genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7589109--7589359	88	2.9	87	83	4	276	34	9	19	36	1.84
7589109--7589357	87	2.9	86	85	4	297	33	9	20	36	1.84
7589172--7589365	88	2.2	88	86	4	277	35	8	19	37	1.81
7592742--7592767	11	2.4	11	100	0	52	26	7	19	46	1.77
7601509--7601548	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
7605303--7605404	43	2.4	43	93	0	168	22	31	21	24	1.98
7607650--7607795	37	4.0	37	91	1	233	24	22	15	36	1.93
7607759--7608125	46	7.6	46	87	7	446	28	22	14	34	1.93
7607802--7608119	52	6.3	52	86	7	426	28	22	13	34	1.93
7607759--7608125	98	3.7	98	85	8	503	28	22	14	34	1.93
7607759--7608111	196	1.8	196	92	0	607	28	22	14	34	1.93
7610524--7610792	138	1.9	138	93	1	459	48	14	10	27	1.75
7612436--7612469	7	4.7	7	96	3	59	17	0	0	82	0.67
7612428--7612469	14	2.9	15	89	7	68	21	0	0	78	0.75
7612424--7612486	8	8.2	8	87	3	51	30	0	0	69	0.88
7612780--7612812	7	4.7	7	100	0	66	45	39	0	15	1.46
7612970--7613013	7	6.3	7	81	0	52	34	50	0	15	1.45
7612970--7613013	14	3.1	14	90	6	63	34	50	0	15	1.45
7613223--7613296	29	2.6	28	81	8	78	67	6	5	20	1.34
7613520--7613608	41	2.2	41	87	0	124	20	23	22	33	1.97
7613671--7613697	12	2.2	12	100	0	54	48	29	14	7	1.71
7621179--7621341	46	3.6	46	94	0	283	36	13	25	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7621306--7621371	29	2.2	30	91	5	116	37	16	22	22	1.93
7621337--7621567	46	5.0	46	89	1	311	41	15	22	19	1.89
7621260--7621417	75	2.1	76	90	2	255	37	14	24	22	1.92
7621214--7621463	121	2.1	122	94	1	448	38	15	24	22	1.92
7621179--7621483	167	1.8	167	93	0	529	38	14	24	22	1.92
7621337--7621567	93	2.5	92	88	2	338	41	15	22	19	1.89
7625477--7625512	17	2.1	17	89	0	54	36	33	16	13	1.89
7628145--7628249	43	2.4	44	80	9	101	37	20	13	28	1.91
7629037--7629099	29	2.1	31	85	11	87	61	9	3	25	1.41
7629136--7629175	11	3.6	11	82	0	53	60	10	10	20	1.57
7632113--7632164	26	2.0	26	100	0	104	34	19	11	34	1.88
7633054--7633311	129	2.0	129	97	0	489	22	25	13	38	1.91
7634342--7634385	19	2.3	19	92	0	70	52	9	0	38	1.33
7637809--7638124	158	2.0	158	100	0	632	37	18	8	35	1.82
7643420--7643474	28	2.0	28	100	0	110	32	7	3	56	1.44
7644282--7644310	6	4.8	6	100	0	58	0	68	0	31	0.89
7647847--7648139	120	2.4	120	94	2	500	41	3	4	50	1.39
7647972--7648013	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
7648101--7648142	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
7648092--7648133	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
7648076--7648359	157	1.8	157	95	1	516	47	3	3	45	1.37
7648438--7648528	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7648509--7648577	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
7648509--7648577	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
7648937--7649127	92	2.1	90	84	4	240	36	22	10	30	1.88
7649441--7649520	10	8.5	10	73	13	55	28	2	1	67	1.11
7649451--7649498	17	2.7	18	78	18	55	25	2	2	70	1.09
7649440--7649534	28	3.5	28	80	12	108	30	2	1	66	1.10
7649441--7649556	9	12.8	9	70	18	71	32	1	1	63	1.14
7649441--7649509	19	3.7	18	75	11	59	26	2	1	69	1.11
7649448--7649509	19	3.4	18	77	18	65	25	3	1	69	1.13
7649415--7649534	38	3.2	37	74	15	97	30	3	2	63	1.24
7651725--7651807	40	2.1	40	86	2	114	51	1	14	32	1.50
7653431--7653505	18	4.0	18	81	8	78	20	10	2	66	1.34
7653492--7653557	17	3.8	18	74	22	52	28	13	0	57	1.37
7653527--7653590	23	2.7	23	88	11	94	26	17	0	56	1.41
7653534--7653580	18	2.6	19	87	12	64	25	17	0	57	1.40
7653527--7653592	5	11.6	5	76	23	60	25	16	0	57	1.39
7653518--7653592	30	2.6	28	87	8	107	28	17	0	54	1.43
7653593--7653652	17	3.4	17	74	19	52	30	5	0	65	1.14
7653951--7654022	5	13.6	5	78	11	56	16	25	1	56	1.48
7653987--7654022	6	6.3	6	96	3	58	16	27	0	55	1.42
7654010--7654063	22	2.5	20	77	16	63	27	9	0	62	1.25
7654164--7654217	12	4.6	12	75	13	58	25	16	1	55	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7654149--7654219	28	2.5	28	86	9	90	26	16	1	54	1.50
7654116--7654217	47	2.2	46	81	11	118	27	17	0	53	1.50
7654210--7654249	18	2.2	19	90	4	64	22	10	0	67	1.20
7654128--7654219	5	17.0	5	72	22	62	27	18	1	53	1.52
7654136--7654242	35	3.0	33	74	19	90	28	15	0	54	1.48
7654321--7654354	11	3.2	11	87	4	52	20	8	0	70	1.13
7654638--7654954	26	13.2	24	67	21	132	24	13	1	59	1.43
7654662--7654922	96	2.7	96	87	3	375	25	13	1	59	1.43
7654798--7654837	19	2.1	19	86	9	55	30	7	0	62	1.23
7654662--7654922	95	2.7	95	87	4	373	25	13	1	59	1.43
7654643--7654912	47	5.6	48	80	10	311	25	13	1	59	1.44
7654853--7654959	21	4.6	22	73	17	65	22	14	0	62	1.32
7654824--7654971	73	2.0	77	90	6	241	22	14	1	61	1.41
7655714--7655755	21	2.0	21	100	0	84	19	38	33	9	1.84
7658744--7658814	25	2.8	25	78	4	72	23	26	18	30	1.97
7660021--7660166	3	47.0	3	69	16	59	63	2	6	28	1.31
7660038--7660101	30	2.2	28	78	13	69	67	0	4	28	1.11
7660038--7660169	22	6.0	21	72	15	90	62	1	6	28	1.29
7660297--7660495	3	66.7	3	66	17	67	60	1	8	30	1.32
7660411--7660494	27	3.2	27	80	9	93	69	0	5	25	1.11
7660426--7660495	34	2.2	32	82	10	90	70	0	2	27	1.02
7670107--7670205	49	2.0	49	92	0	162	46	6	20	27	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7672163--7672208	19	2.4	19	88	0	74	50	10	2	36	1.50
7676696--7676941	61	4.0	61	93	1	379	41	6	12	39	1.69
7693332--7693460	60	2.1	61	94	2	224	41	6	10	41	1.63
7693675--7693701	4	6.8	4	100	0	54	25	0	0	74	0.83
7697859--7697905	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
7701791--7701991	88	2.2	88	80	8	215	40	16	6	35	1.76
7702040--7702096	19	3.0	19	87	12	82	59	0	1	38	1.08
7702107--7702151	18	2.4	20	75	24	53	48	0	6	44	1.29
7702146--7702185	19	2.0	20	86	13	57	60	5	2	32	1.32
7702441--7702523	19	4.6	17	71	14	67	34	2	1	61	1.17
7702424--7702485	27	2.3	27	83	2	72	27	3	1	67	1.15
7702424--7702484	9	6.9	9	70	10	54	26	3	1	68	1.14
7702444--7702502	9	6.0	10	77	15	61	27	3	1	67	1.16
7702560--7702739	90	2.0	91	82	3	220	36	7	17	39	1.77
7703386--7703428	22	2.0	22	100	0	86	32	55	4	6	1.47
7703788--7703955	85	2.0	84	97	1	318	52	16	5	25	1.66
7704534--7704584	3	17.0	3	76	15	52	33	0	1	64	1.05
7704534--7704584	15	3.4	15	89	5	68	33	0	1	64	1.05
7706288--7706321	9	3.6	10	88	11	54	29	0	0	70	0.87
7706291--7706332	19	2.2	19	83	8	50	28	2	4	64	1.26
7709346--7709423	39	2.0	39	94	0	138	51	2	19	26	1.60
7709631--7710434	347	2.3	358	81	7	924	39	16	11	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7712020--7712059	19	2.2	18	95	4	71	82	0	10	7	0.84
7712015--7712066	13	3.8	13	80	12	59	82	0	7	9	0.84
7719248--7719297	26	1.9	26	100	0	100	56	0	2	42	1.11
7722942--7722990	25	2.0	25	84	8	64	46	6	2	44	1.39
7727319--7727404	33	2.5	35	81	7	104	54	3	3	38	1.34
7727714--7727769	19	2.8	20	78	10	71	67	0	1	30	1.01
7727708--7727832	10	13.7	9	66	18	62	64	0	1	33	1.03
7727723--7727808	30	2.8	30	81	6	84	60	0	2	37	1.10
7731934--7732037	3	35.0	3	76	9	88	61	0	8	28	1.32
7732986--7733026	16	2.4	17	80	19	50	73	0	9	17	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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