genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.176.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57208215--57208255	14	2.9	14	85	3	55	68	4	2	24	1.22
57208337--57208374	19	2.0	19	100	0	76	57	0	5	36	1.21
57215122--57215163	19	2.2	20	86	8	68	30	11	33	23	1.91
57220083--57220147	13	5.1	12	75	12	58	46	10	0	43	1.38
57223013--57223143	40	3.3	40	86	0	172	42	26	17	12	1.86
57226388--57226585	96	2.1	96	96	0	360	42	8	18	30	1.79
57231658--57231779	61	2.0	61	98	0	235	59	4	10	25	1.51
57253453--57253537	43	2.0	43	86	9	120	28	29	17	24	1.97
57255784--57256071	50	5.8	49	81	4	319	25	17	28	29	1.98
57255733--57256053	99	3.2	99	81	6	317	25	17	27	29	1.98
57255726--57256065	149	2.3	150	90	2	531	25	18	27	29	1.98
57273696--57273928	44	5.0	44	67	22	127	31	19	21	27	1.97
57273826--57273975	50	3.1	49	71	21	154	31	20	23	24	1.98
57273696--57273988	94	3.1	94	88	0	433	32	20	20	26	1.97
57273696--57274063	94	3.9	94	83	2	290	33	19	20	27	1.96
57273696--57274050	188	1.9	188	81	2	426	33	19	19	27	1.96
57276821--57276915	20	4.7	19	74	18	86	36	0	2	61	1.08
57276821--57276886	19	3.5	19	80	13	82	34	0	1	63	1.04
57276821--57276964	21	7.2	19	72	19	82	35	0	3	61	1.13
57276911--57276963	20	2.7	20	74	11	63	32	0	5	62	1.19
57277033--57277062	9	3.3	9	90	0	51	30	10	13	46	1.75
57295641--57296295	94	7.0	94	80	5	592	35	17	18	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57295641--57296217	188	3.1	185	85	2	706	35	18	19	27	1.95
57295678--57296209	281	1.9	281	82	3	667	35	17	19	27	1.95
57295694--57296295	281	2.1	281	79	3	647	35	17	19	27	1.94
57298123--57298155	12	2.9	12	86	13	52	24	6	6	63	1.40
57302324--57302362	14	3.0	13	82	10	53	61	10	10	17	1.55
57313422--57313463	22	2.0	21	85	4	57	40	4	2	52	1.35
57316751--57316841	27	3.4	26	87	3	128	31	18	21	27	1.97
57316751--57316863	54	2.1	54	81	3	129	33	18	19	28	1.95
57325070--57325362	50	5.8	50	77	7	263	24	17	27	30	1.97
57325116--57325362	101	2.5	99	78	6	266	24	17	28	29	1.97
57330846--57331029	40	4.6	40	78	10	189	25	27	22	25	2.00
57330846--57331030	79	2.3	82	82	7	220	25	27	22	25	2.00
57345011--57345119	37	2.9	37	90	0	164	26	30	18	24	1.98
57345265--57345449	48	3.8	48	89	4	282	30	26	6	36	1.82
57345265--57345448	98	1.9	98	91	4	302	29	26	6	36	1.82
57345371--57345612	47	5.1	47	86	2	281	26	28	10	34	1.89
57345512--57345583	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
57345534--57345613	25	3.3	25	66	16	69	30	27	8	33	1.87
57353098--57353241	57	2.5	58	78	7	150	30	16	22	30	1.96
57356476--57356686	40	5.3	40	84	3	257	25	26	23	24	2.00
57363207--57363697	47	10.5	47	95	0	781	30	9	30	29	1.88
57363207--57363697	233	2.1	235	90	1	781	30	9	30	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57363815--57363893	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
57369254--57369437	40	4.6	40	83	5	246	23	27	23	25	2.00
57377238--57377266	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
57379957--57380096	40	3.5	40	76	6	124	30	22	17	28	1.97
57387090--57387171	26	3.2	26	66	19	73	24	13	30	31	1.93
57386983--57387225	49	4.9	50	82	3	258	25	18	27	28	1.98
57388551--57388681	27	4.9	27	84	6	169	34	22	25	18	1.96
57388551--57388684	54	2.5	54	93	1	234	34	22	25	17	1.96
57390302--57390409	26	4.2	26	93	0	171	37	23	6	33	1.80
57395186--57395216	12	2.6	12	100	0	62	12	51	25	9	1.70
57396679--57396811	27	5.0	27	86	6	182	33	22	25	18	1.96
57396675--57396814	54	2.6	54	95	2	246	34	22	25	17	1.96
57398062--57398169	26	4.2	26	90	0	171	35	23	7	34	1.83
57400856--57400995	40	3.6	39	74	10	124	31	25	17	25	1.97
57412699--57413005	47	6.7	43	74	14	199	28	19	28	23	1.98
57412699--57413057	94	3.9	90	78	12	354	27	20	29	22	1.98
57412696--57413057	141	2.6	139	78	9	380	27	20	29	22	1.98
57420255--57420617	47	7.7	46	73	12	242	27	20	28	23	1.99
57420253--57420618	94	3.9	92	79	8	384	27	19	28	23	1.99
57420255--57420618	141	2.6	139	76	11	370	28	20	28	23	1.99
57426276--57426404	50	2.5	51	86	5	172	36	14	22	26	1.93
57426380--57426560	31	5.8	31	84	6	231	29	17	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57426380--57426550	94	1.8	93	89	1	270	30	16	26	26	1.97
57426559--57426587	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
57437893--57438008	50	2.4	47	82	5	144	30	22	12	35	1.90
57439123--57439191	26	2.7	26	86	2	95	15	26	23	34	1.95
57444475--57444550	37	2.1	36	83	11	93	53	2	2	40	1.28
57448554--57448725	93	1.8	93	95	2	310	28	29	20	20	1.98
57448547--57448722	46	3.8	46	79	14	209	29	29	20	20	1.98
57450012--57450205	48	4.1	48	70	12	157	27	25	19	27	1.99
57451829--57451859	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
57456922--57456959	20	1.9	20	89	10	60	34	18	15	31	1.92
57458357--57458418	27	2.4	26	77	15	67	35	1	4	58	1.29
57459278--57459317	18	2.2	18	86	8	55	10	2	32	55	1.47
57464757--57464829	21	3.4	21	92	3	110	12	23	28	35	1.91
57470338--57470371	13	2.6	13	100	0	68	20	17	32	29	1.96
57471139--57471165	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
57473745--57473777	9	3.7	9	91	0	57	39	24	12	24	1.89
57473745--57473779	18	1.9	18	100	0	70	37	22	11	28	1.89
57478717--57478833	43	2.7	43	80	5	139	25	17	24	31	1.97
57481466--57481500	17	2.1	17	100	0	70	22	17	5	54	1.64
57485907--57485943	18	2.1	18	100	0	74	27	32	27	13	1.94
57491033--57491064	15	2.0	17	88	11	50	25	0	31	43	1.55
57492870--57492911	17	2.5	17	80	7	50	54	4	33	7	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57494536--57494730	27	7.2	27	79	4	187	35	21	10	32	1.88
57494536--57494729	54	3.6	53	78	2	208	36	21	10	31	1.88
57494714--57494819	27	3.9	27	92	0	158	32	18	22	26	1.97
57501204--57501239	15	2.4	15	95	0	63	52	2	13	30	1.55
57502870--57502941	34	2.1	34	94	0	126	27	12	34	25	1.92
57505954--57505986	16	2.0	17	94	5	59	51	0	0	48	1.00
57506175--57506217	18	2.4	18	81	14	54	39	0	2	58	1.11
57510102--57510233	60	2.2	60	81	8	144	26	15	26	31	1.95
57510502--57510534	10	3.3	10	91	8	50	24	0	3	72	0.98
57513203--57513236	17	2.0	17	94	0	59	35	14	17	32	1.91
57515745--57515796	5	9.6	5	88	12	68	78	3	0	17	0.89
57525486--57525625	42	3.3	42	80	3	138	30	22	15	32	1.94
57525530--57525636	42	2.5	42	81	0	124	30	24	14	29	1.95
57530257--57530356	41	2.4	41	89	0	146	21	27	24	28	1.99
57530343--57530410	25	2.7	25	86	0	82	25	25	25	25	2.00
57545316--57545433	59	2.0	59	100	0	236	28	32	10	28	1.90
57553426--57553550	38	3.0	38	71	24	108	31	23	15	30	1.95
57553443--57553602	38	3.6	47	77	17	187	31	23	15	30	1.95
57553426--57553602	85	2.1	86	89	1	266	31	22	15	30	1.95
57560229--57560264	18	2.0	18	100	0	72	38	27	11	22	1.88
57582937--57582961	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
57585052--57585225	46	3.8	46	80	6	199	41	14	22	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57585510--57585542	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
57586495--57586542	24	2.0	24	100	0	96	33	25	29	12	1.92
57589907--57590000	48	2.0	48	95	0	170	36	15	9	38	1.81
57593240--57593314	26	2.9	25	86	9	98	49	42	1	6	1.37
57597587--57597812	40	5.7	40	91	3	366	22	27	19	30	1.98
57597604--57597812	79	2.6	80	93	3	359	22	28	20	29	1.98
57597587--57597812	119	1.9	120	90	2	366	22	27	19	30	1.98
57653605--57653707	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
57653689--57653769	29	2.8	29	86	5	110	25	14	32	27	1.95
57654077--57654318	40	6.1	40	91	1	344	23	21	28	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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