genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27712212--27712407	75	2.6	75	88	3	288	49	11	11	28	1.73
27716748--27716846	52	1.9	52	93	0	171	26	20	17	36	1.94
27725689--27725729	22	1.9	22	85	5	57	31	7	14	46	1.72
27727947--27728081	48	2.8	48	83	7	152	33	26	19	20	1.97
27732104--27732327	40	5.7	40	85	7	253	25	27	21	25	1.99
27732104--27732327	79	2.8	76	80	8	234	25	27	21	25	1.99
27733884--27734013	40	3.3	39	80	6	138	33	17	27	21	1.96
27733935--27734000	20	3.3	20	66	8	53	25	19	34	19	1.96
27734022--27734060	20	2.0	20	89	0	60	25	10	33	30	1.89
27734036--27734578	40	13.6	40	83	0	537	30	15	30	23	1.95
27733936--27734118	100	1.8	100	88	2	278	32	16	30	20	1.95
27733886--27734242	180	2.0	180	80	4	398	32	17	28	21	1.96
27734396--27734460	20	3.2	20	63	16	53	27	12	35	24	1.91
27735038--27735293	46	5.5	45	77	11	225	22	28	19	28	1.98
27735038--27735293	47	5.5	47	78	9	217	22	28	19	28	1.98
27735028--27735296	94	2.9	92	80	10	264	22	28	20	28	1.98
27735038--27735293	140	1.8	140	85	5	365	22	28	19	28	1.98
27739211--27739251	20	2.0	20	100	0	82	34	9	24	31	1.88
27744503--27744555	27	2.0	27	88	7	81	37	20	13	28	1.90
27749426--27749611	46	3.8	46	73	14	133	31	28	14	25	1.95
27750706--27750787	21	3.8	21	81	3	92	32	26	23	17	1.96
27750755--27750799	23	2.0	23	86	8	65	40	24	17	17	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27751004--27751087	28	3.0	28	87	1	123	45	30	3	20	1.68
27751635--27751664	14	2.1	15	93	6	53	0	33	0	66	0.92
27751851--27752046	42	4.6	42	84	5	236	28	22	17	31	1.97
27757458--27757532	27	2.7	28	85	6	91	29	18	17	34	1.94
27757838--27758044	52	3.9	53	82	3	240	26	22	13	37	1.91
27757838--27758044	105	2.0	105	82	5	258	26	22	13	37	1.91
27759811--27759982	43	4.0	44	76	13	178	23	19	26	30	1.98
27770509--27770664	43	3.6	42	75	14	149	25	18	26	30	1.98
27771322--27771364	23	1.9	22	90	4	68	16	4	27	51	1.64
27771322--27771369	10	4.5	10	82	14	60	18	4	27	50	1.65
27779856--27779888	6	5.5	6	96	0	57	39	0	48	12	1.40
27781456--27781512	28	2.1	27	87	9	80	52	8	1	36	1.43
27782767--27782791	12	2.1	12	100	0	50	48	0	0	52	1.00
27783181--27783274	10	9.5	10	71	13	52	25	5	3	65	1.28
27783170--27783218	21	2.3	22	79	13	57	28	4	0	67	1.09
27783144--27783217	22	3.4	20	75	14	58	24	4	2	68	1.19
27783226--27783265	21	1.9	21	94	0	71	20	0	7	72	1.08
27783181--27783272	48	1.9	48	82	4	114	26	5	3	65	1.30
27783258--27783314	30	1.9	30	85	7	80	40	8	0	50	1.33
27783879--27783914	16	2.3	15	90	4	54	58	0	0	41	0.98
27784382--27784431	19	2.5	20	90	9	84	42	10	16	32	1.81
27785433--27785495	9	6.8	9	83	3	63	22	39	1	36	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27785432--27785486	29	1.9	28	88	3	83	23	38	1	36	1.66
27785689--27785717	6	4.8	6	100	0	58	48	0	0	51	1.00
27796015--27796063	24	2.0	24	92	7	82	59	20	0	20	1.38
27800697--27800865	46	3.7	46	73	7	162	23	28	21	27	1.99
27803536--27803672	67	2.0	67	98	0	265	43	10	15	30	1.80
27805965--27806035	29	2.5	28	81	9	72	50	7	11	30	1.65
27807966--27808504	44	11.9	44	69	12	241	27	19	19	33	1.96
27807966--27808497	89	5.9	90	72	10	357	27	19	19	33	1.96
27808634--27808849	44	4.8	45	76	5	177	29	21	16	32	1.95
27808374--27809076	351	2.0	351	89	0	1066	28	18	16	35	1.93
27810785--27810816	12	2.7	12	100	0	64	31	0	0	68	0.90
27810785--27810819	4	8.8	4	87	0	52	28	0	0	71	0.86
27810978--27811007	3	9.7	3	92	7	51	33	3	0	63	1.11
27813706--27813763	17	3.5	17	68	15	50	62	0	1	36	1.06
27814055--27814084	14	2.2	14	94	5	53	33	6	20	40	1.78
27814538--27814594	15	3.5	15	69	17	51	47	0	3	49	1.18
27814624--27814653	15	1.9	16	93	6	53	40	0	0	60	0.97
27815648--27815692	22	2.0	23	91	4	74	28	0	0	71	0.87
27815651--27815699	22	2.2	22	85	7	64	26	2	0	71	0.97
27821745--27821814	35	2.0	35	97	0	131	44	8	18	28	1.79
27823726--27823751	13	2.0	13	100	0	52	23	7	23	46	1.78
27824541--27824590	20	2.5	20	80	0	64	32	8	18	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27827890--27828060	93	1.8	93	94	0	306	28	29	21	21	1.98
27827882--27828057	46	3.8	46	79	12	207	30	28	20	20	1.98
27827931--27828069	47	3.0	46	75	16	144	29	28	19	22	1.98
27832943--27833039	47	2.1	44	79	9	106	65	2	25	6	1.26
27842466--27842656	47	4.1	47	89	0	265	32	9	29	27	1.89
27842495--27842566	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
27842540--27842615	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
27842630--27842813	98	1.9	96	89	4	289	35	6	26	30	1.82
27842629--27842813	48	3.8	48	87	5	282	35	6	26	31	1.82
27842960--27843068	37	2.9	37	93	0	182	22	18	31	27	1.97
27847902--27847940	20	2.0	20	89	0	60	43	20	7	28	1.79
27852347--27852396	25	2.0	25	88	7	75	34	14	10	42	1.78
27853696--27853755	7	8.0	8	81	9	65	16	1	33	48	1.56
27853696--27853748	15	3.5	16	87	7	67	16	1	32	49	1.57
27853708--27853755	15	3.1	16	85	8	55	16	0	31	52	1.45
27854411--27854460	25	2.0	25	92	0	82	34	16	10	40	1.81
27855758--27855811	7	7.3	7	82	12	63	16	0	33	50	1.46
27855758--27855811	16	3.6	15	90	7	83	16	0	33	50	1.46
27856629--27856795	6	27.7	6	77	14	166	49	14	15	20	1.80
27856629--27856795	30	5.3	30	84	9	208	49	14	15	20	1.80
27856913--27856978	27	2.5	26	82	7	78	37	21	22	18	1.94
27856932--27856984	27	2.0	27	85	7	72	35	16	26	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27856937--27856994	27	2.1	27	81	6	64	36	25	20	17	1.94
27857151--27857209	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
27857297--27857379	27	3.1	26	86	5	103	37	22	20	19	1.94
27857578--27857766	27	7.0	27	87	0	243	25	20	18	34	1.96
27857785--27858024	27	8.9	27	76	10	213	40	10	20	27	1.86
27857785--27858024	54	4.4	55	80	7	285	40	10	20	27	1.86
27857785--27858027	81	3.0	80	81	3	290	40	10	21	27	1.86
27857785--27858056	81	3.4	79	78	9	262	38	10	22	28	1.87
27859421--27859470	25	2.0	25	92	0	82	34	16	10	40	1.81
27860768--27860836	8	9.2	8	90	9	103	14	0	36	49	1.44
27862294--27863244	487	2.0	487	93	0	1643	35	20	19	24	1.96
27865086--27865130	17	2.6	18	86	10	58	60	0	0	40	0.97
27866000--27866056	29	2.0	29	82	0	69	42	12	10	35	1.77
27870299--27870559	39	6.7	39	83	6	282	24	19	27	28	1.99
27878582--27878745	79	2.1	78	83	3	204	24	18	28	28	1.98
27878582--27878745	39	4.2	40	84	1	208	24	18	28	28	1.98
27886486--27886564	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
27886683--27887170	47	10.4	47	93	0	823	29	30	9	31	1.88
27890709--27890931	40	5.6	40	81	5	229	24	26	22	26	2.00
27891215--27891289	29	2.6	29	89	4	107	25	32	16	26	1.96
27893193--27893271	36	2.2	37	86	6	108	26	30	17	25	1.97
27893388--27893925	47	11.4	47	92	2	882	28	29	8	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27896659--27896704	18	2.4	18	82	7	56	30	4	2	63	1.26
27898219--27898263	18	2.5	18	96	0	81	24	28	6	40	1.80
27904626--27904757	26	5.2	26	61	20	73	33	26	14	25	1.94
27904625--27904758	50	2.7	50	91	2	207	32	26	14	25	1.95
27911988--27912047	30	2.0	30	86	0	84	28	23	8	40	1.83
27916393--27916523	65	2.0	65	98	0	253	26	15	16	41	1.87
27920041--27920085	24	1.9	23	82	13	56	31	20	8	40	1.83
27922644--27922703	30	2.0	30	87	6	86	28	25	6	40	1.80
27926149--27926372	40	5.6	40	84	3	290	25	20	27	26	1.99
27927754--27927938	79	2.3	82	84	7	238	25	27	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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