genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1929547--1929599	10	5.6	10	78	10	58	77	1	11	9	1.07
1929535--1929600	28	2.4	26	82	9	87	74	1	10	13	1.15
1938926--1938954	12	2.3	13	94	5	51	13	0	0	86	0.58
1939201--1939264	9	6.8	9	72	20	51	65	1	1	31	1.11
1946593--1946626	8	4.2	8	88	0	50	61	2	0	35	1.11
1948099--1948144	14	3.1	15	84	12	67	69	0	0	30	0.89
1948107--1948156	14	3.4	14	86	5	64	66	0	0	34	0.92
1952753--1952791	18	2.0	20	90	9	64	0	23	0	76	0.78
1953014--1953071	3	20.0	3	73	19	52	65	3	0	31	1.09
1953289--1953318	14	2.1	14	93	0	51	43	3	0	53	1.17
1956071--1956344	46	6.0	45	92	1	379	22	24	14	37	1.92
1956117--1956345	46	5.0	46	95	1	388	24	24	13	36	1.92
1958329--1958374	21	2.2	21	84	7	58	4	21	6	67	1.32
1964457--1964507	17	2.9	17	85	8	59	68	0	0	31	0.90
1964479--1964507	6	4.8	6	100	0	58	68	0	0	31	0.89
1969809--1969861	27	2.0	27	88	0	79	20	22	28	28	1.99
1982176--1982206	16	1.9	16	93	0	53	38	19	16	25	1.92
1988749--1988782	3	11.3	3	93	0	59	32	0	2	64	1.08
1988868--1988918	22	2.3	22	83	12	61	31	1	5	60	1.31
1989050--1989421	3	124.7	3	68	14	146	29	8	3	59	1.42
1989141--1989188	22	2.1	23	84	3	62	27	8	0	64	1.22
1989313--1989397	35	2.3	38	84	6	104	24	2	8	64	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1989312--1989421	32	3.3	32	71	14	50	25	4	6	63	1.37
1989492--1989567	3	26.0	3	77	10	59	31	7	1	59	1.34
1989452--1989508	26	2.3	25	82	11	64	49	1	7	42	1.40
2020444--2020687	32	7.6	32	87	0	326	32	21	13	32	1.92
2020451--2020687	96	2.5	96	90	0	366	32	21	13	32	1.92
2030319--2030368	24	2.1	24	96	0	91	28	6	44	22	1.76
2034171--2034208	16	2.4	16	86	8	51	68	5	0	26	1.11
2034482--2034541	21	2.8	22	76	23	65	61	3	3	31	1.28
2034491--2034598	12	9.5	11	72	17	53	60	0	3	35	1.21
2034492--2034598	33	3.1	33	73	15	99	59	0	3	35	1.21
2034527--2034596	26	2.7	26	84	0	86	61	0	2	35	1.11
2034555--2034610	26	2.2	26	80	6	60	66	1	1	30	1.12
2036130--2036864	44	16.5	44	80	8	817	28	24	14	32	1.94
2036269--2036303	14	2.5	14	90	0	52	14	25	8	51	1.70
2036181--2036391	102	2.1	102	81	3	255	27	24	12	36	1.91
2036130--2036864	132	5.5	132	83	7	919	28	24	14	32	1.94
2050283--2050338	26	2.2	26	96	0	103	37	26	5	30	1.79
2051570--2051602	16	2.1	16	88	5	50	66	6	0	27	1.15
2051882--2051988	33	3.0	35	74	15	103	59	1	3	34	1.26
2051917--2051986	26	2.7	26	86	0	95	62	0	2	34	1.10
2051945--2051981	19	2.1	17	90	10	56	67	0	0	32	0.91
2051894--2051988	12	8.0	12	72	17	65	61	1	4	33	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2052056--2052114	28	2.0	30	83	6	77	54	0	10	35	1.34
2053537--2053748	32	6.6	32	83	4	266	31	20	13	34	1.91
2061751--2061784	17	2.0	17	100	0	68	58	11	5	23	1.55
2063235--2063311	31	2.5	31	87	4	111	19	27	28	24	1.99
2067160--2067212	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
2068689--2068753	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
2073586--2073624	12	3.2	12	96	3	69	15	48	25	10	1.76
2076700--2076764	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
2080898--2081036	32	4.4	31	83	3	170	30	19	15	34	1.92
2080891--2081032	63	2.2	64	82	5	171	31	21	13	33	1.92
2089415--2089483	34	2.1	34	97	2	131	34	30	2	31	1.73
2090148--2090391	32	7.6	32	88	0	335	31	21	14	32	1.93
2090154--2090391	96	2.5	96	91	0	377	31	21	14	32	1.93
2098863--2099106	32	7.6	32	87	0	326	32	21	13	32	1.92
2098870--2099106	96	2.5	96	90	0	366	32	21	13	32	1.92
2107394--2107637	32	7.6	32	87	0	326	32	21	13	32	1.92
2107401--2107637	96	2.5	96	90	0	366	32	21	13	32	1.92
2111158--2111186	12	2.3	13	94	5	51	13	48	27	10	1.75
2114346--2114410	33	2.0	33	93	6	114	36	26	6	30	1.81
2117520--2117638	60	2.0	60	93	6	206	28	26	18	26	1.98
2122407--2122435	12	2.4	12	100	0	58	13	51	24	10	1.72
2125571--2125635	32	2.0	32	100	0	130	38	24	6	30	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2128693--2128824	62	2.1	62	98	0	255	26	26	21	25	2.00
2129826--2129973	32	4.6	32	82	0	179	31	20	14	33	1.93
2140368--2140436	34	2.1	34	97	2	131	34	30	2	31	1.73
2141074--2141340	33	8.3	33	75	12	128	28	25	14	31	1.95
2141071--2141342	32	8.5	32	79	7	266	27	24	14	32	1.95
2141071--2141342	98	2.8	98	86	5	371	27	24	14	32	1.95
2149221--2149520	150	2.0	150	98	0	582	37	9	13	40	1.76
2159504--2159569	30	2.1	31	81	13	73	54	9	6	30	1.56
2163406--2163438	15	2.1	16	88	11	50	12	0	6	81	0.85
2170448--2170494	7	6.2	8	95	5	73	72	0	0	27	0.85
2171496--2171739	32	7.6	32	85	0	263	34	21	11	32	1.90
2171496--2171739	64	3.8	64	86	0	308	34	21	11	32	1.90
2171502--2171739	96	2.5	96	83	0	296	34	21	12	32	1.90
2178231--2178287	30	1.9	30	85	0	78	12	29	33	24	1.92
2179087--2179129	4	10.8	4	94	0	77	27	0	20	51	1.48
2180120--2180169	6	7.8	6	78	12	55	78	2	2	18	0.95
2180141--2180172	13	2.4	13	94	5	55	81	0	0	18	0.70
2190757--2190858	31	3.3	31	91	0	159	20	28	28	22	1.99
2191222--2191291	34	2.1	34	100	0	140	35	30	2	31	1.72
2191955--2192198	32	7.6	32	86	0	308	32	21	13	32	1.93
2191961--2192198	96	2.5	96	88	0	350	32	21	14	32	1.93
2197939--2197967	13	2.1	14	93	6	51	0	34	13	51	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2202096--2202133	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
2202151--2202362	72	2.9	73	74	3	205	23	16	29	30	1.96
2210016--2210062	21	2.4	19	82	10	58	27	2	23	46	1.63
2214386--2214546	40	4.0	40	90	0	232	21	22	28	26	1.99
2214753--2214807	25	2.2	25	90	6	85	29	12	30	27	1.93
2214791--2214886	28	3.4	28	70	5	95	19	18	30	31	1.96
2214790--2214913	56	2.2	56	100	0	248	18	17	33	30	1.94
2214819--2214913	28	3.4	28	69	5	93	17	16	34	30	1.93
2215989--2216035	21	2.4	19	82	10	58	27	2	23	46	1.63
2225176--2225377	32	6.4	32	84	1	257	31	22	13	32	1.93
2225170--2225377	64	3.3	64	90	2	296	31	22	13	32	1.93
2226251--2226493	32	7.6	32	85	1	308	32	21	13	32	1.92
2226257--2226493	96	2.5	95	88	1	348	32	21	13	32	1.92
2236954--2237144	4	47.8	4	100	0	382	25	0	24	50	1.50
2238130--2238183	6	8.7	6	78	11	56	77	0	3	18	0.91
2238150--2238183	13	2.7	13	90	4	52	82	0	0	17	0.67
2238127--2238183	25	2.3	25	81	3	71	78	0	3	17	0.88
2245003--2245189	72	2.6	73	80	3	189	22	17	29	29	1.97
2252818--2252858	20	2.0	20	85	4	55	48	17	4	29	1.67
2253019--2253091	31	2.4	31	88	0	101	19	30	30	20	1.97
2254117--2254360	32	7.6	32	84	3	303	33	22	13	31	1.92
2254135--2254360	96	2.4	96	87	1	346	33	22	13	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2264773--2264818	24	2.0	24	87	12	69	10	2	43	43	1.51
2265068--2265195	42	3.1	42	89	2	195	29	22	17	30	1.96
2265719--2265813	43	2.2	44	83	5	113	25	24	22	28	1.99
2278386--2278616	3	74.7	3	68	14	53	58	3	9	27	1.46
2299476--2299534	31	2.0	29	83	6	73	40	8	1	49	1.43
2299739--2299780	21	2.0	22	90	4	68	50	30	2	16	1.58
2299746--2299819	28	2.6	28	72	8	69	47	29	4	18	1.67
2299846--2299889	14	3.2	13	83	6	52	43	29	6	20	1.78
2300142--2300190	22	2.1	24	81	7	57	51	12	8	28	1.68
2300644--2302886	228	10.0	222	86	3	2444	30	15	28	26	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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