genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7900958--7901042	25	3.4	24	76	13	84	63	2	0	34	1.07
7911118--7911172	28	2.0	28	89	10	87	29	34	21	14	1.93
7911228--7911283	27	2.0	30	83	16	75	28	35	23	12	1.91
7911086--7911346	109	2.4	108	81	14	322	29	29	19	20	1.97
7921051--7921102	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
7920972--7921341	103	3.6	105	93	3	633	18	20	30	30	1.97
7921256--7921307	27	1.9	27	96	0	95	13	25	32	28	1.93
7922549--7922885	162	2.1	163	82	1	408	36	17	16	29	1.92
7924028--7924314	148	1.9	148	91	1	468	38	16	17	28	1.91
7926170--7926300	67	2.0	65	80	14	144	48	3	0	48	1.20
7931767--7932073	162	1.9	164	79	7	356	35	17	17	28	1.93
7933239--7933275	18	2.1	18	94	0	65	48	21	10	18	1.78
7933280--7933950	162	4.1	162	91	0	1018	36	16	19	27	1.93
7935965--7936055	24	3.5	24	77	21	101	41	0	28	29	1.56
7935968--7936035	32	2.1	33	97	2	129	41	0	27	30	1.56
7936530--7936583	24	2.2	24	100	0	108	42	0	25	31	1.55
7936001--7937017	509	2.0	515	90	5	1609	31	15	15	37	1.89
7943402--7943485	30	2.7	31	83	5	109	59	2	1	36	1.18
7945070--7945161	30	3.0	30	87	1	130	35	0	43	20	1.52
7945132--7945172	21	2.0	21	85	9	57	43	0	34	21	1.53
7947570--7948131	162	3.5	162	83	0	678	37	17	17	27	1.92
7951596--7951638	17	2.6	17	82	13	54	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7952240--7952285	23	2.0	23	87	8	67	41	4	15	39	1.67
7952562--7952642	30	2.7	30	92	0	126	44	7	24	23	1.79
7954130--7954195	32	2.1	32	97	0	123	40	16	7	34	1.77
7957178--7957247	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
7964965--7965034	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
7974195--7974297	18	5.7	18	76	0	98	35	17	13	33	1.89
7974195--7974306	36	3.1	35	80	2	116	34	17	14	33	1.90
7975719--7975780	28	2.2	28	85	5	90	48	6	0	45	1.28
7976096--7976143	20	2.4	20	74	22	55	39	18	4	37	1.70
7976970--7977020	16	3.4	16	73	15	63	23	7	5	62	1.44
7976961--7977021	29	2.1	28	93	3	104	21	6	4	67	1.33
7985073--7985201	26	5.0	26	77	7	118	59	6	5	27	1.45
7985275--7985307	6	5.5	6	100	0	66	84	0	0	15	0.61
7985311--7985370	26	2.4	26	86	5	79	61	3	1	33	1.22
7985351--7985470	50	2.4	50	84	4	152	60	3	8	27	1.41
7985351--7985475	25	4.9	26	69	12	80	61	3	8	27	1.39
7987232--7987269	18	2.1	18	100	0	76	42	0	0	57	0.98
7989083--7989137	26	2.2	25	83	9	67	29	5	3	61	1.35
7989615--7989685	27	2.6	28	76	12	78	54	1	1	42	1.17
7990080--7990125	21	2.2	21	100	0	92	34	17	8	39	1.80
8000555--8000588	17	2.1	15	89	10	50	0	23	2	73	0.97
8004861--8004922	3	20.7	3	100	0	124	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8009432--8009633	41	4.9	41	87	2	282	32	22	25	20	1.98
8009792--8009869	14	5.2	14	73	14	66	26	1	25	46	1.61
8009924--8010020	14	6.7	15	67	20	64	22	0	38	39	1.55
8009909--8010021	7	15.9	7	69	14	54	23	0	38	38	1.55
8010691--8010720	15	2.0	15	100	0	60	26	20	13	40	1.89
8012762--8012805	21	2.0	22	82	4	54	27	9	15	47	1.76
8014106--8014226	42	2.9	43	83	3	147	23	16	32	27	1.96
8014098--8014239	43	3.3	43	84	2	189	21	15	30	31	1.95
8014359--8014648	156	1.9	156	84	2	395	35	18	16	29	1.93
8018154--8018207	15	3.3	15	74	18	54	44	0	1	53	1.11
8018240--8018276	16	2.3	17	81	13	51	40	2	0	56	1.13
8018246--8018275	16	1.9	16	93	6	53	40	3	0	56	1.16
8018284--8018329	20	2.2	22	88	7	69	54	0	0	45	0.99
8020442--8020509	19	3.6	18	74	20	59	50	0	2	47	1.16
8029278--8029302	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8029294--8029325	16	2.0	16	100	0	64	43	12	6	37	1.68
8030920--8030980	24	2.6	23	76	7	59	57	9	6	26	1.55
8035565--8035633	25	2.7	26	80	4	79	21	24	15	37	1.93
8035727--8035787	25	2.4	25	81	5	70	22	29	21	26	1.99
8041399--8041424	13	2.0	13	100	0	52	38	23	23	15	1.92
8041791--8041943	83	1.9	82	88	4	236	34	18	18	27	1.95
8042539--8042563	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8046971--8046996	13	2.0	13	100	0	52	15	0	0	84	0.62
8049086--8049167	41	2.0	41	100	0	164	43	14	2	39	1.59
8049434--8049503	21	3.4	20	71	13	61	42	22	22	11	1.85
8049500--8049572	19	3.8	19	80	3	83	46	21	20	10	1.81
8049488--8049578	39	2.3	39	96	0	164	43	23	21	10	1.84
8049434--8049578	20	7.2	20	71	8	107	43	22	22	11	1.85
8051672--8051714	18	2.3	19	84	4	52	6	4	32	55	1.47
8061214--8061260	19	2.5	19	86	6	60	29	4	2	63	1.25
8061205--8061260	20	2.7	19	78	13	58	35	3	1	58	1.26
8063175--8063223	16	2.9	17	77	16	57	2	20	0	77	0.87
8066762--8066812	18	2.8	18	72	16	52	31	0	5	62	1.19
8067957--8067992	15	2.3	16	90	4	56	44	0	11	44	1.39
8068770--8068830	32	1.9	31	83	12	79	44	3	13	39	1.60
8072667--8072716	21	2.4	21	83	9	59	58	2	4	36	1.29
8073255--8073301	21	2.4	19	80	16	51	57	14	4	23	1.55
8073732--8073785	28	2.0	27	82	10	65	50	22	5	22	1.70
8078754--8078780	6	4.5	6	100	0	54	48	37	0	14	1.45
8080241--8080293	25	2.2	24	83	10	63	56	3	1	37	1.28
8080375--8080462	29	3.0	28	80	6	86	30	9	10	50	1.67
8081400--8081448	21	2.3	20	83	13	62	42	0	4	53	1.20
8081942--8082000	31	1.9	31	92	0	100	27	5	11	55	1.56
8082124--8082152	11	2.6	11	100	0	58	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8086397--8086498	3	34.3	3	77	13	86	27	4	2	64	1.28
8086405--8086462	16	3.6	16	78	15	66	27	8	1	62	1.35
8086491--8086529	15	2.6	14	88	8	51	28	2	7	61	1.37
8086742--8086790	3	17.0	3	79	8	57	30	2	2	65	1.15
8086755--8086790	17	2.1	17	94	0	63	33	0	0	66	0.92
8086840--8086865	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
8086963--8087047	11	7.5	10	73	20	62	31	3	4	60	1.35
8086965--8087047	22	3.7	21	81	16	96	31	3	4	60	1.35
8086963--8087064	24	4.3	23	77	16	102	31	5	4	57	1.44
8087116--8087197	40	2.1	39	81	6	94	34	6	3	56	1.42
8087261--8087331	21	3.5	20	71	19	58	35	2	1	60	1.20
8087364--8087394	13	2.4	13	94	0	53	41	0	3	54	1.16
8090089--8090188	16	6.2	16	91	0	164	29	0	36	35	1.58
8090169--8090278	45	2.6	41	78	9	116	32	5	29	32	1.80
8090404--8090445	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
8090413--8090454	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
8090439--8090626	61	3.1	61	70	14	208	48	7	1	42	1.40
8090407--8090636	120	1.9	120	100	0	460	49	6	1	41	1.40
8090523--8090574	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
8090442--8090625	59	3.1	59	67	22	175	48	7	1	41	1.41
8099836--8099964	50	2.5	51	87	2	188	34	15	23	26	1.94
8099940--8100086	31	4.7	31	89	0	213	27	19	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8100108--8100229	47	2.6	46	84	1	145	27	15	27	29	1.96
8100157--8100282	49	2.6	49	88	3	177	28	14	26	30	1.95
8106282--8106316	13	2.7	13	95	0	61	28	8	22	40	1.84
8110377--8110410	7	5.0	7	96	3	61	58	14	11	14	1.63
8118347--8118385	19	2.1	19	100	0	78	25	23	20	30	1.98
8121237--8121290	22	2.4	23	75	3	56	51	7	9	31	1.61
8121719--8121768	3	16.7	3	95	0	73	60	0	6	34	1.21
8122818--8122847	15	1.9	16	93	6	53	6	0	46	46	1.29
8123177--8123496	43	7.4	43	73	12	219	28	20	19	31	1.97
8123202--8123498	85	3.5	85	72	13	241	27	21	19	31	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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