genome.fa.s4.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A04
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81554553

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11762207--11762293	39	2.2	39	91	0	138	31	26	21	20	1.98
11768506--11768781	47	5.9	47	92	0	428	25	28	11	34	1.91
11773866--11773947	39	2.1	39	95	4	148	26	26	23	23	2.00
11779827--11779934	26	4.2	26	90	4	173	36	23	7	33	1.83
11788263--11788293	13	2.4	13	88	0	53	64	0	0	35	0.94
11792858--11792888	13	2.4	13	88	0	53	64	0	0	35	0.94
11796660--11797451	170	4.9	164	74	13	443	30	13	9	46	1.75
11797119--11797666	161	3.3	163	79	9	567	30	12	9	47	1.73
11798444--11798477	15	2.2	16	89	5	52	23	8	8	58	1.56
11802887--11802970	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
11810498--11810545	20	2.3	20	75	3	51	27	12	10	50	1.73
11813727--11813898	38	4.6	37	81	7	177	18	19	29	33	1.95
11813728--11813898	75	2.3	76	82	5	204	18	19	29	33	1.95
11813892--11813979	38	2.3	38	82	7	115	13	22	30	32	1.93
11817754--11817810	27	2.1	27	83	3	71	33	1	3	61	1.23
11819257--11819319	30	2.1	29	82	14	74	47	3	0	49	1.17
11820398--11820474	21	3.7	20	72	16	57	14	37	24	23	1.92
11824862--11824912	25	2.0	25	88	0	75	56	13	21	7	1.62
11825615--11825668	17	2.9	18	89	10	83	40	11	12	35	1.79
11825617--11825674	17	3.3	17	77	15	64	41	10	13	34	1.79
11825974--11826007	12	2.9	12	91	4	52	35	0	2	61	1.11
11826023--11826129	7	15.7	7	69	18	50	38	4	0	57	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11826031--11826165	21	6.7	21	67	17	65	36	5	0	57	1.23
11826644--11826723	35	2.2	35	93	4	133	33	7	1	57	1.35
11828075--11828120	21	2.0	21	84	12	56	60	6	13	19	1.54
11828488--11828602	42	2.7	42	86	2	151	17	35	23	23	1.95
11831094--11831457	104	3.6	104	92	4	600	30	30	20	18	1.96
11831780--11831843	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
11831787--11831843	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
11838797--11838847	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
11838664--11839026	103	3.6	103	92	4	587	30	30	19	19	1.96
11838900--11838950	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
11839350--11839413	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
11839357--11839413	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
11842436--11842677	9	27.6	9	71	10	119	45	17	1	36	1.57
11842436--11842689	52	4.7	51	75	12	238	45	16	1	36	1.56
11842436--11842620	61	3.2	61	75	17	212	45	17	0	36	1.53
11842494--11842689	106	1.9	104	88	4	295	44	16	1	37	1.57
11848889--11849101	73	2.9	73	95	0	383	29	19	9	41	1.83
11852530--11853151	130	4.8	130	80	2	642	39	13	15	31	1.85
11861303--11861394	3	33.3	3	71	14	56	63	2	4	30	1.26
11861479--11861531	28	2.0	27	85	7	72	66	1	9	22	1.31
11861322--11861886	188	3.0	188	94	1	992	58	4	8	28	1.47
11861542--11861584	17	2.6	18	85	10	56	55	0	9	34	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11861712--11861769	27	2.1	27	81	12	66	60	1	5	32	1.29
11861933--11861994	22	2.9	21	74	9	61	61	0	1	37	1.06
11863080--11863219	17	8.6	16	81	11	153	16	0	41	41	1.53
11863092--11863215	17	7.5	17	83	8	159	18	0	39	41	1.56
11863092--11863215	33	3.8	34	84	11	161	18	0	39	41	1.56
11863080--11863215	49	2.8	50	87	7	199	16	0	40	41	1.54
11863080--11863219	33	4.3	32	84	8	151	16	0	41	41	1.53
11863590--11863785	66	3.0	66	93	0	320	25	21	26	27	2.00
11863793--11863967	88	2.0	88	80	0	197	22	20	21	36	1.95
11875532--11875557	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
11875601--11875645	11	4.1	11	86	8	56	57	2	6	33	1.37
11875614--11875699	17	4.9	16	73	20	57	55	2	5	36	1.37
11875964--11876016	3	19.3	3	74	18	53	64	0	3	32	1.12
11875972--11876007	11	3.5	11	92	7	58	61	0	5	33	1.19
11875964--11876016	11	4.8	12	84	11	53	64	0	3	32	1.12
11875580--11876133	189	3.0	182	90	4	880	59	4	7	28	1.45
11877375--11877413	17	2.3	17	86	0	51	28	0	35	35	1.58
11885500--11885538	20	2.1	19	86	13	55	51	7	10	30	1.64
11885527--11885633	53	2.0	53	100	0	214	49	9	11	29	1.70
11886404--11886440	15	2.4	16	86	13	51	32	2	0	64	1.07
11888270--11888296	12	2.2	12	100	0	54	51	25	14	7	1.68
11894921--11895016	7	13.7	7	73	0	57	23	2	33	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11894924--11894989	28	2.4	27	82	5	78	24	1	33	40	1.64
11894953--11895010	21	2.8	21	87	12	84	24	1	31	43	1.64
11901782--11901839	23	2.5	23	86	5	73	22	15	27	34	1.94
11902018--11902121	53	2.0	53	100	0	208	38	9	5	46	1.61
11903531--11903595	29	2.3	29	84	7	80	50	3	0	46	1.17
11904936--11904969	18	2.0	16	88	11	50	23	2	2	70	1.15
11904978--11905035	20	3.0	19	80	12	73	41	1	5	51	1.34
11905412--11905469	22	2.5	23	83	8	64	53	5	0	41	1.23
11911607--11911648	10	4.0	10	84	9	57	30	2	0	66	1.04
11911655--11911691	19	2.0	19	89	5	58	37	0	5	56	1.22
11911660--11911723	19	3.3	19	82	6	76	42	0	3	54	1.16
11914133--11914190	29	2.0	29	96	0	107	17	15	31	36	1.91
11916812--11916867	21	2.7	21	81	13	71	35	10	14	39	1.81
11917250--11917316	32	2.1	32	82	0	80	43	2	0	53	1.16
11917531--11917591	26	2.3	26	94	0	104	37	14	13	34	1.85
11919223--11919254	13	2.5	13	94	0	55	15	9	0	75	1.05
11919229--11919288	11	5.2	11	79	6	57	15	10	3	71	1.25
11921052--11921198	68	2.1	68	82	1	177	42	14	14	28	1.85
11924341--11924394	24	2.3	24	87	3	74	62	12	12	11	1.54
11927390--11927427	14	2.8	13	88	7	58	39	0	0	60	0.97
11929954--11930002	21	2.3	21	79	6	55	26	26	36	10	1.88
11930109--11930294	60	3.1	59	72	8	171	25	30	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11930822--11930861	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
11939201--11939243	18	2.4	18	96	0	77	37	16	23	23	1.94
11947988--11948081	30	3.1	30	90	1	143	25	24	6	43	1.78
11947998--11948075	15	5.2	15	67	11	61	25	21	7	44	1.79
11952649--11952772	30	4.1	30	91	1	194	25	23	6	44	1.77
11952659--11952766	15	7.2	15	65	12	69	25	21	7	45	1.78
11955125--11955178	21	2.8	18	80	20	65	55	0	0	44	0.99
11956291--11956344	22	2.8	18	72	20	54	38	0	0	61	0.96
11956566--11956590	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
11959644--11959706	16	3.9	16	77	12	58	39	0	0	60	0.97
11959661--11959695	14	2.5	14	90	0	52	34	0	0	65	0.93
11960744--11960772	14	2.0	15	93	6	51	37	0	6	55	1.27
11962876--11962915	20	2.0	20	85	5	53	50	20	0	30	1.49
11966464--11966500	18	2.0	19	85	15	51	59	5	0	35	1.20
11971945--11971979	14	2.5	14	85	0	52	28	0	0	71	0.86
11973567--11973633	30	2.2	32	83	5	84	40	1	7	50	1.39
11976576--11976680	43	2.4	43	80	0	111	49	15	10	24	1.76
11981181--11981219	21	1.9	20	89	5	60	61	7	2	28	1.37
11981372--11981417	23	2.1	22	84	15	60	36	4	2	56	1.31
11981750--11981808	31	2.0	30	83	6	75	49	13	3	33	1.59
11982932--11982985	22	2.5	22	82	11	69	64	7	14	12	1.47
11983449--11983474	9	2.9	9	100	0	52	42	34	0	23	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11983677--11983711	17	2.0	18	88	5	54	28	11	17	42	1.83
11999168--11999282	51	2.3	51	92	0	185	20	25	21	32	1.98
11999544--11999573	7	4.3	7	100	0	60	43	0	30	26	1.55
12001946--12001988	22	2.0	22	85	0	59	55	0	0	44	0.99
12001995--12002057	27	2.3	28	81	10	85	53	0	0	46	1.00
12002002--12002042	22	2.0	21	90	9	66	48	0	0	51	1.00
12002002--12002042	20	2.0	19	86	13	55	48	0	0	51	1.00
12002433--12002487	16	3.4	16	92	0	92	36	5	27	30	1.79
12002614--12002755	61	2.4	59	84	5	180	53	1	0	44	1.14
12016878--12016910	11	3.1	11	86	8	50	63	0	27	9	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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