genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16495653--16495695	20	2.2	20	87	4	61	23	16	32	27	1.96
16499032--16499087	27	2.1	27	96	0	103	14	17	12	55	1.69
16501977--16502012	17	2.1	17	100	0	72	16	5	0	77	0.94
16507074--16507150	33	2.3	32	82	6	91	27	23	16	32	1.96
16509696--16509750	27	2.0	27	85	0	74	30	18	20	30	1.96
16509741--16509993	27	9.4	27	77	10	155	40	18	9	31	1.82
16510025--16510115	27	3.4	27	80	8	96	34	17	26	21	1.96
16510284--16510336	27	2.0	27	88	0	79	20	20	24	33	1.97
16510497--16510573	33	2.3	33	93	0	127	27	18	22	32	1.97
16511997--16512045	10	5.0	10	80	5	64	65	2	10	22	1.34
16512050--16512090	14	3.2	13	86	10	57	63	7	2	26	1.33
16513832--16513932	29	3.5	29	89	1	150	26	14	28	29	1.95
16518892--16519195	47	6.4	47	91	1	428	27	29	8	34	1.86
16526297--16526397	29	3.5	29	89	1	150	26	14	28	29	1.95
16528285--16528466	96	1.9	97	86	1	258	31	24	14	29	1.95
16541341--16541376	17	2.0	17	89	10	54	30	22	36	11	1.89
16543919--16544093	49	3.5	49	82	3	233	28	25	18	26	1.98
16543916--16544098	100	1.8	100	96	0	339	28	25	19	26	1.99
16546499--16546538	6	6.5	6	88	5	62	80	2	2	15	0.93
16546499--16546537	19	2.1	19	90	0	60	82	2	2	12	0.89
16549042--16549093	23	2.3	23	77	12	54	38	1	30	28	1.68
16555501--16555660	41	4.0	40	74	16	152	22	21	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16563227--16563374	41	3.6	41	77	10	151	24	21	28	25	1.99
16563227--16563329	40	2.5	40	87	4	136	25	22	28	24	1.99
16580736--16580760	13	1.9	13	100	0	50	88	4	0	8	0.64
16580783--16580816	18	1.9	18	94	5	61	61	5	5	26	1.42
16581311--16581444	67	2.0	67	97	2	252	28	10	26	35	1.89
16581601--16581650	10	5.0	10	83	7	66	66	0	10	24	1.22
16581666--16581692	14	1.9	14	100	0	54	66	7	0	25	1.17
16590017--16590131	46	2.5	46	92	0	185	29	30	20	20	1.97
16596646--16596799	42	3.6	42	85	3	202	28	24	16	30	1.97
16602217--16602393	50	3.5	50	88	0	255	37	16	20	24	1.93
16602369--16602517	31	4.8	31	91	0	217	28	20	25	25	1.99
16602539--16602703	42	3.6	48	80	9	175	29	15	26	29	1.96
16602539--16602710	49	3.7	47	80	11	178	29	15	26	29	1.96
16602631--16602743	42	2.7	42	85	0	154	30	15	25	29	1.95
16607515--16607691	50	3.5	50	87	0	264	36	16	21	24	1.94
16607667--16607815	31	4.8	31	86	3	210	28	18	26	26	1.98
16607926--16608073	42	3.3	46	79	15	161	30	13	26	29	1.94
16620675--16620716	18	2.3	18	87	0	57	23	16	16	42	1.88
16620684--16620734	18	2.8	18	87	0	66	27	17	15	39	1.90
16620722--16620766	18	2.5	18	79	10	56	40	17	2	40	1.62
16620773--16620846	18	4.1	18	72	10	69	44	14	9	31	1.77
16620962--16621086	53	2.4	53	79	0	142	44	18	17	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16623067--16623114	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
16623141--16623216	20	3.9	20	86	8	95	38	10	19	31	1.86
16623161--16623197	11	3.5	11	78	14	51	37	10	18	32	1.86
16623266--16623388	26	4.8	26	87	3	178	27	23	21	26	1.99
16623532--16623624	42	2.2	42	94	0	159	26	13	20	38	1.90
16623648--16623726	31	2.5	31	91	0	122	27	16	25	30	1.97
16629216--16629332	18	6.4	18	71	7	76	40	15	8	35	1.78
16629228--16629335	36	3.0	36	76	6	94	38	14	8	37	1.77
16629342--16629415	18	4.1	18	72	10	69	44	14	9	31	1.77
16629521--16629655	53	2.4	59	74	14	147	45	21	15	17	1.86
16629822--16629855	16	2.1	16	89	10	52	35	8	0	55	1.31
16630683--16630741	30	2.0	28	81	15	66	52	8	1	37	1.42
16634123--16634192	32	2.2	32	94	0	122	44	18	24	12	1.85
16636015--16636045	15	2.1	15	100	0	62	41	12	6	38	1.69
16636163--16636204	18	2.3	18	100	0	84	35	11	16	35	1.86
16638006--16638071	33	2.0	33	96	0	123	28	9	7	54	1.59
16638608--16638662	27	2.1	27	86	3	76	21	7	1	69	1.23
16638632--16638661	15	1.9	16	93	6	53	23	3	0	73	0.98
16639080--16639126	23	2.0	24	83	8	60	42	0	2	55	1.12
16642885--16643047	43	3.8	42	81	8	177	31	26	16	25	1.96
16645117--16645157	19	2.0	20	90	9	66	60	7	2	29	1.36
16645128--16645166	19	2.2	19	86	9	55	64	2	0	33	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16646701--16646733	13	2.4	14	90	5	50	75	0	24	0	0.80
16649446--16649553	26	4.2	26	90	0	171	33	6	23	37	1.80
16651155--16651241	27	3.2	27	79	9	97	19	24	21	34	1.96
16651155--16651259	27	3.9	26	83	7	95	20	24	20	34	1.96
16653684--16653719	17	2.1	17	100	0	72	33	27	5	33	1.80
16667511--16667537	14	1.9	14	100	0	54	37	0	3	59	1.15
16674378--16674413	18	2.0	18	100	0	72	22	16	22	38	1.93
16677043--16677083	20	2.0	20	85	0	55	68	17	14	0	1.22
16678459--16678509	25	2.0	25	88	0	75	41	5	15	37	1.72
16681308--16681489	40	4.6	40	89	2	251	22	23	26	27	1.99
16688225--16688402	40	4.5	40	88	2	252	23	23	25	27	2.00
16693125--16693173	25	2.0	25	87	0	71	40	4	16	38	1.67
16695349--16695401	26	2.0	26	85	7	72	64	1	1	32	1.15
16695378--16695411	16	2.1	16	88	0	50	73	0	5	20	1.04
16700118--16700186	30	2.3	30	82	7	88	59	15	14	10	1.61
16700118--16700186	15	4.7	15	77	8	70	59	15	14	10	1.61
16706962--16707149	49	3.8	49	85	2	259	26	19	24	29	1.98
16706957--16707149	100	1.9	100	94	0	341	26	19	24	29	1.98
16714008--16714232	40	5.7	40	82	6	210	26	21	26	25	2.00
16714009--16714232	79	2.8	81	81	9	239	26	21	26	25	2.00
16714009--16714232	80	2.8	80	80	8	251	26	21	26	25	2.00
16714008--16714255	119	2.1	119	81	7	281	27	21	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16720381--16720564	40	4.7	40	84	7	225	25	27	22	23	2.00
16720381--16720564	79	2.3	81	81	9	218	25	27	22	23	2.00
16721731--16721909	85	2.1	85	100	0	358	26	27	8	37	1.85
16727493--16727519	14	1.9	14	100	0	54	59	0	18	22	1.38
16737648--16737825	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
16737649--16737804	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
16737645--16737825	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
16747724--16747790	34	1.9	35	90	3	109	46	10	8	34	1.70
16752672--16752816	40	3.6	40	85	4	184	26	25	22	25	2.00
16754003--16754078	38	2.0	38	97	0	143	31	22	13	32	1.92
16756253--16756424	46	3.7	46	79	9	145	22	27	19	30	1.98
16761491--16761674	38	4.8	38	86	0	260	17	20	23	37	1.94
16761488--16761674	76	2.5	76	87	0	293	18	20	23	37	1.94
16761488--16761704	38	5.7	38	83	4	204	18	20	24	36	1.94
16767146--16767340	38	5.1	37	86	3	219	20	18	23	38	1.93
16767146--16767340	76	2.6	76	84	0	264	20	18	23	38	1.93
16774328--16774526	40	5.0	40	81	8	219	25	20	27	27	1.99
16774325--16774507	79	2.3	81	83	7	223	24	20	27	27	1.99
16774378--16774532	79	2.0	79	81	7	181	25	20	27	27	1.99
16781008--16781188	78	2.3	80	83	7	228	27	28	21	23	1.99
16781006--16781188	39	4.7	40	80	9	207	27	28	21	22	1.99
16783249--16783444	56	3.5	57	77	8	204	29	22	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16784570--16784598	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
16790034--16790223	40	4.8	40	89	4	278	25	27	21	24	1.99
16790014--16790223	79	2.7	79	85	5	289	27	27	20	24	1.99
16800657--16800682	12	2.2	12	100	0	52	34	15	26	23	1.94
16809341--16809564	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
16809893--16809956	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
16809900--16809956	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
16816813--16816947	72	1.9	72	90	1	218	31	27	17	23	1.97
16816866--16817089	104	2.2	104	93	1	378	31	31	19	17	1.95
16817418--16817481	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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