genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.195.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64076074--64076245	93	1.8	93	93	2	301	28	29	20	21	1.98
64076067--64076242	46	3.8	46	79	14	200	29	29	19	21	1.98
64081121--64081145	4	6.2	4	100	0	50	0	0	24	76	0.80
64091708--64091753	23	2.0	23	100	0	92	17	17	21	43	1.88
64095215--64095298	31	2.7	31	96	1	152	27	27	17	27	1.98
64095322--64095413	42	2.2	42	94	0	157	31	21	15	31	1.94
64096523--64096620	27	3.6	27	81	10	108	34	9	16	39	1.80
64096610--64096796	54	3.5	52	83	7	214	28	11	20	38	1.88
64096610--64096805	81	2.4	80	81	6	225	28	11	21	37	1.89
64096586--64096763	27	6.6	27	87	3	227	28	8	21	41	1.83
64096795--64096886	27	3.4	27	82	5	123	41	7	22	28	1.81
64099182--64099329	42	3.5	42	81	2	154	29	22	14	32	1.94
64100120--64100144	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
64104598--64104886	40	7.2	40	87	3	350	25	22	26	25	2.00
64112750--64113035	40	7.2	40	87	3	332	26	22	26	25	2.00
64112752--64113016	119	2.2	121	84	5	344	25	22	26	25	2.00
64112754--64113016	79	3.3	79	83	7	327	25	22	26	25	2.00
64115071--64115113	21	2.1	20	82	4	50	6	25	11	55	1.60
64128469--64128510	17	2.5	17	96	0	75	50	16	11	21	1.77
64132331--64132462	47	2.8	47	81	4	167	24	17	25	32	1.97
64134373--64134422	24	2.0	26	88	11	77	52	10	4	34	1.54
64142367--64142496	67	2.0	64	84	4	170	30	16	30	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64145234--64145324	45	2.0	45	100	0	182	51	15	10	21	1.74
64145251--64145325	24	3.2	24	62	24	61	52	13	12	22	1.73
64153458--64153690	117	2.0	120	91	2	382	50	4	2	43	1.34
64153664--64153704	15	2.5	17	80	11	59	65	0	0	34	0.93
64156838--64156891	27	2.0	27	100	0	108	44	25	18	11	1.83
64158322--64158364	20	2.0	22	82	8	54	60	2	27	9	1.40
64160219--64160336	46	2.5	46	80	5	130	30	14	28	26	1.95
64161474--64161537	28	2.3	28	88	0	101	20	18	43	17	1.88
64163141--64163192	25	2.1	25	96	0	95	48	21	19	11	1.80
64164409--64164443	13	2.7	13	83	16	54	37	8	8	45	1.65
64165883--64165932	22	2.3	21	83	10	57	62	2	2	34	1.18
64169565--64169620	29	1.9	29	100	0	112	33	19	17	28	1.95
64170956--64171016	31	2.0	31	100	0	122	42	16	4	36	1.70
64171593--64171622	11	2.7	11	94	0	51	20	6	33	40	1.78
64174736--64174852	55	2.1	55	80	3	137	20	21	32	25	1.97
64176108--64176197	45	2.0	45	95	0	162	22	24	22	31	1.99
64177555--64177636	15	5.0	17	70	20	50	1	25	4	68	1.17
64177575--64177622	21	2.4	19	78	18	53	2	20	6	70	1.19
64177661--64177719	5	12.2	5	89	7	77	57	5	0	37	1.21
64184533--64184569	16	2.3	16	90	0	56	56	0	0	43	0.99
64185899--64185957	29	2.0	29	100	0	118	20	20	35	23	1.96
64191336--64191385	26	2.0	25	88	7	75	54	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64191340--64191400	26	2.4	26	83	8	72	47	1	1	49	1.21
64196870--64196948	37	2.1	38	95	2	142	27	31	0	40	1.57
64199509--64199578	31	2.3	31	80	7	79	47	14	22	15	1.82
64200548--64200791	42	5.9	41	89	3	312	34	21	22	20	1.96
64200548--64200791	41	5.9	41	89	4	314	34	21	22	20	1.96
64200571--64200791	83	2.7	81	89	4	318	34	22	22	20	1.96
64201093--64201147	22	2.6	21	80	8	58	23	1	34	40	1.66
64201092--64201124	15	2.3	15	89	5	50	21	0	30	48	1.50
64201281--64201319	14	2.8	14	84	0	51	25	0	25	48	1.51
64201766--64201810	19	2.3	19	80	3	54	73	6	2	17	1.15
64207319--64207480	43	3.8	42	80	7	175	25	17	29	27	1.98
64207319--64207501	43	4.3	42	79	7	165	25	18	28	26	1.98
64207319--64207501	86	2.1	86	80	6	203	25	18	28	26	1.98
64215676--64215715	20	2.0	20	100	0	80	55	25	0	20	1.44
64222019--64222075	29	1.9	29	85	3	78	36	1	8	52	1.43
64225321--64225411	40	2.2	40	82	3	101	30	2	10	56	1.46
64229134--64229163	11	2.6	11	94	5	51	56	0	0	43	0.99
64229599--64229677	14	5.4	14	70	16	52	55	1	2	40	1.21
64229653--64229701	16	3.2	16	69	19	50	51	0	0	48	1.00
64239290--64239367	39	2.0	39	92	5	131	42	8	15	33	1.78
64239560--64239617	17	3.6	16	73	13	57	56	0	5	37	1.21
64240853--64240888	16	2.2	17	95	5	65	47	11	8	33	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64249522--64249697	56	3.1	56	99	0	343	44	9	23	22	1.81
64250823--64251047	40	5.7	40	85	5	287	24	22	27	25	2.00
64250823--64251080	119	2.2	119	81	6	283	25	21	27	25	2.00
64263016--64263113	48	2.1	47	94	1	169	60	14	12	13	1.60
64263664--64263703	20	2.2	18	86	13	55	27	5	20	47	1.70
64265761--64265798	18	2.1	18	100	0	76	21	36	21	21	1.95
64267824--64267861	14	2.8	14	84	4	51	76	0	2	21	0.91
64277563--64277597	13	2.8	12	87	12	52	14	2	2	80	0.95
64277968--64278007	20	2.0	20	90	0	62	22	17	17	42	1.89
64283518--64283605	40	2.3	38	82	7	106	34	32	13	19	1.91
64285641--64285680	18	2.2	18	90	0	62	30	40	12	17	1.86
64290718--64290805	40	2.2	40	84	4	117	34	34	13	18	1.90
64292774--64292806	8	4.1	8	96	0	57	27	21	0	51	1.48
64293625--64293844	49	4.6	48	72	11	173	23	31	17	27	1.97
64304212--64304662	129	3.5	128	88	1	618	36	20	16	26	1.93
64306702--64306743	20	2.0	21	81	9	50	7	21	54	16	1.65
64306982--64307014	16	2.1	16	88	11	50	6	0	12	81	0.85
64307328--64308063	176	4.2	176	85	3	894	22	23	20	32	1.98
64308163--64308353	64	3.0	64	92	1	312	36	14	17	31	1.90
64310101--64310125	13	1.9	13	100	0	50	0	0	12	88	0.53
64310576--64310760	90	2.1	91	96	2	347	14	26	14	44	1.83
64313827--64314276	128	3.5	128	91	0	686	34	21	18	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64326478--64326527	24	2.1	24	85	7	66	14	0	34	52	1.42
64326647--64326911	126	2.1	125	89	2	415	40	16	18	25	1.91
64329959--64330040	39	2.1	39	82	6	96	46	7	7	39	1.60
64330098--64330129	15	2.1	15	94	0	55	65	6	0	28	1.16
64329994--64330373	128	2.9	129	90	5	599	55	4	4	35	1.40
64330474--64330526	21	2.5	22	78	12	65	7	20	45	26	1.78
64332620--64332670	11	4.7	10	83	9	57	39	0	31	29	1.57
64332620--64332670	21	2.3	21	80	16	59	39	0	31	29	1.57
64333818--64333910	26	3.6	26	80	8	100	23	12	26	36	1.91
64333801--64333910	51	2.1	52	89	1	168	25	14	26	33	1.94
64333822--64333935	52	2.2	51	84	1	138	27	14	23	35	1.93
64335522--64335561	19	2.1	19	85	0	53	42	12	10	35	1.76
64336995--64337020	9	2.9	9	100	0	52	23	19	11	46	1.82
64344462--64344523	30	2.1	30	96	0	115	25	14	27	32	1.95
64352096--64352280	79	2.3	81	82	7	218	23	21	28	26	1.99
64352099--64352280	40	4.6	40	83	6	210	24	20	28	26	1.99
64352149--64352313	79	2.1	79	82	6	192	25	20	27	26	1.99
64354917--64354956	20	2.0	21	85	9	57	35	7	12	45	1.70
64360840--64360977	49	2.7	51	88	2	208	27	25	20	26	1.99
64363131--64363163	9	3.8	9	88	4	50	57	0	3	39	1.14
64367388--64367423	17	2.1	17	89	0	54	75	11	0	13	1.06
64378596--64378856	47	5.6	47	93	0	414	31	12	29	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64378565--64378876	94	3.3	94	89	0	455	31	10	30	27	1.91
64378778--64378853	22	3.3	22	65	28	59	31	13	30	25	1.93
64378565--64378876	47	6.6	47	90	0	383	31	10	30	27	1.91
64384275--64384445	69	2.5	68	83	4	202	40	15	19	25	1.90
64386043--64386080	19	2.0	19	89	0	58	71	2	7	18	1.23
64388950--64388996	20	2.3	21	78	7	53	59	17	4	19	1.53
64389101--64389159	31	1.9	31	85	0	82	32	16	15	35	1.90
64391132--64391299	46	3.6	45	76	9	176	25	27	17	29	1.97
64398720--64398746	13	2.1	13	100	0	54	14	37	33	14	1.88
64410734--64410795	28	2.1	28	94	5	106	41	0	6	51	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
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