genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11234060--11234126	28	2.5	27	78	7	75	20	2	0	76	0.92
11234776--11234805	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
11234772--11234834	27	2.3	26	76	10	63	38	0	11	50	1.38
11235764--11235797	12	2.8	12	95	0	59	23	14	0	61	1.33
11236937--11237004	30	2.3	30	82	5	75	45	5	20	27	1.74
11243565--11243601	18	2.1	18	100	0	74	45	21	16	16	1.84
11244268--11244305	17	2.2	17	86	9	51	34	15	23	26	1.95
11246048--11246085	20	1.9	20	88	0	58	39	7	21	31	1.82
11249861--11250049	50	3.7	50	79	2	162	26	16	25	31	1.96
11249861--11249992	52	2.6	51	82	2	158	26	14	25	33	1.94
11249861--11250089	51	4.5	51	77	3	185	26	15	26	31	1.96
11264330--11264395	32	2.1	32	83	13	84	43	0	7	48	1.31
11269925--11269955	5	6.4	5	92	7	55	41	0	0	58	0.98
11269943--11270006	20	3.3	20	74	22	64	35	0	4	59	1.18
11269948--11270009	16	3.9	16	75	10	56	37	0	4	58	1.20
11270257--11270318	32	2.0	31	81	15	74	35	1	8	54	1.39
11270441--11270483	16	2.5	16	85	11	50	55	0	0	44	0.99
11270441--11270485	20	2.3	19	84	3	54	57	0	0	42	0.98
11271582--11271682	45	2.2	45	91	3	159	21	20	18	38	1.93
11271666--11271700	18	1.9	18	94	0	61	17	28	17	37	1.92
11274523--11274586	25	2.6	25	92	0	101	32	31	10	25	1.90
11281762--11281879	25	4.8	25	90	1	175	30	30	11	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11282914--11282941	13	2.2	13	100	0	56	71	7	7	14	1.29
11287564--11287594	5	6.4	5	92	7	55	41	0	0	58	0.98
11287572--11287662	3	31.7	3	73	16	77	35	0	4	60	1.17
11287916--11287977	32	2.0	31	81	15	74	37	0	6	56	1.25
11289240--11289334	45	2.1	45	90	3	147	22	20	17	40	1.92
11289319--11289353	18	1.9	18	94	0	61	17	28	17	37	1.92
11291948--11292027	40	2.0	40	100	0	160	20	25	30	25	1.99
11291951--11292054	40	2.6	40	89	4	149	23	25	27	23	2.00
11298874--11298900	11	2.5	11	100	0	54	55	7	7	29	1.55
11299182--11299432	127	2.0	129	84	6	332	56	5	5	31	1.46
11299392--11299419	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
11299900--11299934	11	3.2	11	95	0	61	48	0	51	0	1.00
11300030--11300059	15	1.9	16	93	6	53	13	0	3	83	0.77
11300743--11300768	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
11301735--11302349	72	8.5	72	93	2	946	33	18	17	31	1.94
11301735--11302349	217	2.8	217	92	1	966	33	18	17	31	1.94
11301735--11302349	145	4.3	146	92	2	976	33	18	17	31	1.94
11304525--11304591	25	2.8	23	78	13	64	0	10	7	82	0.85
11311746--11311777	16	1.9	17	93	6	57	12	0	3	84	0.74
11312466--11312491	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
11316104--11316269	40	4.2	40	96	0	305	21	22	29	25	1.99
11322957--11323013	6	9.3	6	75	9	53	14	5	3	77	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11327877--11328015	31	4.7	28	72	15	93	25	14	12	47	1.80
11328374--11328481	57	1.9	57	84	0	144	46	12	16	24	1.82
11330230--11330329	42	2.3	45	82	6	116	34	22	15	29	1.94
11334917--11334996	40	2.0	40	97	0	151	61	10	6	22	1.50
11335397--11335462	31	2.1	31	83	10	82	33	10	12	43	1.76
11335871--11335945	38	2.0	38	100	0	150	37	21	14	26	1.92
11337813--11337855	21	2.0	21	100	0	86	30	13	18	37	1.90
11339338--11339367	13	2.3	13	100	0	60	46	0	30	23	1.52
11340291--11340321	3	10.3	3	92	0	53	70	0	0	29	0.87
11340648--11340714	31	2.2	31	83	5	82	35	10	10	43	1.73
11341615--11341645	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
11349915--11350004	35	2.6	35	83	0	99	38	13	18	28	1.89
11349948--11350088	35	4.0	35	76	3	113	37	15	19	26	1.92
11349909--11350088	70	2.6	70	75	11	163	38	14	20	26	1.91
11359207--11359262	5	11.4	5	75	11	53	71	5	0	23	1.06
11359978--11360033	24	2.3	25	84	6	71	26	10	23	39	1.87
11360707--11360759	21	2.5	21	90	0	79	16	37	26	18	1.93
11375602--11375626	7	3.6	7	100	0	50	44	28	0	28	1.55
11376265--11376335	25	2.8	25	80	4	72	25	23	22	28	2.00
11376294--11376361	25	2.7	26	80	13	63	26	25	23	25	2.00
11378636--11378755	51	2.4	51	86	0	159	26	21	12	39	1.89
11382494--11382535	22	1.9	22	85	0	57	26	11	11	50	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11384103--11384153	27	1.9	26	88	11	77	33	3	17	45	1.67
11384548--11384644	49	2.0	49	95	0	176	40	15	17	26	1.89
11386970--11387080	7	16.4	7	77	5	95	25	1	30	42	1.65
11386964--11387033	33	2.1	34	86	2	97	31	1	24	42	1.63
11389508--11389631	45	2.7	45	83	1	149	23	25	15	35	1.94
11389508--11389734	44	5.1	44	77	4	195	24	22	14	39	1.91
11392545--11392591	24	2.0	23	87	4	67	55	10	21	12	1.67
11393473--11393552	39	2.1	39	97	0	151	23	7	18	50	1.73
11398953--11398982	9	3.4	9	95	4	53	10	53	13	23	1.69
11405152--11405180	9	3.2	9	100	0	58	79	10	0	10	0.94
11407322--11407548	44	5.2	44	66	12	169	27	24	23	24	2.00
11407316--11407708	88	4.5	88	91	2	589	29	22	23	24	1.99
11407352--11407592	43	5.5	44	69	15	185	26	21	24	26	2.00
11407789--11408301	46	11.7	44	72	14	255	30	21	23	25	1.99
11407752--11408298	87	6.3	87	72	8	407	30	21	22	25	1.99
11407689--11408225	174	3.1	174	93	2	870	31	19	22	25	1.98
11408733--11408762	9	3.4	9	95	4	53	10	53	13	23	1.69
11416880--11416916	18	2.1	19	85	10	51	43	8	2	45	1.47
11417455--11417488	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
11422094--11422127	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
11428799--11428952	76	2.0	76	88	2	229	40	17	11	30	1.85
11430751--11430795	18	2.5	18	82	10	56	4	48	0	46	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11430816--11430862	18	2.6	18	79	0	58	0	36	6	57	1.24
11432836--11432889	17	3.1	17	82	12	74	50	9	0	40	1.35
11442175--11442212	2	19.0	2	88	0	58	44	0	2	52	1.14
11451707--11452017	48	6.5	49	75	10	225	29	20	26	24	1.99
11451801--11451970	93	1.8	92	82	6	218	28	21	25	24	1.99
11455021--11455066	19	2.6	17	82	6	56	45	13	13	28	1.80
11455015--11455066	17	2.9	17	75	10	59	40	17	17	25	1.90
11458277--11458335	28	2.1	28	84	9	77	49	15	8	27	1.73
11458289--11458346	28	2.0	30	90	6	93	44	17	6	31	1.75
11472526--11472575	17	2.9	17	100	0	100	36	24	28	12	1.91
11472634--11472723	45	2.0	45	95	0	162	27	30	5	36	1.80
11472792--11472857	19	3.6	20	73	15	54	43	1	0	54	1.09
11475019--11475112	26	3.6	26	81	2	98	26	5	8	59	1.48
11479597--11479649	28	1.9	28	88	3	81	37	9	5	47	1.60
11480283--11480327	18	2.4	19	88	7	74	71	2	13	13	1.25
11480471--11480531	27	2.4	25	83	5	68	67	0	31	1	1.01
11480491--11480525	17	2.0	18	88	5	54	77	0	22	0	0.78
11480574--11480629	17	3.1	19	75	15	64	16	0	12	71	1.15
11486759--11486797	17	2.3	17	91	8	62	33	10	10	46	1.72
11487335--11487472	72	1.9	72	88	2	206	36	18	23	21	1.95
11489347--11489868	151	3.5	149	89	1	776	28	7	7	57	1.52
11490450--11490506	3	20.0	3	75	10	57	0	35	0	64	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11490445--11490505	22	2.7	22	87	2	68	0	37	0	62	0.96
11490817--11490864	23	2.1	23	81	14	55	50	6	2	41	1.39
11492816--11492951	45	3.0	45	97	0	254	32	11	5	50	1.63
11493436--11493465	15	1.9	16	93	6	53	40	0	0	60	0.97
11503916--11503951	4	9.5	4	93	6	58	80	0	19	0	0.71
11503913--11503944	14	2.3	14	94	0	55	81	0	18	0	0.70
11503914--11503948	18	1.9	18	100	0	70	82	0	17	0	0.66
11504631--11504691	31	2.0	29	90	6	95	32	0	21	45	1.52
11506267--11506301	15	2.3	15	90	9	54	51	22	0	25	1.48
11506969--11507332	41	8.9	41	93	1	525	32	28	19	19	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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