genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24983558--24983758	108	1.8	110	89	4	318	34	17	24	22	1.96
24983873--24983917	23	1.9	24	90	4	74	42	11	24	22	1.86
24983996--24984026	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
24985533--24985565	15	2.2	15	94	0	57	48	9	12	30	1.71
24988387--24988432	20	2.3	20	96	3	85	36	26	10	26	1.89
24988509--24988582	36	2.1	36	97	0	139	33	20	13	32	1.91
24991662--24991884	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
24995525--24995597	27	2.6	28	89	6	105	28	15	27	28	1.96
25003980--25004080	28	3.6	27	73	9	87	24	16	30	27	1.97
25023245--25023310	33	2.0	33	100	0	132	33	24	12	30	1.91
25041918--25042070	28	5.5	28	89	2	220	26	12	30	30	1.93
25047380--25047509	47	2.8	47	89	0	179	32	27	16	23	1.96
25052789--25052949	42	3.8	41	77	7	153	29	24	14	30	1.95
25062130--25062245	37	3.1	37	94	0	196	25	32	18	22	1.97
25062364--25062925	47	11.7	47	94	1	908	29	29	8	32	1.87
25062364--25062925	96	5.9	96	94	1	952	29	29	8	32	1.87
25068561--25068709	43	3.5	43	79	10	144	30	22	20	26	1.98
25074218--25074341	27	4.7	26	78	9	99	41	21	8	29	1.82
25074239--25074339	27	3.8	26	82	3	105	41	18	7	31	1.79
25074325--25074486	27	6.0	27	85	0	225	34	17	20	27	1.95
25074325--25074512	54	3.5	54	88	1	243	33	18	20	27	1.96
25074299--25074474	81	2.2	80	85	3	237	37	17	17	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25074299--25074504	81	2.6	81	81	2	209	34	18	17	28	1.94
25076756--25076947	40	4.8	40	80	7	187	26	22	27	24	2.00
25076756--25076940	79	2.3	81	82	7	218	25	22	27	24	2.00
25076809--25076973	79	2.1	79	82	6	192	27	21	26	24	1.99
25080630--25080665	12	3.1	12	96	4	65	16	50	16	16	1.79
25084296--25084364	27	2.6	27	88	2	95	26	20	11	42	1.86
25091343--25091442	27	3.7	26	79	11	96	16	25	20	39	1.92
25091331--25091442	54	2.1	54	83	6	138	16	24	21	38	1.93
25098245--25098427	79	2.3	79	83	7	219	24	27	22	25	2.00
25098224--25098427	40	5.1	40	80	8	220	24	27	22	25	1.99
25102865--25102966	37	2.8	37	92	3	161	27	30	17	24	1.97
25103085--25103678	47	12.5	47	92	2	963	29	29	8	32	1.88
25103085--25103678	96	6.2	94	94	1	963	29	29	8	32	1.88
25103085--25103678	143	4.2	144	94	1	970	29	29	8	32	1.88
25114720--25114857	43	3.3	41	72	16	104	31	24	18	25	1.97
25121193--25121249	25	2.3	25	84	0	69	49	10	15	24	1.76
25121379--25121462	27	3.2	26	86	5	105	34	21	23	20	1.97
25121684--25121817	27	5.0	27	76	3	117	26	23	17	32	1.97
25121679--25121817	54	2.6	54	84	0	170	25	22	17	34	1.95
25121802--25121899	27	3.6	26	74	8	70	32	8	20	38	1.82
25129315--25129723	47	8.6	47	90	5	624	32	8	29	29	1.86
25129315--25129712	147	2.8	145	90	5	628	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25131993--25132224	43	5.5	44	75	11	207	31	25	18	25	1.97
25132002--25132225	84	2.7	84	86	2	308	31	25	18	25	1.98
25147318--25147495	27	6.6	27	74	6	119	28	16	26	29	1.97
25147315--25147495	82	2.2	81	81	4	204	28	16	25	29	1.97
25155323--25155500	27	6.6	27	74	6	119	28	16	26	29	1.97
25155320--25155500	82	2.2	81	81	4	204	28	16	25	29	1.97
25168727--25168765	21	1.9	20	89	5	60	23	2	25	48	1.63
25169345--25169517	43	4.0	43	75	8	147	25	15	25	34	1.94
25171831--25171896	33	2.0	33	96	0	123	16	27	19	36	1.93
25174326--25174441	40	2.9	39	78	11	110	29	22	18	30	1.97
25176183--25176214	16	1.9	17	93	6	57	37	12	0	50	1.41
25177226--25177415	50	3.8	49	81	4	218	28	26	17	26	1.97
25177233--25177415	101	1.8	99	85	2	258	28	26	16	27	1.97
25178222--25178282	30	2.0	30	87	0	86	29	22	8	39	1.83
25181740--25181917	50	3.6	49	83	3	212	29	27	16	26	1.97
25181726--25181917	99	1.9	99	87	2	276	30	27	16	26	1.96
25181726--25181926	101	2.0	99	85	1	267	29	27	16	26	1.97
25182731--25182791	30	2.0	30	83	0	77	29	24	8	37	1.84
25186583--25186749	90	1.9	90	82	5	212	26	26	19	27	1.99
25186673--25186793	42	2.9	42	79	0	125	30	28	15	24	1.96
25186802--25186853	27	1.9	27	96	0	95	25	25	19	30	1.98
25186757--25186901	75	1.9	75	84	2	193	28	26	17	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25186829--25186958	48	2.7	48	83	2	145	27	27	16	27	1.97
25195396--25196026	47	13.1	49	91	3	966	32	8	28	29	1.87
25196145--25196223	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
25198449--25198617	43	3.9	43	79	3	196	23	17	28	30	1.97
25202186--25202377	40	4.8	40	79	0	213	26	27	20	25	1.99
25202157--25202377	80	2.8	79	87	2	300	27	26	20	25	1.99
25204746--25204815	24	2.9	24	95	2	122	32	2	37	27	1.72
25206198--25206310	27	4.2	26	83	7	111	15	24	22	38	1.92
25206198--25206310	54	2.1	54	85	3	147	15	24	22	38	1.92
25209390--25209422	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
25210489--25210553	28	2.3	28	89	0	94	32	27	6	33	1.82
25210659--25210748	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
25210669--25210759	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
25210659--25210773	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
25214865--25214899	17	2.0	18	88	5	54	17	5	20	57	1.60
25215708--25215775	36	1.9	34	82	11	84	26	14	26	32	1.95
25229172--25229206	16	2.2	16	89	0	52	48	11	22	17	1.79
25230612--25230694	27	3.3	27	63	16	68	32	30	4	32	1.79
25230433--25230786	47	7.4	48	93	2	556	28	30	7	33	1.85
25230433--25230786	145	2.5	143	92	2	588	28	30	7	33	1.85
25233568--25233719	29	5.3	29	79	4	159	27	13	30	27	1.94
25233580--25233714	28	4.8	29	76	13	138	26	14	32	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25235477--25235978	256	2.0	256	92	0	833	29	16	31	22	1.96
25241653--25241804	29	5.4	28	77	4	137	27	12	31	28	1.93
25247322--25247467	52	2.8	53	81	6	165	30	26	16	26	1.97
25249497--25249557	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
25254661--25254810	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
25254685--25254868	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
25264458--25264617	39	4.1	39	91	0	266	25	31	22	21	1.98
25266357--25266512	40	3.9	40	89	3	251	25	22	27	24	2.00
25274374--25274516	40	3.6	40	96	0	259	25	20	27	25	1.99
25286702--25286882	39	4.6	40	81	8	203	24	20	28	26	1.99
25286752--25286915	79	2.1	79	81	6	190	26	19	27	26	1.99
25294313--25294493	79	2.3	81	83	7	228	24	22	27	25	2.00
25294313--25294493	40	4.6	40	83	9	210	24	22	27	25	2.00
25294362--25294526	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
25297488--25297604	38	3.1	38	85	4	164	24	26	25	23	2.00
25300277--25300493	39	5.6	39	82	11	227	27	26	20	25	1.99
25421250--25421422	46	3.7	46	76	10	172	29	26	20	23	1.99
25421348--25421433	46	1.9	45	85	4	120	30	25	19	24	1.98
25427999--25428351	46	7.5	49	76	12	244	25	19	31	23	1.98
25430907--25430994	40	2.2	41	84	9	112	54	12	5	27	1.60
25431422--25431490	20	3.5	20	86	7	97	55	8	0	36	1.31
25437880--25437916	8	4.6	8	86	0	56	56	8	0	35	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25437880--25437931	24	2.1	24	86	10	70	59	5	0	34	1.21
25443434--25443504	37	1.9	37	91	0	115	29	29	18	22	1.97
25443623--25444123	47	10.6	47	95	0	867	28	29	8	32	1.87
25443623--25444123	239	2.1	237	94	2	866	28	29	8	32	1.87
25444348--25444490	40	3.6	40	81	5	164	27	27	20	25	1.99
25450480--25450511	16	2.0	16	93	0	55	46	37	9	6	1.61
25452628--25452812	40	4.7	40	80	7	200	24	22	28	25	1.99
25452681--25452845	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
25455355--25455468	28	4.0	28	76	10	106	28	14	28	28	1.96
25466739--25466796	30	2.0	30	86	3	82	46	12	6	34	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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