genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77625518--77625613	33	2.9	33	76	6	104	11	28	32	28	1.91
77625880--77626150	48	5.5	48	86	5	314	15	22	36	25	1.94
77625857--77626087	54	4.5	54	82	12	297	17	21	35	25	1.95
77628848--77628884	13	2.8	14	76	16	51	51	8	0	40	1.32
77632475--77632556	33	2.5	33	77	15	80	43	1	4	50	1.31
77632483--77632547	33	2.1	33	82	8	82	41	1	6	50	1.36
77634519--77634561	22	2.0	22	86	8	63	46	0	0	53	1.00
77638852--77638895	21	2.1	21	82	0	52	15	6	9	68	1.38
77641028--77641064	18	2.0	19	89	5	58	2	10	18	67	1.32
77648749--77648795	21	2.1	21	84	7	58	44	0	12	42	1.42
77648870--77648927	24	2.5	23	80	5	64	55	0	0	44	0.99
77654111--77654158	16	2.8	18	75	15	57	47	2	0	50	1.12
77654649--77654674	6	4.3	6	100	0	52	65	0	0	34	0.93
77654649--77654692	18	2.4	19	84	3	54	61	2	2	34	1.21
77655131--77655159	8	3.6	8	100	0	58	55	0	0	44	0.99
77655131--77655165	16	2.2	16	89	0	52	57	0	2	40	1.14
77655642--77655680	20	1.9	21	84	5	53	35	2	0	61	1.10
77672819--77673047	41	5.6	41	89	6	297	27	19	24	28	1.99
77673412--77673440	11	2.5	12	94	5	51	41	0	10	48	1.37
77674150--77674232	5	16.8	5	75	22	70	16	6	0	77	0.97
77674149--77674232	43	1.9	44	83	11	111	16	5	0	77	0.96
77674187--77674219	12	2.8	12	90	4	50	12	12	0	75	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77674150--77674222	23	3.3	22	79	11	71	16	6	0	76	0.99
77680533--77680705	46	3.7	46	79	10	199	21	20	27	30	1.98
77680530--77680700	93	1.8	93	92	0	288	21	20	28	29	1.98
77684566--77684678	19	5.7	21	79	11	71	39	17	7	34	1.79
77684566--77684623	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
77684602--77684710	19	5.9	19	88	8	172	35	16	11	35	1.86
77684602--77684709	37	2.9	37	93	4	175	36	16	12	35	1.86
77684605--77684719	54	2.1	55	85	6	146	37	14	13	34	1.85
77685062--77685335	45	6.1	45	76	8	279	24	27	16	31	1.96
77685062--77685335	89	3.0	90	81	8	272	24	27	16	31	1.96
77685275--77685569	78	3.8	78	90	1	466	24	23	19	32	1.97
77685512--77686100	220	2.7	220	93	0	1016	26	22	18	32	1.97
77694074--77694218	19	7.9	19	87	9	221	36	14	10	38	1.80
77694074--77694218	54	2.7	54	95	1	254	36	14	10	38	1.80
77694106--77694197	17	5.5	15	87	8	78	35	15	10	38	1.82
77694067--77694219	73	2.1	71	87	8	220	35	15	9	39	1.80
77697528--77697560	6	5.8	6	89	10	52	0	9	0	90	0.44
77697528--77697560	11	2.9	11	95	4	57	0	9	0	90	0.44
77697528--77697561	17	2.1	16	94	5	59	0	8	0	91	0.43
77701568--77701633	20	3.1	21	81	12	64	54	6	0	39	1.25
77705212--77705266	17	2.9	20	72	22	64	40	0	21	38	1.54
77708781--77708845	27	2.4	27	84	0	85	32	13	13	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77709198--77709232	18	1.9	18	94	0	61	14	20	20	45	1.85
77710724--77710749	12	2.2	12	100	0	52	30	26	7	34	1.85
77712419--77712513	9	10.6	9	80	0	100	37	1	18	42	1.58
77712410--77712628	18	12.3	18	74	7	133	35	1	18	44	1.59
77712411--77712611	27	7.5	27	71	8	106	35	1	17	45	1.58
77712491--77712610	43	2.7	45	88	7	183	34	0	16	48	1.52
77712543--77712628	9	9.6	9	77	5	84	32	0	20	46	1.51
77712410--77712628	36	6.1	35	75	7	147	35	1	18	44	1.59
77713239--77713283	23	2.0	23	90	0	72	66	0	2	31	1.04
77713221--77713275	29	2.0	27	85	7	74	67	0	1	30	1.01
77716100--77716157	30	1.9	30	89	0	89	41	22	3	32	1.71
77716588--77716715	41	3.2	39	68	16	116	23	20	14	42	1.88
77716548--77716727	82	2.2	82	96	1	335	21	21	15	42	1.89
77722198--77722252	22	2.5	21	82	8	74	43	0	12	43	1.42
77724386--77724509	35	3.5	34	69	23	96	31	4	8	54	1.52
77724387--77724520	70	1.9	70	90	3	216	31	5	8	54	1.54
77730259--77730308	20	2.5	20	83	3	64	50	10	12	28	1.71
77730754--77730841	23	3.9	22	72	10	72	45	0	4	50	1.22
77730809--77730879	33	2.2	33	82	5	90	42	0	2	54	1.14
77730810--77730852	11	3.9	11	79	8	52	44	0	0	55	0.99
77730841--77730909	22	3.1	22	82	14	72	43	0	2	53	1.15
77730866--77730908	23	1.9	22	90	4	68	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77730953--77730990	19	2.0	20	89	5	60	36	0	0	63	0.95
77730981--77731013	14	2.3	15	94	5	59	42	0	0	57	0.98
77730989--77731027	11	3.2	12	85	14	53	38	0	0	61	0.96
77731290--77731325	16	2.2	17	90	9	58	55	2	5	36	1.38
77731784--77731840	29	2.0	29	90	6	91	64	0	0	35	0.93
77731774--77731839	29	2.5	25	79	15	78	65	1	0	33	1.02
77731788--77731831	19	2.3	19	81	11	54	68	0	0	31	0.90
77731783--77731850	29	2.4	28	83	11	84	63	0	1	35	1.04
77731903--77731939	12	2.7	14	84	16	51	62	0	0	37	0.96
77731983--77732007	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
77731967--77732011	18	2.4	19	88	3	65	75	2	0	22	0.91
77731968--77732042	24	3.2	23	78	14	66	77	2	2	17	1.00
77731980--77732044	9	7.9	8	70	13	51	78	1	3	16	0.96
77747170--77747216	12	3.5	13	78	16	51	6	19	0	74	1.03
77749321--77749354	7	4.7	7	85	7	50	32	0	0	67	0.91
77749321--77749354	15	2.3	15	90	5	52	32	0	0	67	0.91
77750664--77750703	3	13.3	3	100	0	80	0	32	0	67	0.91
77753582--77753612	14	2.2	14	94	0	53	35	16	6	41	1.74
77757529--77757558	14	2.1	14	100	0	60	36	20	6	36	1.79
77768231--77768265	18	1.9	18	94	0	61	40	48	2	8	1.49
77768242--77768266	13	1.9	13	100	0	50	40	48	0	12	1.40
77768294--77768333	20	2.0	20	85	0	53	72	7	2	17	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77768351--77768400	18	2.8	18	87	0	73	26	6	22	46	1.74
77768351--77768410	27	2.2	27	81	0	66	26	6	20	46	1.75
77770469--77770499	3	10.3	3	92	0	53	0	29	0	70	0.87
77770659--77770726	31	2.2	31	82	7	77	23	7	19	50	1.72
77773633--77773725	42	2.2	42	86	3	125	33	22	33	10	1.89
77778855--77778900	22	2.0	22	83	4	56	41	13	0	45	1.43
77780444--77780537	23	4.1	23	85	0	134	47	4	25	22	1.69
77784949--77785042	23	4.1	23	85	0	134	47	4	25	22	1.69
77785906--77785963	21	2.8	21	89	0	80	31	8	60	0	1.27
77790274--77791434	591	2.0	592	86	1	1628	25	20	20	33	1.97
77805379--77805460	42	2.0	42	97	0	155	20	20	18	40	1.92
77807899--77807963	29	2.2	29	91	0	112	35	27	10	26	1.90
77812127--77812168	16	2.6	16	81	7	50	64	4	7	23	1.38
77812166--77812235	9	7.8	9	72	15	56	72	2	22	1	1.05
77812203--77812236	17	1.9	18	94	5	61	70	0	29	0	0.87
77813677--77813712	17	2.1	17	100	0	72	27	13	22	36	1.92
77815886--77815936	19	2.7	20	84	6	70	52	5	1	39	1.37
77817891--77818002	19	6.1	17	74	15	73	66	1	2	29	1.16
77817881--77818002	9	12.7	10	71	17	80	66	1	2	29	1.14
77817884--77818002	10	12.6	9	71	20	75	66	1	2	29	1.14
77818388--77818457	9	7.7	9	73	17	56	28	2	1	67	1.14
77818514--77818570	11	5.4	10	74	17	53	26	0	1	71	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77818515--77818579	21	3.2	21	81	14	66	29	0	1	69	0.98
77818534--77818591	19	2.7	22	79	12	68	32	1	1	63	1.14
77818514--77818592	31	2.6	30	82	9	88	29	1	1	68	1.05
77818387--77818590	10	20.4	10	65	19	61	32	2	2	61	1.26
77818515--77818613	31	3.2	30	79	12	85	27	3	2	67	1.16
77819704--77819737	16	2.2	16	90	10	54	64	0	0	35	0.94
77825796--77825828	17	2.0	17	88	5	50	36	0	30	33	1.58
77827471--77827513	22	1.9	23	90	4	70	48	2	4	44	1.36
77832043--77832080	18	2.1	18	95	0	67	31	5	21	42	1.75
77835816--77835915	43	2.3	43	87	3	139	21	19	23	37	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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