genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62576140--62576291	71	2.1	71	97	0	286	46	21	7	25	1.77
62576948--62577056	42	2.6	42	76	2	112	30	25	14	29	1.95
62578960--62579031	37	1.9	37	91	0	117	22	26	19	31	1.97
62597140--62597278	40	3.5	40	74	8	115	33	25	14	26	1.94
62598135--62598175	4	10.5	4	86	5	57	0	21	2	75	0.92
62598244--62598280	5	7.6	5	93	6	67	59	0	0	40	0.97
62598244--62598291	19	2.6	18	93	6	78	58	0	0	41	0.98
62598244--62598291	24	2.0	24	92	8	80	58	0	0	41	0.98
62598685--62598735	21	2.4	22	87	6	70	49	1	9	39	1.47
62598707--62598762	10	5.5	10	72	10	51	58	1	5	33	1.31
62601877--62601911	17	2.0	17	88	5	52	40	0	25	34	1.56
62604399--62604488	47	1.9	47	90	4	146	24	27	17	30	1.97
62626532--62626703	47	3.7	47	80	6	192	23	29	18	27	1.98
62626533--62626703	93	1.8	94	85	6	240	23	29	18	28	1.98
62627948--62628062	57	2.0	57	98	0	221	25	26	24	23	2.00
62643761--62643823	29	2.2	30	80	8	76	39	19	12	28	1.88
62643777--62643994	57	3.8	57	82	0	258	32	24	14	27	1.95
62643777--62644014	114	2.1	113	83	2	289	32	24	14	28	1.95
62643944--62644018	28	2.7	28	79	4	89	30	22	16	30	1.95
62650554--62650618	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
62650552--62650618	30	2.3	30	82	15	86	8	13	16	61	1.56
62652688--62652759	22	3.4	22	67	27	64	45	1	22	30	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62652673--62652759	42	2.1	42	95	0	156	44	2	18	34	1.62
62653291--62653480	50	3.8	49	82	2	211	25	18	26	29	1.98
62656014--62656046	16	2.1	16	88	5	50	63	0	0	36	0.95
62674935--62674984	26	1.9	26	95	0	91	30	24	24	22	1.99
62675410--62675472	19	3.2	20	70	17	69	58	7	1	31	1.36
62676297--62676416	62	1.9	62	91	0	195	30	18	29	22	1.97
62676984--62677028	18	2.5	18	85	7	56	8	0	11	80	0.92
62677538--62677589	26	2.0	27	85	11	72	38	13	5	42	1.68
62681292--62681433	51	2.8	50	82	3	205	27	25	21	25	2.00
62683048--62683097	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
62684872--62684926	21	2.6	21	91	0	92	29	21	16	32	1.95
62689937--62690001	27	2.4	27	82	2	78	16	26	21	35	1.95
62699728--62699797	29	2.4	29	77	13	74	27	22	27	22	1.99
62703271--62703307	19	1.9	19	88	0	56	18	18	0	62	1.34
62711075--62711137	26	2.4	26	89	0	90	30	31	15	22	1.95
62716059--62716092	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
62716158--62716191	15	2.2	16	89	5	52	67	0	0	32	0.91
62718603--62718666	29	2.2	29	91	2	103	51	3	1	43	1.26
62722401--62722445	13	3.3	14	77	22	51	60	0	4	35	1.17
62722495--62722528	12	2.8	12	91	8	52	76	0	23	0	0.79
62722452--62722523	31	2.3	31	73	4	74	70	2	22	4	1.17
62722487--62722527	16	2.6	16	78	17	50	75	0	24	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62725153--62725205	25	2.2	25	82	3	63	24	24	24	26	2.00
62732924--62732990	25	2.7	25	80	0	71	28	22	23	25	1.99
62733104--62733159	20	2.7	19	81	10	58	50	8	3	37	1.51
62740909--62741056	42	3.5	42	79	3	154	26	22	18	32	1.97
62743593--62743652	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
62743607--62743678	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
62745889--62745936	24	2.0	24	95	0	87	37	12	2	47	1.53
62745926--62745980	27	2.0	27	85	0	74	49	10	7	32	1.65
62746374--62746425	26	2.0	26	100	0	104	26	11	26	34	1.91
62747481--62747513	13	2.5	14	85	14	52	60	0	24	15	1.35
62747481--62747513	7	5.0	7	89	10	52	60	0	24	15	1.35
62748809--62748944	68	2.0	68	97	0	254	17	14	19	48	1.81
62749841--62749926	43	2.0	43	95	0	154	40	10	17	31	1.83
62756813--62756869	21	2.9	21	75	10	50	50	0	1	47	1.11
62756846--62756874	13	2.1	14	93	6	51	58	0	3	37	1.15
62761150--62761279	47	2.8	47	84	0	161	23	16	27	33	1.95
62763033--62763107	36	2.1	36	92	0	123	18	8	22	50	1.73
62774418--62774451	3	11.3	3	93	0	59	67	2	0	29	1.05
62775283--62775312	16	1.9	15	93	6	51	46	0	6	46	1.29
62776759--62777041	18	15.3	18	73	10	149	37	15	12	35	1.84
62776840--62777041	72	2.8	71	79	5	210	38	15	11	34	1.84
62777204--62777228	6	4.2	6	100	0	50	52	16	16	16	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62777209--62777318	45	2.4	45	89	0	166	43	19	17	20	1.88
62779217--62779256	15	2.7	15	84	7	55	60	2	0	37	1.11
62783707--62783763	18	3.2	18	82	0	69	43	15	3	36	1.64
62783676--62783971	36	8.0	36	68	15	158	38	14	10	36	1.80
62783763--62783971	18	11.6	18	72	8	120	37	13	11	36	1.82
62784134--62784276	45	3.0	48	80	14	154	41	19	19	19	1.91
62784135--62784243	45	2.4	45	90	3	175	43	19	18	19	1.89
62786178--62786240	25	2.5	24	69	16	56	63	4	1	30	1.24
62786766--62786889	57	2.2	58	82	4	144	13	12	33	40	1.83
62788877--62788914	18	2.1	19	85	5	51	28	5	7	57	1.49
62790402--62790452	18	2.7	19	73	11	52	25	1	5	66	1.24
62790402--62790460	17	3.2	18	67	19	50	25	1	5	67	1.20
62794189--62794226	20	1.9	20	94	0	67	36	21	18	23	1.95
62796718--62796846	49	2.7	47	81	9	127	26	27	20	26	1.99
62803376--62803416	19	2.2	19	95	0	73	41	14	7	36	1.74
62820068--62820113	13	3.3	15	81	6	53	86	0	8	4	0.68
62820069--62820113	17	2.6	17	86	10	65	86	0	8	4	0.69
62821202--62821781	190	3.0	190	86	8	846	31	17	21	29	1.96
62821392--62821792	200	2.0	201	90	2	633	31	17	21	28	1.96
62821624--62822114	261	1.9	256	84	3	653	33	16	22	27	1.96
62822422--62822531	18	6.5	15	82	17	87	37	10	15	36	1.83
62822420--62822545	35	3.5	36	87	11	195	37	11	15	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62822420--62822545	54	2.3	54	100	0	252	37	11	15	36	1.83
62822420--62822545	19	6.9	19	89	10	210	37	11	15	36	1.83
62822420--62822568	19	7.8	22	86	11	103	36	10	15	37	1.81
62830544--62830664	43	2.8	43	83	3	138	29	26	18	25	1.98
62836247--62836312	21	3.1	21	84	4	71	22	36	19	21	1.95
62836277--62836322	21	2.2	21	96	0	83	17	34	23	23	1.96
62841562--62841614	24	2.2	25	82	3	63	32	20	18	28	1.97
62841742--62841777	19	1.9	18	88	5	54	25	8	19	47	1.77
62844476--62844564	44	2.0	44	100	0	178	26	14	15	42	1.86
62847614--62847737	21	5.8	21	74	12	92	26	0	22	50	1.49
62847621--62847726	22	4.9	21	70	14	72	28	0	21	50	1.49
62847548--62847742	65	3.0	65	87	3	257	27	0	21	51	1.52
62847494--62847759	128	2.1	127	79	9	274	26	0	21	51	1.51
62848514--62848580	33	2.1	32	88	5	100	35	22	14	26	1.93
62852461--62852493	16	2.0	17	88	5	50	39	24	3	33	1.71
62856458--62856510	25	2.1	25	89	0	79	15	35	28	20	1.93
62857784--62857826	20	2.2	20	95	0	77	41	2	0	55	1.12
62860790--62860822	16	2.0	17	88	5	50	39	24	3	33	1.71
62871676--62871757	42	2.0	42	90	4	130	48	14	12	24	1.78
62876521--62876562	18	2.3	18	80	12	50	11	0	16	71	1.14
62883419--62883489	35	2.0	35	100	0	142	39	26	14	19	1.90
62885248--62885289	22	1.9	22	95	0	75	33	26	2	38	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62885473--62885560	25	3.6	24	76	13	90	36	27	13	22	1.92
62885414--62885560	50	2.9	50	84	0	177	36	26	13	23	1.92
62888700--62888870	93	1.8	93	92	0	288	29	28	21	21	1.98
62888699--62888867	46	3.7	46	80	10	191	29	28	20	21	1.98
62905024--62905080	27	2.1	27	96	0	105	56	14	1	28	1.48
62905029--62905076	12	3.8	12	74	15	51	60	14	2	22	1.45
62915783--62915829	19	2.5	19	79	6	51	36	21	25	17	1.94
62919087--62919135	26	1.9	26	95	4	91	48	12	20	18	1.79
62919236--62919282	17	2.8	16	75	18	51	51	0	12	36	1.40
62921025--62921078	23	2.4	22	78	12	56	37	0	18	44	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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