genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.193.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63287834--63287940	31	3.4	32	74	8	94	59	0	1	37	1.14
63292479--63292530	25	2.1	25	100	0	86	46	11	7	34	1.69
63304024--63304067	16	2.6	17	82	10	54	50	2	11	36	1.51
63306754--63306812	28	2.1	28	100	0	118	42	25	10	22	1.84
63311246--63311353	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
63314965--63315020	28	2.0	28	100	0	112	32	25	25	17	1.97
63329305--63329343	10	3.8	10	83	16	53	53	20	5	20	1.64
63336496--63336524	10	2.7	11	89	10	51	0	27	0	72	0.85
63342170--63342217	21	2.3	21	86	10	64	54	0	2	43	1.12
63342286--63342322	16	2.2	16	90	4	56	75	0	24	0	0.80
63346033--63346111	41	1.9	41	97	0	149	2	26	8	62	1.38
63348128--63348155	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
63349280--63349377	18	5.5	18	87	4	146	39	11	12	36	1.78
63349271--63349375	35	2.9	35	92	4	165	39	10	12	38	1.77
63349682--63349715	12	2.9	11	87	12	50	35	0	0	64	0.94
63349680--63349710	16	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
63353167--63353195	2	15.0	2	92	7	51	51	0	48	0	1.00
63356712--63356863	40	3.8	40	92	1	234	23	20	29	26	1.99
63356712--63356883	40	4.3	40	89	2	222	23	19	29	27	1.98
63364744--63364893	40	3.8	40	92	3	234	24	20	29	26	1.99
63366952--63367009	21	2.8	21	92	5	91	81	0	15	3	0.83
63366951--63367015	21	3.0	22	78	10	71	76	0	20	3	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63367872--63368065	44	4.4	44	72	13	139	33	15	23	27	1.95
63368051--63368531	119	4.0	119	93	0	800	33	17	18	29	1.94
63368455--63368724	83	3.2	83	92	1	441	31	20	19	28	1.97
63369115--63369212	18	5.5	18	87	4	146	39	11	12	36	1.78
63369106--63369210	35	2.9	35	92	4	165	39	10	12	38	1.77
63369568--63369702	21	6.7	21	67	17	65	36	5	0	57	1.23
63369519--63369689	77	2.3	76	78	12	174	36	4	0	59	1.21
63375417--63375478	21	3.0	21	90	6	92	82	0	14	3	0.80
63376448--63376532	42	2.0	41	84	11	109	31	14	25	28	1.94
63376355--63376532	44	4.1	44	73	12	161	30	16	24	28	1.96
63376518--63376997	119	4.0	119	94	0	818	33	18	18	29	1.95
63376518--63376997	237	2.0	238	93	0	818	33	18	18	29	1.95
63376921--63377187	83	3.2	83	95	1	466	31	20	20	27	1.98
63377087--63377297	110	1.9	108	93	1	359	31	20	19	28	1.97
63377195--63377546	83	4.2	83	96	0	623	32	21	20	26	1.97
63377944--63378076	18	7.5	18	86	5	191	39	11	12	36	1.78
63377935--63378076	35	4.0	35	93	2	230	39	10	12	37	1.78
63378381--63378414	12	2.9	11	87	12	50	35	0	0	64	0.94
63378382--63378490	21	5.3	21	66	20	61	36	2	0	59	1.18
63378379--63378409	16	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
63378430--63378579	7	22.4	7	68	20	56	36	5	0	58	1.21
63381290--63381357	29	2.3	30	82	7	86	60	2	2	33	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63381376--63381414	20	1.9	21	89	5	62	64	10	0	25	1.25
63381573--63381627	20	2.8	20	83	5	67	29	10	0	60	1.31
63384857--63384923	24	2.8	24	76	14	68	34	19	22	23	1.97
63386820--63386853	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
63388312--63388341	13	2.3	13	94	0	51	36	0	6	56	1.26
63388353--63388390	17	2.4	16	79	12	51	44	2	7	44	1.47
63392803--63392851	20	2.5	19	74	9	53	61	4	0	34	1.15
63392847--63392905	22	2.8	20	75	14	57	49	0	1	49	1.11
63393630--63393655	3	8.7	3	100	0	52	34	0	34	30	1.58
63398281--63398326	21	2.1	22	88	4	67	60	15	17	6	1.55
63398668--63398739	26	2.8	25	83	4	81	30	18	12	38	1.87
63405088--63405149	30	2.1	30	87	6	90	74	1	11	12	1.15
63405091--63405158	9	7.2	9	77	12	57	75	2	11	10	1.16
63411005--63411219	46	4.6	48	74	8	201	23	26	20	29	1.98
63411005--63411219	94	2.3	93	86	6	292	23	26	20	29	1.98
63414440--63414471	15	2.0	17	88	11	50	31	21	21	25	1.98
63418972--63419134	46	3.5	47	75	5	161	22	28	19	29	1.98
63423021--63423102	26	3.2	26	94	0	146	36	25	6	31	1.81
63427194--63427230	13	2.8	13	100	0	74	40	21	0	37	1.54
63427348--63427604	76	3.4	76	83	1	286	24	19	22	34	1.96
63427407--63427537	40	3.4	40	72	8	126	23	20	24	31	1.98
63428480--63428637	79	2.0	79	92	0	262	22	25	24	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63447557--63447598	21	2.1	20	86	8	59	45	2	0	52	1.13
63448860--63448891	5	6.4	5	92	0	55	15	21	37	25	1.93
63448965--63448990	7	3.7	7	100	0	52	38	0	0	61	0.96
63450131--63450166	15	2.3	16	95	4	65	30	0	0	69	0.89
63452696--63452906	117	1.8	117	87	4	318	23	9	23	43	1.83
63459884--63459934	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
63459806--63460035	103	2.2	104	92	2	383	17	19	31	31	1.95
63459972--63460105	70	1.9	71	95	3	243	20	15	31	32	1.94
63467326--63467377	27	1.9	27	96	0	95	13	25	32	28	1.93
63467287--63467471	103	1.8	100	90	9	302	18	20	30	30	1.96
63467353--63467539	69	2.6	70	85	8	227	21	16	31	31	1.95
63467391--63467539	69	2.1	70	91	2	237	23	16	29	30	1.96
63467499--63467551	26	2.0	26	92	0	88	16	20	33	28	1.95
63469828--63469866	16	2.4	16	86	0	60	28	0	41	30	1.57
63469891--63470313	211	2.0	212	93	2	735	38	14	11	35	1.82
63479006--63479110	48	2.1	52	85	10	146	32	20	5	40	1.76
63479191--63479222	13	2.3	15	89	10	50	25	0	3	71	1.00
63488096--63488136	21	2.0	21	100	0	82	29	36	0	34	1.58
63488550--63488607	30	1.9	30	86	6	82	55	12	8	24	1.64
63494643--63494667	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
63495020--63495078	27	2.1	28	81	9	68	47	3	1	47	1.29
63495068--63495128	21	2.7	22	80	10	70	68	0	1	29	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63504515--63504688	46	3.7	47	77	7	185	26	20	29	24	1.99
63504662--63504782	50	2.6	49	85	10	155	28	18	28	24	1.98
63504518--63504831	47	6.7	45	74	14	176	27	19	29	24	1.98
63517260--63517414	51	3.0	51	93	1	249	35	7	16	40	1.76
63522385--63522491	25	4.3	25	77	11	85	25	28	12	33	1.92
63522447--63522501	25	2.2	25	83	6	67	20	29	20	30	1.97
63526145--63526292	61	2.4	61	86	1	208	26	25	17	31	1.97
63526074--63526292	60	3.6	60	79	1	206	27	24	15	31	1.96
63529382--63529415	18	1.9	18	88	5	52	20	5	11	61	1.50
63530382--63530433	27	1.9	27	100	0	104	40	11	17	30	1.85
63537048--63537089	21	2.0	21	100	0	84	23	19	23	33	1.97
63538417--63538491	6	12.5	6	97	0	141	49	16	1	33	1.54
63550071--63550118	22	2.4	19	75	18	51	64	2	20	12	1.37
63550076--63550117	22	1.9	22	90	0	66	61	2	21	14	1.43
63554399--63554483	36	2.3	36	80	6	100	7	23	10	58	1.55
63557587--63557794	91	2.3	91	88	0	308	46	2	4	46	1.37
63557625--63557769	44	3.2	43	69	19	116	46	2	3	48	1.31
63557622--63557762	47	3.1	46	67	20	114	45	2	3	48	1.31
63557709--63557769	28	2.2	28	85	5	81	45	0	3	50	1.17
63557944--63557985	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
63557935--63557976	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
63558201--63558268	16	4.2	16	96	0	127	38	35	0	26	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63558679--63558736	29	2.0	29	83	6	73	46	13	10	29	1.77
63569995--63570090	32	3.0	32	87	0	138	22	12	21	42	1.87
63585307--63585401	50	1.9	49	82	2	118	33	20	25	21	1.97
63605086--63605130	21	2.1	22	91	4	74	35	28	26	8	1.87
63605082--63605140	21	2.9	20	80	5	66	30	25	30	13	1.94
63606252--63606561	47	6.7	47	79	15	276	22	29	19	27	1.98
63606251--63606561	46	6.7	46	79	10	271	22	29	19	27	1.98
63606251--63606564	94	3.4	95	80	11	316	22	29	19	27	1.98
63609331--63609363	17	2.0	17	88	5	50	24	0	0	75	0.80
63613218--63613256	19	2.1	19	85	4	53	46	15	0	38	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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