genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27358359--27358494	50	2.7	50	77	5	125	39	22	8	28	1.84
27359323--27359407	31	2.8	31	87	3	129	24	27	17	30	1.97
27359626--27359695	25	2.8	25	84	0	86	27	20	24	28	1.99
27359745--27359850	20	5.3	20	93	0	185	34	19	9	35	1.84
27364042--27364124	31	2.7	31	87	3	116	22	25	19	32	1.97
27364345--27364439	25	3.8	25	91	0	136	27	24	24	24	2.00
27364487--27364543	20	2.8	20	86	0	78	31	19	14	35	1.91
27364780--27364967	40	4.7	40	88	5	283	27	27	20	24	1.99
27364780--27364967	80	2.4	79	92	2	315	27	27	20	24	1.99
27368124--27368150	9	3.0	9	100	0	54	66	22	0	11	1.22
27393622--27393876	55	4.8	53	79	8	252	36	16	25	21	1.94
27393629--27393829	108	1.8	110	88	4	309	34	17	25	22	1.96
27393945--27393989	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
27406002--27406088	43	2.0	43	84	8	115	29	29	17	22	1.97
27408725--27408854	66	1.9	69	84	7	176	20	30	16	33	1.94
27412852--27413016	42	3.9	42	77	4	161	27	15	25	32	1.95
27412861--27413016	86	1.8	83	80	4	186	28	16	25	30	1.96
27413168--27413199	16	1.9	17	93	6	57	31	9	15	43	1.78
27417386--27417545	40	4.1	40	87	4	227	24	22	27	25	2.00
27425879--27426382	47	10.6	47	90	2	738	28	28	8	33	1.87
27425879--27426382	145	3.5	145	92	1	804	28	28	8	33	1.87
27429995--27430137	40	3.6	40	90	1	216	24	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27429995--27430153	80	2.0	80	86	4	223	25	20	26	27	1.99
27435136--27435176	5	7.8	5	86	8	55	75	0	21	2	0.92
27435136--27435175	11	3.7	11	80	6	55	77	0	20	2	0.88
27437237--27437318	25	3.2	25	64	16	67	46	7	7	39	1.60
27437237--27437321	27	3.2	27	63	21	70	47	7	7	38	1.58
27437237--27437338	53	1.9	53	100	0	204	50	6	5	37	1.54
27437476--27437537	30	2.1	30	100	0	124	35	25	9	29	1.88
27440803--27440910	26	4.2	26	90	0	171	34	8	22	35	1.84
27442401--27442453	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
27444983--27445225	80	3.0	80	92	1	389	28	24	20	25	1.99
27444964--27445208	40	6.2	40	88	3	352	28	25	21	24	1.99
27445755--27445782	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
27451942--27452192	39	6.5	39	82	11	270	25	29	23	22	1.99
27451968--27452192	115	2.0	115	87	3	328	25	29	23	21	1.99
27460799--27460877	37	2.1	37	86	4	106	25	29	18	26	1.98
27460996--27461667	47	14.1	47	92	2	1038	28	29	9	32	1.88
27460996--27461667	96	7.0	96	93	2	1086	28	29	9	32	1.88
27460996--27461667	239	2.8	237	91	1	1069	28	29	9	32	1.88
27464510--27464701	81	2.4	80	86	4	253	27	29	21	21	1.99
27464510--27464702	40	4.8	40	87	5	248	27	29	22	21	1.99
27470561--27470668	26	4.2	26	91	0	180	32	6	24	37	1.81
27472364--27472455	38	2.4	38	96	3	168	10	18	41	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27476277--27476434	51	3.0	52	84	6	203	31	25	15	26	1.96
27498782--27498936	39	4.0	39	92	0	247	25	26	21	26	1.99
27504959--27505228	46	5.7	47	77	13	254	21	30	21	26	1.98
27511162--27511379	84	2.6	84	85	5	287	24	19	24	31	1.98
27511162--27511341	42	4.3	42	90	1	281	23	20	25	31	1.98
27517940--27518268	42	7.8	42	85	2	401	24	18	24	32	1.97
27517940--27518268	125	2.6	126	84	2	428	24	18	24	32	1.97
27542490--27542589	39	2.5	39	85	3	119	27	23	28	22	1.99
27542451--27542589	40	3.5	40	80	11	144	25	24	28	22	2.00
27558103--27558278	44	3.8	46	71	15	123	27	17	28	25	1.98
27562289--27562389	40	2.5	40	90	1	150	27	25	21	24	1.99
27566133--27566172	21	1.9	21	85	10	55	32	30	17	20	1.95
27584754--27584806	5	9.8	5	82	13	61	43	0	0	56	0.99
27584757--27584807	12	4.5	12	83	14	72	43	0	0	56	0.99
27586123--27586161	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
27586399--27586499	38	2.5	41	72	15	104	23	18	28	28	1.98
27586401--27586511	39	2.8	40	73	5	109	24	18	27	29	1.98
27586658--27586698	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
27591634--27591737	40	2.6	39	82	10	113	32	21	21	25	1.98
27592090--27592117	12	2.3	12	100	0	56	46	32	14	7	1.71
27602380--27602694	47	6.7	46	74	12	230	28	20	27	23	1.99
27606316--27606552	27	8.7	26	75	10	163	40	19	10	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27606316--27606488	26	6.5	27	81	5	192	40	19	10	29	1.85
27606316--27606488	53	3.3	54	83	6	203	40	19	10	29	1.85
27606504--27606592	27	3.3	27	88	0	115	40	15	14	29	1.87
27612197--27612284	46	1.9	46	83	0	113	29	25	19	26	1.98
27614800--27614984	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
27614800--27614984	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
27618397--27618478	42	1.9	42	85	7	112	24	14	26	34	1.94
27618353--27618509	43	3.7	43	73	10	142	25	18	26	29	1.98
27620193--27620329	40	3.5	40	87	4	181	25	28	22	23	1.99
27626042--27626135	47	2.0	47	97	0	179	35	25	11	27	1.91
27637430--27637513	41	2.0	41	100	0	168	34	2	23	39	1.68
27650165--27650202	15	2.5	16	83	12	53	15	10	18	55	1.68
27652269--27652299	16	1.9	16	93	0	53	48	6	3	41	1.45
27657816--27657840	11	2.3	11	100	0	50	60	12	0	28	1.32
27658879--27658922	22	1.9	24	86	9	65	43	11	2	43	1.53
27661143--27661218	26	2.8	27	82	4	91	28	11	21	38	1.89
27662667--27662774	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
27664394--27664582	97	1.9	98	86	6	267	42	2	12	41	1.57
27664486--27664800	157	2.0	153	84	7	404	43	3	12	40	1.59
27664704--27664744	20	2.0	21	85	4	57	43	7	4	43	1.53
27664704--27664743	22	1.9	21	85	10	55	45	5	5	45	1.47
27664756--27664815	20	3.0	20	78	4	66	38	3	13	45	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27664960--27665045	43	2.0	43	97	0	163	38	6	15	39	1.74
27671284--27671407	47	2.6	47	92	0	194	12	19	19	49	1.79
27671283--27671362	25	3.3	25	65	16	69	8	18	23	48	1.76
27671404--27671455	22	2.4	21	83	6	59	15	15	25	44	1.85
27680505--27680667	46	3.6	45	73	12	127	26	18	22	32	1.97
27681472--27681527	27	2.0	28	89	3	87	44	17	1	35	1.60
27683364--27683511	79	1.9	80	91	4	246	25	22	27	24	2.00
27683364--27683544	79	2.3	79	86	5	242	26	22	27	23	2.00
27683364--27683511	40	3.7	40	90	5	246	25	22	27	24	2.00
27687280--27687390	25	4.5	25	73	18	106	31	20	22	25	1.98
27687280--27687426	49	3.0	49	87	5	181	34	19	21	25	1.96
27687320--27687406	25	3.5	25	81	9	106	35	19	22	21	1.96
27692928--27692952	13	1.9	13	100	0	50	28	32	24	16	1.96
27694024--27694132	37	2.9	37	94	0	182	25	31	20	22	1.98
27694295--27694686	48	8.2	48	87	4	358	28	27	8	35	1.87
27694281--27694558	146	1.9	146	91	1	459	31	26	6	35	1.82
27694278--27694557	96	2.9	98	93	2	469	31	26	6	35	1.82
27694278--27694557	98	2.9	96	91	3	463	31	26	6	35	1.82
27694480--27694721	47	5.1	47	89	2	299	27	28	9	34	1.89
27694596--27694674	25	3.3	25	65	22	69	29	25	10	35	1.88
27694576--27694649	22	3.2	22	66	23	62	24	29	13	32	1.93
27696435--27696466	13	2.5	13	100	0	64	25	37	6	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27696983--27697254	40	6.8	40	96	0	490	24	28	22	25	1.99
27698521--27698629	37	2.9	37	94	0	182	27	31	18	22	1.97
27698775--27699057	48	5.8	49	89	5	432	30	26	6	36	1.82
27698775--27699056	98	2.9	98	95	2	489	30	26	6	36	1.82
27699027--27699314	47	6.1	47	94	0	477	26	28	11	33	1.91
27698932--27699314	141	2.7	141	85	4	479	27	28	10	33	1.89
27707808--27708027	45	5.0	45	89	1	302	26	28	21	23	1.99
27710269--27710453	41	4.6	40	88	3	246	27	27	23	22	1.99
27710269--27710453	81	2.3	80	86	3	246	27	27	23	22	1.99
27712214--27712407	25	7.8	25	87	5	261	49	10	11	28	1.72

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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