genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.23.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6267515--6267552	1	38.0	1	94	0	67	0	2	0	97	0.18
6267676--6267906	118	2.0	118	92	0	381	29	30	16	23	1.96
6268629--6268709	42	1.9	42	89	0	126	24	13	34	27	1.93
6268794--6268878	10	7.9	10	75	19	50	77	0	2	20	0.88
6268811--6268877	7	9.9	7	81	10	52	77	0	2	19	0.89
6268795--6268867	22	3.5	20	75	14	67	79	0	2	17	0.85
6272431--6272476	15	3.1	15	81	9	58	63	0	15	21	1.31
6284174--6284202	14	2.0	15	93	6	51	34	13	10	41	1.79
6300251--6300421	46	3.6	46	84	4	182	20	22	15	41	1.89
6300302--6300435	46	2.9	46	89	0	196	23	23	14	38	1.91
6304258--6304342	18	4.8	18	84	5	111	29	23	15	31	1.95
6311859--6311916	26	2.3	26	96	3	109	34	13	13	37	1.85
6319482--6319526	17	2.8	16	83	12	56	62	2	2	33	1.20
6320445--6320486	18	2.4	17	80	11	50	54	2	2	40	1.26
6320965--6321009	18	2.5	18	92	0	72	44	2	13	40	1.56
6323905--6323959	25	2.1	25	86	10	74	1	41	0	56	1.10
6323913--6323959	13	3.7	13	83	8	53	2	40	0	57	1.11
6324135--6324159	13	1.9	13	100	0	50	16	4	0	80	0.87
6325655--6325712	6	9.7	6	75	7	55	12	5	5	77	1.09
6329009--6329048	20	2.0	20	90	4	64	22	27	32	17	1.96
6334711--6334879	46	3.7	44	74	17	121	30	18	27	23	1.98
6334756--6334972	46	4.7	47	76	12	182	29	18	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6344657--6344719	21	3.0	20	79	4	63	33	23	31	11	1.90
6346581--6346627	6	7.8	6	90	0	58	19	4	0	76	0.95
6346585--6346627	18	2.4	18	92	0	68	20	4	0	74	1.00
6346585--6346638	18	2.9	19	78	13	51	20	3	3	72	1.16
6349487--6349519	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
6359678--6359706	14	2.0	15	93	6	51	34	13	10	41	1.79
6367614--6367692	31	2.6	30	78	6	86	22	13	31	31	1.93
6376856--6376895	15	2.7	15	85	11	55	15	7	0	77	0.98
6376856--6376895	16	2.6	16	88	7	57	15	7	0	77	0.98
6388350--6388442	45	2.1	45	93	0	159	41	7	21	29	1.80
6394952--6395003	24	2.2	24	92	0	86	30	1	9	57	1.42
6397878--6397975	18	5.5	18	90	4	155	40	11	11	36	1.77
6397878--6397973	35	2.7	35	93	3	156	40	11	10	37	1.76
6398451--6398516	17	3.9	17	73	16	66	34	1	0	63	1.04
6398493--6398542	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
6404259--6404296	15	2.6	14	88	12	58	84	0	13	2	0.73
6405189--6405368	44	4.1	44	75	5	175	32	15	23	28	1.95
6405360--6405953	119	5.0	119	92	0	945	33	17	18	30	1.94
6405877--6406145	83	3.2	83	94	0	475	31	20	20	27	1.98
6406539--6406636	17	5.5	17	83	7	124	40	10	12	36	1.77
6406539--6406636	18	5.5	18	85	4	137	40	10	12	36	1.77
6406530--6406634	35	2.9	35	91	4	156	40	9	12	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6407113--6407178	17	3.9	17	73	16	66	34	1	0	63	1.04
6407155--6407204	26	1.9	26	83	0	64	36	4	0	60	1.16
6411527--6411602	38	2.0	38	100	0	152	36	26	15	21	1.93
6427428--6427463	18	1.9	18	88	5	54	47	5	25	22	1.73
6434109--6434149	19	2.2	19	100	0	82	24	14	0	60	1.34
6450057--6450124	22	3.1	21	89	8	100	11	5	14	67	1.39
6457263--6457295	15	2.2	15	100	0	66	6	30	30	33	1.82
6458347--6458371	13	1.9	13	100	0	50	28	0	8	64	1.22
6476041--6476078	19	2.1	18	85	14	51	26	7	10	55	1.61
6477482--6477534	26	2.0	26	85	10	72	50	0	24	24	1.49
6481150--6481174	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
6489658--6489717	27	2.2	27	96	3	111	36	23	10	30	1.87
6491669--6491695	5	5.4	5	100	0	54	22	0	0	77	0.76
6497728--6497784	29	2.0	29	89	0	87	26	24	29	19	1.98
6497794--6497828	18	1.9	18	88	0	52	8	14	40	37	1.76
6501189--6501225	19	1.9	19	94	0	65	10	29	37	21	1.88
6516538--6516585	13	3.7	13	82	0	60	27	8	27	37	1.85
6520375--6520405	3	10.3	3	92	0	53	64	0	3	32	1.09
6524733--6524773	21	2.0	21	81	18	50	21	26	19	31	1.97
6530792--6530827	18	2.0	18	88	0	54	22	16	11	50	1.77
6546591--6546622	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
6546962--6546988	9	3.0	9	100	0	54	33	33	11	22	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6552948--6553047	38	2.6	38	81	10	98	49	4	1	46	1.27
6552986--6553047	27	2.3	27	75	5	63	48	3	0	48	1.17
6555227--6555266	21	1.9	21	90	10	64	7	10	5	77	1.11
6555581--6555607	13	2.1	13	100	0	54	74	0	0	25	0.83
6561928--6561956	13	2.1	14	93	6	51	27	0	0	72	0.85
6561955--6562004	16	3.0	16	76	5	55	68	8	0	24	1.16
6562194--6562238	11	4.1	11	77	11	56	62	4	17	15	1.49
6574327--6574356	9	3.3	9	90	0	51	30	0	13	56	1.37
6576246--6576290	22	2.0	22	82	0	54	60	13	6	20	1.55
6576425--6576488	32	2.0	32	100	0	128	31	12	12	43	1.80
6578583--6578617	17	2.1	17	94	0	61	28	25	20	25	1.99
6583959--6584009	22	2.3	23	80	13	61	27	7	1	62	1.33
6585717--6585811	49	2.0	49	93	2	156	29	8	11	50	1.68
6589056--6589129	32	2.3	33	81	11	91	44	9	5	40	1.60
6590535--6590658	33	3.8	33	95	0	221	29	41	9	18	1.82
6594752--6594791	21	1.9	21	89	0	62	7	12	5	75	1.18
6594854--6594892	4	9.2	4	86	8	51	30	0	0	69	0.89
6594854--6594892	13	3.1	13	85	7	53	30	0	0	69	0.89
6595757--6595790	16	2.1	17	88	5	52	52	0	2	44	1.16
6595867--6595917	21	2.4	21	100	0	102	56	11	0	31	1.35
6599437--6599518	26	3.2	26	94	0	146	36	25	6	31	1.81
6602361--6602506	53	2.7	53	89	4	204	30	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6606623--6606668	20	2.3	20	80	0	56	43	0	2	54	1.12
6617554--6617592	15	2.6	14	84	8	51	43	5	2	48	1.38
6622982--6623157	50	3.5	49	84	4	219	36	15	20	27	1.93
6623133--6623366	31	7.5	31	90	0	351	30	20	25	23	1.98
6623373--6623401	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
6623410--6623619	47	4.5	48	83	8	204	29	13	27	29	1.94
6623500--6623664	42	3.7	43	80	11	165	30	13	27	28	1.94
6624950--6624977	13	2.2	13	100	0	56	0	14	7	78	0.95
6625005--6625041	18	2.1	18	89	0	56	54	8	0	37	1.30
6625230--6625286	24	2.4	24	80	13	82	35	17	0	47	1.48
6625280--6625304	13	1.9	13	100	0	50	32	20	0	48	1.50
6626241--6626270	15	2.0	15	100	0	60	53	6	13	26	1.64
6627170--6627206	3	12.3	3	94	0	65	0	32	2	64	1.07
6628468--6628507	18	2.2	18	90	0	62	7	32	5	55	1.50
6632554--6632713	63	2.5	63	82	7	173	36	6	21	36	1.79
6636126--6636172	24	2.0	24	83	8	60	57	25	4	12	1.54
6636421--6636450	13	2.3	13	94	0	51	40	10	6	43	1.64
6639518--6639576	29	2.0	30	90	3	93	28	25	8	37	1.85
6646491--6646667	47	3.8	47	80	13	213	29	28	19	23	1.98
6646499--6646669	94	1.8	93	91	3	281	28	28	19	23	1.98
6648982--6649097	43	2.7	43	95	1	207	23	22	30	24	1.99
6652514--6652550	18	2.1	18	94	0	65	54	0	0	45	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6652514--6652552	19	2.1	18	90	4	60	53	0	0	46	1.00
6655123--6655177	27	2.0	27	100	0	110	52	3	25	18	1.61
6664962--6664989	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
6668578--6668702	57	2.2	58	88	1	180	28	13	23	35	1.92
6680929--6680953	8	3.1	8	100	0	50	12	36	24	28	1.91
6684009--6684148	70	2.0	70	95	0	253	28	17	22	32	1.96
6689339--6689424	43	2.0	43	100	0	172	46	6	20	25	1.76
6693374--6693462	39	2.3	38	84	1	106	12	11	37	39	1.79
6701502--6701543	16	2.6	17	81	11	61	11	26	0	61	1.30
6701767--6701826	22	2.7	22	92	0	93	40	23	8	28	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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