genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2300644--2302886	450	5.0	450	94	1	3764	30	15	28	26	1.96
2306479--2306551	20	3.7	19	77	15	78	56	6	0	36	1.26
2306479--2306550	19	3.7	18	78	17	74	56	6	0	36	1.26
2306496--2306551	27	2.1	27	83	6	69	55	7	0	37	1.27
2306532--2306582	26	2.0	26	84	0	66	52	5	0	41	1.25
2308607--2308641	18	1.9	18	88	0	52	48	11	11	28	1.74
2308685--2308742	17	3.4	17	75	0	62	44	15	10	29	1.79
2309551--2309660	43	2.6	43	89	1	168	31	30	13	23	1.93
2315147--2315181	7	5.0	7	100	0	70	28	0	0	71	0.86
2315551--2315596	23	2.0	22	88	12	67	45	0	8	45	1.34
2316105--2316222	52	2.4	47	80	7	119	22	0	29	47	1.57
2316180--2316214	18	1.9	18	88	0	52	17	0	22	60	1.37
2316229--2316365	41	3.3	40	89	8	213	16	20	27	36	1.93
2316351--2316417	23	2.7	24	88	9	91	8	14	20	55	1.67
2316351--2316418	24	2.7	25	86	11	95	8	14	20	55	1.65
2316401--2316489	40	2.1	42	87	6	128	16	15	22	44	1.86
2316796--2316878	36	2.4	36	89	4	125	45	15	3	34	1.64
2317224--2317264	19	2.2	19	100	0	82	26	14	19	39	1.90
2318470--2318526	28	2.0	29	83	10	73	61	1	22	14	1.42
2318892--2318947	27	2.1	27	100	0	112	41	12	28	17	1.86
2331542--2331582	21	2.0	21	90	0	64	31	19	26	21	1.97
2335086--2335125	20	2.1	19	90	4	62	35	7	5	52	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2338369--2338466	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
2346632--2346729	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
2354856--2354925	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
2354856--2354953	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
2356841--2356886	24	1.9	24	90	0	74	15	21	26	36	1.93
2359930--2359968	20	1.9	21	89	5	62	38	20	5	35	1.75
2359978--2360029	27	1.9	27	84	7	70	30	7	23	38	1.83
2360087--2360120	14	2.3	15	90	5	52	55	0	5	38	1.24
2361211--2361242	15	2.1	15	100	0	64	43	18	12	25	1.85
2361855--2362064	43	4.9	42	81	7	208	32	23	16	27	1.96
2361871--2362064	86	2.3	86	84	5	241	32	23	16	27	1.96
2367982--2368136	43	3.6	43	89	1	240	10	24	32	32	1.90
2367990--2368206	43	5.0	45	81	7	130	15	23	30	30	1.95
2373424--2373568	56	2.6	55	77	6	166	26	28	28	15	1.96
2379849--2380060	32	6.6	32	82	0	253	30	21	13	34	1.91
2386916--2387092	17	9.9	18	87	4	227	36	14	12	36	1.84
2386916--2387068	35	4.3	35	94	3	254	37	14	11	36	1.83
2386916--2387066	52	2.9	53	90	5	236	37	13	11	37	1.82
2387059--2387101	19	2.4	19	88	7	63	37	11	18	32	1.87
2387483--2387590	26	4.2	26	95	0	198	32	7	25	35	1.84
2389076--2389128	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
2390511--2391509	207	4.8	207	93	0	1655	29	22	18	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2391515--2391803	84	3.4	83	86	9	404	23	22	23	31	1.98
2391517--2391802	43	6.8	41	66	21	130	23	21	23	31	1.98
2391566--2391792	43	5.3	43	68	16	157	24	20	22	32	1.98
2392753--2392800	19	2.5	19	83	10	53	6	12	0	81	0.87
2398615--2398670	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
2400155--2400207	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
2415379--2415589	32	6.6	32	82	3	246	31	20	12	35	1.90
2416721--2416745	13	1.9	13	100	0	50	48	12	0	40	1.40
2424254--2424297	18	2.4	18	80	0	52	50	13	2	34	1.55
2424621--2424703	36	2.4	36	87	4	116	44	14	6	34	1.70
2426702--2426757	27	2.1	27	100	0	112	41	12	28	17	1.86
2430768--2430809	20	2.0	21	90	4	68	38	19	2	40	1.64
2432435--2432644	43	4.9	43	80	7	221	32	23	16	27	1.96
2435591--2435661	30	2.4	30	83	4	81	25	11	15	47	1.78
2436855--2436884	14	2.1	15	93	6	53	20	10	13	56	1.65
2444466--2444515	26	1.9	26	87	0	73	12	22	40	26	1.88
2446949--2447224	32	8.6	32	88	0	372	33	21	13	31	1.92
2447040--2447099	19	3.5	19	65	25	60	36	20	13	30	1.90
2454778--2454891	36	3.4	36	81	12	127	48	16	2	32	1.60
2454994--2455060	32	2.1	32	97	0	125	44	31	2	20	1.67
2469183--2469216	16	2.2	15	89	5	50	67	2	0	29	1.05
2469151--2469239	26	3.5	25	72	14	74	64	3	2	30	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2472105--2472212	26	4.2	26	84	4	155	38	23	5	32	1.78
2472105--2472212	52	2.1	52	91	3	173	38	23	5	32	1.78
2474150--2474202	26	2.0	26	82	13	65	26	11	22	39	1.88
2475680--2475762	26	3.2	26	93	3	141	37	25	4	32	1.77
2478262--2478339	30	2.5	31	80	16	90	61	7	7	23	1.49
2478359--2478392	14	2.3	15	85	10	52	64	0	0	35	0.94
2478929--2478996	13	5.4	13	75	19	56	63	1	1	33	1.13
2478975--2479036	26	2.2	29	83	8	76	61	0	8	30	1.25
2479029--2479058	15	2.1	14	93	6	51	66	0	6	26	1.16
2480544--2480614	25	2.8	25	89	2	106	26	23	22	26	2.00
2480664--2480720	20	2.8	20	97	0	105	33	19	10	36	1.86
2480664--2480719	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
2484851--2484926	7	10.4	7	78	14	57	42	34	0	23	1.55
2484829--2484911	35	2.3	36	82	12	91	44	30	0	25	1.54
2484851--2484945	20	4.4	21	75	15	70	41	30	2	26	1.67
2484851--2484926	14	5.2	14	72	13	64	42	34	0	23	1.55
2486922--2487072	43	3.5	43	86	3	214	34	23	16	25	1.95
2489709--2489775	29	2.2	30	77	15	75	47	5	16	29	1.70
2491125--2491166	21	2.0	20	82	13	50	35	23	19	21	1.96
2501402--2501613	32	6.6	32	79	0	226	32	20	13	33	1.91
2520832--2520871	21	1.9	21	85	10	55	37	15	7	40	1.75
2529268--2529294	13	2.1	13	100	0	54	40	29	22	7	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2537333--2537373	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
2545780--2545830	10	5.4	9	77	13	50	21	1	1	74	1.02
2545778--2545817	17	2.4	16	83	8	53	22	2	0	75	0.93
2545860--2545925	19	3.3	20	79	10	73	33	0	10	56	1.34
2545846--2545931	39	2.1	42	83	12	108	34	0	8	56	1.29
2545843--2545931	20	4.3	20	78	15	85	35	0	7	56	1.29
2545826--2545932	20	5.2	21	71	19	66	35	0	7	57	1.27
2551483--2551522	20	2.0	20	85	9	55	72	0	15	12	1.12
2566564--2566779	107	2.0	108	96	0	398	43	5	9	41	1.60
2568027--2568068	22	2.0	20	90	9	66	38	0	0	61	0.96
2568803--2568831	6	4.8	6	100	0	58	34	51	13	0	1.42
2572734--2572783	8	6.4	8	81	9	50	26	4	0	70	1.05
2572746--2572782	13	2.8	13	91	0	56	29	0	0	70	0.88
2581496--2581525	6	4.8	6	95	4	51	46	3	0	50	1.18
2582098--2582147	19	2.6	19	83	3	55	44	0	2	54	1.11
2590494--2590623	68	2.0	64	86	8	181	33	9	9	48	1.67
2591240--2591273	17	2.1	17	88	5	52	52	5	0	41	1.25
2593605--2593654	10	5.1	10	76	11	50	36	0	0	64	0.94
2594014--2594058	19	2.4	19	92	0	72	15	6	26	51	1.68
2598369--2598453	40	2.1	40	82	4	100	64	9	3	22	1.38
2607006--2607070	10	6.5	10	75	15	55	30	1	3	64	1.18
2607271--2607300	14	2.1	14	93	0	51	50	20	0	30	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2610234--2610267	12	2.8	12	86	0	50	64	0	11	23	1.26
2611199--2611261	27	2.3	26	76	10	63	50	11	0	38	1.38
2611228--2611257	15	2.0	15	93	0	51	40	10	0	50	1.36
2611766--2611818	1	53.0	1	76	0	52	0	11	0	88	0.51
2611765--2611818	17	3.5	15	85	11	74	0	12	0	87	0.56
2611765--2611818	8	7.0	8	83	12	69	0	12	0	87	0.56
2611775--2611818	23	1.9	23	90	9	72	0	11	0	88	0.51
2611769--2611818	14	3.5	14	84	10	66	0	12	0	88	0.53
2612746--2612789	18	2.4	18	84	0	61	79	0	2	18	0.83
2618206--2618239	12	2.8	12	86	0	50	64	0	11	23	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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