genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12711527--12711730	109	1.9	108	87	3	302	26	14	27	31	1.95
12730732--12730777	22	2.1	22	84	4	58	69	2	4	23	1.17
12742067--12742091	13	1.9	13	100	0	50	20	40	24	16	1.91
12741875--12742289	203	2.0	203	87	3	595	17	28	25	28	1.97
12747643--12747691	23	2.1	23	82	14	57	67	4	8	20	1.34
12753208--12753262	5	10.6	5	84	7	74	20	0	1	78	0.85
12753219--12753262	22	2.0	22	95	0	79	20	0	0	79	0.73
12761055--12761081	13	2.1	13	100	0	54	22	37	25	14	1.93
12766533--12766595	22	3.1	22	65	25	66	36	26	20	15	1.93
12766530--12766622	38	2.4	38	98	0	177	37	26	19	16	1.92
12769923--12770041	55	2.2	54	85	5	159	26	29	22	21	1.99
12770808--12771117	47	6.6	47	72	9	204	23	28	19	28	1.98
12770903--12771166	94	2.8	94	81	4	295	24	29	19	27	1.98
12778327--12778549	49	4.7	48	71	12	147	24	28	18	28	1.98
12778464--12778586	47	2.6	47	83	3	167	26	28	17	26	1.98
12788911--12788969	18	3.3	18	75	0	55	32	27	1	38	1.67
12790804--12790907	51	2.0	51	98	0	199	37	17	19	25	1.93
12795836--12795895	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
12795942--12795993	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
12799975--12799999	12	2.1	12	100	0	50	36	16	0	48	1.46
12806301--12806348	24	2.0	24	84	8	62	58	2	10	29	1.43
12806358--12806428	30	2.4	30	80	0	79	57	4	7	30	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12806541--12806705	3	54.7	3	75	9	122	61	1	6	29	1.31
12806535--12806619	29	2.9	29	82	6	84	61	1	8	29	1.33
12806766--12806800	3	11.7	3	87	0	52	60	0	5	34	1.21
12808449--12808481	11	2.8	12	86	9	50	78	3	0	18	0.87
12811908--12811952	15	3.2	13	77	22	54	46	0	2	51	1.13
12811906--12811965	30	2.0	30	86	0	84	48	0	3	48	1.18
12815211--12815290	42	1.9	42	92	0	133	11	18	25	45	1.83
12815219--12815303	42	2.0	42	88	0	125	10	20	25	43	1.83
12815554--12815802	41	6.1	41	82	8	169	36	20	21	21	1.96
12815562--12815802	82	3.0	81	80	7	242	35	20	22	21	1.96
12815987--12816031	21	2.2	21	84	7	58	48	0	8	42	1.34
12816106--12816138	15	2.3	14	94	5	57	21	0	27	51	1.48
12821171--12821302	43	3.1	43	76	2	113	28	14	22	34	1.93
12821799--12821824	6	4.3	6	100	0	52	46	0	0	53	1.00
12823360--12823413	21	2.7	20	82	5	72	40	11	3	44	1.58
12824218--12824256	20	2.0	20	89	0	60	43	17	2	35	1.63
12824375--12824489	20	5.8	20	81	4	142	40	17	6	35	1.77
12824363--12824489	60	2.2	59	84	5	159	42	16	6	34	1.74
12825797--12825972	46	3.8	46	76	10	169	28	28	20	22	1.98
12825805--12825976	93	1.8	93	88	0	263	27	29	20	22	1.98
12829838--12829888	17	3.0	16	83	11	57	17	9	0	72	1.11
12829926--12829955	13	2.2	13	94	5	51	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12830620--12830664	22	2.0	22	83	8	56	35	2	4	57	1.31
12830840--12830895	29	2.0	28	89	10	87	35	3	7	53	1.46
12832942--12833004	20	3.1	20	81	4	65	33	19	1	46	1.59
12833039--12833153	20	5.8	20	74	8	83	38	16	3	41	1.65
12833058--12833153	40	2.4	40	84	3	113	37	15	4	42	1.66
12833226--12833519	20	14.8	20	69	7	132	40	14	7	36	1.76
12833227--12833334	39	2.7	40	78	1	110	47	16	6	29	1.72
12833226--12833434	40	5.2	40	73	4	154	42	16	7	34	1.75
12833404--12833532	40	3.3	39	80	4	134	38	13	7	40	1.73
12833415--12833515	39	2.5	40	85	1	132	36	12	9	40	1.77
12833590--12833722	20	6.7	20	72	6	83	36	14	6	42	1.70
12841508--12841633	51	2.5	51	82	2	128	23	26	12	38	1.90
12845006--12845267	46	5.5	46	76	9	208	28	19	29	23	1.98
12845006--12845269	94	2.8	94	82	8	320	28	19	29	23	1.98
12851072--12851284	46	4.5	46	79	8	216	28	18	28	24	1.98
12851072--12851284	94	2.3	94	86	7	290	28	18	28	24	1.98
12851682--12851724	19	2.4	19	88	7	63	37	13	11	37	1.82
12851690--12851726	19	1.9	19	100	0	74	37	10	16	35	1.83
12851690--12851749	19	2.8	22	85	9	72	36	8	16	38	1.79
12861012--12861600	220	2.7	220	90	1	950	32	18	21	27	1.96
12861542--12861836	78	3.8	78	88	1	430	30	18	24	26	1.98
12861850--12862043	45	4.3	45	84	3	239	32	13	27	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12861867--12862035	89	1.9	89	90	2	268	30	13	28	27	1.93
12862400--12862490	19	4.9	19	86	8	134	39	8	14	37	1.77
12862400--12862513	19	5.8	22	73	21	69	38	7	14	38	1.76
12867048--12867154	43	2.5	43	86	1	135	28	24	2	44	1.67
12867073--12867154	43	1.9	43	92	0	137	26	19	2	51	1.59
12867073--12867173	43	2.5	40	84	7	125	24	17	1	55	1.53
12873233--12873410	49	3.7	49	81	5	191	27	19	29	23	1.98
12880860--12881121	49	5.5	49	72	13	165	26	19	28	25	1.99
12887797--12888013	40	5.5	40	85	3	262	23	28	24	23	2.00
12896049--12896155	40	2.7	40	84	5	119	25	27	20	27	1.99
12896055--12896275	80	2.8	80	79	7	193	27	27	20	25	1.99
12896095--12896275	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
12896092--12896275	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
12903049--12903229	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
12903046--12903229	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
12906268--12906326	30	2.0	30	86	0	82	33	13	25	27	1.93
12906649--12906919	46	5.8	48	75	11	190	25	19	31	23	1.98
12908031--12908071	22	1.9	21	85	5	55	12	39	26	21	1.89
12908886--12908926	21	2.0	20	90	4	64	41	19	0	39	1.52
12919864--12919897	17	2.0	17	100	0	68	41	11	29	17	1.85
12921437--12921467	14	2.2	14	100	0	62	45	6	12	35	1.68
12944343--12944550	103	2.0	103	91	1	337	20	21	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12955268--12955306	10	4.0	10	93	3	62	30	0	2	66	1.05
12958223--12958252	15	1.9	15	93	6	51	90	0	0	10	0.47
12958225--12958250	11	2.4	11	100	0	52	92	0	0	7	0.39
12964619--12964688	31	2.3	30	85	9	88	11	32	32	22	1.90
12976505--12976594	35	2.6	34	78	7	92	28	21	15	34	1.94
12978898--12978922	11	2.3	11	100	0	50	24	0	12	64	1.27
12979853--12980115	30	8.8	30	86	1	321	31	16	18	33	1.93
12983486--12983553	33	2.0	34	82	2	84	27	25	22	25	1.99
12985274--12985431	40	4.0	40	92	0	253	23	19	27	29	1.98
12985289--12985457	80	2.1	80	83	2	205	23	20	27	28	1.99
12993409--12993462	24	2.2	25	96	3	101	31	18	11	38	1.86
12998794--12998837	21	2.1	21	82	0	52	29	6	29	34	1.83
13000911--13001281	46	7.9	47	75	14	247	27	19	29	23	1.98
13001145--13001275	47	2.7	47	84	5	174	26	19	28	25	1.99
13004042--13004306	46	5.7	46	72	10	207	21	19	28	30	1.98
13004090--13004252	47	3.5	47	74	14	183	20	19	29	30	1.97
13004048--13004299	93	2.7	93	90	0	414	21	19	28	30	1.97
13011154--13011211	30	1.9	30	82	0	71	32	12	25	29	1.92
13011554--13011811	46	5.5	44	73	15	159	27	18	30	22	1.98
13011596--13011811	46	4.6	44	76	12	168	26	18	31	23	1.98
13012153--13012272	56	2.1	56	95	0	213	45	9	23	22	1.81
13013649--13014256	47	12.8	47	92	2	857	33	9	29	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13014107--13014228	22	5.3	22	62	21	61	33	11	29	25	1.91
13016437--13016461	11	2.3	11	100	0	50	0	28	12	60	1.32
13020391--13020526	45	3.0	45	89	2	191	47	12	18	22	1.82
13021507--13021546	21	1.9	21	90	10	64	25	25	37	12	1.91
13026982--13027011	14	2.1	14	100	0	60	30	30	13	26	1.94
13027180--13027249	31	2.3	31	89	0	104	35	41	4	18	1.70
13030231--13030261	15	2.1	15	100	0	62	58	6	0	35	1.24
13035012--13035059	23	2.1	23	84	7	62	64	4	0	31	1.12
13036450--13036506	16	3.5	16	81	15	64	33	3	1	61	1.23
13037770--13037814	25	1.9	24	86	13	67	46	0	0	53	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
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