genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.233.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75911356--75911424	31	2.2	31	80	12	79	18	2	2	75	1.06
75911458--75911490	12	2.8	12	95	0	57	33	0	12	54	1.37
75911632--75911689	3	19.3	3	76	13	57	31	5	1	62	1.27
75912148--75912206	30	2.0	30	86	6	84	32	6	1	59	1.34
75918147--75918440	150	2.0	151	94	2	524	47	18	1	32	1.59
75918736--75918779	18	2.5	17	81	7	52	45	2	0	52	1.13
75926567--75926796	96	2.4	96	79	1	255	27	24	18	29	1.98
75926567--75926796	48	4.8	48	73	4	167	27	24	18	29	1.98
75927465--75927735	46	5.9	46	85	3	321	19	23	14	42	1.88
75927465--75927728	92	2.9	92	88	1	368	20	23	14	42	1.88
75927470--75927738	138	1.9	138	85	0	367	19	24	13	42	1.88
75935891--75936134	49	4.9	49	77	4	256	30	26	16	26	1.97
75942834--75942870	18	2.0	19	85	15	51	40	0	8	51	1.32
75942967--75943031	34	1.9	34	87	0	94	33	3	35	27	1.73
75944548--75944584	11	3.5	11	79	20	51	72	0	5	21	1.04
75945281--75945323	11	3.9	11	85	14	54	65	0	2	32	1.06
75945420--75945451	15	2.2	14	94	5	55	56	0	9	34	1.32
75954456--75954515	31	1.9	31	89	0	93	46	6	0	46	1.29
75961878--75961928	21	2.5	21	84	12	63	54	1	1	41	1.22
75961890--75961933	19	2.3	20	80	7	56	54	0	4	40	1.21
75963142--75963204	22	2.8	22	77	15	58	9	7	1	80	0.95
75963153--75963204	22	2.3	23	83	9	63	9	9	1	78	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75963144--75963202	31	1.9	31	86	6	84	8	8	1	81	0.95
75963814--75963856	3	14.0	3	81	13	52	32	2	0	65	1.06
75963816--75963854	19	2.1	19	85	9	53	30	2	0	66	1.05
75963880--75963973	28	3.5	26	74	17	86	29	5	1	63	1.23
75964205--75964249	17	2.4	18	82	17	56	26	6	11	55	1.59
75968774--75968814	19	2.2	19	86	4	57	60	4	0	34	1.18
75977765--75977809	21	2.0	21	87	8	63	48	0	0	51	1.00
75981770--75981818	21	2.4	21	80	12	57	32	2	0	65	1.04
75992345--75992516	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
75992338--75992513	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
75999907--76000078	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
75999900--76000075	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
76002210--76002254	7	5.8	8	87	7	58	66	2	0	31	1.04
76002208--76002254	16	3.1	15	88	11	69	65	2	0	31	1.04
76005852--76005897	14	3.2	14	81	3	56	34	0	10	54	1.36
76005852--76005907	29	1.9	29	85	7	78	37	3	8	50	1.51
76008493--76008552	27	2.2	26	80	16	68	61	3	5	30	1.33
76009315--76009371	22	2.6	22	86	8	73	57	0	8	33	1.29
76010814--76010884	27	2.7	25	75	12	70	61	1	4	32	1.23
76010710--76010917	25	8.2	24	69	13	105	56	3	6	33	1.43
76013106--76013132	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
76014168--76014206	11	3.3	11	80	19	51	30	0	2	66	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76019671--76019736	26	2.6	24	81	9	78	7	10	19	62	1.51
76023206--76023237	16	2.0	16	93	0	55	0	15	3	81	0.82
76025792--76026135	81	4.2	81	85	4	487	36	16	14	32	1.89
76025792--76026135	163	2.1	161	89	3	512	36	16	14	32	1.89
76029375--76029414	21	1.9	21	89	0	62	62	30	5	2	1.29
76030814--76030844	16	1.9	16	93	0	53	45	0	3	51	1.17
76031686--76031742	28	2.0	28	93	0	96	47	15	5	31	1.68
76032637--76032689	21	2.5	21	87	0	79	30	35	9	24	1.87
76035944--76035979	18	2.1	16	90	10	54	33	0	0	66	0.92
76036216--76036249	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
76037461--76037514	27	2.0	27	96	0	99	40	1	18	38	1.61
76037832--76037928	33	2.8	35	72	20	89	43	2	3	51	1.29
76040122--76040160	15	2.5	16	87	4	62	56	0	7	35	1.28
76040122--76040167	15	3.0	15	80	3	56	52	0	10	36	1.37
76040957--76040996	21	1.9	21	85	10	55	42	0	2	55	1.13
76040956--76041003	21	2.3	21	78	7	53	45	0	2	52	1.12
76044077--76044105	4	7.2	4	100	0	58	48	24	0	27	1.51
76048321--76048432	38	2.9	38	81	0	134	32	6	18	42	1.75
76048890--76048924	17	2.0	18	88	5	54	42	37	2	17	1.64
76057683--76057714	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
76057683--76057713	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
76061037--76061064	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76064104--76064145	18	2.3	18	100	0	84	38	19	16	26	1.92
76066126--76066173	25	2.0	25	84	8	64	60	0	2	37	1.09
76066395--76066434	20	2.0	21	90	5	64	55	2	5	37	1.35
76067072--76067169	19	5.2	19	91	7	155	37	16	8	37	1.78
76067061--76067169	36	2.8	38	87	9	159	39	15	9	35	1.79
76067530--76068035	205	2.5	205	96	0	913	28	22	19	29	1.98
76068007--76068114	44	2.4	44	89	3	162	25	28	16	29	1.97
76068045--76068497	44	10.3	43	72	14	318	26	25	17	30	1.98
76068058--76068501	132	3.4	132	92	0	701	26	25	17	30	1.97
76069384--76069415	7	4.7	7	96	3	57	0	9	0	90	0.45
76074335--76074388	19	2.8	19	94	0	90	35	16	11	37	1.84
76077075--76077119	22	2.0	22	100	0	90	46	0	31	22	1.52
76085693--76085739	22	2.2	21	88	3	67	12	6	14	65	1.44
76085706--76085747	21	2.0	22	85	4	59	19	9	9	61	1.53
76086951--76086983	17	1.9	17	93	0	57	45	6	33	15	1.70
76090847--76090901	18	2.8	19	86	8	76	63	7	1	27	1.31
76093623--76093684	27	2.2	29	81	16	78	53	11	0	35	1.37
76098417--76098459	19	2.2	19	83	4	50	58	2	0	39	1.11
76105944--76105972	13	2.1	14	93	6	51	75	0	6	17	1.01
76106692--76106743	23	2.3	23	93	0	86	50	11	0	38	1.39
76107425--76107487	23	2.6	24	74	20	60	26	3	17	52	1.60
76116490--76116522	15	2.1	16	88	5	50	36	3	0	60	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76116993--76117022	14	2.1	14	93	6	51	66	0	0	33	0.92
76121867--76121898	7	4.6	7	96	0	55	65	3	0	31	1.08
76121855--76121909	21	2.4	24	73	17	62	65	1	3	29	1.20
76122017--76122072	20	2.8	21	73	13	64	55	5	7	32	1.50
76122104--76122170	29	2.3	29	84	5	82	58	4	4	32	1.38
76122045--76122264	25	9.0	25	72	13	129	55	4	5	34	1.42
76122193--76122264	22	3.2	22	74	16	60	58	2	2	36	1.27
76122743--76122887	30	4.8	30	93	0	245	22	3	48	24	1.66
76122743--76122887	60	2.4	60	97	0	272	22	3	48	24	1.66
76123631--76123679	14	3.6	14	81	10	57	65	4	12	18	1.41
76123701--76124158	75	6.5	73	81	13	523	33	21	16	28	1.95
76123696--76124158	140	3.3	140	78	14	499	33	21	16	28	1.95
76124653--76124698	19	2.4	19	85	7	58	21	23	10	43	1.84
76127083--76127125	21	2.0	22	82	13	54	72	6	16	4	1.24
76127650--76127727	8	10.4	8	71	18	60	82	1	1	15	0.81
76127654--76127722	6	10.8	6	74	22	61	82	1	1	14	0.81
76127652--76127714	14	4.5	14	83	0	90	82	1	1	14	0.82
76128801--76128985	64	2.8	66	87	2	257	29	18	14	37	1.91
76129350--76129452	44	2.3	45	83	11	124	33	15	23	28	1.95
76129156--76129439	147	1.9	147	84	5	378	29	18	26	25	1.98
76129349--76129683	177	1.9	177	87	4	489	29	15	25	28	1.96
76129294--76129707	177	2.3	175	79	6	478	30	16	25	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76129526--76130018	264	1.9	265	78	7	554	31	16	22	30	1.95
76129968--76130063	44	2.2	46	80	12	103	33	15	22	28	1.95
76129737--76130495	177	4.3	177	80	5	786	32	17	22	28	1.96
76129303--76130135	441	1.9	441	85	4	1153	31	16	23	28	1.96
76129722--76130498	355	2.2	353	83	4	940	32	17	22	27	1.96
76130749--76130783	17	2.0	18	88	5	54	42	37	2	17	1.64
76135049--76135131	35	2.3	36	85	4	123	10	14	30	44	1.79
76147183--76147268	30	2.9	29	73	20	79	48	1	5	44	1.34
76147465--76147496	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
76147405--76147476	27	2.5	30	72	14	71	52	0	4	43	1.20

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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