4.1	21	84	5	90	53	10	23	12	1.68
12410443--12410511	21	3.3	21	87	2	95	55	8	24	11	1.64
12412660--12412753	18	5.4	18	92	3	131	28	9	25	36	1.87
12419340--12419379	19	2.1	19	90	0	62	50	2	17	30	1.59
12421035--12421092	20	3.0	19	75	12	55	63	6	10	18	1.47
12421119--12421148	15	2.0	15	93	0	51	66	16	13	3	1.37
12423192--12423272	26	3.1	26	80	3	92	17	20	25	35	1.95
12423202--12423275	26	2.8	26	87	0	103	14	21	27	36	1.93
12430836--12430885	26	2.0	25	92	4	82	16	18	24	42	1.89
12432366--12432412	14	3.3	14	79	8	51	59	8	17	14	1.59
12434010--12434035	13	2.0	13	100	0	52	38	0	23	38	1.55
12438485--12438527	22	2.0	22	90	0	68	39	16	11	32	1.84
12439650--12439741	22	4.0	22	71	19	64	72	4	17	5	1.20
12445074--12445144	28	2.5	28	88	0	97	30	29	8	30	1.87
12450104--12450258	28	5.5	28	77	3	166	29	35	19	16	1.93
12450074--12450260	57	3.2	57	94	1	311	28	36	17	17	1.93
12450074--12450230	29	5.4	29	73	4	147	28	36	17	16	1.92
12452229--12452309	28	3.0	26	85	3	72	28	24	11	35	1.90
12452243--12452314	28	2.6	28	90	0	108	30	27	11	30	1.91
12458503--12458578	40	1.9	40	81	5	91	30	25	17	27	1.97
12461004--12461195	105	1.8	105	80	3	235	27	19	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12462531--12462700	87	2.0	87	98	0	331	28	19	17	35	1.94
12464508--12464538	16	1.9	16	93	0	53	74	0	9	16	1.07
12466506--12466556	20	2.5	20	96	0	93	21	37	31	9	1.86
12468402--12468574	48	3.6	47	79	3	123	25	26	18	29	1.98
12468451--12468580	48	2.7	48	86	0	179	24	27	18	29	1.98
12492806--12492870	29	2.3	29	86	5	89	18	0	16	64	1.29
12507219--12507375	43	3.7	43	77	10	169	26	19	26	28	1.99
12516500--12516629	37	3.6	35	80	11	120	46	13	6	34	1.68
12521335--12521387	25	2.1	25	86	6	72	49	5	1	43	1.37
12526476--12526510	5	6.6	5	87	12	52	82	0	0	17	0.66
12526475--12526510	17	2.1	17	100	0	72	83	0	0	16	0.65
12526481--12526506	12	2.2	12	100	0	52	84	0	0	15	0.62
12526952--12527078	39	3.2	40	74	10	118	18	18	6	56	1.62
12527016--12527078	21	3.0	20	75	11	65	17	20	3	58	1.52
12527035--12527071	19	1.9	19	94	0	65	18	18	5	56	1.60
12527156--12527204	25	2.0	25	95	0	89	46	16	10	26	1.78
12540133--12540171	10	3.9	10	80	12	53	69	5	7	17	1.32
12542272--12542329	30	1.9	30	89	0	89	32	12	25	29	1.92
12542667--12543030	94	3.9	96	78	10	403	28	22	28	20	1.99
12542667--12543030	47	7.7	46	71	13	215	28	22	28	20	1.99
12549878--12549935	30	1.9	30	89	0	89	32	12	25	29	1.92
12550277--12550639	47	7.7	50	72	15	159	30	21	27	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12550272--12550635	94	3.9	94	77	11	363	29	21	28	21	1.98
12556260--12556500	90	2.7	91	92	1	396	24	6	22	46	1.75
12557811--12557922	39	2.8	39	80	12	140	28	19	22	29	1.98
12558224--12558269	22	2.1	22	83	0	56	21	0	32	45	1.52
12558229--12558263	15	2.4	15	90	4	54	20	0	34	45	1.51
12558258--12558305	21	2.3	21	96	0	87	18	4	39	37	1.70
12558224--12558340	7	16.6	7	69	15	53	21	1	32	44	1.62
12558565--12558598	14	2.3	15	85	10	52	20	0	41	38	1.53
12558574--12558628	21	2.5	22	82	2	67	18	0	40	41	1.50
12559019--12559070	25	2.2	23	83	13	61	46	3	1	48	1.31
12563190--12563247	7	8.4	7	75	17	50	62	1	1	34	1.16
12563163--12563212	24	2.1	24	92	7	84	66	4	0	30	1.10
12563211--12563257	14	3.4	14	83	13	62	55	2	4	38	1.31
12563203--12563257	28	2.0	27	82	10	67	58	1	3	36	1.26
12563157--12563241	41	2.1	40	82	10	102	62	3	1	32	1.20
12563182--12563247	21	3.2	20	72	18	55	62	3	1	33	1.20
12563455--12563539	43	2.0	43	81	4	100	31	16	21	30	1.95
12575652--12575725	36	2.1	36	92	0	121	35	4	8	52	1.50
12577948--12578046	37	2.7	37	85	3	119	38	16	5	40	1.70
12587040--12587081	18	2.3	18	87	0	57	19	28	7	45	1.76
12587490--12587991	128	3.9	130	89	3	723	34	3	5	55	1.40
12590904--12591338	126	3.5	126	90	0	654	28	18	14	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12591465--12591502	15	2.4	17	82	13	53	57	31	0	10	1.32
12591718--12591789	35	2.1	33	85	10	92	56	4	0	38	1.18
12592577--12592709	70	1.9	67	84	4	176	33	12	11	42	1.79
12593318--12593377	30	2.0	30	93	0	102	58	15	1	25	1.46
12595027--12595152	22	5.5	23	77	10	116	35	18	22	23	1.95
12596772--12596801	14	2.1	14	100	0	60	36	6	13	43	1.70
12600821--12600885	34	1.9	34	83	0	85	56	10	3	29	1.48
12600853--12600899	21	2.2	22	84	3	60	53	10	2	34	1.48
12600853--12601255	158	2.6	153	85	8	537	42	10	3	42	1.58
12601604--12601638	9	3.9	9	84	0	52	51	0	14	34	1.42
12611482--12611567	36	2.4	36	86	5	111	15	11	36	37	1.83
12612373--12612516	76	1.9	75	88	4	218	24	21	27	26	1.99
12619988--12620173	60	3.1	59	77	8	189	23	21	31	24	1.98
12636783--12636871	44	2.0	44	95	0	160	28	4	25	41	1.75
12646331--12646501	47	3.6	46	77	10	157	33	7	29	29	1.85
12650109--12650206	49	2.0	49	96	4	180	30	7	16	45	1.74
12652635--12652675	20	2.0	20	100	0	82	41	9	0	48	1.36
12659674--12659723	21	2.4	21	80	6	57	28	36	14	22	1.92
12662024--12662092	33	2.1	33	100	0	138	27	17	5	49	1.69
12666088--12666139	20	2.6	20	75	0	59	17	26	19	36	1.94
12666091--12666209	40	3.0	40	86	0	157	16	30	15	36	1.91
12666101--12666209	20	5.4	20	68	12	71	15	31	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12675259--12675493	118	2.0	118	97	0	443	39	10	15	35	1.81
12683340--12683377	18	2.1	18	85	9	51	28	39	5	26	1.78
12683653--12683708	25	2.2	26	96	3	105	41	14	17	26	1.88
12685748--12685983	40	5.6	41	76	15	182	22	22	27	27	1.99
12685815--12685921	52	2.1	51	89	6	164	24	22	25	28	2.00
12685748--12685983	131	1.8	131	80	7	291	22	22	27	27	1.99
12685875--12686009	40	3.4	40	80	4	123	23	24	28	23	2.00
12693961--12694202	40	6.1	40	88	2	312	24	21	26	28	1.99
12693961--12694202	79	3.0	80	84	4	287	24	21	26	28	1.99
12711526--12711730	27	7.6	27	84	3	241	26	14	27	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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