genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.249.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79981430--79981478	18	2.4	21	77	22	59	26	0	8	65	1.20
79981438--79981478	18	2.2	20	91	8	68	21	0	9	68	1.18
79981479--79981511	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
79982118--79982195	39	2.0	39	97	0	147	52	17	6	23	1.67
79983919--79983961	22	1.9	23	85	4	61	23	46	20	9	1.79
79986145--79986395	131	1.9	132	85	2	344	29	20	19	30	1.97
79986145--79986426	131	2.1	132	82	1	334	31	19	18	31	1.95
79987419--79987471	25	2.1	25	83	13	65	30	5	7	56	1.50
79987796--79987847	22	2.3	24	83	9	65	30	1	7	59	1.36
79990194--79990259	30	2.2	31	83	2	80	50	13	7	28	1.69
79995360--79995403	20	2.1	21	87	4	63	29	0	9	61	1.27
79995767--79995811	24	1.9	23	86	4	63	33	11	0	55	1.35
80005384--80005438	16	3.4	16	87	0	83	36	7	27	29	1.84
80005420--80005511	44	2.0	44	83	8	114	33	4	26	35	1.76
80005546--80005604	29	2.0	29	100	0	118	30	20	13	35	1.91
80005646--80005771	58	2.2	58	86	2	182	53	3	0	43	1.16
80005633--80005799	58	2.9	57	81	8	171	53	2	1	42	1.21
80011871--80012030	85	1.9	85	82	7	200	33	20	20	25	1.97
80013056--80013094	14	2.9	14	88	3	62	48	2	0	48	1.15
80016483--80016520	20	1.9	20	88	0	58	31	0	7	60	1.25
80022832--80022859	14	2.0	14	100	0	56	35	21	7	35	1.81
80023392--80023437	23	2.0	23	100	0	92	39	13	13	34	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80026071--80026208	73	1.9	73	93	0	240	21	32	14	31	1.93
80027382--80027411	9	3.4	9	95	4	53	6	0	0	93	0.35
80033514--80033553	19	2.0	20	86	13	57	32	0	5	62	1.17
80034546--80034608	29	2.1	30	85	2	83	26	6	1	65	1.26
80035365--80035411	25	2.0	23	84	12	60	29	12	6	51	1.65
80035872--80035919	24	2.0	24	83	0	60	50	2	0	47	1.12
80036609--80036801	91	2.1	91	87	4	273	25	16	25	32	1.96
80036700--80036937	132	1.8	132	95	0	431	24	16	26	32	1.96
80037181--80037228	21	2.3	21	77	0	51	27	2	25	45	1.64
80037241--80037287	22	2.1	22	84	7	60	14	0	27	57	1.38
80037263--80037294	16	2.1	15	94	5	55	18	0	25	56	1.42
80037271--80037319	22	2.2	21	82	10	62	18	0	28	53	1.45
80037282--80037325	22	2.0	22	90	0	70	13	0	36	50	1.42
80037491--80037530	14	2.9	14	84	0	53	15	2	35	47	1.58
80037938--80038150	47	4.5	47	93	0	372	35	16	15	32	1.90
80038001--80038078	18	3.1	27	61	35	66	41	14	12	32	1.83
80041097--80041335	73	3.3	72	80	11	263	23	22	15	38	1.92
80041097--80041347	111	2.3	109	82	6	319	23	22	15	38	1.92
80041057--80041444	184	2.1	185	83	6	475	24	20	14	39	1.91
80041097--80041384	111	2.6	109	80	9	266	24	21	15	38	1.92
80042756--80042800	21	2.1	21	84	8	56	37	0	17	44	1.49
80043113--80043179	25	2.7	25	79	2	64	16	23	19	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80045724--80045762	16	2.4	16	87	8	53	71	0	28	0	0.86
80047843--80048121	46	6.0	46	88	5	389	40	13	24	22	1.89
80047850--80048168	96	3.4	96	89	3	407	41	13	23	21	1.89
80047843--80048120	142	2.0	138	88	4	414	40	12	24	22	1.89
80050101--80050214	43	2.7	42	77	9	113	49	9	5	35	1.58
80051051--80051134	41	2.0	41	88	0	123	50	13	14	22	1.77
80051788--80051830	11	3.7	11	79	11	50	37	4	6	51	1.50
80054548--80054595	14	3.7	13	81	15	55	22	0	4	72	1.01
80054546--80054605	25	2.4	26	83	8	72	23	0	5	71	1.05
80056026--80056092	23	3.0	22	83	12	82	43	0	2	53	1.16
80056054--80056135	35	2.3	35	80	16	96	37	0	2	59	1.11
80056021--80056100	22	3.5	22	81	13	90	41	0	3	55	1.18
80056091--80056152	21	3.0	21	81	13	74	37	0	3	59	1.13
80056117--80056165	23	2.2	23	85	7	66	48	0	0	51	1.00
80056117--80056165	22	2.2	21	80	16	55	48	0	0	51	1.00
80056189--80056246	28	2.1	28	84	12	75	34	1	3	60	1.24
80056421--80056490	30	2.3	30	85	9	88	58	0	0	41	0.98
80056438--80056566	13	9.2	14	67	19	65	55	3	2	38	1.28
80056517--80056596	24	3.3	25	84	11	89	60	3	0	36	1.15
80056517--80056619	24	4.3	23	80	15	88	60	4	0	34	1.18
80056538--80056586	14	3.9	14	77	22	63	61	4	0	34	1.15
80056670--80056743	20	3.6	20	83	7	94	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80056671--80056738	22	3.1	22	85	10	95	54	0	0	45	0.99
80056421--80056744	139	2.4	136	78	9	347	55	3	2	38	1.27
80056708--80056803	33	2.9	33	84	7	115	61	2	1	35	1.15
80056772--80056815	22	2.0	23	86	4	63	61	2	0	36	1.09
80056889--80056958	21	3.4	20	82	9	79	54	0	0	45	0.99
80056915--80056973	14	4.9	14	66	33	55	61	0	0	38	0.96
80056904--80056960	20	2.8	20	87	10	80	61	0	0	38	0.96
80056919--80057017	33	3.0	32	88	8	137	58	1	1	39	1.12
80056588--80057072	216	2.2	216	91	1	776	54	3	2	39	1.30
80056957--80056999	22	2.0	22	86	9	61	58	2	2	37	1.24
80060666--80060719	3	17.7	3	84	3	54	37	7	0	55	1.28
80061853--80061988	40	3.4	40	84	2	164	36	19	20	23	1.95
80061822--80061988	40	4.1	40	80	3	156	37	19	20	23	1.94
80063219--80063253	8	4.5	8	96	3	63	88	0	0	11	0.51
80063204--80063254	7	7.0	7	86	4	57	80	0	0	19	0.71
80063253--80063284	7	4.6	7	100	0	64	40	0	0	59	0.97
80066207--80066237	15	2.0	16	93	6	55	51	3	6	38	1.44
80068781--80068899	43	2.8	43	90	0	166	28	17	26	26	1.98
80068781--80068922	43	3.3	43	86	0	140	26	18	26	29	1.98
80077022--80077055	17	2.0	17	88	0	50	44	2	11	41	1.56
80079347--80079378	16	2.0	16	93	0	55	34	0	6	59	1.23
80079348--80079382	18	1.9	18	94	0	61	34	0	5	60	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80081922--80081999	23	3.3	23	71	7	59	48	1	2	47	1.23
80082429--80082507	41	1.9	41	92	0	131	35	17	11	35	1.86
80088498--80088681	39	4.6	39	86	6	242	12	26	23	37	1.90
80088510--80088681	83	2.1	78	84	5	218	12	26	23	37	1.90
80091801--80091842	20	2.0	21	86	4	59	42	0	0	57	0.99
80094054--80094320	89	3.0	89	91	1	419	39	22	20	17	1.92
80101192--80101244	20	2.7	20	90	0	79	24	20	22	32	1.98
80102112--80102154	23	1.9	22	90	4	68	6	0	30	62	1.21
80102112--80102154	22	1.9	23	86	13	63	6	0	30	62	1.21
80104562--80104642	26	3.0	26	77	14	83	64	3	1	30	1.19
80104590--80104630	17	2.3	19	88	12	61	63	0	0	36	0.95
80104590--80104630	8	4.8	8	85	14	55	63	0	0	36	0.95
80104587--80104638	9	5.7	9	80	11	52	63	0	0	36	0.95
80104551--80104618	9	7.6	9	74	12	52	67	2	1	27	1.13
80105137--80105181	23	1.9	24	90	4	74	28	2	0	68	1.01
80105161--80105231	16	4.3	16	74	19	58	35	1	1	61	1.13
80106621--80106656	14	2.6	14	86	0	54	86	0	13	0	0.58
80120035--80120108	21	3.3	21	65	17	58	40	5	4	50	1.44
80120014--80120108	47	2.0	47	97	0	181	43	4	4	48	1.41
80121209--80121263	25	2.2	25	77	6	58	47	3	1	47	1.30
80131598--80131674	32	2.4	32	80	0	91	44	6	24	24	1.77
80131912--80131951	21	1.9	21	84	0	53	30	17	5	47	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80136103--80136179	32	2.4	32	80	0	91	44	6	24	24	1.77
80136384--80136410	12	2.2	12	100	0	54	22	7	0	70	1.12
80137664--80137694	15	2.1	15	93	0	53	64	12	9	12	1.50
80137909--80137948	21	1.9	21	94	0	71	42	15	15	27	1.86
80139963--80140029	20	3.4	19	75	8	55	56	1	4	37	1.29
80140557--80140656	18	5.3	19	65	17	55	30	3	5	62	1.32
80146295--80146374	39	2.1	39	97	0	151	36	16	12	35	1.86
80149229--80149287	29	2.0	29	100	0	118	40	13	8	37	1.75
80149405--80149442	19	2.0	19	100	0	76	26	26	10	36	1.89
80154630--80154689	30	2.0	31	83	3	77	30	5	10	55	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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