genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13781936--13781961	12	2.2	12	100	0	52	23	7	15	53	1.67
13787451--13787509	29	2.0	29	100	0	118	40	22	3	33	1.70
13793560--13793613	22	2.5	22	90	0	81	48	16	20	14	1.81
13800562--13800623	22	2.8	22	82	2	79	51	14	14	19	1.76
13801920--13801973	22	2.5	22	78	6	56	70	0	24	5	1.08
13804993--13805167	49	3.5	49	83	3	224	29	25	19	25	1.99
13804974--13805169	49	3.9	49	81	3	221	28	26	20	25	1.99
13804974--13805172	100	2.0	100	91	0	326	28	25	20	25	1.99
13805822--13805881	30	2.0	30	87	6	86	28	25	6	40	1.80
13813772--13813816	19	2.3	19	85	11	56	66	0	8	24	1.20
13814181--13814319	3	46.3	3	74	2	118	59	1	7	31	1.33
13814868--13814924	22	2.6	22	94	0	96	15	43	26	14	1.85
13817152--13817187	18	2.1	17	89	5	54	19	11	16	52	1.73
13824258--13824294	16	2.3	16	90	0	56	70	2	21	5	1.20
13824267--13824312	22	2.1	22	88	8	67	73	0	21	4	1.00
13830031--13830098	22	3.1	22	80	18	79	48	0	0	51	1.00
13830028--13830098	21	3.3	21	80	9	90	47	0	0	52	1.00
13830155--13830215	9	6.1	9	73	19	50	31	0	3	65	1.09
13830142--13830215	30	2.5	30	90	0	112	32	1	2	63	1.17
13830180--13830222	20	2.2	20	87	8	61	34	0	2	62	1.08
13830364--13830441	20	4.0	20	72	6	61	58	0	2	38	1.12
13830895--13830959	20	3.2	20	67	16	62	38	9	3	49	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13830886--13830970	40	2.1	41	97	2	163	37	8	2	51	1.45
13830894--13830981	40	2.2	40	89	4	133	38	7	2	51	1.44
13831173--13831243	17	4.0	17	77	12	72	54	1	1	42	1.17
13831286--13831343	24	2.6	24	78	13	61	37	3	3	55	1.34
13833188--13833291	30	3.5	30	91	0	154	22	25	23	28	1.99
13836615--13836665	11	5.0	10	77	17	52	56	0	0	43	0.99
13836633--13836658	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
13836693--13836805	24	4.7	23	68	21	70	59	1	0	38	1.08
13836693--13836803	25	4.5	24	70	22	79	59	1	0	38	1.08
13836765--13836790	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
13836755--13836825	29	2.4	27	82	13	79	59	1	1	38	1.15
13836753--13836937	21	8.8	21	66	23	61	55	1	1	41	1.19
13836890--13836946	23	2.4	24	82	5	71	54	5	0	40	1.23
13838664--13838708	22	2.0	22	83	8	56	33	4	6	55	1.46
13841944--13842050	56	1.9	55	90	1	169	42	11	5	40	1.64
13844337--13844435	43	2.3	43	89	0	153	31	28	17	23	1.97
13844470--13844512	22	1.9	23	85	4	61	37	0	4	58	1.19
13848689--13848733	16	2.8	16	83	10	56	40	0	0	60	0.97
13849580--13849608	15	2.0	15	93	6	51	44	27	0	27	1.54
13849631--13849726	49	2.0	46	90	6	147	41	25	3	30	1.70
13849697--13849741	14	3.2	14	80	0	54	48	24	0	26	1.51
13849646--13849730	21	3.7	21	71	19	71	42	27	2	28	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13849899--13850035	41	3.4	40	87	6	186	18	22	21	37	1.94
13849899--13850053	41	3.8	40	83	3	157	21	22	20	34	1.96
13857845--13857950	26	4.1	26	92	0	176	32	6	25	35	1.82
13864853--13864960	26	4.2	26	89	4	173	31	6	25	37	1.81
13869573--13869750	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
13869594--13869749	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
13877620--13877797	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
13877641--13877796	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
13883793--13883841	26	2.0	24	84	8	62	28	0	8	63	1.23
13884415--13884476	30	2.1	30	90	0	97	33	6	4	54	1.47
13885059--13885546	222	2.2	222	78	2	487	35	21	17	26	1.95
13885268--13885979	365	2.0	365	82	2	874	35	21	18	24	1.95
13898599--13898636	16	2.3	17	90	4	60	26	5	2	65	1.27
13904844--13904894	24	2.1	24	88	0	75	41	5	5	47	1.52
13908086--13908148	30	2.1	31	93	3	110	25	3	14	57	1.52
13908099--13908162	30	2.1	30	82	5	76	25	4	15	54	1.60
13909431--13909479	25	2.0	25	83	0	62	51	6	14	28	1.66
13911564--13911627	24	2.7	24	87	0	83	39	4	9	46	1.57
13916029--13916081	24	2.2	24	86	6	72	37	5	11	45	1.64
13917914--13917955	21	2.0	21	95	0	75	33	11	23	30	1.91
13919677--13919728	26	2.0	25	85	3	68	65	3	0	30	1.10
13921605--13921859	29	8.9	29	73	12	186	37	14	26	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13921623--13921845	84	2.6	85	85	4	279	38	14	26	21	1.92
13921681--13921730	26	1.9	26	84	8	66	44	18	24	14	1.86
13921605--13921859	58	4.4	58	75	11	211	37	14	26	21	1.92
13929502--13929600	39	2.5	39	93	0	162	29	4	22	44	1.71
13937787--13937837	16	2.8	18	77	17	52	33	3	0	62	1.13
13944983--13945159	50	3.5	50	91	0	273	34	14	23	27	1.93
13945135--13945438	31	9.8	31	91	0	482	27	18	27	26	1.98
13950646--13950680	13	2.6	14	86	9	54	62	0	0	37	0.95
13950650--13950688	18	2.2	18	86	9	53	66	0	2	30	1.05
13951548--13951580	13	2.4	14	90	5	50	30	3	0	66	1.06
13951848--13951885	16	2.2	18	86	9	53	50	0	2	47	1.15
13953628--13953672	23	2.0	23	95	4	83	42	4	13	40	1.64
13958325--13958349	13	1.9	13	100	0	50	64	16	8	12	1.49
13959015--13959043	15	1.9	15	100	0	58	41	34	0	24	1.55
13963394--13963435	22	1.9	22	100	0	84	50	4	9	35	1.56
13964719--13964845	60	2.1	58	82	13	152	31	14	10	43	1.79
13965375--13965440	30	2.1	33	91	8	111	53	9	0	37	1.33
13972347--13972373	14	1.9	14	100	0	54	74	0	0	25	0.83
13991478--13991516	19	2.1	19	85	9	53	25	20	2	51	1.60
13994946--13994987	20	2.0	20	86	4	57	47	0	16	35	1.47
13998571--13998628	30	1.9	31	85	3	82	44	6	22	25	1.77
13999052--13999227	46	3.8	45	76	10	167	20	19	29	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13999049--13999220	93	1.8	93	91	0	281	20	20	29	29	1.98
14005231--14005375	59	2.4	59	93	1	245	55	7	4	32	1.49
14014588--14014654	20	3.2	21	73	19	59	28	1	5	64	1.26
14014622--14014659	20	1.9	20	88	0	58	39	0	5	55	1.23
14014683--14014729	20	2.4	20	85	3	60	38	2	4	55	1.31
14024890--14024984	47	2.0	47	97	0	181	33	17	22	26	1.96
14037836--14037889	25	2.2	24	83	3	63	37	24	22	16	1.94
14046505--14046581	28	2.8	28	72	14	79	35	23	0	41	1.55
14046619--14046665	18	2.6	19	80	10	53	59	6	0	34	1.23
14046850--14046897	22	2.1	22	85	11	62	29	25	0	45	1.53
14063708--14063814	29	3.8	28	76	8	110	24	31	14	28	1.95
14063710--14063822	58	2.0	57	84	5	147	24	30	14	30	1.94
14064030--14064073	16	2.8	16	82	0	61	11	18	15	54	1.70
14067671--14067800	65	2.0	65	92	0	215	31	15	20	32	1.94
14068327--14068358	14	2.3	14	94	0	55	34	46	15	3	1.62
14075474--14075785	44	6.7	46	73	13	210	23	29	18	28	1.98
14081012--14081135	28	4.4	28	91	1	176	33	28	12	26	1.92
14089009--14089132	28	4.4	28	91	1	176	33	28	12	26	1.92
14097832--14097929	22	4.4	22	84	5	135	26	20	19	33	1.96
14097832--14097926	45	2.1	44	90	5	147	27	20	18	33	1.96
14103108--14103168	26	2.3	26	85	0	77	42	18	16	22	1.89
14103407--14103431	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14106337--14106423	6	14.7	6	80	5	97	77	0	3	19	0.92
14116800--14116839	21	2.0	20	85	5	53	22	27	37	12	1.90
14119905--14119956	27	2.0	26	81	11	61	3	15	7	73	1.21
14119905--14119956	26	2.0	27	84	3	70	3	15	7	73	1.21
14119974--14120018	8	5.4	8	82	10	54	37	0	0	62	0.96
14119955--14120011	18	3.2	17	83	14	71	35	1	0	63	1.05
14119955--14120018	5	12.6	5	74	21	53	35	1	0	62	1.05
14119958--14120020	18	3.7	17	83	10	67	36	1	0	61	1.05
14127233--14127459	47	4.8	49	74	10	172	22	29	18	30	1.97
14127327--14127497	46	3.7	46	75	6	139	22	28	18	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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