genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21353508--21353683	94	1.9	94	84	4	239	27	30	8	32	1.87
21371009--21371059	26	2.0	26	92	0	84	29	7	19	43	1.79
21372556--21372593	18	2.1	18	85	9	51	28	7	2	60	1.38
21373313--21373352	21	1.9	21	85	10	55	52	2	0	45	1.14
21373332--21373389	29	2.0	30	83	10	75	48	1	3	46	1.29
21373778--21373840	31	2.0	31	100	0	126	60	19	3	17	1.49
21395475--21395637	46	3.5	46	76	14	181	22	19	27	30	1.98
21403314--21403352	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
21405136--21405168	18	1.9	17	88	11	50	21	15	9	54	1.68
21407656--21407711	20	2.8	20	91	0	85	39	17	14	28	1.89
21412288--21412446	43	3.7	42	81	8	160	28	18	26	26	1.98
21412290--21412404	44	2.7	42	85	6	142	28	18	25	27	1.98
21412676--21412745	24	3.1	24	69	23	78	27	14	22	35	1.93
21412678--21412765	44	2.0	44	95	0	158	27	13	20	38	1.90
21412681--21412752	23	3.2	23	66	28	64	31	11	20	36	1.88
21419311--21419376	32	2.1	32	97	2	125	15	16	3	65	1.40
21422696--21422745	26	1.9	26	84	8	66	20	0	10	70	1.16
21430785--21430818	2	17.0	2	93	0	59	0	52	0	47	1.00
21432877--21432936	28	2.1	29	84	3	77	41	3	25	30	1.71
21432877--21432941	29	2.3	28	83	2	76	43	3	24	29	1.69
21433419--21433580	43	3.8	44	76	10	156	27	15	24	32	1.95
21436266--21436491	40	5.7	40	87	4	253	26	26	21	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21441819--21441853	2	18.0	2	94	5	63	0	51	0	48	1.00
21443906--21443958	27	2.0	27	85	3	72	43	1	24	30	1.65
21444430--21444587	43	3.7	43	79	7	153	27	15	25	31	1.96
21447310--21447512	40	5.2	39	83	8	225	26	25	20	28	1.99
21447343--21447512	79	2.2	79	86	5	229	26	25	20	27	1.99
21454113--21454216	37	2.7	38	85	8	140	28	29	18	23	1.97
21454186--21454290	40	2.7	40	87	1	149	28	23	18	29	1.98
21461874--21462041	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
21461897--21462041	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
21463228--21463303	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
21466416--21466589	40	4.3	40	86	7	219	29	27	18	24	1.98
21466399--21466605	40	5.2	40	86	3	161	29	25	19	25	1.98
21471128--21471198	28	2.5	28	90	0	106	43	15	14	26	1.85
21472501--21472546	3	15.3	3	100	0	92	34	0	0	65	0.93
21473024--21473136	56	2.0	56	92	0	190	35	8	17	38	1.81
21473146--21473233	43	2.1	42	93	2	149	40	14	6	37	1.73
21473147--21473216	21	3.3	21	65	11	61	38	12	8	40	1.74
21480310--21480376	31	2.2	31	83	0	80	19	37	20	22	1.95
21485189--21485307	56	2.1	56	95	0	211	48	6	22	21	1.73
21490100--21490364	46	5.6	47	74	15	169	24	28	18	27	1.98
21495939--21496127	50	3.8	50	81	5	211	24	19	26	29	1.98
21495939--21496121	101	1.8	101	89	2	287	24	19	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21497749--21497776	13	2.2	13	100	0	56	35	17	21	25	1.95
21499289--21499432	49	2.9	48	82	4	180	25	19	27	27	1.99
21502758--21502816	24	2.5	24	76	17	61	50	0	8	40	1.33
21503778--21503873	43	2.2	44	76	12	101	26	18	26	29	1.98
21504329--21504500	87	2.0	87	97	0	326	37	8	14	40	1.76
21510302--21510346	21	2.1	21	95	0	81	24	0	15	60	1.36
21510787--21510940	43	3.7	40	70	18	109	24	18	27	29	1.98
21522476--21522660	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00
21522457--21522660	40	5.1	40	82	8	238	25	27	22	25	2.00
21531407--21531629	40	5.6	39	84	8	238	26	26	21	26	1.99
21545323--21545544	40	5.7	40	88	6	287	26	27	21	25	2.00
21545323--21545544	77	2.8	79	83	8	258	26	27	21	25	2.00
21551440--21551606	42	4.0	42	74	3	138	29	25	15	29	1.96
21559726--21559783	21	2.7	22	84	10	77	31	24	12	32	1.91
21569574--21569611	19	2.0	20	89	5	60	47	15	0	36	1.46
21571315--21571351	18	2.1	19	90	10	60	29	8	27	35	1.85
21574535--21574612	6	12.8	6	72	17	54	51	14	14	20	1.76
21574528--21574589	18	3.4	18	80	4	72	54	12	9	22	1.67
21574528--21574566	12	3.2	12	81	0	51	58	15	7	17	1.59
21574558--21574606	19	2.7	18	87	9	64	46	14	16	22	1.82
21574730--21574795	27	2.5	26	85	7	87	37	22	22	16	1.93
21574730--21574803	27	2.8	27	78	13	82	36	21	24	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21574754--21574811	27	2.1	27	84	6	73	36	27	20	15	1.93
21574968--21575026	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
21575117--21575195	27	3.0	26	88	3	104	36	17	22	22	1.95
21575352--21575415	27	2.4	28	76	7	69	37	26	18	17	1.93
21575396--21575590	27	7.2	27	84	4	223	26	20	18	35	1.95
21575395--21575590	54	3.6	54	87	1	252	26	19	18	35	1.95
21575595--21575788	27	7.2	27	81	2	228	41	10	22	25	1.86
21575585--21575819	54	4.4	54	82	3	278	38	11	22	27	1.88
21577820--21577863	21	2.1	21	100	0	88	52	13	13	20	1.74
21578784--21579110	56	5.8	56	88	1	458	33	24	15	27	1.95
21579089--21579356	43	6.2	43	83	0	329	31	27	15	25	1.95
21580572--21580628	26	2.2	26	81	9	62	28	19	17	35	1.94
21581851--21581908	13	4.3	13	79	12	64	72	0	24	3	1.00
21581853--21581908	16	3.6	16	75	13	55	71	0	25	3	1.02
21581851--21581908	26	2.1	28	87	6	84	72	0	24	3	1.00
21592913--21592999	34	2.5	35	78	10	90	32	4	16	47	1.67
21598580--21598786	53	3.8	54	78	1	209	19	23	18	38	1.93
21598593--21598786	55	3.6	53	77	2	181	19	23	19	38	1.93
21600193--21600321	46	2.8	47	81	7	154	23	14	27	34	1.94
21607107--21607275	45	3.9	42	74	10	135	30	23	13	32	1.93
21610817--21612708	939	2.0	944	98	1	3681	32	10	22	34	1.88
21613010--21613107	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21613038--21613121	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
21620824--21620866	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
21621263--21621360	27	3.5	28	86	5	119	26	13	27	32	1.93
21621291--21621374	27	3.0	27	84	5	78	30	11	23	33	1.91
21626509--21626533	13	1.9	13	100	0	50	40	32	0	28	1.57
21626583--21626755	42	4.1	43	82	6	174	32	25	12	29	1.92
21630951--21631003	27	2.0	27	84	0	70	33	15	15	35	1.88
21633145--21633238	33	3.3	26	71	18	71	32	24	20	22	1.97
21641340--21641373	17	1.9	18	88	5	52	35	11	2	50	1.54
21643729--21643781	27	2.0	27	88	0	79	26	15	22	35	1.93
21657263--21657316	18	3.0	18	94	0	99	27	14	16	40	1.88
21658379--21658463	28	3.0	28	86	3	116	28	29	15	27	1.96
21658675--21658717	16	2.7	16	88	0	68	9	18	18	53	1.70
21664580--21664606	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
21665053--21665150	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
21665081--21665163	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
21673240--21673395	40	3.9	40	96	0	294	25	28	21	25	1.99
21682510--21682611	37	2.8	37	93	0	168	26	29	18	25	1.98
21682730--21683182	47	9.6	47	91	1	719	28	29	8	33	1.87
21682730--21683182	190	2.4	190	92	1	732	28	29	8	33	1.87
21692599--21692644	14	3.3	14	87	0	65	28	21	23	26	1.99
21699612--21699660	24	2.0	24	92	0	80	40	16	2	40	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21700659--21700683	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
21702887--21702936	24	2.1	24	85	3	66	52	10	4	34	1.54
21711945--21711971	10	2.7	10	100	0	54	33	29	7	29	1.85
21715010--21715048	14	2.5	15	88	12	53	64	5	0	30	1.15
21728176--21728565	40	9.8	40	85	3	509	24	20	28	26	1.99
21728180--21728587	120	3.4	120	94	0	692	24	20	28	26	1.99
21731068--21731135	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
21731237--21731315	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
21739887--21740277	40	9.8	41	86	5	514	24	20	29	26	1.99
21739897--21740292	120	3.3	120	96	0	713	23	20	29	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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