genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.204.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67095520--67095643	43	2.9	42	76	7	142	30	22	14	32	1.94
67096914--67096985	32	2.3	31	77	13	76	36	19	2	41	1.66
67097289--67097325	14	2.6	14	95	0	65	16	16	24	43	1.87
67102475--67103104	313	2.0	308	83	2	787	36	13	19	30	1.90
67109928--67110456	271	2.0	271	93	0	916	35	26	11	26	1.90
67111791--67112418	313	2.0	305	86	4	875	37	13	19	30	1.90
67114790--67115013	40	5.6	41	77	7	149	26	22	26	24	2.00
67114790--67115014	80	2.8	79	79	4	236	26	22	26	24	2.00
67114790--67115014	120	1.9	121	82	6	287	26	22	26	24	2.00
67122963--67123187	40	5.6	40	82	2	272	25	24	27	23	2.00
67126054--67126119	33	2.0	33	93	0	114	33	7	22	36	1.83
67147269--67147355	5	17.4	5	98	0	111	31	0	0	68	0.89
67151343--67151452	55	2.0	55	85	3	150	25	33	21	19	1.97
67151928--67151966	17	2.2	18	86	4	53	20	5	0	74	1.01
67155987--67156051	31	2.1	31	88	0	94	36	10	9	43	1.72
67164205--67164271	22	2.8	23	82	11	82	34	1	22	41	1.63
67164263--67164326	34	1.9	33	87	9	94	35	1	20	42	1.62
67164305--67164487	100	1.8	100	89	0	285	38	1	14	45	1.54
67164400--67164456	22	2.6	22	85	0	78	43	1	14	40	1.55
67164490--67164572	28	2.9	29	81	5	105	40	1	16	40	1.56
67164630--67164874	125	2.0	126	89	2	377	37	17	17	27	1.93
67168461--67168526	30	2.2	30	88	0	96	7	13	45	33	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67169024--67169055	7	4.6	7	96	0	55	59	9	0	31	1.29
67169069--67169100	13	2.3	15	89	10	50	37	0	3	59	1.13
67169076--67169103	13	2.2	13	100	0	56	39	0	0	60	0.97
67170003--67170118	54	2.2	51	90	4	178	62	3	2	31	1.25
67170850--67170913	32	2.0	32	96	0	119	34	10	6	48	1.64
67172345--67172390	23	2.0	23	100	0	92	26	4	26	43	1.73
67173656--67173752	32	3.0	32	96	0	176	34	6	21	38	1.79
67177492--67177530	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
67177909--67177970	19	3.6	19	74	26	75	43	3	12	40	1.59
67177927--67177951	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
67177909--67177978	32	2.2	32	97	2	133	45	2	11	40	1.55
67179284--67179356	27	2.8	25	79	8	83	49	5	9	35	1.59
67179284--67179343	27	2.2	28	87	3	86	51	5	6	36	1.50
67179514--67179626	21	5.2	22	81	10	108	59	2	3	34	1.29
67179829--67179868	17	2.2	20	86	13	59	52	12	0	35	1.39
67179825--67179856	17	1.9	16	93	6	55	53	12	0	34	1.39
67179858--67180016	3	52.7	3	68	18	73	59	1	6	31	1.34
67181919--67182377	75	6.2	75	77	8	329	33	19	16	29	1.94
67182361--67182391	14	2.2	14	94	0	53	67	6	9	16	1.39
67182591--67182664	37	2.0	36	97	2	139	27	13	16	43	1.85
67194682--67194762	27	3.1	26	78	8	92	51	4	8	34	1.54
67194730--67194790	24	2.5	23	82	12	70	54	3	13	29	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67194917--67195019	21	4.8	22	79	10	106	57	2	4	34	1.35
67194915--67195031	23	5.2	23	75	8	107	58	2	4	34	1.31
67194917--67195035	44	2.8	42	80	13	134	58	2	4	34	1.31
67195236--67195275	17	2.2	20	86	13	59	52	12	0	35	1.39
67195232--67195263	17	1.9	16	93	6	55	53	12	0	34	1.39
67195265--67195428	3	54.7	3	67	18	74	59	1	6	31	1.34
67195278--67195337	16	3.6	16	84	8	68	60	1	6	31	1.33
67201486--67201514	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
67210473--67211850	694	2.0	693	95	0	2495	30	15	18	34	1.92
67222269--67222300	9	3.6	9	91	0	55	31	0	15	53	1.43
67224774--67224825	7	7.4	7	79	16	63	51	0	13	34	1.41
67224774--67224826	14	3.8	14	83	16	74	50	0	13	35	1.41
67224767--67224827	21	2.9	21	82	7	79	49	0	14	36	1.44
67225645--67225674	15	1.9	16	93	6	53	33	23	0	43	1.54
67225910--67226329	43	9.8	42	73	10	199	30	26	21	21	1.98
67225952--67226290	86	3.9	84	77	7	261	30	26	20	21	1.98
67225963--67226349	43	9.0	43	76	7	203	30	27	20	21	1.98
67226170--67226329	87	1.8	86	80	5	187	31	29	19	20	1.97
67226171--67226349	44	4.1	44	81	3	150	30	30	18	20	1.96
67232285--67232421	9	14.6	9	73	8	112	31	2	21	45	1.64
67232285--67232416	48	2.8	48	79	3	149	31	2	21	45	1.64
67232285--67232421	57	2.4	57	83	0	166	31	2	21	45	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67236303--67236346	14	3.1	14	80	9	54	31	47	0	20	1.50
67237070--67237120	15	3.5	15	78	5	59	37	45	0	17	1.49
67237065--67237180	7	15.6	7	72	16	56	44	37	1	16	1.58
67237125--67237169	22	2.1	21	87	4	63	48	31	2	17	1.59
67237228--67237309	35	2.3	35	83	4	94	47	24	2	25	1.64
67237363--67237766	41	9.9	41	87	1	549	22	26	22	29	1.99
67243671--67243708	19	2.0	19	89	0	58	81	0	7	10	0.87
67246567--67246685	60	2.0	60	100	0	238	50	7	15	26	1.70
67247490--67247573	42	2.0	42	97	0	159	42	15	7	34	1.74
67251107--67251563	131	3.5	130	79	3	456	33	19	19	27	1.96
67257168--67257224	30	2.0	29	86	10	82	49	21	8	21	1.76
67258781--67258815	16	2.2	16	90	10	54	28	0	0	71	0.86
67265454--67265486	10	3.4	10	87	4	50	21	3	0	75	0.93
67265768--67265796	15	1.9	15	100	0	58	41	41	0	17	1.49
67268967--67269014	16	3.1	15	80	19	62	27	0	2	70	0.98
67272595--67272628	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
67275396--67275420	13	1.9	13	100	0	50	36	0	24	40	1.55
67279585--67279978	131	3.0	131	82	3	447	35	17	18	28	1.94
67295763--67295824	25	2.5	24	77	12	72	35	19	20	24	1.96
67295810--67295860	25	2.1	24	85	3	66	33	15	27	23	1.95
67299716--67300001	49	5.8	49	80	5	315	26	18	25	29	1.98
67299709--67299995	100	2.9	100	93	1	479	25	19	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67307491--67307576	42	2.0	42	97	0	163	18	8	25	47	1.76
67312353--67312382	12	2.5	12	100	0	60	23	6	46	23	1.75
67314141--67314255	18	6.3	18	74	8	99	41	16	7	33	1.77
67314151--67314258	36	3.0	36	80	6	112	40	15	7	36	1.76
67314454--67314575	53	2.3	53	88	2	183	41	22	19	15	1.89
67318648--67318687	20	2.0	21	90	5	64	62	20	2	15	1.43
67324135--67324202	34	2.0	34	97	0	127	23	19	8	48	1.76
67324902--67324989	45	2.0	45	97	0	167	44	26	3	26	1.70
67325825--67325874	23	2.2	23	85	7	66	22	10	42	26	1.84
67333757--67333797	21	2.0	21	85	9	57	17	19	21	41	1.90
67334015--67334113	41	2.5	38	80	18	98	49	2	2	46	1.24
67334025--67334121	37	2.5	38	76	11	99	49	2	2	46	1.25
67334124--67334165	18	2.3	18	87	0	57	66	2	2	28	1.16
67334265--67334378	56	2.0	56	98	0	219	42	10	3	42	1.56
67337383--67337438	27	2.1	26	81	15	62	64	3	1	30	1.21
67342766--67342873	26	4.2	26	91	0	171	33	7	23	36	1.83
67349306--67349413	26	4.2	26	92	0	180	32	8	23	36	1.84
67364598--67364630	16	2.1	16	94	0	57	48	12	3	36	1.56
67367387--67367416	14	2.1	14	100	0	60	20	6	16	56	1.62
67368559--67368606	12	4.2	11	79	10	51	79	2	6	12	1.01
67368970--67369010	16	2.5	16	92	4	64	73	2	4	19	1.13
67372988--67373467	120	4.0	120	93	0	791	43	1	3	51	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67373411--67373445	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
67373593--67373697	44	2.5	40	73	15	104	31	28	4	35	1.78
67373591--67373698	45	2.5	44	78	8	118	31	27	5	35	1.80
67373681--67373732	16	3.2	16	83	5	61	34	32	0	32	1.58
67374907--67375010	47	2.2	47	87	3	156	47	21	12	19	1.82
67387542--67387652	55	2.0	55	82	3	134	27	28	27	15	1.96
67392674--67392734	18	3.4	18	73	13	54	36	13	13	37	1.83
67392892--67392987	47	2.0	47	95	0	174	39	23	19	16	1.92
67394739--67394801	31	2.0	32	84	9	85	49	4	0	46	1.23
67401988--67402019	13	2.5	13	89	0	55	40	18	6	34	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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