genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79706710--79706742	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
79712048--79712174	61	2.1	61	82	2	148	25	36	19	18	1.94
79713168--79713199	13	2.5	13	100	0	64	78	0	6	15	0.95
79713207--79713250	22	2.0	23	82	13	56	72	6	18	2	1.17
79714487--79714534	15	3.3	15	79	2	53	39	2	10	47	1.49
79715169--79715209	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
79716074--79716147	19	3.9	19	92	3	132	36	9	16	37	1.81
79716074--79716154	37	2.2	38	89	8	132	37	8	17	37	1.80
79716074--79716170	19	4.8	22	87	7	88	36	8	16	39	1.79
79717271--79717308	19	2.0	19	94	0	67	36	7	0	55	1.29
79724372--79724408	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
79724521--79724564	22	2.0	22	86	8	63	43	0	0	56	0.99
79727972--79728992	31	34.5	31	73	12	549	39	16	19	24	1.91
79727944--79728894	60	16.0	60	71	12	432	39	16	19	24	1.92
79728581--79728634	26	2.2	25	86	6	74	38	16	18	25	1.92
79728494--79728823	146	2.3	146	85	3	423	39	17	19	23	1.93
79728541--79728902	146	2.5	147	82	5	430	38	17	19	24	1.93
79728875--79728978	29	3.7	27	73	19	88	42	20	17	20	1.90
79728403--79729010	323	1.9	322	83	3	801	38	17	19	24	1.93
79728884--79728961	26	2.9	26	71	19	70	44	17	16	20	1.86
79727944--79728949	177	5.7	174	85	5	1012	39	16	19	24	1.92
79728844--79728977	55	2.3	58	82	6	166	41	18	18	21	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79729006--79729108	29	3.5	29	73	10	75	55	13	6	24	1.62
79732976--79733015	19	2.1	19	100	0	80	17	15	12	55	1.70
79733073--79733115	21	2.0	21	100	0	86	41	0	13	44	1.44
79735066--79735113	17	2.7	18	83	6	62	60	2	0	37	1.09
79735278--79735358	18	4.1	18	72	20	54	27	3	2	66	1.21
79735415--79735457	16	2.4	18	85	11	54	32	0	2	65	1.06
79735419--79735467	25	2.1	23	85	11	64	30	0	4	65	1.11
79735431--79735483	24	2.2	25	82	3	63	28	0	5	66	1.15
79736353--79736400	14	3.4	14	80	13	53	50	0	6	43	1.27
79738755--79738785	11	2.8	11	95	0	53	58	12	19	9	1.62
79741464--79741496	14	2.4	14	90	10	50	51	3	0	45	1.16
79745690--79745715	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
79746694--79746735	15	2.8	15	75	13	50	61	4	4	28	1.36
79748907--79748939	5	6.6	5	100	0	66	81	0	0	18	0.68
79756284--79756340	21	2.7	21	94	0	96	17	29	14	38	1.89
79758276--79758321	22	2.1	22	100	0	92	45	4	19	30	1.70
79764433--79764517	31	2.8	32	80	8	97	60	3	0	36	1.14
79764444--79764503	23	2.7	23	71	16	56	63	1	0	35	1.05
79765529--79765580	20	2.6	20	76	11	61	55	0	1	42	1.10
79766019--79766094	25	3.0	25	100	0	152	31	15	25	27	1.96
79772269--79772340	18	4.0	18	90	0	99	34	16	20	27	1.95
79776444--79776481	18	2.2	18	95	4	69	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79788717--79788751	8	4.4	8	88	0	52	62	0	5	31	1.18
79792938--79792988	22	2.3	23	82	3	68	37	11	3	47	1.59
79793864--79793902	21	1.9	20	84	5	51	43	5	0	51	1.24
79809068--79809098	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
79810184--79810220	2	18.0	2	94	5	65	48	0	2	48	1.15
79812435--79812501	23	2.9	23	68	16	57	34	4	19	41	1.72
79814668--79814722	23	2.3	23	81	9	67	65	1	1	30	1.13
79814672--79814711	8	5.3	7	85	14	53	65	2	0	32	1.06
79814672--79814718	16	3.1	15	87	9	60	63	2	2	31	1.18
79814668--79814718	8	6.5	8	84	8	52	64	1	1	31	1.15
79814830--79814897	31	2.2	32	81	7	77	61	4	8	25	1.44
79814879--79814948	28	2.4	28	83	9	79	54	5	7	32	1.51
79814974--79815103	23	5.6	24	73	14	94	56	3	4	35	1.35
79815640--79815757	30	3.9	30	93	4	202	22	3	48	26	1.66
79816482--79817088	157	3.7	159	91	7	793	33	20	18	27	1.96
79816603--79816852	86	3.3	72	80	17	290	34	20	18	27	1.96
79816675--79817088	86	4.8	87	95	3	741	33	20	19	26	1.96
79816841--79816865	13	1.9	13	100	0	50	60	8	16	16	1.58
79817016--79817040	13	1.9	13	100	0	50	68	0	16	16	1.22
79828990--79829034	8	5.5	8	84	5	54	64	2	2	31	1.18
79829184--79829248	25	2.7	25	88	6	91	52	4	7	35	1.51
79829270--79829403	25	5.6	25	68	15	77	57	2	4	35	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79829265--79829351	27	3.3	27	70	13	74	58	2	4	34	1.31
79840223--79840258	12	3.0	12	83	0	54	44	2	22	30	1.67
79843826--79843873	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
79843822--79843877	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
79843822--79843873	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
79844028--79844092	25	2.8	24	83	6	80	52	6	7	33	1.55
79844780--79844848	30	2.3	30	97	0	129	20	4	49	26	1.67
79847314--79847340	7	3.9	7	100	0	54	70	0	0	29	0.88
79869469--79869579	47	2.4	47	81	6	136	26	15	22	36	1.94
79873906--79874062	38	3.9	38	84	12	215	34	17	23	24	1.96
79873944--79874106	46	3.7	45	77	14	171	38	16	22	22	1.93
79873895--79874096	84	2.4	84	91	1	316	38	15	22	23	1.93
79874367--79874413	25	2.0	25	83	8	62	53	4	14	27	1.60
79879456--79879548	40	2.3	40	96	0	168	21	19	29	30	1.97
79887893--79888028	40	3.4	40	93	1	236	22	18	30	29	1.97
79887903--79888051	80	1.9	80	87	2	219	24	20	27	27	1.99
79893740--79893774	17	2.1	17	88	0	52	17	17	17	48	1.81
79895063--79895122	29	2.0	30	87	3	86	26	8	30	35	1.86
79895166--79895204	18	2.3	18	86	8	55	69	7	7	15	1.35
79903488--79903537	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
79903613--79903645	15	2.1	16	88	11	50	69	0	0	30	0.88
79905181--79905209	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79909660--79909700	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
79911606--79911639	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
79914953--79915032	21	3.8	21	70	8	72	26	28	30	15	1.96
79915786--79915826	8	4.9	8	87	6	55	73	0	2	24	0.96
79921070--79921400	129	2.5	129	79	7	350	25	21	19	34	1.96
79920780--79921400	132	4.7	130	77	6	497	27	21	18	33	1.97
79922715--79922778	28	2.2	29	81	10	78	42	0	4	53	1.22
79929770--79929886	59	2.0	59	91	3	191	38	9	11	41	1.73
79931537--79931604	34	2.0	34	94	0	118	16	29	20	33	1.94
79934809--79934862	22	2.6	21	82	8	65	35	11	11	42	1.76
79937423--79937499	38	2.0	38	94	0	136	28	27	15	28	1.96
79937468--79937593	48	2.6	48	87	1	182	32	23	14	30	1.94
79941124--79941156	10	3.3	10	84	16	50	60	0	3	36	1.12
79941124--79941167	17	2.6	18	85	7	56	63	0	2	34	1.07
79941869--79941906	2	19.0	2	94	0	67	52	0	0	47	1.00
79942674--79942767	48	2.0	48	87	8	138	19	12	27	40	1.88
79945189--79945282	48	2.0	48	87	8	138	19	12	27	40	1.88
79947622--79947661	19	2.2	19	90	4	64	70	0	30	0	0.88
79948486--79948557	24	3.0	25	72	11	60	19	23	18	38	1.93
79948685--79948787	24	4.3	24	79	4	100	16	27	19	36	1.93
79948685--79948839	48	3.2	48	76	8	116	18	25	20	35	1.95
79948720--79948838	24	4.8	24	72	10	89	18	26	21	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79952509--79952590	37	2.1	39	82	10	98	32	8	3	54	1.48
79953754--79953808	25	2.2	26	96	3	103	29	7	27	36	1.84
79959710--79959812	24	4.2	26	91	8	171	31	5	26	36	1.80
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79966096--79966160	26	2.6	24	80	17	71	0	30	1	67	1.00
79968050--79968085	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
79968292--79968337	20	2.4	19	88	3	65	36	0	2	60	1.09
79968544--79968591	24	1.9	26	84	16	66	35	0	6	58	1.23

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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