genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.186.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60791333--60791446	56	2.0	56	94	0	201	30	19	12	37	1.88
60793479--60793575	45	2.3	41	81	12	106	24	18	25	30	1.98
60799673--60799713	17	2.5	17	84	11	50	63	7	0	29	1.21
60799679--60799726	18	2.6	18	83	9	53	70	4	0	25	1.04
60800782--60800814	16	2.0	17	88	5	50	36	6	3	54	1.41
60801054--60801113	27	2.3	27	85	2	86	33	5	6	55	1.48
60812183--60812413	41	5.7	41	79	2	268	29	27	21	21	1.99
60812207--60812398	40	4.8	40	79	1	168	28	26	21	22	1.99
60812183--60812378	81	2.4	81	95	0	347	29	26	21	21	1.99
60816668--60816723	26	2.2	26	96	0	103	32	7	25	35	1.83
60819549--60819581	14	2.4	14	94	0	57	18	24	6	51	1.68
60819561--60819748	93	2.0	93	86	2	259	23	16	17	42	1.88
60819582--60819986	88	4.6	87	73	13	274	26	16	20	36	1.93
60819493--60819919	88	4.8	91	75	13	300	26	17	19	36	1.94
60821742--60821807	27	2.4	27	82	12	73	31	6	1	60	1.30
60822090--60822122	16	2.0	17	88	5	50	36	6	3	54	1.41
60822361--60822420	27	2.3	27	85	2	86	33	5	6	55	1.48
60830501--60830603	53	1.9	53	98	0	197	33	17	13	35	1.89
60831756--60831787	4	7.8	4	93	6	55	53	0	0	46	1.00
60833471--60833716	130	1.9	134	80	6	297	30	13	16	38	1.88
60833928--60833965	19	2.0	19	89	0	58	68	0	10	21	1.19
60834061--60834133	27	2.7	27	79	6	78	68	5	1	24	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60834182--60834308	36	3.6	36	68	11	84	59	4	3	32	1.34
60834208--60834337	24	5.3	25	73	15	119	60	5	3	30	1.34
60835686--60835723	20	1.9	20	100	0	76	18	0	10	71	1.14
60835878--60836210	179	1.9	179	87	1	488	30	17	20	31	1.96
60836191--60836636	143	3.1	143	89	0	678	28	22	19	29	1.98
60836571--60836728	45	3.5	45	80	5	124	29	25	17	27	1.98
60837079--60837320	46	5.3	46	84	2	270	26	27	15	31	1.96
60838035--60838105	3	23.7	3	91	0	106	0	26	0	73	0.84
60843879--60843903	13	1.9	13	100	0	50	16	32	40	12	1.84
60845277--60845314	19	2.0	19	100	0	76	42	5	31	21	1.75
60851272--60851308	19	1.9	19	94	0	65	72	0	2	24	0.97
60851311--60851366	29	2.0	29	82	10	71	62	5	5	26	1.39
60851405--60851553	27	5.7	26	69	16	76	61	5	4	28	1.38
60851405--60851550	53	2.8	51	75	13	136	62	5	4	27	1.38
60851311--60851554	26	9.3	26	68	12	124	59	5	6	28	1.47
60852921--60852958	20	1.9	20	94	0	67	15	0	13	71	1.16
60853453--60854022	143	4.0	142	83	6	747	28	22	18	31	1.97
60853453--60854021	286	2.0	286	89	2	883	28	22	18	31	1.97
60853945--60854114	45	3.8	45	79	4	139	28	23	17	30	1.97
60854465--60854706	46	5.3	46	86	4	290	25	27	15	31	1.96
60854464--60854707	92	2.7	92	84	2	321	25	27	15	32	1.95
60855245--60855306	3	20.7	3	93	0	106	0	29	0	70	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60860103--60860139	19	1.9	19	100	0	74	70	0	5	24	1.08
60860144--60860192	24	2.0	24	84	7	64	63	2	4	30	1.24
60860231--60860400	24	6.7	25	73	14	118	64	3	4	28	1.29
60860231--60860391	27	6.3	24	73	13	101	63	3	4	27	1.30
60860240--60860382	50	2.8	48	74	16	121	65	3	4	25	1.28
60860373--60860509	26	5.5	26	72	10	115	59	4	2	33	1.32
60860341--60860474	34	3.8	35	71	19	91	61	3	2	32	1.29
60860373--60860495	49	2.5	49	75	10	135	60	4	2	32	1.31
60861855--60861885	14	2.2	14	94	0	53	16	0	12	70	1.16
60862806--60862888	41	2.0	41	97	0	157	38	26	13	21	1.90
60864762--60864829	26	2.5	26	79	13	66	70	4	5	19	1.25
60866455--60866840	92	4.2	92	83	4	451	34	26	13	25	1.93
60866436--60866840	184	2.2	184	87	3	575	34	25	13	26	1.93
60869036--60869089	23	2.3	23	81	6	65	22	20	18	38	1.93
60877800--60877843	22	2.0	22	90	0	70	54	4	0	40	1.21
60895492--60895555	6	10.7	6	78	9	60	6	14	0	79	0.91
60900932--60900982	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
60900838--60901060	103	2.2	104	92	2	369	31	31	18	17	1.95
60901386--60901449	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
60901393--60901449	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
60908305--60908356	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
60908317--60908466	70	2.1	71	92	1	248	30	30	16	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60908386--60908608	104	2.2	103	92	2	367	31	31	18	17	1.95
60908937--60909000	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
60908944--60909000	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
60911004--60911075	6	11.2	6	71	14	54	5	13	2	77	1.05
60911041--60911080	21	2.0	21	85	5	55	7	15	2	75	1.14
60911443--60911542	50	2.0	51	90	2	157	16	21	21	42	1.89
60915598--60915910	92	3.4	91	78	3	333	34	26	13	26	1.93
60917173--60917206	18	1.9	18	94	5	61	0	23	0	76	0.79
60926620--60926653	17	1.9	18	88	5	52	47	2	2	47	1.32
60929596--60929620	12	2.1	12	100	0	50	32	16	0	52	1.44
60934098--60934165	26	2.6	26	95	0	118	25	29	30	14	1.95
60934748--60934772	13	1.9	13	100	0	50	40	8	4	48	1.51
60942570--60942804	121	2.0	119	93	1	398	33	4	6	55	1.46
60944513--60944558	24	1.9	24	95	0	83	26	13	34	26	1.92
60945251--60945415	64	2.6	64	87	0	249	45	12	6	35	1.68
60948562--60948678	47	2.5	47	82	6	123	25	29	17	26	1.98
60964331--60964368	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
60968935--60968982	24	2.0	24	95	0	87	37	8	10	43	1.69
60976832--60976876	22	2.0	22	100	0	90	48	13	22	15	1.79
60977474--60977528	20	2.7	20	78	10	58	32	1	3	61	1.24
60982748--60982996	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
60982747--60982996	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60983091--60983122	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
60983334--60983391	30	1.9	30	86	6	82	31	24	1	43	1.64
60983953--60983984	5	6.2	5	96	3	55	59	0	0	40	0.97
60983952--60984030	15	5.6	15	73	19	64	53	3	0	43	1.19
60991069--60991133	27	2.4	27	84	0	94	36	18	20	24	1.94
61002751--61002934	42	4.2	42	74	8	129	28	22	15	33	1.95
61006750--61006833	31	2.7	30	88	1	114	28	22	16	32	1.96
61006855--61006990	42	3.2	42	94	0	227	34	18	14	32	1.91
61008014--61008065	27	1.9	28	84	7	72	17	21	23	38	1.93
61008146--61008295	27	5.5	27	73	17	82	28	6	20	44	1.77
61008173--61008328	81	1.9	81	84	5	208	28	10	19	41	1.84
61008170--61008337	54	3.1	53	77	10	146	28	10	22	39	1.86
61008168--61008335	27	6.3	27	72	13	105	27	10	22	39	1.87
61008327--61008472	27	5.4	27	82	3	168	40	7	23	28	1.82
61010714--61010826	31	3.7	31	96	3	205	28	26	16	28	1.97
61010850--61011023	82	2.1	84	96	2	325	34	18	14	31	1.92
61010850--61011023	42	4.2	42	96	2	325	34	18	14	31	1.92
61011171--61011240	25	2.8	25	89	4	97	24	24	25	25	2.00
61012050--61012127	27	2.9	26	72	11	68	23	17	20	38	1.93
61012145--61012380	27	8.7	27	79	6	181	31	8	19	40	1.81
61012174--61012380	54	3.8	54	81	2	209	30	7	19	42	1.78
61012256--61012413	81	2.0	81	83	7	205	29	10	20	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61012412--61012570	27	5.9	27	86	0	210	37	7	23	30	1.83
61012412--61012581	81	2.1	81	90	1	261	38	7	24	29	1.83
61017499--61017653	84	1.8	84	84	0	211	26	26	16	30	1.97
61017497--61017649	42	3.6	42	71	0	126	26	26	16	30	1.97
61019786--61019876	44	2.1	44	100	0	182	35	14	17	32	1.90
61025270--61025315	22	2.1	22	84	4	58	69	2	4	23	1.17
61035316--61035387	7	10.7	6	72	21	54	72	0	2	25	0.98
61035290--61035387	13	7.0	13	69	17	63	70	2	2	25	1.09
61036120--61036160	18	2.3	18	86	0	64	14	12	41	31	1.83
61049247--61049314	29	2.3	29	82	5	84	26	30	13	29	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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