genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8981783--8981930	73	2.0	73	88	0	215	34	19	22	23	1.97
8981824--8981889	32	2.1	32	88	0	96	34	16	22	25	1.95
8981702--8981982	155	1.8	153	86	3	402	34	20	22	22	1.97
8981758--8981971	114	1.9	114	89	1	331	31	21	23	22	1.98
8982024--8982071	23	2.1	23	85	11	64	50	22	0	27	1.50
8982283--8982316	15	2.4	14	90	5	50	20	0	32	47	1.51
8982880--8982930	13	3.8	13	72	12	50	21	0	31	47	1.51
8983134--8983167	18	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32
8984700--8984876	42	4.1	42	79	2	165	28	17	25	27	1.98
8984760--8984876	42	2.7	42	89	2	171	29	20	26	23	1.99
8995435--8995475	20	2.2	19	86	8	57	56	9	0	34	1.32
8997932--8997995	24	3.1	20	69	26	53	51	1	6	40	1.36
8999370--8999407	19	2.1	18	85	9	51	65	2	0	31	1.06
9000141--9000186	23	1.9	23	86	8	65	23	4	2	69	1.17
9009560--9009584	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
9013022--9013058	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
9013646--9013674	15	2.0	15	93	6	51	27	3	0	68	1.05
9014679--9014764	44	2.0	44	81	4	102	58	5	5	30	1.45
9016855--9017103	132	1.9	130	80	9	292	40	16	12	30	1.85
9017503--9017528	13	2.0	13	100	0	52	30	7	7	53	1.57
9019922--9020036	56	2.1	56	100	0	230	32	17	17	33	1.93
9021964--9022023	21	2.9	21	87	0	84	15	30	28	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9025235--9025282	6	7.5	6	88	11	69	79	2	0	18	0.84
9025238--9025283	14	3.5	13	88	11	67	78	2	0	19	0.86
9025212--9025269	20	2.6	22	81	15	66	72	3	1	22	1.09
9025235--9025283	20	2.5	19	90	6	71	79	2	0	18	0.83
9025301--9025377	9	8.6	9	88	0	118	27	10	18	44	1.82
9034976--9035039	34	1.9	34	87	6	96	37	1	3	57	1.24
9035523--9035565	17	2.3	18	84	11	52	32	4	2	60	1.30
9037440--9037471	14	2.3	14	100	0	64	12	6	0	81	0.87
9042693--9042744	21	2.3	21	84	15	61	44	1	11	42	1.51
9043381--9043609	44	5.3	44	63	12	141	20	24	23	32	1.98
9043356--9043674	86	3.7	86	91	0	512	21	22	22	32	1.98
9048683--9049089	174	2.3	174	95	0	733	41	20	14	23	1.89
9049832--9050033	87	2.3	86	80	10	223	31	9	20	38	1.85
9060538--9060591	21	2.5	22	81	3	65	12	53	18	14	1.72
9064517--9064562	19	2.4	19	85	7	58	19	23	13	43	1.86
9068367--9068494	64	2.0	64	86	3	177	32	17	13	35	1.89
9068613--9068807	45	4.4	45	69	10	148	25	18	25	30	1.98
9068517--9068823	133	2.3	133	95	0	542	28	19	24	27	1.99
9068769--9069149	88	4.3	88	94	0	672	30	20	24	25	1.98
9069158--9069373	80	2.6	83	86	7	303	29	23	23	24	1.99
9068940--9069356	207	2.0	210	91	3	678	29	21	23	25	1.99
9069359--9069388	14	2.1	14	93	0	51	30	16	36	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9071943--9072202	131	2.0	130	81	5	301	26	17	18	36	1.93
9076807--9076967	44	3.6	43	74	18	116	57	0	7	34	1.27
9076961--9077012	23	2.4	20	87	12	68	63	0	5	30	1.18
9076953--9077014	23	2.8	20	79	18	61	62	0	6	30	1.20
9078067--9078097	15	2.1	15	94	5	55	0	9	6	83	0.79
9081523--9081662	17	8.3	17	76	4	131	44	22	6	27	1.77
9081523--9081662	34	4.1	34	82	3	149	44	22	6	27	1.77
9081533--9081662	51	2.6	50	83	8	149	44	20	6	28	1.75
9081793--9081860	24	2.8	24	84	0	82	39	17	13	29	1.88
9086430--9086459	16	1.9	16	93	6	53	0	20	0	80	0.72
9087727--9087766	20	2.0	20	90	0	62	27	12	12	47	1.77
9088201--9088228	13	2.2	13	100	0	56	32	0	14	53	1.41
9089608--9089633	12	2.2	12	100	0	52	46	15	7	30	1.74
9090339--9090396	18	3.2	18	72	0	62	41	5	37	15	1.70
9094263--9094302	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
9094251--9094317	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
9095293--9095352	30	2.0	30	93	0	102	63	3	16	16	1.44
9095665--9095720	3	18.7	3	84	0	76	60	1	5	32	1.29
9110748--9110863	58	2.0	58	96	0	214	36	14	20	28	1.92
9118793--9118843	6	8.5	6	74	8	50	17	5	0	76	0.98
9118794--9118847	18	3.1	17	78	7	56	20	5	0	74	1.02
9125340--9125368	13	2.3	13	94	5	51	37	0	17	44	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9130582--9130635	5	10.4	5	86	9	65	18	1	0	79	0.82
9130582--9130647	20	3.2	20	89	8	89	19	1	0	78	0.82
9131456--9131642	96	2.0	93	81	8	207	29	14	25	30	1.95
9132259--9132287	13	2.3	13	94	5	51	37	0	17	44	1.49
9133063--9133096	17	1.9	18	94	5	61	29	5	5	58	1.45
9136102--9136326	90	2.5	89	85	8	276	33	9	20	36	1.85
9142502--9142576	38	2.0	38	100	0	150	36	13	10	40	1.79
9150840--9150888	13	3.9	12	78	7	53	24	0	0	75	0.80
9150842--9150885	21	2.1	21	87	8	63	25	0	0	75	0.81
9157833--9157926	42	2.2	42	90	0	152	23	27	30	18	1.97
9158520--9158565	23	2.0	23	100	0	92	8	4	30	56	1.49
9165359--9165432	22	3.4	22	72	10	71	45	20	21	12	1.83
9165361--9165445	44	1.9	44	85	4	118	44	18	21	15	1.86
9165354--9165460	44	2.4	44	81	4	117	43	17	24	14	1.86
9166124--9166356	120	1.9	121	91	0	378	41	15	6	36	1.73
9166967--9167070	9	11.1	9	73	16	61	35	4	0	59	1.19
9166978--9167028	19	2.7	18	87	6	66	33	5	0	60	1.21
9166972--9167058	30	3.0	30	79	12	83	36	4	0	58	1.19
9167023--9167060	19	2.1	18	90	5	58	42	2	0	55	1.14
9166962--9167070	49	2.3	46	83	9	130	34	5	0	59	1.21
9171544--9171601	30	1.9	31	82	3	73	36	6	10	46	1.65
9182318--9182456	72	1.9	72	89	0	215	37	12	23	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9190357--9190566	69	3.0	69	87	1	278	20	23	22	32	1.98
9190549--9190582	16	2.1	16	88	0	50	14	41	14	29	1.86
9205766--9205833	29	2.4	27	83	9	82	54	7	7	30	1.55
9205766--9205834	28	2.4	30	85	7	90	55	7	7	30	1.55
9212043--9212130	44	2.0	46	82	13	112	55	5	0	38	1.24
9216684--9216722	21	2.0	20	85	14	55	20	12	0	66	1.24
9219137--9219189	13	4.1	13	72	0	52	37	20	7	33	1.81
9219224--9219293	34	2.1	34	97	2	133	41	2	0	55	1.14
9220547--9220611	32	2.0	32	96	0	121	27	21	13	36	1.92
9223642--9223703	30	2.1	30	93	0	106	25	0	12	61	1.32
9223786--9223825	18	2.2	18	86	8	55	20	0	12	67	1.22
9223827--9223859	11	2.9	12	86	13	52	66	0	0	33	0.92
9224078--9224123	23	2.1	21	84	8	56	58	2	2	36	1.22
9226810--9227111	27	11.0	27	74	12	240	15	29	24	30	1.96
9226819--9227057	57	4.2	57	95	0	361	15	29	23	31	1.95
9227693--9227761	36	1.9	36	93	0	120	47	11	8	31	1.70
9234935--9234969	18	2.0	17	94	5	61	20	0	5	74	1.02
9234936--9234978	18	2.4	17	85	11	59	23	0	4	72	1.04
9235160--9235212	23	2.4	23	84	9	67	32	3	0	64	1.12
9241462--9241531	28	2.5	28	88	0	104	35	10	25	28	1.88
9249180--9249204	8	3.1	8	100	0	50	48	0	40	12	1.40
9257919--9258031	20	5.7	20	71	10	70	39	6	13	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9257914--9258057	40	3.6	39	75	12	114	39	8	11	40	1.72
9258099--9258158	20	3.0	21	80	4	70	40	11	10	38	1.75
9258101--9258185	40	2.1	40	80	8	93	42	14	8	35	1.75
9258168--9258226	20	3.0	20	73	9	57	44	20	5	30	1.73
9258121--9258247	40	3.2	39	74	13	109	44	14	6	35	1.70
9258304--9258376	37	2.0	37	94	0	128	24	5	21	47	1.72
9258465--9258527	20	3.2	19	75	8	63	33	11	11	44	1.75
9258547--9258626	20	4.1	20	73	3	72	40	11	13	35	1.81
9260984--9261104	55	2.2	56	80	5	138	33	14	17	33	1.91
9261137--9261344	55	3.8	54	71	12	174	31	20	16	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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