genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2619166--2619228	28	2.3	26	76	10	63	52	11	0	36	1.37
2625200--2625245	18	2.6	17	83	10	56	26	2	4	67	1.21
2625487--2625524	17	2.3	16	90	4	58	36	0	5	57	1.21
2625518--2625555	19	2.0	19	94	0	67	31	13	5	50	1.63
2625629--2625678	23	2.1	25	85	7	68	28	4	12	56	1.54
2626020--2626071	21	2.5	21	80	0	59	28	3	5	61	1.37
2628600--2628626	14	1.9	14	100	0	54	37	11	29	22	1.89
2628899--2628927	10	3.0	10	95	5	51	37	0	0	62	0.96
2628953--2629006	18	3.1	18	72	5	56	44	0	3	51	1.19
2628989--2629060	20	3.7	19	75	12	74	38	1	5	54	1.33
2631920--2631973	22	2.7	21	78	18	62	37	0	0	62	0.95
2631922--2631983	13	4.4	14	78	21	51	33	0	0	66	0.92
2632588--2632627	12	3.2	13	82	10	57	30	0	0	70	0.88
2638953--2638990	6	6.8	6	93	6	55	81	0	0	18	0.69
2638955--2638990	5	6.8	5	96	3	54	83	0	0	16	0.65
2644919--2645036	31	3.8	31	90	0	173	26	19	27	27	1.99
2645066--2645313	49	5.3	46	79	9	157	28	13	27	31	1.94
2645132--2645356	49	4.9	48	86	8	267	29	13	26	30	1.94
2645242--2645356	42	2.7	42	86	6	162	31	13	26	28	1.94
2647923--2647973	14	3.5	14	82	10	66	60	1	29	7	1.36
2647923--2647982	30	2.0	30	93	0	102	63	3	25	8	1.38
2648085--2648124	10	4.0	10	87	9	55	62	0	27	10	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2648084--2648123	20	2.0	20	90	9	64	65	0	25	10	1.24
2650678--2650717	20	2.0	20	90	0	62	65	2	0	32	1.06
2650934--2650987	20	2.8	19	75	8	56	38	0	3	57	1.17
2650934--2651031	37	2.6	36	78	16	92	32	1	4	62	1.21
2650999--2651050	23	2.3	23	80	6	61	34	0	3	61	1.14
2653619--2653651	15	2.1	16	88	5	50	72	0	9	18	1.10
2654005--2654039	16	2.1	17	89	5	54	31	14	8	45	1.75
2654620--2654656	19	1.9	19	94	0	65	27	2	18	51	1.60
2654957--2655263	114	2.7	113	81	6	361	36	10	18	34	1.86
2654961--2655311	114	3.1	112	75	10	327	36	10	18	34	1.85
2661613--2661650	3	12.7	3	100	0	76	0	65	0	34	0.93
2664690--2664769	29	2.6	30	86	5	99	32	1	12	53	1.46
2664689--2664780	29	3.1	29	82	7	87	32	1	11	54	1.44
2665436--2665463	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2667342--2667386	10	4.8	10	76	13	51	73	8	0	17	1.08
2667378--2667422	19	2.3	20	85	11	58	55	8	0	35	1.31
2667963--2667992	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2668847--2668933	45	1.9	46	81	6	106	54	3	4	37	1.38
2671207--2671236	13	2.4	13	94	5	53	30	3	0	66	1.07
2679585--2679802	118	1.8	118	93	0	373	28	31	17	22	1.97
2680597--2680703	42	2.5	42	87	0	151	26	13	33	27	1.93
2685304--2685335	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2685304--2685334	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
2692174--2692204	14	2.2	14	100	0	62	29	6	29	35	1.82
2693591--2693654	25	2.6	25	85	9	78	43	6	12	37	1.68
2697006--2697052	20	2.3	20	86	13	62	59	4	2	34	1.29
2698561--2698888	44	7.5	44	72	8	183	27	23	20	28	1.99
2698640--2698937	44	6.8	43	74	7	174	27	23	20	28	1.99
2698595--2698756	87	1.9	87	84	2	218	25	24	20	29	1.99
2698646--2698888	132	1.8	133	81	4	303	26	23	20	28	1.99
2711333--2711379	20	2.3	20	86	13	62	59	4	2	34	1.29
2711340--2711387	25	1.9	25	91	0	78	58	6	2	33	1.35
2712903--2712947	21	2.1	21	84	8	56	20	2	11	66	1.33
2717347--2717391	20	2.2	21	88	4	65	48	6	2	42	1.41
2721110--2721146	6	6.2	6	93	0	65	0	62	0	37	0.96
2721300--2721339	6	6.7	6	100	0	80	32	67	0	0	0.91
2731587--2731638	23	2.3	22	87	9	70	26	0	3	69	1.06
2731587--2731638	22	2.3	23	87	9	72	26	0	3	69	1.06
2732156--2732202	16	3.5	13	81	18	60	78	0	6	14	0.93
2732162--2732206	14	3.1	14	79	14	56	77	0	6	15	0.96
2745044--2745451	136	3.0	136	78	8	443	36	7	9	46	1.65
2753831--2753883	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
2758705--2758755	23	2.2	23	92	0	93	29	31	19	19	1.97
2761004--2761051	20	2.3	21	76	16	55	54	10	8	27	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2763659--2763977	137	2.3	138	84	6	416	36	8	10	44	1.69
2764302--2764340	20	1.9	21	89	5	62	43	2	0	53	1.14
2764700--2764749	20	2.6	20	90	6	77	52	6	0	42	1.26
2770338--2770418	41	2.0	41	100	0	162	32	13	14	39	1.85
2773917--2773943	8	3.4	8	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2774358--2774390	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2779023--2779058	18	2.0	18	88	0	54	25	5	2	66	1.27
2781412--2781453	18	2.3	18	80	8	50	61	2	7	28	1.35
2781873--2781944	32	2.4	30	83	6	92	56	4	2	36	1.33
2781875--2781950	30	2.5	29	76	18	82	56	5	2	35	1.36
2781870--2781949	26	2.9	27	77	18	83	57	5	2	35	1.34
2781869--2781959	28	3.2	29	79	11	91	59	5	2	32	1.33
2782173--2782218	24	1.9	24	86	8	67	60	8	2	28	1.38
2782342--2782388	15	3.2	15	79	11	53	61	0	6	31	1.21
2783422--2783483	19	3.3	19	69	13	56	14	0	46	38	1.45
2783412--2783485	37	2.0	37	89	2	114	13	0	48	37	1.43
2788977--2789058	40	2.0	40	85	0	110	35	14	19	30	1.92
2789851--2789881	16	1.9	16	93	0	53	54	22	0	22	1.44
2803024--2803054	16	1.9	16	100	0	62	32	22	12	32	1.92
2803645--2803672	14	2.0	14	100	0	56	28	7	28	35	1.84
2803677--2803720	14	3.1	14	73	0	52	29	4	25	40	1.75
2804431--2804466	18	2.0	18	94	0	63	36	27	8	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2806550--2806604	28	2.0	28	82	13	69	23	14	3	58	1.52
2809268--2809334	33	2.0	33	100	0	134	32	17	5	43	1.74
2815213--2815267	28	2.0	28	82	13	69	23	14	3	58	1.52
2826200--2826245	22	2.1	22	83	0	56	23	19	17	39	1.92
2828077--2828132	28	2.0	28	82	3	67	53	0	7	39	1.28
2828230--2828280	10	5.4	10	75	20	56	47	7	0	45	1.32
2828230--2828280	16	2.7	21	69	30	60	47	7	0	45	1.32
2828690--2828735	22	2.1	22	91	0	74	21	19	21	36	1.95
2829927--2829977	25	2.0	25	96	0	93	43	19	7	29	1.79
2830724--2830784	31	2.0	31	84	6	81	62	4	1	31	1.26
2833362--2833460	51	1.9	51	89	4	155	35	16	7	41	1.75
2834847--2834915	31	2.2	31	89	0	102	31	8	14	44	1.75
2837725--2837754	13	2.3	13	94	0	51	30	6	3	60	1.39
2851981--2852049	34	2.0	35	94	2	122	50	0	4	44	1.21
2852032--2852063	16	2.0	16	93	0	55	31	0	3	65	1.08
2852880--2852936	19	2.9	19	82	12	71	24	1	0	73	0.92
2865002--2865089	43	2.0	43	97	0	167	42	5	9	43	1.60
2865139--2865289	76	2.0	74	96	2	275	23	9	11	54	1.65
2868260--2868302	22	2.0	22	86	8	63	55	4	6	32	1.47
2868525--2868598	26	2.8	26	75	4	60	59	5	8	27	1.48
2868640--2868689	21	2.4	20	80	9	55	72	8	0	20	1.10
2868729--2868852	60	2.1	60	95	0	221	50	6	14	28	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2869834--2869870	18	2.0	19	89	5	58	81	2	2	13	0.92
2872440--2872479	18	2.2	19	86	13	57	70	0	10	20	1.16
2873089--2873137	23	2.1	24	88	3	73	51	0	28	20	1.48
2873244--2873290	16	3.1	14	80	19	58	68	2	0	29	1.02
2877160--2877206	23	2.0	23	100	0	94	4	25	23	46	1.70
2878962--2878997	17	2.1	17	94	0	63	30	22	13	33	1.93
2882286--2882332	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
2898994--2899092	25	3.8	25	78	5	99	55	7	6	31	1.51
2899152--2899210	23	2.5	24	83	5	68	50	5	6	37	1.51
2899476--2899535	22	2.7	23	82	10	61	61	0	10	28	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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