genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11507447--11507627	64	2.9	63	89	8	262	41	17	8	32	1.79
11515714--11515763	21	2.4	20	80	9	55	70	10	0	20	1.16
11516824--11516874	23	2.2	23	86	6	68	80	3	9	5	1.01
11516832--11516865	17	1.9	18	88	5	52	85	2	5	5	0.83
11517564--11517688	44	2.8	44	81	3	108	25	25	16	32	1.96
11517771--11518481	205	3.5	205	89	2	1065	30	21	17	30	1.96
11526494--11526543	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
11529789--11529944	26	6.0	26	71	10	95	58	3	5	32	1.37
11529957--11530005	20	2.4	20	80	12	55	69	10	0	20	1.17
11531064--11531110	17	2.8	17	78	12	53	82	4	2	10	0.88
11531065--11531103	21	2.0	20	90	10	62	84	2	2	10	0.81
11531059--11531113	24	2.2	24	84	12	67	80	3	7	9	1.02
11531065--11531104	20	2.0	21	90	5	64	85	2	2	10	0.80
11531065--11531110	21	2.2	21	84	7	58	82	4	2	10	0.89
11531748--11531772	13	1.9	13	100	0	50	8	28	16	48	1.74
11532002--11532708	205	3.5	204	88	2	1044	30	21	17	30	1.96
11536817--11536860	21	2.1	21	86	0	61	31	0	25	43	1.55
11537207--11537480	25	11.1	25	72	12	144	18	24	20	36	1.94
11537196--11537420	50	4.6	50	76	16	177	18	25	20	35	1.95
11538885--11539101	39	5.5	39	90	1	326	27	24	19	28	1.98
11539540--11539589	15	3.5	14	79	15	50	42	8	24	26	1.82
11542833--11542988	26	6.0	26	71	10	95	58	3	5	32	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11543001--11543049	20	2.4	20	80	12	55	69	10	0	20	1.17
11544792--11544816	13	1.9	13	100	0	50	8	28	16	48	1.74
11545046--11545752	205	3.5	204	88	2	1044	29	21	17	30	1.97
11546238--11546309	23	3.3	20	65	20	54	15	2	27	54	1.55
11546238--11546329	46	2.0	46	100	0	184	17	4	26	52	1.63
11549909--11549952	21	2.1	21	86	0	61	31	0	25	43	1.55
11550299--11550572	25	11.1	25	72	12	144	18	24	20	36	1.94
11550288--11550512	50	4.6	50	76	16	177	18	25	20	35	1.95
11551977--11552115	39	3.5	39	87	1	188	28	24	18	28	1.98
11557050--11557164	17	6.5	18	86	6	155	37	12	10	40	1.77
11557041--11557088	19	2.5	19	75	25	55	33	14	8	43	1.75
11557050--11557173	52	2.3	53	84	8	162	37	12	9	39	1.77
11557050--11557173	35	3.5	36	92	2	198	37	12	9	39	1.77
11567649--11567679	3	10.7	3	93	6	55	64	0	35	0	0.94
11567920--11567949	11	2.7	11	94	0	51	40	0	10	50	1.36
11568401--11568433	3	11.3	3	93	6	59	0	36	0	63	0.95
11568446--11568509	27	2.4	27	89	0	110	15	37	28	18	1.92
11569998--11570109	55	2.0	55	100	0	224	21	22	25	31	1.98
11577556--11577609	21	2.8	18	80	20	65	44	0	0	55	0.99
11579968--11580018	15	3.4	15	68	10	50	49	7	19	23	1.74
11579964--11580045	30	2.7	30	94	0	137	48	7	20	23	1.74
11590535--11590563	14	2.0	15	93	6	51	55	6	0	37	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11592488--11592539	16	3.2	16	91	0	77	28	0	34	36	1.58
11592520--11592614	45	2.1	44	86	1	127	34	5	26	33	1.79
11592776--11592810	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
11592734--11592806	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
11592923--11592957	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
11592695--11592969	147	1.9	149	96	1	509	46	3	2	47	1.32
11592938--11593125	61	3.1	61	68	19	185	49	5	2	42	1.41
11592901--11593198	120	2.5	120	92	3	492	50	4	3	42	1.37
11593022--11593067	15	3.0	16	78	9	60	58	0	0	41	0.98
11593016--11593209	54	3.4	54	68	22	144	53	3	3	40	1.32
11593914--11593949	16	2.2	16	100	0	72	19	38	19	22	1.93
11601747--11601787	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
11611050--11611089	14	2.9	14	84	0	62	42	0	5	52	1.23
11613239--11613263	12	2.1	12	100	0	50	16	16	16	52	1.76
11613807--11613882	5	15.2	5	75	5	55	34	3	21	40	1.71
11615501--11615569	35	2.0	35	97	0	129	17	52	10	20	1.73
11616412--11616449	3	12.3	3	88	5	58	34	0	0	65	0.93
11620736--11620762	7	3.9	7	100	0	54	74	11	0	14	1.08
11625403--11625442	15	2.7	15	96	0	71	10	40	25	25	1.86
11637617--11637654	18	2.1	18	90	9	60	63	0	0	36	0.95
11637616--11637663	8	5.6	9	85	11	57	60	2	0	37	1.09
11637889--11638012	61	2.0	61	100	0	248	49	1	17	31	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11637893--11637988	30	3.2	30	68	24	92	51	1	17	30	1.53
11640266--11640295	10	3.1	10	95	4	53	63	0	0	36	0.95
11640971--11640998	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
11650769--11650815	24	2.0	24	88	8	71	42	0	2	55	1.12
11650963--11650989	13	2.1	13	100	0	54	48	7	22	22	1.75
11652575--11652609	16	2.1	17	89	5	54	28	2	11	57	1.48
11652856--11652881	12	2.2	12	100	0	52	92	0	7	0	0.39
11656074--11656128	21	2.6	21	80	5	58	16	27	29	27	1.97
11667426--11667511	43	2.0	43	95	0	154	36	8	17	38	1.79
11672016--11672070	29	2.0	28	82	13	69	25	3	3	67	1.23
11676649--11676829	92	2.0	92	88	0	272	24	20	20	33	1.97
11678281--11678314	14	2.4	14	90	0	50	44	8	17	29	1.79
11678916--11678971	22	2.6	22	83	5	62	51	0	0	48	1.00
11681461--11681502	18	2.3	18	87	0	57	42	14	9	33	1.78
11681489--11681537	18	2.7	18	83	0	62	34	16	8	40	1.78
11681667--11681713	12	3.9	12	82	0	67	40	10	25	23	1.87
11681668--11681718	24	2.1	25	88	3	77	41	13	25	19	1.88
11681689--11681807	51	2.3	53	83	4	152	41	19	21	18	1.91
11682690--11682737	20	2.3	21	92	3	80	50	4	0	45	1.21
11689026--11689247	40	5.6	40	92	1	340	23	23	25	26	2.00
11690811--11690866	18	3.1	18	84	0	67	37	14	8	39	1.77
11690839--11690902	18	3.6	17	83	8	65	32	14	10	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11691017--11691047	6	5.2	6	92	0	53	45	19	19	16	1.86
11691017--11691051	12	2.9	12	91	0	61	42	17	22	17	1.88
11691027--11691145	51	2.3	53	85	7	154	41	19	21	18	1.91
11697489--11697534	24	1.9	24	95	0	83	34	8	10	45	1.70
11698719--11698839	42	2.9	41	75	8	109	22	21	14	42	1.88
11699416--11699449	12	2.8	12	90	0	50	17	17	38	26	1.92
11703319--11703390	37	1.9	37	91	0	117	29	30	18	22	1.97
11703536--11703724	48	3.8	49	84	6	240	31	25	5	37	1.79
11703694--11703887	47	4.1	47	89	0	280	27	29	10	32	1.90
11703787--11703858	22	3.1	22	66	24	58	25	29	12	33	1.92
11703762--11703840	25	3.3	25	67	22	69	30	29	8	31	1.88
11706525--11706575	20	2.4	22	83	9	61	17	1	3	76	1.03
11706945--11706977	16	2.1	16	100	0	66	63	12	18	6	1.48
11707265--11707434	43	4.0	43	80	3	182	32	24	15	27	1.95
11714832--11714862	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
11714829--11714868	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
11714941--11714985	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
11715054--11715304	55	4.7	54	79	7	239	21	23	19	35	1.95
11715101--11715301	108	1.8	110	87	4	300	21	24	18	34	1.96
11717592--11717624	16	2.1	16	100	0	66	63	12	18	6	1.48
11717861--11718030	43	4.0	43	80	3	182	32	24	15	27	1.95
11725263--11725346	26	3.2	26	96	0	150	33	4	25	36	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11730596--11731051	161	2.8	164	81	9	491	46	9	13	30	1.74
11730562--11731581	165	6.3	162	76	12	576	47	9	12	30	1.74
11731233--11731581	164	2.1	164	83	1	439	48	10	12	28	1.73
11739181--11739243	29	2.1	30	85	2	83	46	6	9	38	1.62
11740029--11740070	22	2.0	20	86	9	57	38	4	23	33	1.76
11744985--11745037	26	2.0	26	82	7	63	37	20	15	26	1.92
11750314--11750421	26	4.2	26	92	0	189	35	24	7	33	1.83
11751833--11751905	25	2.9	25	76	8	85	35	21	23	19	1.96
11759543--11759587	22	2.1	22	87	4	65	13	22	17	46	1.83
11760076--11760114	20	2.0	20	89	0	60	25	5	17	51	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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