genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76522811--76522857	22	2.1	22	84	7	60	36	31	6	25	1.81
76529228--76529320	46	2.0	45	97	0	123	44	9	6	39	1.63
76532093--76532141	26	2.0	25	88	8	73	65	8	6	20	1.41
76532678--76532711	17	2.0	17	100	0	68	41	11	5	41	1.66
76533004--76533491	261	1.9	261	86	2	712	27	22	16	33	1.96
76533348--76534284	206	4.6	205	94	1	1593	28	21	18	31	1.97
76533348--76534284	411	2.3	404	92	1	1581	28	21	18	31	1.97
76534233--76534726	44	11.2	44	76	9	375	27	24	18	29	1.98
76534248--76534721	132	3.6	132	88	3	645	27	24	18	30	1.98
76534334--76534726	175	2.2	175	90	1	599	27	24	18	30	1.98
76535579--76535631	16	3.3	15	87	10	70	7	7	0	84	0.76
76535587--76535650	26	2.5	27	80	16	73	6	9	0	84	0.78
76535579--76535639	17	3.7	16	85	12	79	6	8	0	85	0.75
76535579--76535650	17	4.3	16	80	18	76	5	9	0	84	0.76
76540770--76540823	27	2.0	28	82	10	69	64	7	7	20	1.43
76541295--76541355	19	3.3	19	93	6	108	37	16	8	37	1.78
76545232--76545274	23	1.9	22	86	13	61	30	9	13	46	1.75
76545232--76545274	22	1.9	23	81	13	54	30	9	13	46	1.75
76555033--76555094	21	3.0	22	79	9	67	56	4	6	32	1.46
76555321--76555378	3	18.3	3	80	7	62	62	3	3	31	1.29
76555310--76555356	18	2.6	17	90	9	76	65	6	0	27	1.16
76555842--76555882	11	3.6	11	83	6	55	75	0	24	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76555847--76555888	21	2.0	22	86	13	63	73	0	26	0	0.83
76557058--76557173	44	2.6	44	86	0	160	27	27	21	23	1.99
76557533--76557567	14	2.6	13	86	8	52	48	8	14	28	1.73
76557280--76557812	184	2.9	179	81	6	541	33	18	17	30	1.94
76557241--76557626	88	4.3	88	75	11	336	33	18	17	30	1.94
76557538--76557824	100	3.0	98	83	9	314	35	18	16	28	1.93
76557742--76558052	73	4.2	73	83	4	408	34	21	15	28	1.94
76557747--76558052	148	2.1	147	83	4	402	33	21	16	29	1.95
76558910--76559016	44	2.6	40	81	13	110	16	23	14	45	1.84
76558951--76559027	41	1.9	40	86	5	111	14	19	14	51	1.75
76570246--76570289	21	2.0	22	83	12	56	43	2	4	50	1.35
76573264--76573371	26	4.2	26	95	0	198	36	25	6	31	1.82
76575846--76575880	17	2.1	17	94	0	61	22	0	0	77	0.78
76575846--76575878	9	3.8	9	88	8	50	21	0	0	78	0.75
76578546--76578596	7	7.1	7	82	10	59	0	17	1	80	0.81
76578546--76578596	23	2.4	22	84	12	63	0	17	1	80	0.81
76583547--76583600	3	17.0	3	83	7	63	61	1	3	33	1.25
76586992--76587098	26	4.2	26	92	1	180	36	23	7	32	1.83
76593979--76594138	26	6.2	26	91	2	259	36	23	7	33	1.83
76593979--76594138	52	3.1	52	96	0	293	36	23	7	33	1.83
76597373--76597504	60	2.2	59	82	4	149	41	8	25	24	1.82
76601061--76601135	37	2.0	37	100	0	150	29	54	0	16	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76601077--76601149	18	4.0	18	71	16	69	27	56	0	16	1.41
76601431--76601551	63	1.9	63	81	8	149	24	5	7	61	1.44
76601542--76601571	11	2.6	12	94	5	53	33	0	0	66	0.92
76602032--76602274	126	1.9	125	94	0	432	29	16	13	40	1.87
76604077--76604249	46	3.8	45	75	10	170	22	18	29	29	1.97
76604070--76604241	93	1.8	93	91	0	281	22	19	29	29	1.98
76606931--76606975	21	2.1	21	84	8	56	37	24	22	15	1.93
76614664--76615095	133	3.2	133	87	2	598	29	19	22	28	1.98
76615382--76615417	18	2.0	18	94	0	63	25	58	0	16	1.38
76615811--76615844	11	3.0	11	91	4	50	32	0	0	67	0.91
76615811--76615842	15	2.1	15	94	5	55	31	0	0	68	0.90
76615700--76615833	63	2.2	63	81	8	150	25	4	6	63	1.38
76616303--76616546	126	1.9	126	94	0	425	29	16	15	37	1.90
76619775--76619907	62	2.2	61	81	10	155	29	15	9	46	1.76
76632581--76632613	17	1.9	17	93	0	57	21	9	21	48	1.77
76641582--76641641	31	1.9	31	83	6	77	38	18	8	35	1.81
76655978--76656251	139	2.0	139	93	1	469	41	17	15	25	1.89
76656766--76656837	36	2.0	36	100	0	144	33	19	16	30	1.94
76659530--76659564	18	1.9	18	88	0	52	31	14	25	28	1.95
76665917--76666017	33	2.9	34	69	16	82	57	1	0	40	1.10
76665935--76665982	24	1.9	26	83	8	64	58	0	0	41	0.98
76665907--76666047	69	2.1	65	82	11	160	56	1	1	40	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76665938--76666052	37	3.3	35	81	13	130	59	0	1	38	1.14
76665958--76666052	19	5.4	18	70	16	74	57	1	2	38	1.17
76666086--76666153	23	3.0	23	81	12	77	38	5	2	52	1.41
76666231--76666293	23	2.7	22	85	7	72	25	1	3	69	1.12
76666560--76666618	29	2.0	30	86	3	84	52	10	3	33	1.52
76669306--76669398	45	2.1	45	95	0	168	37	8	13	39	1.76
76672217--76672265	13	3.5	13	83	5	53	34	28	8	28	1.86
76678637--76678686	25	2.0	24	81	11	57	38	0	24	38	1.56
76680142--76680195	22	2.5	22	85	8	67	24	33	25	16	1.96
76681638--76681685	24	2.0	25	83	4	62	35	20	2	41	1.64
76683608--76683659	3	17.7	3	80	11	63	61	1	0	36	1.07
76683610--76683665	13	4.4	13	80	10	62	58	1	0	39	1.08
76684101--76684163	12	5.3	12	69	16	51	61	3	0	34	1.12
76684916--76685058	71	2.0	71	98	0	277	41	15	6	35	1.74
76692982--76693049	30	2.3	30	84	5	84	48	4	19	27	1.68
76696662--76696723	32	1.9	32	84	12	83	41	3	6	48	1.45
76696755--76696811	30	1.9	30	82	13	73	45	3	1	49	1.29
76697025--76697073	23	2.0	23	84	15	62	61	10	0	28	1.29
76697565--76697697	61	2.3	58	82	7	146	26	9	13	50	1.72
76697935--76697964	15	1.9	16	93	6	53	20	6	3	70	1.25
76701152--76701344	96	2.0	96	97	0	368	35	11	17	36	1.85
76703545--76703590	14	3.2	14	87	3	56	73	4	2	19	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76711678--76711711	16	2.1	16	88	5	50	61	0	2	35	1.11
76711810--76711859	23	2.1	24	85	10	68	46	2	2	50	1.24
76723981--76724439	81	5.7	80	93	2	742	34	4	10	49	1.59
76725265--76725300	9	3.9	9	88	3	54	25	0	0	75	0.81
76725262--76725303	21	2.0	21	86	4	59	28	0	0	71	0.86
76731642--76731698	29	2.0	29	82	6	71	40	10	8	40	1.71
76733613--76733637	12	2.1	12	100	0	50	40	0	8	52	1.31
76749427--76749791	186	2.0	188	81	5	438	35	13	12	39	1.82
76750218--76750262	20	2.3	19	84	3	54	28	2	2	66	1.15
76750275--76750349	28	2.6	30	83	6	93	25	5	2	66	1.26
76751890--76751949	21	2.7	23	81	18	67	45	0	0	55	0.99
76751890--76751957	24	3.0	23	77	14	63	42	0	0	57	0.98
76752579--76752614	15	2.4	16	90	9	58	72	2	0	25	0.98
76752610--76752710	30	3.4	30	83	5	134	30	19	3	45	1.69
76752610--76752725	30	4.0	28	75	14	101	31	19	3	45	1.67
76752607--76752732	59	2.1	59	81	5	157	34	18	3	44	1.66
76752974--76753023	10	5.2	10	80	7	59	70	0	30	0	0.88
76752977--76753019	19	2.3	19	88	11	63	69	0	30	0	0.88
76753089--76753119	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
76753281--76753317	13	2.6	14	91	8	58	67	18	10	2	1.32
76753297--76753339	22	1.9	23	85	4	61	72	13	11	2	1.22
76753434--76753529	15	6.5	15	78	8	99	80	0	19	0	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76753432--76753526	8	12.0	8	78	10	90	80	0	20	0	0.72
76753443--76753527	19	4.6	18	78	10	91	81	0	18	0	0.70
76753449--76753529	38	2.2	35	85	8	108	81	0	18	0	0.69
76753432--76753529	52	1.9	51	85	10	137	79	0	20	0	0.73
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76754110--76754272	35	4.7	34	79	8	168	30	12	10	47	1.74
76754233--76754359	35	3.4	36	71	17	100	34	9	12	43	1.75
76766294--76766327	16	2.1	17	88	5	52	17	11	5	64	1.45
76766240--76766575	176	1.9	176	87	4	496	27	18	19	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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