genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.229.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74826318--74826427	37	2.8	41	74	12	113	33	22	17	26	1.96
74827985--74828033	26	2.0	24	88	8	71	65	8	0	26	1.20
74828015--74828058	19	2.2	20	80	4	54	77	9	2	11	1.08
74828421--74828541	54	2.2	54	89	0	179	40	4	14	40	1.66
74834302--74834341	19	2.0	20	85	4	55	45	0	27	27	1.54
74834444--74834501	29	2.0	30	82	3	73	41	0	37	20	1.53
74834542--74834578	9	4.1	9	89	0	56	32	10	10	45	1.74
74835846--74835885	20	2.0	20	90	9	64	70	2	7	20	1.24
74841307--74841344	19	2.0	19	94	0	67	31	18	10	39	1.85
74843229--74843269	6	6.5	6	83	10	55	78	2	0	19	0.87
74843221--74843264	20	2.1	21	91	4	72	70	2	0	27	0.99
74843232--74843271	20	2.0	20	90	0	62	75	5	0	20	0.99
74843289--74843338	9	5.6	9	83	9	66	28	8	20	44	1.79
74845901--74845961	32	1.9	32	89	0	95	31	1	11	55	1.45
74849856--74849884	15	1.9	15	100	0	58	27	13	17	41	1.87
74851337--74851404	32	2.1	32	81	10	77	23	4	16	55	1.58
74851400--74851472	32	2.5	27	76	19	83	24	4	20	50	1.65
74852432--74852498	23	3.0	22	66	23	57	28	8	20	41	1.83
74852423--74852551	46	2.8	46	91	0	204	27	6	21	44	1.76
74852431--74852502	22	3.2	22	67	21	67	29	8	19	43	1.80
74852945--74853016	29	2.5	29	77	4	74	41	13	4	40	1.64
74852945--74853016	14	4.9	15	81	8	69	41	13	4	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74859004--74859060	27	2.1	27	96	0	105	57	3	1	36	1.26
74859146--74859183	19	2.0	19	100	0	76	47	15	10	26	1.78
74859559--74859591	12	2.6	13	90	4	50	0	24	0	75	0.80
74861761--74861787	12	2.2	12	100	0	54	40	14	0	44	1.46
74862342--74862383	21	2.0	21	100	0	84	33	23	23	19	1.97
74864033--74864073	21	2.0	21	90	9	66	51	0	0	48	1.00
74864034--74864079	21	2.2	21	84	7	58	52	0	0	47	1.00
74868318--74868401	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
74868270--74868458	50	3.8	49	86	1	243	25	19	26	28	1.98
74871194--74871227	15	2.2	16	94	5	61	11	8	17	61	1.54
74874010--74874185	50	3.5	49	81	7	196	26	18	26	29	1.98
74878518--74878564	23	2.1	21	81	14	51	42	14	4	38	1.66
74879770--74879975	42	4.9	42	89	4	283	44	17	21	16	1.87
74879833--74879975	21	6.8	21	72	8	130	45	18	20	16	1.86
74886383--74886422	21	2.0	20	85	5	53	15	15	2	67	1.34
74891827--74891863	19	1.9	19	88	0	56	13	40	21	24	1.89
74898253--74898306	22	2.4	23	81	12	67	11	1	11	75	1.11
74898269--74898300	16	2.0	16	93	0	55	9	0	9	81	0.88
74898704--74898798	43	2.2	44	82	3	111	28	26	14	30	1.95
74898534--74899157	173	3.6	169	82	8	667	28	24	16	31	1.96
74899042--74899282	125	1.9	125	93	0	419	26	26	15	31	1.96
74900758--74900867	53	2.1	53	84	3	141	12	26	17	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74917013--74917075	31	2.0	31	100	0	126	28	15	19	36	1.92
74928776--74928821	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
74928783--74928827	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
74931413--74931444	12	2.7	12	100	0	64	31	15	0	53	1.43
74940647--74940702	2	28.0	2	77	0	58	44	5	50	0	1.25
74940813--74940845	6	5.8	6	86	13	52	0	15	0	84	0.61
74940813--74940845	11	3.0	11	90	0	57	0	15	0	84	0.61
74956443--74956468	6	4.3	6	100	0	52	34	0	65	0	0.93
74956440--74956485	18	2.4	18	82	7	56	43	0	56	0	0.99
74963627--74963694	33	2.1	33	100	0	136	27	8	32	30	1.87
74972815--74972899	42	2.0	42	100	0	170	23	22	23	30	1.99
74981043--74981102	31	1.9	31	83	6	77	28	10	15	46	1.77
74985567--74985600	16	2.1	16	89	10	52	58	8	0	32	1.29
74986014--74986071	27	2.1	28	84	9	75	37	24	1	36	1.66
74986754--74986822	5	13.8	5	77	10	52	23	1	4	71	1.12
74987208--74987297	46	2.0	46	97	0	171	36	14	31	17	1.90
74989339--74989393	20	2.8	20	79	20	78	52	0	5	41	1.24
74989346--74989385	19	2.1	19	90	9	64	50	0	7	42	1.30
74989427--74989474	9	5.3	9	84	0	60	68	2	2	27	1.11
74989427--74989474	18	2.7	18	86	0	69	68	2	2	27	1.11
74989727--74989751	9	2.8	9	100	0	50	12	0	0	88	0.53
74989746--74989784	19	2.1	19	90	0	60	35	2	0	61	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74989817--74989858	19	2.2	20	86	4	59	40	2	2	54	1.26
74990017--74990056	22	1.9	21	85	10	55	27	7	2	62	1.35
74993274--74993307	3	11.3	3	93	0	59	29	0	2	67	1.05
74994323--74994381	29	2.0	29	86	0	82	55	8	3	32	1.46
74995955--74996018	31	2.1	31	88	5	94	40	12	12	34	1.81
74998549--74998621	10	7.4	10	74	11	62	27	1	2	68	1.11
75002352--75002406	22	2.3	24	84	12	69	47	3	3	45	1.38
75002494--75002584	5	18.2	5	97	0	173	58	0	1	40	1.05
75004963--75005004	17	2.6	16	82	14	50	35	0	2	61	1.09
75004965--75004998	17	1.9	18	88	5	52	41	0	2	55	1.15
75005015--75005087	29	2.7	26	80	18	71	35	0	5	58	1.21
75005048--75005105	29	2.1	29	83	6	75	41	0	5	53	1.23
75005039--75005097	29	2.1	29	93	3	102	38	0	5	55	1.22
75010219--75010246	14	2.0	14	100	0	56	35	21	14	28	1.92
75017169--75017234	26	2.5	26	80	11	73	9	19	3	68	1.31
75017156--75017234	27	3.0	25	78	10	79	7	20	2	69	1.25
75019142--75019524	194	2.0	194	88	0	568	40	10	19	28	1.86
75024491--75024534	19	2.2	21	84	11	58	38	2	4	54	1.33
75029055--75029086	3	10.7	3	93	0	55	0	31	0	68	0.90
75037059--75037121	28	2.2	28	80	8	74	47	3	14	34	1.60
75043940--75043995	28	2.0	28	100	0	112	25	21	17	35	1.95
75047803--75047838	11	3.3	11	96	0	63	30	5	47	16	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75051891--75051965	18	4.2	18	78	0	87	33	17	21	28	1.96
75051891--75051965	36	2.1	36	87	0	105	33	17	21	28	1.96
75055891--75056135	108	2.3	108	87	3	341	29	21	17	31	1.97
75056013--75056346	169	2.0	168	82	3	404	33	18	17	30	1.94
75059569--75059674	21	4.8	21	75	14	88	63	0	12	24	1.29
75059588--75059674	22	3.5	24	79	15	72	63	0	11	25	1.28
75059640--75059725	5	15.8	5	75	15	64	54	0	13	31	1.40
75059640--75059752	28	4.3	27	76	18	94	53	0	15	30	1.43
75059608--75059703	22	4.5	22	82	15	112	57	0	12	30	1.36
75059635--75059737	22	4.6	22	80	9	50	52	0	14	33	1.42
75062635--75062698	28	2.3	28	83	2	85	50	26	3	20	1.63
75063148--75063284	47	2.9	46	82	6	143	23	18	19	38	1.93
75063148--75063284	46	2.9	46	81	6	161	23	18	19	38	1.93
75062838--75063406	203	2.8	197	82	4	645	31	18	17	31	1.95
75064322--75064349	5	5.6	5	100	0	56	42	17	17	21	1.89
75064441--75064479	19	2.1	19	90	4	62	30	5	12	51	1.62
75065004--75065074	31	2.3	31	80	2	72	25	12	8	53	1.66
75069937--75070083	33	4.4	32	70	12	125	31	17	24	27	1.97
75069870--75070110	101	2.4	101	92	1	412	32	15	24	28	1.95
75070103--75070171	24	2.9	23	91	4	102	49	4	23	23	1.68
75073645--75073687	7	5.7	7	89	10	59	69	0	0	30	0.88
75073649--75073677	9	3.3	9	90	9	51	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75073645--75073687	15	2.8	15	83	16	61	69	0	0	30	0.88
75073636--75073684	24	2.0	25	92	4	82	65	0	0	34	0.93
75077926--75077965	19	2.1	19	90	0	62	25	12	15	47	1.80
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75087440--75087535	45	2.0	49	82	13	119	52	0	1	46	1.07
75087757--75087790	17	2.1	16	89	10	52	32	0	0	67	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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