genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26914855--26915117	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
26914894--26915152	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
26922774--26922949	46	3.8	46	76	12	189	20	21	29	28	1.98
26922771--26922942	93	1.8	93	92	0	290	20	22	29	27	1.98
26926001--26926074	27	2.8	27	71	15	64	44	0	4	51	1.20
26929118--26929150	17	1.9	17	93	0	57	36	15	0	48	1.45
26932417--26932556	67	2.1	68	86	5	194	20	27	22	30	1.98
26932524--26932583	27	2.3	26	85	2	75	23	18	21	36	1.95
26951119--26951359	40	6.1	39	78	6	200	20	30	13	35	1.91
26951124--26951267	20	7.2	20	65	12	62	19	30	13	36	1.91
26951518--26951589	24	3.0	23	71	18	58	38	2	18	40	1.65
26958688--26958910	79	2.8	78	82	10	258	25	22	27	25	2.00
26958689--26958910	40	5.6	40	84	9	244	25	22	27	24	2.00
26958695--26958943	79	3.2	78	78	12	242	26	21	26	24	1.99
26968424--26968461	20	1.9	20	88	0	58	18	21	18	42	1.90
26971157--26971210	21	2.5	22	77	11	58	31	18	7	42	1.78
26980099--26980143	18	2.6	18	85	3	56	20	35	26	17	1.95
26985671--26985712	22	1.9	22	85	9	59	33	2	42	21	1.66
26989207--26989262	28	2.0	28	100	0	112	21	25	21	32	1.98
26999456--26999523	28	2.4	30	81	11	74	69	2	2	25	1.17
27001589--27001618	15	2.0	15	93	0	51	50	3	0	46	1.18
27005246--27005433	49	3.8	49	82	2	250	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27005241--27005428	100	1.9	100	96	0	349	25	19	26	28	1.99
27014506--27014631	40	3.2	40	94	1	209	26	26	23	23	2.00
27016046--27016073	13	2.2	13	100	0	56	57	14	0	28	1.38
27022567--27022732	40	4.2	40	92	2	273	27	27	22	22	1.99
27030581--27030696	47	2.5	47	95	0	205	23	16	28	31	1.96
27034507--27034690	67	2.8	64	75	11	178	28	16	30	23	1.96
27051692--27051751	31	1.9	31	96	0	111	25	16	25	33	1.96
27056220--27056290	31	2.2	32	80	12	81	29	12	22	35	1.91
27056238--27056300	31	2.0	31	96	0	117	28	6	20	44	1.76
27062744--27062961	40	5.5	40	86	2	246	26	23	25	24	2.00
27079059--27079099	22	1.9	21	85	5	55	63	0	4	31	1.15
27079189--27079236	18	2.6	19	80	12	55	66	6	2	25	1.26
27079399--27079436	20	1.9	20	84	10	51	63	2	2	31	1.22
27080014--27080040	8	3.4	8	100	0	54	11	62	25	0	1.28
27084112--27084221	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
27088744--27088959	40	5.5	40	87	6	264	24	23	28	24	2.00
27088740--27088959	78	2.8	80	83	7	272	25	22	27	24	2.00
27096739--27096916	40	4.5	40	88	6	222	23	23	28	24	2.00
27110797--27110837	21	2.0	21	90	0	64	36	21	12	29	1.90
27111620--27111644	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
27119038--27119162	17	7.5	17	66	22	70	54	2	3	40	1.29
27122820--27122853	9	3.8	9	84	0	50	47	0	2	50	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27124144--27124168	13	1.9	13	100	0	50	40	32	16	12	1.84
27125571--27125626	28	2.0	29	89	3	87	21	39	19	19	1.93
27127535--27127566	16	2.0	16	100	0	64	25	25	25	25	2.00
27142513--27142568	6	9.2	6	75	11	51	62	1	5	30	1.28
27144144--27144346	49	4.2	49	79	10	211	29	19	29	21	1.98
27156538--27156588	24	2.1	24	92	0	84	25	27	29	17	1.98
27161511--27161792	142	2.0	142	83	4	354	26	19	28	24	1.99
27161660--27161797	49	2.8	51	81	4	158	27	18	28	25	1.98
27165345--27165428	30	2.8	30	85	3	107	19	29	34	16	1.94
27168875--27168994	41	3.2	41	65	24	118	13	35	0	50	1.47
27168832--27168994	71	2.3	72	91	2	265	12	33	2	50	1.54
27171392--27171476	44	1.9	44	92	0	143	29	10	16	43	1.81
27172077--27172143	33	2.0	33	91	0	107	26	13	20	38	1.90
27172603--27172634	16	2.0	16	100	0	64	37	0	0	62	0.95
27172833--27172887	16	3.4	16	79	0	65	36	27	3	32	1.74
27174196--27174243	20	2.6	19	81	12	55	43	14	4	37	1.65
27181445--27181555	48	2.4	46	80	7	125	24	27	17	30	1.97
27184758--27184806	24	2.0	24	92	0	80	24	20	20	34	1.96
27209950--27210023	34	2.2	34	87	4	105	27	18	22	31	1.98
27210678--27210789	27	4.1	27	74	4	109	29	23	14	33	1.94
27214219--27214330	43	2.6	42	83	5	145	29	15	25	30	1.95
27223417--27223617	44	4.7	43	88	1	269	24	15	27	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27223416--27223622	86	2.4	86	86	2	281	25	14	27	32	1.95
27224362--27224406	22	2.0	24	82	8	58	33	4	26	35	1.77
27226167--27226252	35	2.5	35	86	0	109	38	27	13	19	1.90
27226177--27226255	35	2.3	35	88	0	113	37	24	16	21	1.93
27229892--27229921	14	2.2	13	94	5	51	36	10	16	36	1.82
27230050--27230312	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
27230089--27230347	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
27238007--27238269	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
27238046--27238304	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
27242632--27242661	11	2.6	12	89	10	53	60	26	0	13	1.34
27243148--27243202	29	1.9	29	88	3	85	32	25	21	20	1.97
27243197--27243272	38	2.0	38	94	0	134	32	23	15	27	1.95
27247018--27247277	48	5.6	47	75	14	220	22	31	18	27	1.97
27247017--27247189	87	2.0	87	86	2	240	22	30	19	27	1.98
27252272--27252416	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
27263552--27263580	14	2.0	15	93	6	51	68	6	0	24	1.13
27271990--27272165	46	3.8	45	81	10	203	21	20	29	28	1.98
27271986--27272157	93	1.8	93	93	0	299	20	20	30	27	1.98
27277192--27277417	41	5.6	41	83	4	246	30	26	20	22	1.98
27285268--27285447	78	2.3	79	83	8	217	25	28	22	23	2.00
27285247--27285447	38	5.1	40	80	11	211	24	28	22	24	1.99
27293273--27293455	79	2.3	81	83	7	223	25	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27293252--27293455	40	5.1	40	80	8	220	25	27	22	25	2.00
27295149--27295243	40	2.3	42	90	5	149	26	27	23	23	2.00
27298920--27299090	93	1.8	93	91	2	281	28	28	21	22	1.99
27298917--27299087	46	3.7	46	76	14	181	28	28	21	22	1.99
27298963--27299106	46	3.1	44	75	15	132	29	28	19	22	1.98
27299510--27299569	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
27302392--27302534	40	3.6	40	83	8	175	23	26	24	25	2.00
27305362--27305464	52	2.0	52	98	0	197	29	21	18	31	1.97
27309765--27309935	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
27309760--27309932	46	3.7	46	80	13	219	28	28	21	21	1.98
27310354--27310413	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
27314042--27314185	37	3.9	37	92	1	227	25	30	18	25	1.98
27314394--27315415	47	21.1	47	87	6	1405	26	30	13	30	1.94
27314631--27314705	23	3.3	22	66	23	64	25	30	14	29	1.95
27314394--27315415	98	10.5	96	89	4	1395	26	30	13	30	1.94
27314394--27315415	145	7.0	142	91	4	1435	26	30	13	30	1.94
27317597--27317775	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
27322073--27322132	28	2.2	26	80	11	75	26	25	11	36	1.90
27322080--27322139	28	2.1	28	93	0	102	30	23	10	36	1.87
27322080--27322158	28	2.8	28	86	3	88	29	24	11	35	1.90
27324019--27324328	96	3.2	96	82	2	347	24	28	19	28	1.98
27324018--27324328	144	2.2	143	83	6	371	24	27	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27324019--27324328	48	6.5	47	79	5	293	24	28	19	28	1.98
27330363--27330626	46	5.7	46	79	10	211	24	29	18	27	1.98
27336679--27336764	23	3.2	29	67	20	78	25	25	0	48	1.51
27336672--27336776	52	2.0	51	94	1	183	25	21	0	52	1.47
27338607--27338764	43	3.7	43	80	5	167	32	25	16	24	1.96
27341115--27341344	50	4.6	49	79	6	223	26	18	26	28	1.98
27348589--27348818	50	4.6	50	79	7	216	26	19	25	29	1.98
27348918--27348969	27	2.0	26	81	11	61	38	1	23	36	1.66
27356823--27356988	42	3.9	42	77	7	165	25	16	24	33	1.96
27358257--27358387	49	2.6	49	87	2	181	41	22	6	28	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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