genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20831482--20831605	26	4.8	26	91	4	180	26	19	21	32	1.97
20831482--20831605	25	4.8	25	90	4	158	26	19	21	32	1.97
20832435--20832464	13	2.3	13	100	0	60	33	23	13	30	1.93
20834893--20834975	28	2.9	28	75	8	96	28	28	18	24	1.98
20835165--20835374	43	4.9	43	97	0	384	31	32	23	11	1.91
20838559--20838909	47	7.6	47	93	2	568	32	8	30	29	1.86
20840296--20840725	40	10.8	40	92	0	684	23	21	28	26	1.99
20844798--20845199	47	8.6	47	95	0	662	33	8	30	28	1.87
20844798--20845199	140	2.9	141	95	0	689	33	8	30	28	1.87
20845071--20845149	25	3.3	25	62	16	67	35	5	27	31	1.79
20847327--20847398	37	1.9	37	88	0	108	23	33	19	23	1.97
20847532--20847637	48	2.2	48	93	0	176	33	27	5	33	1.80
20852659--20852733	33	2.3	33	79	9	89	37	44	1	17	1.57
20885888--20886058	93	1.8	93	96	0	315	28	28	21	21	1.99
20885883--20886055	46	3.7	46	78	13	210	28	27	21	21	1.99
20890492--20890620	46	2.8	46	95	0	222	19	21	29	29	1.98
20897977--20898152	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
20897976--20898145	93	1.8	93	96	0	313	21	21	29	28	1.98
20923380--20923407	14	2.0	14	100	0	56	28	21	7	42	1.79
20933669--20933706	17	2.2	18	95	4	69	52	10	15	21	1.72
20934206--20934353	42	3.5	41	79	5	161	30	14	26	29	1.95
20943389--20943422	17	2.1	15	89	10	50	64	0	32	2	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20947398--20947499	43	2.4	43	86	6	127	34	27	12	25	1.92
20956306--20956477	93	1.8	93	91	0	281	29	26	20	23	1.99
20956301--20956473	46	3.8	45	76	10	179	30	26	20	23	1.99
20956900--20956960	30	2.0	30	87	0	86	31	24	6	37	1.81
20969539--20969583	18	2.5	18	78	7	56	24	42	24	8	1.83
20976361--20976506	67	2.2	67	88	4	224	19	28	22	29	1.98
20997508--20997552	17	2.6	17	96	0	81	6	37	42	13	1.70
21004646--21004677	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
21011787--21011818	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
21036922--21037136	46	4.6	45	72	10	128	29	19	27	23	1.98
21036922--21037183	47	5.6	47	75	10	191	29	19	27	24	1.98
21038939--21039287	170	2.0	171	83	2	434	30	14	22	33	1.93
21040715--21040900	40	4.7	40	84	7	209	24	22	27	25	2.00
21040768--21040933	80	2.1	79	82	7	194	26	20	27	25	1.99
21043943--21044213	40	6.8	41	86	4	347	23	21	28	26	1.99
21043946--21044233	120	2.4	120	94	0	488	23	21	28	26	1.99
21061464--21061648	40	4.6	39	80	5	176	24	22	27	25	2.00
21061464--21061646	79	2.3	81	80	7	196	24	22	26	25	2.00
21072303--21072337	17	2.1	17	89	5	54	5	14	2	77	1.07
21085901--21086006	37	2.9	37	92	0	176	22	33	19	23	1.97
21086147--21086715	48	11.9	48	94	0	985	31	28	6	34	1.82
21089864--21089937	29	2.6	29	91	0	112	28	33	14	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21089809--21089969	86	1.9	85	82	6	200	30	31	16	22	1.95
21089997--21090360	40	9.4	40	84	8	430	27	27	20	23	1.99
21090212--21090270	29	2.0	29	96	0	109	23	27	23	25	2.00
21090175--21090310	69	2.0	69	95	0	245	26	26	22	24	2.00
21090136--21090350	109	2.0	109	93	0	367	27	27	21	22	1.99
21091633--21091738	37	2.9	37	92	0	176	22	33	19	23	1.97
21091879--21092679	48	16.9	48	92	2	1303	30	28	6	34	1.82
21102005--21102038	15	2.3	15	89	0	50	44	11	32	11	1.77
21110244--21110606	47	7.7	47	96	1	656	31	8	29	30	1.88
21110724--21110802	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
21113131--21113366	40	5.9	40	86	1	303	25	22	27	25	2.00
21113131--21113366	79	3.0	79	88	1	319	25	22	27	25	2.00
21113131--21113347	119	1.8	119	88	0	335	24	23	26	25	2.00
21116865--21117277	47	8.7	47	96	0	727	31	8	29	30	1.87
21117395--21117473	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
21125597--21125781	40	4.6	39	84	6	187	25	27	21	24	1.99
21131712--21131745	18	1.9	17	88	5	50	35	2	0	61	1.11
21131968--21132090	43	2.9	43	86	2	140	29	23	13	33	1.93
21133443--21133520	37	2.1	36	86	6	104	25	29	19	25	1.98
21133639--21134032	47	8.5	47	92	2	616	28	29	8	33	1.87
21133639--21134032	92	4.2	94	91	2	607	28	29	8	33	1.87
21133853--21133925	22	3.3	22	62	11	58	28	28	10	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21133639--21134032	139	2.8	138	92	1	617	28	29	8	33	1.87
21138101--21138179	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
21140083--21140161	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
21140279--21140676	47	8.5	47	91	2	593	28	29	8	32	1.87
21140448--21140521	22	3.3	22	63	10	60	28	28	10	32	1.91
21140279--21140676	139	2.8	140	89	2	582	28	29	8	32	1.87
21149003--21149072	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
21149003--21149100	28	3.5	28	88	2	126	32	28	12	26	1.92
21149547--21149573	12	2.2	12	100	0	54	40	0	7	51	1.30
21150993--21151131	43	3.3	42	78	11	149	30	13	20	34	1.92
21151456--21151503	21	2.3	21	88	0	69	2	45	18	33	1.61
21163058--21163153	27	3.5	28	88	5	126	27	12	28	32	1.93
21163084--21163166	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
21171359--21171456	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
21171387--21171469	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
21174207--21174231	13	1.9	13	100	0	50	40	4	16	40	1.67
21175783--21175828	23	2.0	23	91	0	74	32	15	28	23	1.95
21178321--21178464	40	3.6	39	87	5	202	23	23	27	25	2.00
21178323--21178470	79	1.9	79	87	4	217	25	22	28	24	1.99
21188405--21188617	48	4.4	47	75	9	182	33	28	17	20	1.95
21188424--21188624	96	2.1	96	84	5	255	33	27	17	21	1.96
21193030--21193193	46	3.6	45	77	13	165	25	28	17	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21205155--21205277	46	2.7	47	83	11	164	26	17	30	26	1.97
21215622--21215662	22	1.9	22	90	5	66	19	29	41	9	1.83
21216846--21217060	46	4.6	46	75	10	172	22	30	18	28	1.98
21223260--21223299	22	1.9	22	90	10	66	17	30	40	12	1.86
21224931--21225170	44	5.5	44	90	0	363	31	15	23	30	1.95
21231721--21231901	40	4.6	40	82	6	190	25	25	22	26	2.00
21233035--21233077	20	2.2	20	100	0	86	30	34	9	25	1.87
21234036--21234221	67	2.9	64	75	8	180	30	18	29	22	1.97
21238756--21239002	87	2.8	87	91	3	397	28	15	26	29	1.96
21238753--21239002	131	1.9	132	93	0	430	28	15	26	29	1.96
21238756--21239002	44	5.6	44	93	0	406	28	15	26	29	1.96
21238849--21239103	87	3.0	86	84	6	225	27	17	25	28	1.98
21239548--21239579	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
21240826--21240969	46	3.1	46	82	6	141	23	28	16	31	1.96
21240849--21241065	46	4.7	45	73	11	154	20	28	20	30	1.98
21245600--21245740	40	3.5	40	88	1	203	29	28	18	24	1.98
21245600--21245780	80	2.3	80	81	5	197	29	26	18	25	1.98
21253745--21253874	39	3.4	39	82	14	171	29	26	19	24	1.98
21253745--21253912	40	4.3	40	83	10	179	29	26	18	25	1.98
21253804--21253930	40	3.2	40	87	1	157	29	25	18	27	1.98
21261554--21261657	36	2.7	39	86	7	133	29	26	18	25	1.98
21321138--21321321	79	2.3	81	85	6	243	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21321119--21321321	39	5.1	40	81	9	229	25	27	22	25	2.00
21321888--21321929	21	2.0	21	86	9	59	40	16	4	38	1.70
21329343--21329495	79	1.9	80	84	6	204	25	26	21	26	2.00
21329315--21329499	40	4.7	40	81	7	216	25	27	22	24	2.00
21332060--21332092	16	2.1	16	94	0	57	39	27	27	6	1.80
21333174--21333240	33	2.0	33	100	0	134	32	8	23	34	1.86
21339041--21339168	46	2.8	46	93	0	220	20	21	28	29	1.98
21348871--21348897	9	3.0	9	100	0	54	55	0	22	22	1.44
21353311--21353389	37	2.1	37	88	0	113	26	31	17	24	1.97
21353510--21353683	47	3.7	47	87	3	208	28	30	8	32	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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