genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9986408--9986463	23	2.3	24	90	6	87	28	23	21	26	1.99
9986514--9986580	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
9986514--9986569	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
9986524--9986602	20	4.2	19	84	9	58	32	21	8	36	1.85
9986564--9986602	17	2.2	18	86	9	53	33	23	5	38	1.77
9986617--9986664	25	1.9	25	82	0	60	25	14	25	35	1.94
9987850--9987925	6	14.8	5	77	18	61	77	0	5	17	0.94
9987881--9987921	11	3.8	11	90	9	59	80	0	4	14	0.87
9987875--9987925	9	5.4	9	73	17	50	82	0	3	13	0.81
9987870--9987934	12	5.8	11	77	14	53	80	0	6	13	0.90
9993295--9993327	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
9998335--9998381	24	1.9	25	82	4	60	34	21	4	40	1.73
10003852--10004048	55	3.6	54	82	4	236	36	17	25	20	1.95
10003852--10004059	53	3.9	54	82	4	231	35	17	25	21	1.95
10003860--10004084	108	2.1	110	84	5	287	37	17	24	20	1.94
10021960--10021993	16	2.1	17	88	5	52	50	14	14	20	1.78
10024455--10024526	23	3.1	23	80	4	83	62	2	4	30	1.28
10024514--10024579	24	2.6	25	76	19	66	57	0	7	34	1.27
10026252--10026534	88	3.2	87	72	14	274	31	24	15	28	1.96
10026135--10026446	44	7.1	44	75	10	246	29	24	15	30	1.96
10026146--10026577	176	2.5	175	85	3	555	28	24	15	31	1.96
10026390--10026639	131	1.9	132	87	0	367	27	24	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10027767--10027840	23	3.4	22	81	9	89	4	12	0	83	0.77
10027782--10027819	8	4.9	8	83	6	51	2	15	0	81	0.80
10027767--10027840	29	2.6	28	78	17	80	4	12	0	83	0.77
10027767--10027838	7	9.9	7	75	19	58	4	12	0	83	0.79
10030341--10030372	16	1.9	17	93	6	57	0	34	0	65	0.93
10033336--10033407	23	3.1	23	80	4	83	62	1	4	31	1.23
10033395--10033460	24	2.6	25	76	19	66	57	0	7	34	1.27
10035405--10035434	4	7.2	4	96	3	51	73	0	0	26	0.84
10039521--10039576	26	2.2	26	93	6	96	35	23	7	33	1.82
10040224--10040984	205	3.7	205	94	0	1317	28	21	18	31	1.97
10049021--10049057	15	2.5	16	87	12	53	43	10	24	21	1.84
10051778--10051822	21	2.1	21	83	0	54	46	8	22	22	1.79
10053014--10053149	12	11.1	12	67	18	50	59	0	3	36	1.15
10053005--10053149	63	2.3	62	74	14	138	59	0	4	36	1.17
10053165--10053198	12	2.9	12	95	4	61	61	0	0	38	0.96
10055766--10055819	21	2.7	19	82	8	63	44	1	0	53	1.11
10055833--10055883	24	2.4	22	81	18	63	52	1	3	41	1.31
10056053--10056100	13	3.7	13	77	0	60	37	25	6	31	1.81
10057040--10057086	17	2.6	17	90	10	67	27	0	0	72	0.85
10057040--10057086	10	5.0	10	76	23	57	27	0	0	72	0.85
10057028--10057091	17	3.6	17	73	19	58	26	0	1	71	0.94
10063656--10063705	20	2.4	21	81	18	61	32	0	2	66	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10063842--10063901	19	3.2	18	73	13	66	35	3	5	56	1.37
10063989--10064034	18	2.6	18	89	0	65	32	2	2	63	1.19
10063997--10064039	18	2.3	18	84	4	59	39	2	0	58	1.11
10064055--10064105	9	5.6	9	75	11	50	35	0	0	64	0.94
10064066--10064110	18	2.4	18	82	13	56	35	0	0	64	0.94
10064175--10064225	15	3.4	15	76	10	50	25	7	1	64	1.31
10064230--10064264	18	1.9	18	88	0	52	28	2	2	65	1.21
10064225--10064282	30	2.0	30	90	10	93	31	1	3	63	1.21
10064248--10064288	21	2.0	21	85	9	57	29	2	2	65	1.18
10072265--10072300	17	2.1	17	94	0	63	19	22	13	44	1.86
10077005--10077075	31	2.4	29	80	4	79	28	12	9	49	1.73
10080698--10080740	18	2.4	17	81	14	50	60	0	11	27	1.31
10083127--10083514	88	4.4	88	78	8	290	36	20	16	26	1.94
10083214--10083532	88	3.6	87	81	9	371	35	20	17	26	1.95
10083438--10083587	73	2.0	73	88	5	221	31	22	19	27	1.98
10083442--10083843	75	5.2	74	70	15	262	32	20	18	27	1.96
10083521--10083693	89	1.9	89	90	2	276	32	19	19	28	1.96
10083364--10085105	164	10.9	159	75	15	1252	33	20	16	28	1.95
10083829--10083859	16	1.9	16	93	0	53	64	6	12	16	1.47
10083754--10084020	89	3.0	89	85	5	353	37	19	17	25	1.93
10083930--10084332	75	5.2	75	70	13	282	33	21	18	27	1.96
10084010--10084182	89	1.9	89	90	2	276	32	20	18	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10083267--10085273	489	4.2	481	83	10	2156	34	20	16	28	1.94
10084318--10084348	16	1.9	16	93	0	53	64	6	12	16	1.47
10084243--10084418	89	2.0	90	91	1	291	37	19	17	25	1.93
10084335--10085036	73	9.2	73	68	19	299	34	19	15	29	1.93
10084407--10084566	87	1.8	87	93	0	275	34	21	15	28	1.94
10084507--10084630	66	1.9	66	91	0	203	27	24	16	32	1.96
10084652--10085024	75	4.9	74	78	12	389	33	19	16	30	1.94
10084808--10085036	71	3.2	72	83	6	286	34	18	15	31	1.92
10084949--10085215	85	3.1	88	79	6	294	40	19	13	25	1.89
10086852--10086890	12	3.4	11	82	10	51	0	12	2	84	0.72
10089104--10089461	45	7.9	45	67	12	210	26	20	18	33	1.96
10089020--10089458	137	3.2	136	90	4	650	27	20	18	32	1.97
10104402--10104480	39	2.0	39	92	0	131	46	5	22	25	1.72
10111370--10111409	19	2.1	19	100	0	80	50	10	10	30	1.69
10112304--10112377	23	3.1	24	69	17	64	47	0	2	50	1.15
10112306--10112388	26	3.3	25	69	15	73	46	1	2	49	1.22
10115342--10115384	19	2.4	18	82	14	54	51	2	0	46	1.13
10119549--10119590	22	1.9	22	85	0	57	50	2	19	28	1.60
10123465--10123532	32	2.1	33	94	2	120	16	0	32	51	1.45
10124607--10124654	24	2.0	24	83	0	60	33	14	12	39	1.84
10127326--10127546	40	5.6	40	79	6	227	23	26	24	24	2.00
10127326--10127546	121	1.8	118	85	4	309	23	26	24	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10140666--10140707	18	2.3	18	92	8	68	69	2	0	28	1.01
10144340--10144412	18	4.2	17	81	8	76	35	2	0	61	1.10
10144362--10144412	20	2.7	19	87	6	68	37	1	0	60	1.08
10144337--10144426	20	4.5	19	76	15	65	33	2	0	64	1.06
10147584--10147617	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
10152222--10152255	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
10163987--10164038	12	4.7	11	77	15	54	63	0	1	34	1.06
10165593--10166111	44	11.8	43	85	3	619	27	26	15	30	1.96
10187626--10187657	15	2.2	15	94	5	57	37	3	6	53	1.42
10193596--10193644	22	2.3	22	85	3	64	14	10	24	51	1.73
10193609--10193653	22	2.0	22	83	8	56	13	6	24	55	1.62
10194907--10194940	17	2.0	17	94	0	59	41	14	5	38	1.70
10198329--10198368	15	2.5	17	76	23	50	62	2	0	35	1.09
10199059--10199346	127	2.2	129	83	6	363	36	18	17	27	1.94
10202198--10202413	44	4.9	44	67	10	136	21	24	21	32	1.98
10202164--10202413	88	2.9	88	92	0	421	21	24	21	32	1.98
10203186--10203347	61	2.9	54	78	11	164	14	22	17	45	1.84
10203231--10203347	61	1.9	61	89	0	180	14	20	17	47	1.82
10213957--10214263	129	2.4	127	79	6	334	36	20	16	25	1.94
10214047--10214295	129	1.9	131	82	6	310	36	20	16	27	1.93
10224007--10224059	26	2.0	26	82	7	63	24	15	22	37	1.92
10236989--10237047	10	5.6	10	73	11	55	20	5	1	72	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10236989--10237047	21	2.7	23	79	12	70	20	5	1	72	1.12
10238584--10238630	19	2.5	17	81	18	58	38	14	4	42	1.66
10242564--10242666	28	3.5	27	68	23	66	26	26	19	28	1.99
10242696--10242735	20	2.0	20	85	9	55	27	25	20	27	1.99
10245214--10245246	15	2.2	15	94	0	57	57	0	0	42	0.98
10245329--10245372	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
10254200--10254481	40	7.1	40	87	4	396	26	26	21	24	1.99
10254200--10254481	39	7.1	39	87	4	370	26	26	21	24	1.99
10254200--10254481	79	3.6	79	86	5	383	26	26	21	24	1.99
10254200--10254481	118	2.4	119	85	6	401	26	26	21	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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