genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1671754--1671811	23	2.7	21	80	15	64	32	15	8	43	1.77
1672317--1672358	15	2.8	15	92	0	66	33	16	7	42	1.75
1678795--1678969	35	5.4	30	73	17	113	35	46	0	17	1.52
1678908--1679004	13	8.1	13	75	17	84	37	49	0	13	1.42
1678873--1679004	35	3.9	35	82	8	143	37	48	0	14	1.44
1678956--1678998	22	2.0	22	90	0	68	37	51	0	11	1.39
1680827--1680867	15	2.7	16	81	11	50	56	7	0	36	1.27
1683233--1683294	28	2.2	28	91	0	97	33	8	27	30	1.86
1683241--1683302	28	2.2	28	85	0	88	38	6	22	32	1.80
1687207--1687837	315	2.0	316	92	2	1054	32	11	21	34	1.89
1690053--1690157	50	2.1	50	98	1	203	30	7	21	40	1.81
1691573--1691746	46	3.7	46	79	6	172	27	19	31	22	1.98
1697732--1697795	32	2.0	32	100	0	128	25	21	15	37	1.93
1699334--1699493	46	3.5	44	79	9	155	25	29	20	25	1.99
1700958--1701059	50	2.1	49	94	1	177	40	23	6	29	1.80
1702857--1702894	19	2.0	19	85	10	51	36	28	0	34	1.58
1703649--1703703	9	6.2	9	77	10	60	45	0	1	52	1.11
1703636--1703703	35	1.9	36	84	3	93	41	0	1	57	1.08
1703652--1703706	27	2.0	27	100	0	110	45	0	3	50	1.19
1706262--1706321	31	1.9	31	82	0	75	43	15	15	26	1.85
1717729--1717760	14	2.3	14	94	0	55	53	0	9	37	1.34
1717730--1717766	14	2.7	14	80	19	51	48	0	10	40	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1717970--1718027	28	2.1	28	81	12	66	56	3	1	37	1.26
1718293--1718331	13	3.1	13	88	3	53	58	0	0	41	0.98
1727327--1727357	16	1.9	16	100	0	62	45	0	12	41	1.42
1727899--1727933	11	3.3	11	88	4	54	31	0	0	68	0.90
1728014--1728076	30	2.1	30	96	0	117	57	15	3	23	1.53
1728105--1728153	22	2.2	22	81	0	62	63	8	8	20	1.48
1732314--1732354	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
1739163--1739220	3	20.0	3	79	13	68	67	1	29	1	1.11
1743850--1743878	13	2.1	14	93	6	51	34	20	0	44	1.52
1750593--1750635	17	2.6	15	80	20	50	2	30	4	62	1.28
1753732--1753805	36	2.1	36	92	0	121	14	36	4	44	1.65
1757253--1757291	6	6.5	6	90	0	51	23	0	7	69	1.14
1757253--1757291	12	3.2	12	92	0	60	23	0	7	69	1.14
1757774--1757815	17	2.7	15	80	16	50	78	2	4	14	1.01
1759672--1759704	8	4.1	8	100	0	66	12	27	36	24	1.91
1762836--1762894	13	4.4	13	77	8	55	57	0	3	38	1.15
1762899--1762929	16	2.0	16	93	6	55	51	0	0	48	1.00
1762874--1762944	35	2.1	33	82	12	83	57	1	0	40	1.07
1763282--1763342	28	2.1	29	82	8	72	52	8	8	31	1.60
1763291--1763347	29	2.0	28	86	3	78	54	10	7	28	1.60
1765247--1765327	39	2.0	40	92	2	137	19	6	11	62	1.48
1765637--1765672	15	2.4	15	90	0	54	36	2	0	61	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1766112--1766165	27	2.0	27	100	0	108	33	18	7	40	1.78
1769478--1769511	17	2.0	17	94	0	59	44	23	14	17	1.86
1770274--1770302	14	2.1	14	100	0	58	20	13	13	51	1.75
1776873--1776966	43	2.2	42	85	9	129	41	4	4	50	1.41
1779851--1779916	34	1.9	34	87	6	98	50	6	9	34	1.59
1780004--1780089	35	2.5	35	83	10	99	55	4	0	39	1.20
1780598--1780645	25	1.9	25	86	0	69	47	16	18	16	1.82
1787168--1787247	39	2.1	39	97	0	151	40	20	16	23	1.91
1789070--1789122	27	2.0	26	81	7	61	33	1	5	58	1.32
1790958--1791117	26	6.2	26	90	0	257	33	6	23	36	1.81
1790958--1791117	52	3.1	52	95	0	284	33	6	23	36	1.81
1792905--1793178	137	2.0	137	97	0	512	25	17	24	32	1.97
1798245--1798402	26	6.2	26	88	2	239	33	6	22	36	1.81
1798245--1798402	52	3.1	52	93	1	266	33	6	22	36	1.81
1800170--1800456	137	2.1	137	94	1	504	24	18	25	32	1.97
1802578--1802733	30	5.0	30	72	13	109	26	53	9	9	1.64
1802583--1802704	60	2.0	61	98	1	237	26	52	9	11	1.68
1802689--1802751	18	3.5	18	74	8	74	33	57	7	1	1.37
1802676--1802750	36	2.1	36	100	0	150	30	56	10	2	1.48
1805614--1805644	16	1.9	16	93	0	53	74	0	3	22	0.96
1806517--1806563	23	2.0	25	87	8	71	29	0	0	70	0.88
1806755--1806790	17	2.1	17	90	10	56	19	0	0	80	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1809773--1809817	23	2.0	23	100	0	90	48	8	13	28	1.72
1818360--1818516	58	2.7	58	79	5	149	21	23	22	32	1.98
1819915--1819953	16	2.6	16	88	8	55	25	2	0	71	0.98
1820131--1820171	20	2.0	20	100	0	82	65	9	9	14	1.46
1820919--1821081	80	2.0	82	84	9	219	46	6	6	41	1.55
1825760--1825972	117	1.8	116	86	3	311	32	11	22	33	1.90
1825772--1826009	117	2.0	115	78	8	241	33	11	23	31	1.91
1829561--1829601	15	2.8	15	82	14	50	34	12	7	46	1.69
1831260--1831357	48	2.0	48	94	0	169	22	23	13	40	1.89
1839375--1839495	64	1.9	62	86	6	172	28	4	32	35	1.76
1850588--1850625	17	2.3	17	86	4	51	55	13	2	28	1.51
1853289--1853321	16	2.0	17	94	5	59	66	0	0	33	0.92
1853498--1853535	20	2.0	18	90	10	58	42	10	0	47	1.38
1854165--1854207	17	2.4	17	80	7	50	44	0	0	55	0.99
1855096--1855133	14	2.5	16	87	8	53	71	0	0	28	0.87
1856231--1856274	20	2.2	20	84	8	54	65	2	2	29	1.16
1856946--1856985	21	1.9	21	90	10	64	27	2	0	70	1.01
1857967--1857995	12	2.5	12	94	5	51	48	6	44	0	1.29
1858148--1858192	15	3.0	15	80	0	54	51	0	44	4	1.21
1858139--1858208	24	2.8	23	77	12	68	48	0	45	5	1.26
1868626--1868683	29	2.0	29	96	0	107	31	25	6	36	1.83
1873340--1873401	30	2.1	30	100	0	124	41	12	6	38	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1873886--1873922	6	6.2	6	90	0	56	2	18	45	32	1.64
1880250--1880284	3	12.0	3	93	6	63	34	31	0	34	1.58
1881532--1881577	18	2.5	18	85	3	56	71	0	0	28	0.86
1881502--1883390	982	1.9	951	82	9	2351	39	13	10	36	1.79
1887960--1888502	272	2.0	271	86	3	754	37	11	16	33	1.86
1888939--1888996	29	2.0	29	83	6	73	53	18	6	20	1.67
1893556--1893631	30	2.5	30	93	0	125	14	40	26	18	1.89
1896403--1896486	42	2.0	42	97	0	159	41	20	7	30	1.79
1897344--1897369	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
1897667--1897726	30	2.0	30	96	0	111	21	30	11	36	1.89
1899527--1899599	31	2.3	32	79	11	89	28	15	12	43	1.82
1900864--1900918	15	3.5	15	74	13	56	47	1	1	49	1.23
1907158--1907195	15	2.5	15	83	12	51	42	0	0	57	0.98
1922601--1922645	23	2.0	23	86	0	63	35	4	24	35	1.76
1922973--1923048	26	3.0	26	75	11	68	7	21	1	69	1.21
1923978--1924021	22	2.0	22	95	0	79	34	4	36	25	1.76
1927898--1927942	22	2.0	22	82	0	54	33	6	4	55	1.46
1928764--1928813	18	2.8	18	82	8	57	14	12	0	74	1.09
1928775--1928813	18	2.1	18	90	4	60	12	10	0	76	1.01
1928846--1928910	22	2.7	24	79	13	80	40	0	3	56	1.15
1928859--1928941	36	2.3	36	80	17	100	39	0	1	59	1.05
1928903--1928953	21	2.4	22	83	12	70	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1928896--1928953	21	2.8	21	84	10	66	37	0	1	60	1.07
1928910--1928987	20	4.1	20	75	17	67	47	0	0	52	1.00
1929040--1929073	11	3.0	11	83	8	50	32	0	0	67	0.91
1929017--1929096	30	2.7	30	86	3	108	36	0	1	62	1.03
1929125--1929173	23	2.2	21	79	13	53	42	2	2	53	1.24
1929135--1929244	22	4.9	21	82	13	105	40	0	0	58	1.11
1929135--1929244	21	4.8	22	83	14	134	40	0	0	58	1.11
1928896--1929466	291	2.0	286	84	7	753	41	1	2	54	1.24
1929423--1929470	22	2.1	23	88	3	71	56	0	2	41	1.11
1929423--1929483	22	2.6	22	84	7	68	54	3	1	40	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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