genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.251.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80451508--80451644	68	2.0	68	97	0	256	31	14	12	41	1.83
80451975--80452025	26	2.0	26	84	7	68	23	7	11	56	1.61
80452143--80452200	30	1.9	30	86	6	82	50	22	3	24	1.65
80454212--80454316	52	2.0	53	96	1	194	34	21	14	29	1.93
80457192--80457225	16	2.1	16	94	0	59	29	47	0	23	1.52
80463389--80463781	132	3.0	131	80	8	361	28	15	19	36	1.93
80463984--80464225	135	1.8	133	89	3	378	28	17	17	36	1.93
80472887--80472919	4	8.2	4	93	0	57	72	0	27	0	0.85
80473669--80473779	47	2.4	47	84	6	154	25	16	23	35	1.95
80484646--80484701	29	1.9	29	85	0	76	35	17	5	41	1.73
80485751--80485819	36	2.0	36	94	5	124	36	21	2	39	1.69
80487300--80487356	25	2.4	22	78	18	60	59	1	0	38	1.08
80492548--80492614	32	2.1	33	85	2	91	38	8	13	38	1.76
80492557--80492627	32	2.3	32	83	9	85	42	12	14	30	1.82
80493586--80493629	20	2.1	21	87	4	63	45	6	0	47	1.29
80494550--80494592	18	2.4	18	80	7	52	53	0	0	46	1.00
80495550--80495592	12	3.7	11	81	9	50	25	0	2	72	0.97
80495547--80495593	17	2.7	18	84	15	71	27	0	2	70	0.99
80496667--80496838	58	2.9	58	79	9	195	27	23	13	34	1.93
80500569--80501283	263	2.7	259	84	3	869	36	18	15	29	1.91
80511967--80512008	14	3.0	14	82	0	57	42	16	9	30	1.80
80511932--80511998	34	1.9	35	87	3	100	44	13	10	31	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80512504--80512588	37	2.3	37	95	0	152	37	9	17	35	1.82
80521096--80521155	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
80521110--80521181	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
80526118--80526360	57	4.2	57	96	2	434	28	36	18	17	1.93
80526118--80526330	29	7.4	29	75	5	209	28	36	17	16	1.92
80526117--80526360	113	2.1	114	94	0	436	28	36	18	17	1.93
80528334--80528412	28	2.8	28	78	0	77	30	27	8	32	1.87
80538409--80538443	17	1.9	18	88	11	54	22	8	11	57	1.61
80540187--80540233	21	2.4	19	82	7	58	46	2	2	48	1.25
80546627--80546665	19	2.1	19	90	4	62	48	0	0	51	1.00
80549406--80549459	23	2.5	21	77	11	56	40	1	0	57	1.09
80562999--80563062	31	2.1	31	100	0	128	51	17	3	28	1.60
80565542--80565635	31	3.1	31	84	3	111	41	10	14	32	1.81
80567330--80567364	12	2.9	12	86	0	52	62	5	28	2	1.32
80582080--80582126	15	3.3	14	80	11	51	51	0	0	48	1.00
80582084--80582120	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
80588041--80588137	41	2.3	40	77	10	106	65	0	1	32	0.99
80588083--80588139	25	2.2	27	87	6	82	66	0	0	33	0.92
80589626--80589666	22	1.9	22	85	14	59	39	12	12	36	1.80
80602561--80602594	17	2.0	17	88	0	50	29	32	14	23	1.94
80602624--80602655	15	2.1	15	100	0	64	12	34	0	53	1.39
80607605--80607802	110	1.8	109	85	1	279	39	24	9	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80610401--80610438	19	2.0	19	85	10	51	60	10	5	23	1.50
80610467--80610500	10	3.3	10	84	8	50	44	0	0	55	0.99
80614817--80614846	15	1.9	16	93	6	53	30	0	0	70	0.88
80616721--80616769	18	2.5	19	80	12	64	28	20	14	36	1.92
80617026--80617057	16	2.0	16	93	0	55	43	3	12	40	1.58
80628327--80628395	33	2.1	33	97	0	129	31	7	27	33	1.84
80628851--80628897	24	2.0	24	100	0	94	40	17	8	34	1.79
80631274--80631349	30	2.5	29	79	8	80	28	7	13	50	1.69
80632178--80632251	37	2.0	37	100	0	148	59	18	5	16	1.55
80638876--80638988	58	1.9	58	80	7	131	16	13	18	51	1.76
80646002--80646026	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
80646378--80646407	14	2.1	14	93	0	51	40	13	6	40	1.71
80654795--80654874	40	2.0	38	83	7	97	57	0	0	42	0.98
80662847--80662879	16	2.0	17	94	5	59	18	36	15	30	1.91
80671874--80671928	29	1.9	29	85	10	78	47	3	0	49	1.19
80672067--80672115	22	2.2	22	85	7	64	30	6	8	55	1.54
80672113--80672177	34	2.0	32	82	11	78	46	3	7	43	1.48
80678106--80678159	26	2.1	26	82	6	65	33	20	5	40	1.76
80683134--80683203	32	2.2	32	78	0	77	31	4	8	55	1.49
80683593--80683653	3	19.7	3	83	6	77	63	0	3	32	1.10
80684783--80684957	87	2.0	90	84	6	232	26	17	9	46	1.79
80684783--80684906	31	4.2	31	70	12	107	27	17	7	47	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80684783--80684957	31	5.9	30	64	16	96	26	17	9	46	1.79
80687304--80687394	47	1.9	47	84	6	121	60	3	1	35	1.20
80693646--80693731	39	2.2	39	83	4	102	36	0	3	60	1.14
80693738--80693793	18	3.4	16	79	13	60	58	0	1	39	1.08
80693746--80693775	9	3.3	9	100	0	60	53	0	0	46	1.00
80694383--80694514	65	2.0	66	97	1	248	36	14	12	37	1.83
80702197--80702231	16	2.1	17	89	5	54	51	0	2	45	1.16
80710713--80710737	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
80716690--80716736	16	2.9	16	75	12	51	51	10	10	27	1.70
80723215--80723305	26	3.5	26	71	5	94	46	0	3	50	1.17
80723475--80723531	16	3.6	16	82	0	78	29	24	7	38	1.82
80724020--80724072	27	1.9	28	88	3	81	66	5	0	28	1.15
80724030--80724074	8	5.2	8	82	15	54	66	2	0	31	1.04
80724211--80724329	55	2.2	53	85	5	152	28	12	22	36	1.91
80724211--80724340	51	2.5	53	83	5	156	30	12	20	36	1.90
80732006--80732044	17	2.3	17	100	0	78	25	5	10	58	1.51
80734556--80734593	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
80735478--80735517	19	2.0	20	86	13	57	77	2	5	15	1.04
80736351--80736497	37	4.0	37	91	1	235	25	23	15	35	1.94
80736459--80736584	52	2.6	46	77	13	153	28	23	13	34	1.93
80736471--80736570	52	1.9	52	89	0	155	29	22	14	35	1.93
80739043--80739098	28	2.0	28	89	0	85	66	3	1	28	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80741101--80741182	29	3.0	26	74	20	69	62	0	1	36	1.03
80741660--80741720	17	3.5	17	82	4	86	36	9	11	42	1.74
80745585--80745625	21	2.0	21	81	18	50	31	19	26	21	1.97
80747846--80747919	30	2.5	30	86	0	112	20	9	28	41	1.83
80750385--80750434	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
80755023--80755072	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
80758562--80758592	16	2.0	15	93	6	53	90	0	9	0	0.46
80758562--80758592	11	2.7	11	95	5	53	90	0	9	0	0.46
80760485--80760565	34	2.4	34	91	2	126	30	23	19	25	1.98
80763241--80763350	26	4.2	25	91	6	175	33	4	22	39	1.75
80763284--80763350	13	5.2	13	67	25	52	32	4	20	41	1.73
80764836--80764888	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
80766415--80766495	40	2.0	40	92	2	137	45	7	1	45	1.39
80766656--80766751	50	1.9	50	95	0	174	50	9	15	25	1.74
80771858--80772003	73	2.0	72	82	1	175	45	11	10	32	1.76
80774445--80774474	11	2.6	11	94	5	51	90	0	6	3	0.56
80777002--80777239	121	2.0	121	82	5	293	20	18	29	31	1.96
80779743--80779782	18	2.2	18	90	0	62	35	25	0	40	1.56
80786104--80786153	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
80790743--80790792	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
80792516--80792548	16	2.0	17	88	5	50	36	6	12	45	1.66
80792593--80792625	17	2.0	17	88	5	50	45	12	3	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80797195--80797237	19	2.4	18	81	11	54	13	11	4	69	1.33
80810365--80810466	9	11.4	9	75	10	86	80	1	12	4	0.96
80810365--80810466	17	5.8	17	76	14	93	80	1	12	4	0.96
80822964--80823006	20	2.2	20	86	0	59	62	2	6	27	1.33
80823035--80823064	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
80824107--80824141	9	3.9	9	88	0	52	2	20	54	22	1.58
80824734--80824800	7	9.1	7	80	15	73	37	0	0	62	0.95
80824734--80824802	15	4.7	15	81	13	81	36	0	0	63	0.94
80824727--80824884	30	5.1	28	75	17	104	32	3	0	63	1.14
80824727--80824851	3	39.7	3	70	21	62	34	2	0	63	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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